AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons028_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238397
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	groEL_1	41	Heat Shock Protein-60
#1	groES	117	10 KDa Chaperonin
#2	groEL_2	110	heat shock protein-60
#3	groEL_3	300	Heat shock protein-60

Motif 1
        GTTTTTAGCACTTAAAATTATTGAGTG	1	2	1
TGTGCAATAATTTTAGCACTCAATAATTTTAAGTG	1	18	0
AGTGCTAAAATTATTGCACAAAAAAAAACGCTTTG	1	33	1
TAGCAAAGTCTCTTAGAACGTAAAACATAAGGAGC	1	86	1
CAATTGCATTTTAGTTCTCTTAAAAAAGAGGTTAT	3	24	0
TAAAATGCAATTGCATCTCTCAAAAACGACTAAGA	3	46	1
TGCGCACTTCTCGCTTACCATAAAATCTTCTTTCG	3	102	1
CCATAAAATCTTCTTTCGCTTAAACTAAGGATTCT	3	119	1
TACTGAAGGTATTGTGAACTAAAAAACGACTTGGT	3	242	1
          **  *** *  ****
MAP Score: 10.0428

Motif 2
TCAATAATTTTAAGTGCTAAAAAC        	1	2	0
TTAAAATTATTGAGTGCTAAAATTATTGCACA	1	21	1
AGTGCTAAAATTATTGCACAAAAAAAAACGCT	1	33	1
TTTGTTATCGTGATTGCAGAAATAGCAAAGTC	1	64	1
GCAAAGTCTCTTAGAACGTAAAACATAAGGAG	1	88	1
   ATTAGGTTGATTACATAACCTCTTTTTTA	3	7	1
CTCTTTTTTAAGAGAACTAAAATGCAATTGCA	3	29	1
CTGAAGGTATTGTGAACTAAAAAACGACTTGG	3	244	1
          *******  ***
MAP Score: 6.04195

Motif 3
CACTCAATAATTTTAAGTGCTAAAAAC      	1	4	0
CACTTAAAATTATTGAGTGCTAAAATTATTGCA	1	18	1
AAGCGTTTTTTTTTGTGCAATAATTTTAGCACT	1	33	0
GCTCCTTATGTTTTACGTTCTAAGAGACTTTGC	1	88	0
GTAGAGGATCTTAAGTGTTCTTG          	2	0	0
AACCTCTTTTTTAAGAGAACTAAAATGCAATTG	3	26	1
GTCTCTAGAATTATGCGCACTTCTCGCTTACCA	3	89	1
CTACTGAAGGTATTGTGAACTAAAAAACGACTT	3	241	1
          ***** *  ****
MAP Score: 5.11049