AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237755
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dcd	121	dCTP Deaminase
#1	CPn0507	117	CT421.1 hypothetical protein
#2	CPn0509	31	predicted Metalloenzyme
#3	CPn0513	231	Fe-S oxidoreductase
#4	CPn0708	33	CT668 hypothetical protein
#5	CPn0710	21	CT666 hypothetical protein
#6	CPn0711	46	CT665 hypothetical protein
#7	CPn0713	300	CT663 hypothetical protein
#8	CPn0814	169	CT573 hypothetical protein
#9	serS	43	Seryl tRNA Synthetase-2

Motif 1
TTTGTCACATGTTTTTTTTTGGCAGCAATCT	3	155	0
TTTATAAATTGATTTTTTTTGTTTTTTAAGT	8	56	1
GATTCAGCTCGATTTTTCTTGTGGCCTCTTG	7	88	1
          GTTTGTTTTTCTCTATGGGAA	2	0	1
TCTAAAACCTGCTTTTTCTTCCTTTAAATCG	7	216	0
AGCATTGAGCGCTTTTCTTTGCTCATCTTTT	7	132	0
ACAGTAAAACGGTTTTTTTGCTTT       	4	19	1
ACGCAGCAATGGTTGTCTTTGTTCCCTGAGG	7	265	0
GTAAAAGAAGAGTTTTTTTTCAAGAAGATGA	1	16	0
AGCGCTCAATGCTGTTTCTGCAAATAAGAAA	7	150	1
TTTTCAATTTACTGGTTTTTGGGGGGAACTT	0	54	0
TTGGCAGCAATCTGGTTTTTGACACCCTTTA	3	137	0
          * *********
MAP Score: 14.8496

Motif 2
TTTCTAAGTATAAGATAGACTTTGATTATCTCTTGAA	0	18	0
CAGTAAATTGAAAAACAGAATATCATTAAGAAAGCAA	0	71	1
AAGGATAGTAAAAGAAGAGTTTTTTTTCAAGAAGATG	1	17	0
TTTGTTTTTCTCTATGGGAATTTCATTCGC       	2	11	1
CTTTTAAAACAGTAAAACGGTTTTTTTGCTTT     	4	11	1
ATTGGGGTTTATTAATTATTTATATTTAGGTAGATAT	6	16	1
GCTCGGGTTAATTGATAGATTATAATTATTCTTGTTA	7	49	1
TGTTATGGATTCAGCTCGATTTTTCTTGTGGCCTCTT	7	81	1
CAGAAACAGCATTGAGCGCTTTTCTTTGCTCATCTTT	7	133	0
TCTGCAAATAAGAAATCGTTTTTATTTTTAAAGTTCG	7	166	1
TCTCATTTCTAAAACCTGCTTTTTCTTCCTTTAAATC	7	217	0
         ATTAAATTGGATTTAGTTTTTAAATTTA	8	1	1
GTTTTTAAATTTAAATTGAATTTAATTTGTTTTTATA	8	25	1
ATTTGTTTTTATAAATTGATTTTTTTTGTTTTTTAAG	8	49	1
ACCAGCTTCTTTCGATAGGTTATAGTTTTGTGAGTTT	8	126	1
          * ***  *  ***  **
MAP Score: 13.0068

Motif 3
TCTTAATGATATTCTGTTTTTCAATTTACTGGTTTT	0	66	0
TTATAAATTGATTTTTTTTGTTTTTTAAGTTATCTT	8	57	1
TTATCTTATAACTTTATTTTTAACCTGCCCCTCACT	8	86	1
AGGGATGGGTATTCTACTTGTAGGTTCCCATTTGCT	3	86	1
TTGAAAAAAAACTCTTCTTTTACTATCCTTTTTCTT	1	24	1
ATTCAGCTCGATTTTTCTTGTGGCCTCTTGTTCTTT	7	89	1
ATAACTCGATATTGAATTTTTTAATTTCTCCAGACA	1	89	0
ATTAAATTGGATTTAGTTTTTAAATTTAAATTGAAT	8	10	1
AAACAGTAAAACGGTTTTTTTGCTTT          	4	17	1
ATAGATTATAATTATTCTTGTTATGGATTCAGCTCG	7	63	1
TAAGAAATCGTTTTTATTTTTAAAGTTCGTATTGGC	7	174	1
GTTTTGTCACATGTTTTTTTTTGGCAGCAATCTGGT	3	152	0
TTTAAATTGAATTTAATTTGTTTTTATAAATTGATT	8	34	1
CGCAGCAATGGTTGTCTTTGTTCCCTGAGGAATGGA	7	259	0
ATTGGGGTTTATTAATTATTTATATTTAGGTAGATA	6	16	1
GCTTTTCTTTGCTCATCTTTTTCATTATAAAGAACA	7	117	0
          *** * *****    *
MAP Score: 10.5259

Motif 4
CAGTTTGAAATTGCTTTCTTAATGATATTCTGTTTTTCAATTTACTG	0	71	0
       GTTTGTTTTTCTCTATGGGAATTTCATTCGC         	2	3	1
CTTTTTCTCGTAATCTGCTGTGCCACAGTATTGTTAGGTCTAGGGAT	3	45	1
GGATGGGTATTCTACTTGTAGGTTCCCATTTGCTTGGCAGGCCCCTC	3	88	1
AGCACAGTGCTCTGTTTTGTCACATGTTTTTTTTTGGCAGCAATCTG	3	154	0
  CCAAGTATTGGGGTTTATTAATTATTTATATTTAGGTAGATATTC	6	8	1
ATGGGCGTGCTCGGGTTAATTGATAGATTATAATTATTCTTGTTATG	7	41	1
TGGATTCAGCTCGATTTTTCTTGTGGCCTCTTGTTCTTTATAATGAA	7	86	1
AAATAAGAAATCGTTTTTATTTTTAAAGTTCGTATTGGCATAACTCG	7	171	1
    ATTAAATTGGATTTAGTTTTTAAATTTAAATTGAATTTAATTT	8	6	1
TTGAATTTAATTTGTTTTTATAAATTGATTTTTTTTGTTTTTTAAGT	8	40	1
TAGGTTATAGTTTTGTGAGTTTCATCGCTCTGCTTTGG         	8	141	1
          * *  **   *       * *  ** *
MAP Score: 6.66658

Motif 5
GAATATCATTAAGAAAGCAATTTCAAACTGTTAA	0	88	1
          AAGACGTCATCTTCTTGAAAAAAA	1	0	1
GGAGAAATTAAAAAATTCAATATCGAGTTATTT 	1	94	1
AAAGGGTGTCAAAAACCAGATTGCTGCCAAAAAA	3	138	1
    AAAGCAAAAAAACCGTTTTACTGTTTTAAA	4	13	0
TTCTGCAAATAAGAAATCGTTTTTATTTTTAAAG	7	165	1
CTCATTTCTAAAACCTGCTTTTTCTTCCTTTAAA	7	219	0
TCAGGGAACAAAGACAACCATTGCTGCGTTGGAA	7	267	1
TAAAAAACAAAAAAAATCAATTTATAAAAACAAA	8	50	0
          *****  *  ****
MAP Score: 0.12913