AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238080
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	glgP	247	Glycogen Phosphorylase
#1	yscU	300	Yop Translocation Protein U
#2	lcrE	28	Low Calcium Response E
#3	glgX	132	Glycogen Hydrolase (debranching)
#4	yqeV	100	Hypothetical Protein
#5	phnP	221	Metal Dependent Hydrolase
#6	CPn0480	32	CT383 hypothetical protein
#7	artJ	98	Arginine Periplasmic Binding Protein
#8	glgC	117	Glucose-1-P Adenyltransferase
#9	CPn0608	59	Uridine 5'-Monophosphate Synthase
#10	glgA	300	Glycogen Synthase

Motif 1
GGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAATTTCGCATATGGA	0	186	1
AATTTATTTGTTTTGTTGTGTTGGCCTTTTTATTTGTTT	8	53	1
AAAGAGAGTTTTTTATCATTTTCCTATTTTCAAAAACTG	10	208	0
AAAAACTCTCTTTTTTGGTCTTGAGATTTTACCTTCGCC	10	234	1
ATTGTTCTTTTTTTCTACTATTCTTCTTTATCTCTAAGA	1	151	1
TAGATATTATTTTAATTTTATTAAAATTTATCAACTAAT	0	79	1
AATTCAACAACTTTTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTA	1	132	1
       TTGTATTCGCCTGTTCTAATTTAATTTTAAAT	8	95	0
TGAGTGGCTATTTTAAAATATCACTCTTTTTCTCACTAA	4	40	0
TGACTAATTATTTTTGTTTGCTTGTGTTTCCAGATGAGC	5	185	1
TTATTCAAAGTTAAAACTTTTTCGAGTTTGATGTATTTA	7	12	1
AGGCATTAGTTTAACGAATCTTCAGTTTTTGAAAATAGG	10	186	1
ACGCTAAATTCTATCATGTGTTAAAGTTTACATAAAAAA	7	52	0
AATCTCCTTGTAATAGATTGTTGTTGTTTCAAGTTACCA	3	15	1
ATATAGACAGATTAAAATTATTTAATTTTTTACTCAGGA	0	17	0
          ****    * **    ***
MAP Score: 19.4524

Motif 2
TTACCTTATGCTCTTGTTTTTCTCAAGAGTG	1	229	0
TTAATAGGCTCTCTTTTATTTACCAAGGCGA	0	160	1
TTTCAAAGCACTCTTGATTTTGAAGGTACTA	1	10	0
CAAGGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAATT	0	183	1
TTCTAGCAACTTCTTGACTTTAAGATCCAAA	5	144	1
ATCAAAAACTCCCTTGTATTTCTGGCGCCGT	3	93	1
TTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTATTCTT	1	145	1
TGATAAAAAACTCTCTTTTTTGGTCTTGAGA	10	229	1
ATAAGTGAGTTTTTTGTATTTTGTCAAAAAC	9	20	1
CACCCCAGAGTCCTTTTCTTCTCCTTTTGGT	10	85	0
TATTTTTGTTTGCTTGTGTTTCCAGATGAGC	5	193	1
TAAAATATCACTCTTTTTCTCACTAACAAAG	4	35	0
TACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAGCCTCTGA	3	80	0
TTTATAGTCTTTCTCTAGTTCAGAACTATTA	0	122	1
ATTAGTCAGTCTCTTAACTTTGGATCTTAAA	5	162	0
TCTACTATTCTTCTTTATCTCTAAGATTCAT	1	164	1
GTTGTGTTGGCCTTTTTATTTGTTTCTAATT	8	67	1
AGTTAAAACTTTTTCGAGTTTGATGTATTTA	7	20	1
ATACGTTCAATTCTTTAATTAGGGAAAGTAT	10	16	0
GGTAACTGTATTCTTTAGTTGTCTCTTCTTA	10	57	0
          ******* ***
MAP Score: 13.5215

Motif 3
AGATTAAAATTATTTAATTTTTTACTCAGGAGA	0	15	0
AATATTTTTATAGATATTATTTTAATTTTATTA	0	69	1
CAAGGCGAAGTTCTTTTTTTTTTTTCAAATTTC	0	183	1
TTATAGTGGTTTTTTATCATTTTCAAAGCACTC	1	28	0
CAACTTTTCGTTATTGTTCTTTTTTTCTACTAT	1	139	1
TTGTAATAGATTGTTGTTGTTTCAAGTTACCAT	3	22	1
AGAGACTGACTAATTATTTTTGTTTGCTTGTGT	5	179	1
GAGTTTGATGTATTTATTTTTTTATGTAAACTT	7	35	1
TTAACAAAATTTATTTGTTTTGTTGTGTTGGCC	8	46	1
TGTGTTGGCCTTTTTATTTGTTTCTAATTTAAA	8	69	1
TATAAGTGAGTTTTTTGTATTTTGTCAAAAACG	9	19	1
CAGAGTCCTTTTCTTCTCCTTTTGGTAACTGTA	10	78	0
AAAAGAGAGTTTTTTATCATTTTCCTATTTTCA	10	215	0
          ** ** ** ****
MAP Score: 12.2448

Motif 4
AGAGCCTATTAAGAGAGCTTAATAGTTCTGA	0	141	0
TGGTAAATAAAAGAGAGCCTATTAAGAGAGC	0	154	0
CTTCAAAATCAAGAGTGCTTTGAAAATGATA	1	16	1
AAGTTACCATAAGAGTGATTTGTTAGTAAAC	3	45	1
CCAGAAATACAAGGGAGTTTTTGATTTTAAG	3	87	0
TAGTGAGAAAAAGAGTGATATTTTAAAATAG	4	41	1
TTTCCCTTATAAGTGAGTTTTTTGTATTTTG	9	12	1
AAGACCAAAAAAGAGAGTTTTTTATCATTTT	10	225	0
          ******* ***
MAP Score: 11.7794

Motif 5
AAATTAAATAATTTTAATCTGTCTATATAATTGTTGTC	0	28	1
TAGTTCAGAACTATTAAGCTCTCTTAATAGGCTCTCTT	0	137	1
CAAATTTCGCATATGGAGGGTTCTAGATGGTATTTGAA	0	208	1
TACTTTCTTCATATAGAACCATCTTGAAGTGACCTAAA	1	85	1
ATCGCTAAATCTATTGAAGTCTCTAGAGGTAT      	4	78	1
CACGAGATCCCTCTCGAAAATTTTTAAGGATAGATACT	5	62	1
TAGAACCCCAATTTAGAATCCTCTATAGCTTTTTAAAC	5	111	0
AATTATTCAAAGTTAAAACTTTTTCGAGTTTGATGTAT	7	10	1
TTGTCAAAAACGGTCGGAGGCTCTGGAGA         	9	40	1
GAAAGGCATTAGTTTAACGAATCTTCAGTTTTTGAAAA	10	183	1
TTCGCCCTTGATATGGGATATTTTATAGCTTTAGGGAG	10	267	1
          ** * **    ***  **
MAP Score: 3.35529

Motif 6
AGAACTTCGCCTTGGTAAATAAAAGAGAGC	0	167	0
TAGCAATACTTTAGGTCACTTCAAGATGGT	1	102	0
TTAATCGAACCTTGGCAACAGC        	1	288	1
AAATCACTCTTATGGTAACTTGAAACAACA	3	36	0
AGGATAGATACTTGGAAACTATGGTTTAAA	5	88	1
TTCTTCTCCTTTTGGTAACTGTATTCTTTA	10	71	0
TGCCTTACCGCTTGGCCACACCCCAACAGA	10	155	1
          **********
MAP Score: 1.22278