AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons036_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238595
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ycaH	197	ATPase
#1	gltX	255	Glutamyl-tRNA Synthetase
#2	pcnB_1	29	Poly A Polymerase
#3	clpP_2	178	CLP Protease Subunit
#4	pcnB_2	300	Poly A Polymerase

Motif 1
        TACACCATTTTTCTTTTTGAGA	0	2	1
TTTTGTTTAACACAATTTTTTAATTAAGCT	0	52	1
GCTTTGTAAACTTGATTTTTAATCTTTTCT	0	79	1
GCACGAAAATCATGCTTTTTAAAAGATCAC	0	147	0
    CTCGCTCTCGATTTTTCGATTTTCTA	1	6	1
AATATCCTTTCGTGATTTTTTTGAGAAACT	1	105	1
TGAGAAACTCCTTAATTTTTTATTAAATTA	1	126	1
AAGGAGTTTCTTTTATTTTTGGATTTATGC	1	155	1
ACATTAAAATCTCGAATTCTATGTTTAAGA	3	45	0
TTTTTTATTCCATGCTTTTTACATCCTTTC	4	39	1
ATGCTTTTTACATCCTTTCTGCTCCCCAGG	4	50	1
AGAGATTCCTCTTCAATTTTTAATTATATA	4	142	0
ATCTTTTGTTTTTCATTTTTATCCTTGAAA	4	181	1
TTTGCGTCTACTTCCATTTTAAAATCCCAA	4	231	0
GCAAACTACACACTCTTTTTCTTCCAAGAC	4	256	1
          **********
MAP Score: 17.4643

Motif 2
TGAGATCAAATTAATTATATTAGTTTTTTGTTTAACACA	0	27	1
TTTAACACAATTTTTTAATTAAGCTTTGTAAACTTGATT	0	57	1
ATTGTGATCTTTTAAAAAGCATGATTTTCGTGCAAAGAA	0	144	1
  TGTTCCTCTTTTAAACGCACGAATTTCTTTGCACGAA	0	170	0
TTTTTCGATTTTCTACTTACAACATTGTTGATTAACTAC	1	21	1
CCTTAATTTTTTATTAAATTAAGGAGTTTCTTTTATTTT	1	135	1
TTTCTTTTATTTTTGGATTTATGCATTTCTGCAGAGAGG	1	161	1
AGGATTTCCCTTGAAGAAATAGCCGTTTTCAGGGTATGA	1	197	1
CTCTTTTTAGTTCCTATTTTAGGGGTGTC          	2	10	1
AAATCTCGAATTCTATGTTTAAGACTTTCTTGGGTCAAG	3	30	0
AATTCGAGATTTTAATGTCTAAGCTTGTTGCTGACGTAG	3	57	1
AACTAGATATTTTTTATTCCATGCTTTTTACATCCTTTC	4	30	1
CTTCCCTAGTTTTGCTATGTTGGGATTTTAAAATGGAAG	4	212	1
AGTGTGTAGTTTGCGTCTACTTCCATTTTAAAATCCCAA	4	231	0
CTACACACTCTTTTTCTTCCAAGACTTTTAACTCTTAAT	4	261	1
          **     * ** *  ****
MAP Score: 14.983

Motif 3
   TACACCATTTTTCTTTTTGAGATCAAATTAATT	0	7	1
TGATTTTTAATCTTTTCTTCTGCAATACTAGCATTC	0	91	1
GAAATATCCTTTCGTGATTTTTTTGAGAAACTCCTT	1	103	1
TTTGAGAAACTCCTTAATTTTTTATTAAATTAAGGA	1	124	1
TTAAGGAGTTTCTTTTATTTTTGGATTTATGCATTT	1	153	1
CTCTTTTTAGTTCCTATTTTAGGGGTGTC       	2	10	1
TATTTTTTATTCCATGCTTTTTACATCCTTTCTGCT	4	37	1
TAGAGATTCCTCTTCAATTTTTAATTATATATGGAT	4	137	0
ATAGAAAACATCTTTTGTTTTTCATTTTTATCCTTG	4	172	1
CTTGAAAACTTCCCTAGTTTTGCTATGTTGGGATTT	4	204	1
          *** *  *****   *
MAP Score: 7.99362

Motif 4
AAAGCTTAATTAAAAAATTGTGTTAAACAAAAAACTA	0	47	0
AATTAAGCTTTGTAAACTTGATTTTTAATCTTTTCTT	0	73	1
ATTTTCTACTTACAACATTGTTGATTAACTACTTCTT	1	28	1
CAAGAAAGTCTTAAACATAGAATTCGAGATTTTAATG	3	37	1
GATTTTAATGTCTAAGCTTGTTGCTGACGTAGACAGC	3	64	1
TGGACACAACTGAAAATTATTTGATGAGGAAACGCAA	3	151	1
CCATATATAATTAAAAATTGAAGAGGAATCTCTATAG	4	139	1
ATGTTGGGATTTTAAAATGGAAGTAGACGCAAACTAC	4	228	1
TTATTAAGAGTTAAAAGTCTTGGAAGAAAAAGAGTGT	4	265	0
          *  *** * ** *  **
MAP Score: 3.32992

Motif 5
TTTTAATCTTTTCTTCTGCAATACTAGCAT	0	95	1
AACGCACGAATTTCTTTGCACGAAAATCAT	0	164	0
        TGTTCCTCTTTTAAACGCACGA	0	185	0
TGAAAACGGCTATTTCTTCAAGGGAAATCC	1	198	0
    TTGCGTTTCCTCATCAAATAATTTTC	3	162	0
TCTATAGAGATTCCTCTTCAATTTTTAATT	4	147	0
CTACACACTCTTTTTCTTCCAAGACTTTTA	4	261	1
          **********
MAP Score: 0.171175