AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238053
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	glgP	247	Glycogen Phosphorylase
#1	yscU	300	Yop Translocation Protein U
#2	lcrE	28	Low Calcium Response E
#3	glgX	132	Glycogen Hydrolase (debranching)
#4	yqeV	100	Hypothetical Protein
#5	glgC	117	Glucose-1-P Adenyltransferase
#6	glgA	300	Glycogen Synthase

Motif 1
TCTCCTGAGTAAAAAATTAAATAATTTTAATCTG	0	15	1
TAAATTTTAATAAAATTAAAATAATATCTATAAA	0	75	0
GAACTAGAGAAAGACTATAAATAAAATTAGTTGA	0	109	0
CGAAATTTGAAAAAAAAAAAAGAACTTCGCCTTG	0	183	0
GAGTGCTTTGAAAATGATAAAAAACCACTATAAT	1	28	1
AGTAGAAAAAAAGAACAATAACGAAAAGTTGTTG	1	136	0
AGAGATAAAGAAGAATAGTAGAAAAAAAGAACAA	1	152	0
TGTTCTTAGTAAGATTATAAATGAATCTTAGAGA	1	181	0
TGAGAAAAACAAGAGCATAAGGTAATTTGCAGAT	1	235	1
AGGCCAACACAACAAAACAAATAAATTTTGTTAA	5	46	0
AATTTAATTTTAAATTAGAAACAAATAAAAAGGC	5	76	0
TACAGTTACCAAAAGGAGAAGAAAAGGACTCTGG	6	78	1
TGAAAATAGGAAAATGATAAAAAACTCTCTTTTT	6	215	1
GTAAAATCTCAAGACCAAAAAAGAGAGTTTTTTA	6	232	0
          ****  * *** **
MAP Score: 15.7744

Motif 2
TCTGTCTATATAATTGTTGTCAATAATATTTTTATAG	0	45	1
AGATATTATTTTAATTTTATTAAAATTTATCAACTAA	0	80	1
AATTTATCAACTAATTTTATTTATAGTCTTTCTCTAG	0	103	1
GGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAATTTCGCATATG	0	186	1
TTTCAAAGCACTCTTGATTTTGAAGGTACTA      	1	4	0
TTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTATTCTTCTTTAT	1	145	1
TCTACTATTCTTCTTTATCTCTAAGATTCATTTATAA	1	164	1
CCTTATGCTCTTGTTTTTCTCAAGAGTGAAGCCCAAA	1	220	0
TTGTAATAGATTGTTGTTGTTTCAAGTTACCATAAGA	3	22	1
TACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAGCCTCTGAAATCGT	3	74	0
AATAATTAAATTCTTTTTAATAAATATGTTCTAGAAA	5	10	0
GTTGGCCTTTTTATTTGTTTCTAATTTAAAATTAAAT	5	72	1
AAAACTCTCTTTTTTGGTCTTGAGATTTTACCTTCGC	6	235	1
          ** *** * ** *   *
MAP Score: 14.1772

Motif 3
TTACCTTATGCTCTTGTTTTTCTCAAGAGT	1	230	0
TTTCAAAGCACTCTTGATTTTGAAGGTACT	1	11	0
TGATAAAAAACTCTCTTTTTTGGTCTTGAG	6	229	1
TTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTATTCT	1	145	1
CAAGGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAAT	0	183	1
TTAATAGGCTCTCTTTTATTTACCAAGGCG	0	160	1
ATACGTTCAATTCTTTAATTAGGGAAAGTA	6	17	0
TAAAATATCACTCTTTTTCTCACTAACAAA	4	36	0
AGTCCTTTTCTTCTCCTTTTGGTAACTGTA	6	78	0
TTTACCTTCGCCCTTGATATGGGATATTTT	6	261	1
ATCAAAAACTCCCTTGTATTTCTGGCGCCG	3	93	1
AACTATTAAGCTCTCTTAATAGGCTCTCTT	0	145	1
TCTACTATTCTTCTTTATCTCTAAGATTCA	1	164	1
GGTAACTGTATTCTTTAGTTGTCTCTTCTT	6	58	0
ACCTAATACTTTCTTCATATAGAACCATCT	1	79	1
TTTATAGTCTTTCTCTAGTTCAGAACTATT	0	122	1
TTGTGTTGGCCTTTTTATTTGTTTCTAATT	5	68	1
 GAGGGAATCTCCTTGTAATAGATTGTTGT	3	9	1
CCATCTAGAACCCTCCATATGCGAAATTTG	0	208	0
CCGAATATAGTCCTCTTAATCGAACCTTGG	1	273	1
TACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAGCCTCTG	3	81	0
          **********
MAP Score: 13.9203

Motif 4
AGAGCCTATTAAGAGAGCTTAATAGTTCTGA	0	141	0
TGGTAAATAAAAGAGAGCCTATTAAGAGAGC	0	154	0
CTTCAAAATCAAGAGTGCTTTGAAAATGATA	1	16	1
CTTTATCTCTAAGATTCATTTATAATCTTAC	1	176	1
AAGTTACCATAAGAGTGATTTGTTAGTAAAC	3	45	1
CCAGAAATACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAG	3	87	0
TAGTGAGAAAAAGAGTGATATTTTAAAATAG	4	41	1
AGATTTAGCGATGAGTGGCTATTTTAAAATA	4	59	0
CCTTCCACCCCAGAGTCCTTTTCTTCTCCTT	6	90	0
TCAAAAACTGAAGATTCGTTAAACTAATGCC	6	187	0
AAGACCAAAAAAGAGAGTTTTTTATCATTTT	6	225	0
          ******* ***
MAP Score: 11.8646

Motif 5
AGAATAGTAGAAAAAAAGAACAATAACGAAAAGTTGTTGAAT	1	133	0
GAAACAAATAAAAAGGCCAACACAACAAAACAAATAAATTTT	5	51	0
TCAGTTTTTGAAAATAGGAAAATGATAAAAAACTCTCTTTTT	6	207	1
GGGCGAAGGTAAAATCTCAAGACCAAAAAAGAGAGTTTTTTA	6	232	0
CTCCATATGCGAAATTTGAAAAAAAAAAAAGAACTTCGCCTT	0	184	0
GTTAGTGAGAAAAAGAGTGATATTTTAAAATAGCCACTCATC	4	39	1
GAGTGCTTTGAAAATGATAAAAAACCACTATAATCGATTGAA	1	28	1
AAATTTTAATAAAATTAAAATAATATCTATAAAAATATTATT	0	66	0
ATGGTAACTTGAAACAACAACAATCTATTACAAGGAGATTCC	3	13	0
TCCTATTTTCAAAAACTGAAGATTCGTTAAACTAATGCCTTT	6	184	0
AATTTAAAATTAAATTAGAACAGGCGAATACAA         	5	94	1
CTCCTGAGTAAAAAATTAAATAATTTTAATCTGTCTATATAA	0	16	1
          ****    ** *      ** *
MAP Score: 11.6539

Motif 6
GATTAAAATTATTTAATTTTTTACTCAGGAGAA	0	14	0
TAATCTGTCTATATAATTGTTGTCAATAATATT	0	42	1
GTTGTCAATAATATTTTTATAGATATTATTTTA	0	60	1
ATAGATATTATTTTAATTTTATTAAAATTTATC	0	78	1
TATCAACTAATTTTATTTATAGTCTTTCTCTAG	0	107	1
ACCAAGGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAATT	0	181	1
CTTCAATCGATTATAGTGGTTTTTTATCATTTT	1	38	0
GGTCACTTCAAGATGGTTCTATATGAAGAAAGT	1	86	0
ATTCAACAACTTTTCGTTATTGTTCTTTTTTTC	1	133	1
TCCTTGTAATAGATTGTTGTTGTTTCAAGTTAC	3	19	1
AATACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAGCCTCTGA	3	80	0
CTATTTTAAAATATCACTCTTTTTCTCACTAAC	4	39	0
ATTAAAAAGAATTTAATTATTTAACAAAATTTA	5	26	1
ATTTAACAAAATTTATTTGTTTTGTTGTGTTGG	5	44	1
AATTGAACGTATATCCTTCTTGTAAGAAGAGAC	6	35	1
GTTTTTTATCATTTTCCTATTTTCAAAAACTGA	6	207	0
          ****  ** ****
MAP Score: 7.8532

Motif 7
TAGACAGATTAAAATTATTTAATTTTTTACTCAG	0	19	0
ATTGTTGTCAATAATATTTTTATAGATATTATTT	0	57	1
ATTTTTATAGATATTATTTTAATTTTATTAAAAT	0	72	1
AATTTTATTTATAGTCTTTCTCTAGTTCAGAACT	0	115	1
TTACCAAGGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAAT	0	179	1
TTCAAAATCAAGAGTGCTTTGAAAATGATAAAAA	1	17	1
TCAATCGATTATAGTGGTTTTTTATCATTTTCAA	1	35	0
ACAATAACGAAAAGTTGTTGAATTTAGCAATACT	1	122	0
ACTTTTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTATTCT	1	141	1
TTTATCTCTAAGATTCATTTATAATCTTACTAAG	1	177	1
AGTTACCATAAGAGTGATTTGTTAGTAAACGATT	3	46	1
GAAATACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAGCCTCTG	3	81	0
AGTGAGAAAAAGAGTGATATTTTAAAATAGCCAC	4	42	1
TTATTTAACAAAATTTATTTGTTTTGTTGTGTTG	5	42	1
CTTCCACCCCAGAGTCCTTTTCTTCTCCTTTTGG	6	86	0
ACCAAAAAAGAGAGTTTTTTATCATTTTCCTATT	6	219	0
          *****  ***  **
MAP Score: 5.55541

Motif 8
AAAAAAGAACTTCGCCTTGGTAAATAAAAG	0	172	0
CAAGGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAAT	0	183	1
CTTTTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTAT	1	142	1
TTTTCTACTATTCTTCTTTATCTCTAAGAT	1	161	1
CCCAAACGTTTTGTTCTTAGTAAGATTATA	1	196	0
    GAGGGAATCTCCTTGTAATAGATTGT	3	6	1
TTGTAATAGATTGTTGTTGTTTCAAGTTAC	3	22	1
TTTTGTTGTGTTGGCCTTTTTATTTGTTTC	5	63	1
     TTGTATTCGCCTGTTCTAATTTAAT	5	102	0
TGAACGTATATCCTTCTTGTAAGAAGAGAC	6	38	1
AGTCCTTTTCTTCTCCTTTTGGTAACTGTA	6	78	0
ACTCTCTTTTTTGGTCTTGAGATTTTACCT	6	238	1
AGATTTTACCTTCGCCCTTGATATGGGATA	6	257	1
          **********
MAP Score: 2.87446