AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237717
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ychF	300	GTP Binding Protein
#1	CPn0334	220	CT079 similarity
#2	pepA	24	Leucyl Aminopeptidase A
#3	ssb	170	SS DNA Binding Protein
#4	phnP	221	Metal Dependent Hydrolase
#5	yhbZ	100	GTP binding protein
#6	rl27	24	L27 ribosomal protein
#7	rl21	300	L21 Ribosomal Protein
#8	trxA	300	Thioredoxin
#9	ctc	300	General Stress Protein

Motif 1
       CGTTTTGTTCTTAGTAAGATTATAAATGAATCTTAG	0	3	1
TTAAAATTAGTTTATTCTTAATAAGTTTTTTAATTAAAATTAG	1	45	0
AAAAATAAAATATTATATAAATAATTGTTTAAAAGCAGTTTAG	1	91	1
AATCCTATGCTTTGCTATATACAAGTCTGCAAAACCTTTTGAA	1	158	1
CTACATCTTTTTTCTAATTTAAAAGATTGATAAAGCTCTTCTT	3	25	1
TCTTAAGATGTATTAATTAAAGAAGTATTAAAAATAGAAATCT	3	125	1
TTTCCAAGTATCTATCCTTAAAAATTTTCGAGAGGGATCTCGT	4	63	0
ATCGAGCTTTTTTTGTTTGAAGAAGGATAAAAACGTAATC   	5	70	1
AAACATTCAGTTTAATATCAATGAGATTTCGAATTCTTCGCCT	7	28	0
CTTTATATTTTGTATAATCCTTAAGTTTGCTAAAGTAACTTAG	7	218	1
AGCGCTTAACTTTAAGCATTGAAAGATTCATAAGGAAAAAATT	7	266	1
AAATCTGCTGTTTTTCTTTAAAAAGTTTCTTAATTGTGTTTTT	8	107	1
TTTTTTATTATCTATAGTCTACAATTTTACGAAACGCAGCTAT	8	145	1
          * *    *  * ***  *   **
MAP Score: 20.2981

Motif 2
AAGAAGTATTAAAAATAGAAATCTAAAGGC	3	144	1
 AAGACATCTAAAAATAAAAATAATGACAT	0	281	0
ATTTTAATCTAAAAATAAAATATTATATAA	1	81	1
AGAATAGTAGAAAAAAAGAACAATAACGAA	0	55	1
CAGTTTAGATAAACATAAAAAATCAAGCTA	1	126	1
GTATATAGCAAAGCATAGGATTCTTAGCTT	1	150	0
         AAAAAATACAAAAACAAAAAA	1	1	1
TGAAAAATCGAAAAATAGGAA         	5	1	0
CCAAAAGGAGAAGAAAAGGACTCTGGGGTG	9	50	0
CTGGAAACACAAGCAAACAAAAATAATTAG	4	188	0
AGAGATAAAGAAGAATAGTAGAAAAAAAGA	0	44	1
ATCCTTCTTCAAACAAAAAAAGCTCGATTT	5	68	0
AAAAATACAAAAACAAAAAAATCAACTTAA	1	11	1
        TTAAGCATATAAGTACTACATC	3	2	1
TAATCTTACTAAGAACAAAACG        	0	2	0
TCCCTAATTAAAGAATTGAACGTATATCCT	9	114	0
GCTTAACTTTAAGCATTGAAAGATTCATAA	7	269	1
CAATAGCTAGAAAAATAGTACCTTCAAAAT	0	205	0
TCTTAGCTGCAAGAAAATAACAGGGACAGT	8	253	1
TTGTTTGAAGAAGGATAAAAACGTAATC  	5	82	1
ATAGATAATAAAAAACACAATTAAGAAACT	8	130	0
GATTTTTCAGAAACATTAAAAAAGCTCGGT	5	22	1
AAAGATTCATAAGGAAAAAATTG       	7	287	1
TGTTTCAAAAAAGCACAATAGCTAGAAAAA	0	220	0
AAGAGAGGCGAAGAATTCGAAATCTCATTG	7	23	1
          **********
MAP Score: 18.4959

Motif 3
ATTCAACAACTTTTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTATT	0	57	0
TAAGTTGATTTTTTTGTTTTTGTATTTTTT          	1	0	0
ATCCAAGACTTTATATTTTGTATAATCCTTAAGTTTGCTA	7	210	1
GCCTTTAGATTTCTATTTTTAATACTTCTTTAATTAATAC	3	134	0
GAAGGTACTATTTTTCTAGCTATTGTGCTTTTTTGAAACA	0	210	1
TTTCTTCTCCTTTTGGTAACTGTATTCTTTAGTTGTCTCT	9	64	1
TAAAATTAGTTTATTCTTAATAAGTTTTTTAATTAAAATT	1	47	0
AATCTGCTGTTTTTCTTTAAAAAGTTTCTTAATTGTGTTT	8	108	1
CTTTATTGACTTCTCGTTTTTGTCCTGAATCTGTTTTGAG	3	81	1
AGTTTCTTAATTGTGTTTTTTATTATCTATAGTCTACAAT	8	130	1
       GGTTTACGCTTTGAATTATGATTATCGATTTCA	1	197	0
TACATCTTTTTTCTAATTTAAAAGATTGATAAAGCTCTTC	3	26	1
AAACAATTATTTATATAATATTTTATTTTTAGATTAAAAT	1	81	0
TTTTTTATCATTTTCAAAGCACTCTTGATTTTGAAGGTAC	0	178	1
      CGTTTTGTTCTTAGTAAGATTATAAATGAATCTT	0	4	1
AACAGAAGAGTTGTCTTTCTAATATTCGAAAAAGCATGTC	0	246	1
TCGAAAAAGCATGTCATTATTTTTATTTTTAGATGTCTT 	0	271	1
          ** *  **  * *  *  **
MAP Score: 8.39354

Motif 4
TAGTGGTTTTTTATCATTTTCAAAGCACTCTTGAT	0	172	1
AAGACAACTCTTCTGTTTCAAAAAAGCACAATAGC	0	228	0
ATGTCATTATTTTTATTTTTAGATGTCTT      	0	281	1
AATAAACTAATTTTAATTAAAAAACTTATTAAGAA	1	39	1
TTATATAATATTTTATTTTTAGATTAAAATTAGTT	1	76	0
ACGCTTTGAATTATGATTATCGATTTCAAAAGGTT	1	190	0
ATTGATAAAGCTCTTCTTAGAGAAGAAATGACTTT	3	50	1
TTTGTCCTGAATCTGTTTTGAGAAGTTCTTAAGAT	3	99	1
TCTTAAGATGTATTAATTAAAGAAGTATTAAAAAT	3	125	1
TTCCAAGTATCTATCCTTAAAAATTTTCGAGAGGG	4	70	0
TACTTGGAAACTATGGTTTAAAAAGCTATAGAGGA	4	96	1
TTTTGTTTGCTTGTGTTTCCAGATGAGCAATTGGT	4	196	1
ATCGAGCTTTTTTTGTTTGAAGAAGGATAAAAACG	5	70	1
AAATCTGCTGTTTTTCTTTAAAAAGTTTCTTAATT	8	107	1
GACAGTAATTCGATTTTTCGAGAAGGGAAACTT  	8	277	1
          ** *  **  *****
MAP Score: 7.9565

Motif 5
GATAAAGAAGAATAGTAGAAAAAAAGAACAATA	0	47	1
GAAAAAAAGAACAATAACGAAAAGTTGTTGAAT	0	64	1
GAGTGCTTTGAAAATGATAAAAAACCACTATAA	0	169	0
TGCTTTTTCGAATATTAGAAAGACAACTCTTCT	0	249	0
ACATCTAAAAATAAAAATAATGACATGCTTTTT	0	274	0
         AAAAAATACAAAAACAAAAAAATC	1	1	1
CTAAAAATAAAATATTATATAAATAATTGTTTA	1	89	1
AGCAGTTTAGATAAACATAAAAAATCAAGCTAA	1	124	1
AATCTTTTAAATTAGAAAAAAGATGTAGTACTT	3	20	0
TATTAATTAAAGAAGTATTAAAAATAGAAATCT	3	135	1
ATCTGGAAACACAAGCAAACAAAAATAATTAGT	4	187	0
AATGTTTCTGAAAAATCGAAAAATAGGAA    	5	6	0
TCGATTTTTCAGAAACATTAAAAAAGCTCGGTT	5	20	1
TTTTGTTTGAAGAAGGATAAAAACGTAATC   	5	80	1
      CCTTAATAGCAAAAAGAGAGGCGAAGA	7	4	1
TGAAAGATTCATAAGGAAAAAATTG        	7	285	1
TAGACTATAGATAATAAAAAACACAATTAAGAA	8	133	0
TACAGTTACCAAAAGGAGAAGAAAAGGACTCTG	9	55	0
          * *** * *****
MAP Score: 5.915

Motif 6
GATTCATTTATAATCTTACTAAGAACAAAACG     	0	5	0
TCTACTATTCTTCTTTATCTCTAAGATTCATTTATAA	0	29	0
TAGTGGTTTTTTATCATTTTCAAAGCACTCTTGATTT	0	172	1
TTCTAGCTATTGTGCTTTTTTGAAACAGAAGAGTTGT	0	223	1
AAGAAGAGCTTTATCAATCTTTTAAATTAGAAAAAAG	3	31	0
GGATTCTAAATTGGGGTTCTAGCAACTTCTTGACTTT	4	128	1
CAAAAATAATTAGTCAGTCTCTTAACTTTGGATCTTA	4	164	0
     ACCAATTGCTCATCTGGAAACACAAGCAAACA	4	199	0
   TTCCTATTTTTCGATTTTTCAGAAACATTAAAAA	5	7	1
GATTACGTTTTTATCCTTCTTCAAACAAAAAAAGCTC	5	73	0
       AAGTTTCCCTTCTCGAAAAATCGAATTACT	8	280	0
AGTCCTTTTCTTCTCCTTTTGGTAACTGTATTCTTTA	9	58	1
AGGGAAAGTATTGACTTTTTCCAAACTGGAGATATAA	9	139	1
ATGACAGTGATTGGCCCTCTAAGAAAATATGTTTGGA	9	211	1
          **  *  ***   ****
MAP Score: 5.80323

Motif 7
CTTTAGGTCACTTCAAGATGGTTCTATATGAAGAA	0	106	1
TTAGTTTATTCTTAATAAGTTTTTTAATTAAAATT	1	47	0
CATATAAGTACTACATCTTTTTTCTAATTTAAAAG	3	15	1
TCGTTTTTGTCCTGAATCTGTTTTGAGAAGTTCTT	3	94	1
AAGTATCTATCCTTAAAAATTTTCGAGAGGGATCT	4	66	0
ATAGAGGATTCTAAATTGGGGTTCTAGCAACTTCT	4	123	1
TAGTCAGTCTCTTAACTTTGGATCTTAAAGTCAAG	4	156	0
GCGGTTATGGCCAGAGCCGGGATCGAACCGACGAC	7	139	0
TGCTGTTTTTCTTTAAAAAGTTTCTTAATTGTGTT	8	112	1
GGTAGACGCGCTAGATTCAGGTTCTAGTGAGCTTA	8	197	1
TCCTTCCACCCCAGAGTCCTTTTCTTCTCCTTTTG	9	44	1
CTCTGAGAGTCCAAACATATTTTCTTAGAGGGCCA	9	222	0
          *** *    ******
MAP Score: 5.5943

Motif 8
ATTATAAATGAATCTTAGAGATAAAGAAGA	0	28	1
AGCTATTGTGCTTTTTTGAAACAGAAGAGT	0	227	1
TAATGACATGCTTTTTCGAATATTAGAAAG	0	260	0
CATTATTTTTATTTTTAGATGTCTT     	0	285	1
ATAATATTTTATTTTTAGATTAAAATTAGT	1	77	0
AAAGCATAGGATTCTTAGCTTGATTTTTTA	1	141	0
TGATAAAGCTCTTCTTAGAGAAGAAATGAC	3	52	1
TATCCTTAAAAATTTTCGAGAGGGATCTCG	4	64	0
     TTCCTATTTTTCGATTTTTCAGAAA	5	5	1
CGTTTTTATCCTTCTTCAAACAAAAAAAGC	5	75	0
GAGATTTCGAATTCTTCGCCTCTCTTTTTG	7	19	0
AATTAAGAAACTTTTTAAAGAAAAACAGCA	8	112	0
AAGTTCAAGTCTTCTTAGCTGCAAGAAAAT	8	241	1
CAGTAATTCGATTTTTCGAGAAGGGAAACT	8	279	1
TATACGTTCAATTCTTTAATTAGGGAAAGT	9	118	1
GTCTATCGACAGTTTTCGAGGCAAAATTAT	9	172	0
CCAAACATATTTTCTTAGAGGGCCAATCAC	9	217	0
          **********
MAP Score: 4.44159