AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i CP/CP_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237774 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 dcd 121 dCTP Deaminase #1 proS 299 Prolyl tRNA Synthetase #2 hrcA 91 HTH Transcriptional Repressor #3 dnaK 29 Heat Shock Protein-70 #4 vacB 270 ribonuclease family #5 CPn0506 62 CT421 hypothetical protein #6 CPn0507 117 CT421.1 hypothetical protein #7 CPn0509 31 predicted Metalloenzyme #8 rsbV_1 164 Sigma Regulatory Factor #9 CPn0512 61 CT425 hypothetical protein #10 CPn0513 231 Fe-S oxidoreductase #11 CPn0708 33 CT668 hypothetical protein #12 CPn0710 21 CT666 hypothetical protein #13 CPn0711 46 CT665 hypothetical protein #14 CPn0713 300 CT663 hypothetical protein #15 mutL 222 DNA Mismatch Repair #16 CPn0814 169 CT573 hypothetical protein #17 serS 43 Seryl tRNA Synthetase-2 Motif 1 TAGACTTTGATTATCTCTTGAAAAGACCAG 0 7 0 AAAGTCTATCTTATACTTAGAAAAGTTCCCCCC 0 32 1 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TTTCTAAATAAAAACAAAAATATAATTAAAATAATACAT 1 76 1 TTTAAATTTAAAAACTAAATCCAATTTAAT 16 1 0 CATCTTCTTGAAAAAAAACTCTTCTTTTACTATCCTTTT 6 17 1 TCTAATTCCTAAAATAAAATTATTTTGTATTTATGAATC 15 13 1 GGGCAGGTTAAAAATAAAGTTATAAGATAACTTAAAAAA 16 77 0 TGAAACTCACAAAACTATAACCTATCGAAAGAAGCTGGT 16 126 0 TTAAAGGAAGAAAAAGCAGGTTTTAGAAATGAGATTGTT 14 220 1 AAACATCACCAATAAAAATCTCTTTGCAAAAAAGCTAAA 8 83 1 AGTTCCCCCCAAAAACCAGTAAATTGAAAAACAGAATAT 0 55 1 TATCTACCTAAATATAAATAATTAATAAACCCCAATACT 13 13 0 CTTTATAATGAAAAAGATGAGCAAAGAAAAGCGCTCAAT 14 121 1 TTTAGTTTTTAAATTTAAATTGAATTTAATTTGTTTTTA 16 21 1 CGAACTTTAAAAATAAAAACGATTTCTTATTTGCAGAAA 14 164 0 GATTAATTAAAATAATAAAAATATTATTATCAATAGGCT 15 82 0 GAGCAGTCTCAAATTCAAAGCCAATTGTACTAAAGAAGC 4 128 0 **** ** * * ** MAP Score: 16.8476 Motif 4 TTTTGTTTTTATTTAGAAATTTAATAATCTCAACTTATAA 1 55 0 TTTATGAATCAATTTTAAAATTAATCTTTTTCTAAAAACA 15 42 1 TTCAATTTAAATTTAAAAACTAAATCCAATTTAAT 16 5 0 GCCAATACGAACTTTAAAAATAAAAACGATTTCTTATTTG 14 170 0 CGATCTAATTCCTAAAATAAAATTATTTTGTATTTAT 15 7 1 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*** MAP Score: 8.12165 Motif 8 ATACTTAGAAAAGTTCCCCCCAAAAACCAGT 0 44 1 CTGTGTTAAGATACCTCCTTCATAGCTAAAC 1 175 1 CTGAAGATAACAGCCCCACTCT 1 287 1 TCTTTGATCGCTGCCCTCCTCGTAAAAAAGT 2 11 1 GAATTTGAGACTGCTCCTTTCATAATCACAA 4 151 1 AAAGAAACAAATGCCCATTTCCTCATATCTT 5 30 1 CGATCCCATCCTGCCTCCCCCCAATCGAAAT 8 48 1 AAGTCATATAAAGCCTCCCTCTTACT 9 45 1 TACAAGTAGAATACCCATCCCTAGACCTAAC 10 77 0 TTTGCTTGGCAGGCCCCTCTCTAAAGGGTGT 10 116 1 TAACCCGAGCACGCCCATTCCCTCACAGACA 14 28 0 TATTTTTAACCTGCCCCTCACTATGTACCAG 16 100 1 CACTATGTACCAGCTTCTTTCGATAGGTTAT 16 118 1 * ********* MAP Score: 7.6726 Motif 9 TGTTAAGATACCTCCTTCATAGCTAAACTAA 1 178 1 TTGATCGCTGCCCTCCTCGTAAAAAAGTTAG 2 14 1 AGGAAGTTTCCCATCCTCTTATGAGGATGGG 4 39 0 GAAAACAGTTCCATTCTCTTATTCTCTGATC 4 78 1 AAACAAATGCCCATTTCCTCATATCTTGCAG 5 34 1 CTTTTACTATCCTTTTTCTTATAAAGTACTC 6 40 1 ATAAAGTACTCCGTATCCTCAATTTCCGTTG 6 60 1 TCATATAAAGCCTCCCTCTTACT 9 48 1 GCTTGGCAGGCCCCTCTCTAAAGGGTGTCAA 10 119 1 CCGAGCACGCCCATTCCCTCACAGACATCAG 14 24 0 TTATTTTTAACCTGCCCCTCACTATGTACCA 16 99 1 ** ******** MAP Score: 7.63148 Motif 10 CTTTTCTAAGTATAAGATAGACTTTGATTATCTCTTGAA 0 18 0 TGAAATTGCTTTCTTAATGATATTCTGTTTTTCAATTTA 0 74 0 ATTAAGTGTATACTTATTAATCTTTTATTTTTGTAATTG 1 17 0 TATTATTTTAATTATATTTTTGTTTTTATTTAGAAATTT 1 73 0 TCAAAATTTTCAATTTAAGTTTCTCTATTCCCATCC 4 7 1 AATTGATAGATTATAATTATTCTTGTTATGGATTCAGCT 14 58 1 TTTCTGCAAATAAGAAATCGTTTTTATTTTTAAAGTTCG 14 164 1 GTTTTTATTTTTAAAGTTCGTATTGGCATAACTCGATTT 14 183 1 GATTCATAAATACAAAATAATTTTATTTTAGGAATTAGA 15 13 0 TGAATCAATTTTAAAATTAATCTTTTTCTAAAAACAAGC 15 46 1 AACAAGCCTATTGATAATAATATTTTTATTATTTTAATT 15 78 1 ATTTTTATTATTTTAATTAATCTTTTTCTAACCCGTTCA 15 99 1 ATTAAATTGGATTTAGTTTTTAAATTTAA 16 0 1 ATAAAAACAAATTAAATTCAATTTAAATTTAAAAACTAA 16 22 0 TAATTTGTTTTTATAAATTGATTTTTTTTGTTTTTTAAG 16 47 1 GAGGGGCAGGTTAAAAATAAAGTTATAAGATAACTTAAA 16 80 0 ** **** * ** * MAP Score: 3.09429 Motif 11 AAAAACCAGTAAATTGAAAAACAGAATATCATTAAGAAA 0 65 1 CTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATAAGTATACACTT 1 14 1 ATTTCTAAATAAAAACAAAAATATAATTAAAATAATACA 1 75 1 AACCCACTTAAAAGGGAAAATTTTGTTGAGCCACTCAGT 4 182 1 TTGTCTGGAGAAATTAAAAAATTCAATATCGAGTTATTT 6 88 1 CTCTTTGCAAAAAAGCTAAAGATTTATCAGAGTGAAAAC 8 102 1 GCTTTTAAAACAGTAAAACGGTTTTTTTGCTTT 11 7 1 TACGAACTTTAAAAATAAAAACGATTTCTTATTTGCAGA 14 166 0 CGATCTAATTCCTAAAATAAAATTATTTTGTATTT 15 6 1 GATTAATTAAAATAATAAAAATATTATTATCAATAGGCT 15 82 0 CGTTCATTTTTAAGGAAAAATGGAAATTAGACGGAAGCT 15 132 1 ATTTAGTTTTTAAATTTAAATTGAATTTAATTTGTTTTT 16 20 1 TAACTTAAAAAACAAAAAAAATCAATTTATAAAAACAAA 16 50 0 *** **** ** * MAP Score: 2.97115