AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons036_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238614
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ycaH	197	ATPase
#1	ribC	255	Riboflavin Synthase
#2	gltX	255	Glutamyl-tRNA Synthetase
#3	euo	300	CHLPS Euo Protein
#4	pcnB_1	29	Poly A Polymerase
#5	clpP_2	178	CLP Protease Subunit
#6	tigA	285	Trigger Factor-peptidyl-prolyl isomerase
#7	pcnB_2	300	Poly A Polymerase

Motif 1
AATTATATTAGTTTTTTGTTTAACACAATTTTTTAAT	0	39	1
CGAAAATCATGCTTTTTAAAAGATCACAATCTTCGCC	0	137	0
TAAAAAGCATGATTTTCGTGCAAAGAAATTCGTGCGT	0	156	1
    TGTTCCTCTTTTAAACGCACGAATTTCTTTGCA	0	174	0
CTAAAAATTCGGTTTTTCTTAGACTACCTTAACCTAG	1	22	0
AGTTGCAAAGTTTTTTTCTAGGAAATCAAGGGTAGAG	1	83	1
TAGAGTATGTTTTTTTCGTCTCAATAAGCAAAGCAAT	1	180	0
CTCTAGGAAAGCTTTTGTTGTAAAGATTCTGTTGTTA	1	217	1
TCGATTTTTCGATTTTCTACTTACAACATTGTTGATT	2	17	1
ATCCTTTCGTGATTTTTTTGAGAAACTCCTTAATTTT	2	108	1
TAATCATAACGTTTTTCTTAAGTAGACAAGACA    	3	6	0
CGCCAGGGACGTTTTTCTAATCATAACGTTTTTCTTA	3	23	0
ATTCAGGGCGTGTTTTTTTAAGAATACCTATTTTTTA	3	62	1
GATTTATTAAGATTTTAATCTGAAAACATAAACTTTG	3	138	1
TTAATCAAGCTTTTTTGTTAATACAAAGTTTATGTTT	3	161	0
GATTAATAAAGCTTTTTTTAGGAAAATGCTTCTTTAA	3	192	1
CTGTTACGGTTGTTTTAATTGTAAATATGTTGAGGGG	3	257	1
TTGGGTCAAGTATTTTCCTCTAACTAAAAT       	5	3	0
CTCATCACCCGCTTTTCCTTTCAAGTCTAATAAAAAG	6	249	1
AACATCTTTTGTTTTTCATTTTTATCCTTGAAAACTT	7	178	1
AACTACACACTCTTTTTCTTCCAAGACTTTTAACTCT	7	259	1
          * ****  *   ** **
MAP Score: 21.3672

Motif 2
CTTAATTAAAAAATTGTGTTAAACAAAAAACTAATATAA	0	41	0
CTTTGCACGAAAATCATGCTTTTTAAAAGATCACAATCT	0	142	0
TCGTGCAAAGAAATTCGTGCGTTTAAAAGAGGAACA   	0	171	1
CTCCTAGGTTAAGGTAGTCTAAGAAAAACCGAATTTTTA	1	19	1
CTATAGTTGCAAAGTTTTTTTCTAGGAAATCAAGGGTAG	1	79	1
AGGGTAGAGGAAATACTTCTCTAAAGAAACGGCTTTAGG	1	111	1
TCAATAAGCAAAGCAATTTTGCACAGAAATTTAAGATAA	1	158	0
CTACTCTAGGAAAGCTTTTGTTGTAAAGATTCTGTTGTT	1	214	1
TAGTTAATCAACAATGTTGTAAGTAGAAAATCGAAAAAT	2	20	0
ATAAAAAATTAAGGAGTTTCTCAAAAAAATCACGAAAGG	2	110	0
CTCTCTGCAGAAATGCATAAATCCAAAAATAAAAGAAAC	2	160	0
CTACTTAAGAAAAACGTTATGATTAGAAAAACGTCCCTG	3	18	1
ACGTTATAAAAAATAGGTATTCTTAAAAAAACACGCCCT	3	66	0
ACGATTTATTAAGATTTTAATCTGAAAACATAAACTTTG	3	136	1
TATTAACAAAAAAGCTTGATTAATAAAGCTTTTTTTAGG	3	175	1
GTTTTTAAAGAAGCATTTTCCTAAAAAAAGCTTTATTAA	3	194	0
CTCCCCCTCAACATATTTACAATTAAAACAACCGTAACA	3	258	0
 GACACCCCTAAAATAGGAACTAAAAAGAG         	4	1	0
AGTTAGAGGAAAATACTTGACCCAAGAAAGTCTTAAACA	5	15	1
ACACAACTGAAAATTATTTGATGAGGAAACGCAA     	5	154	1
AAAGGATGTAAAAAGCATGGAATAAAAAATATCTAGTTT	7	29	0
TGAAAAACAAAAGATGTTTTCTATAGAGATTCCTCTTCA	7	157	0
AAAACTAGGGAAGTTTTCAAGGATAAAAATGAAAAACAA	7	186	0
TTAAGAGTTAAAAGTCTTGGAAGAAAAAGAGTGTGTAGT	7	260	0
          ***   **      *****
MAP Score: 19.5675

Motif 3
TTTCTTTGCACGAAAATCATGCTTTTTAAAAGATCACAAT	0	144	0
TTTCGTGCAAAGAAATTCGTGCGTTTAAAAGAGGAACA  	0	169	1
AGGTAGTCTAAGAAAAACCGAATTTTTAGATCAGGATAAA	1	30	1
GATTTCCTAGAAAAAAACTTTGCAACTATAGTCTCTTATA	1	70	0
CAAGGGTAGAGGAAATACTTCTCTAAAGAAACGGCTTTAG	1	109	1
ATTTCTGTGCAAAATTGCTTTGCTTATTGAGACGAAAAAA	1	167	1
ACTCTACTCTAGGAAAGCTTTTGTTGTAAAGATTCTGTTG	1	211	1
TTAAAGTATCAGAAAGAAGTAGTTAATCAACAATGTTGTA	2	38	0
GATTTTTTTGAGAAACTCCTTAATTTTTTATTAAATTAAG	2	118	1
TCCTCTCTGCAGAAATGCATAAATCCAAAAATAAAAGAAA	2	161	0
TGTCTACTTAAGAAAAACGTTATGATTAGAAAAACGTCCC	3	15	1
GTGTTTTTTTAAGAATACCTATTTTTTATAACGTAAAGAA	3	71	1
TTGTATTAACAAAAAAGCTTGATTAATAAAGCTTTTTTTA	3	172	1
ACTTGACCCAAGAAAGTCTTAAACATAGAATTCGAGATTT	5	29	1
TTAGTATCATAGAAATTCGTGTCTCTTCCCCCTGAGAAGG	6	97	0
AGTCGTTGCTAAAAACTCTTCAAAAATCTAAACTATTCTT	6	144	1
         AAGACAACCCTTTTTATTAGACTTGAAAGGA	6	264	0
ATCTCTATAGAAAACATCTTTTGTTTTTCATTTTTATCCT	7	166	1
          *****  * *   *  *  *
MAP Score: 15.3657

Motif 4
TAGAAAATCGAAAAATCGAGAGCGAG    	2	6	0
TGTATTAACAAAAAAGCTTGATTAATAAAG	3	173	1
AGAAAAGATTAAAAATCAAGTTTACAAAGC	0	79	0
ATTAAGAGTTAAAAGTCTTGGAAGAAAAAG	7	270	0
GAAAGGATGTAAAAAGCATGGAATAAAAAA	7	39	0
GTGATCTTTTAAAAAGCATGATTTTCGTGC	0	147	1
AGCTTAATTAAAAAATTGTGTTAAACAAAA	0	52	0
TCTCAAAAAGAAAAATGGTGTA        	0	2	0
AAAACTCTTCAAAAATCTAAACTATTCTTT	6	155	1
TAATTTAATAAAAAATTAAGGAGTTTCTCA	2	126	0
AGTTTCTCAAAAAAATCACGAAAGGATATT	2	105	0
ATGGAATAAAAAATATCTAGTTTCTGACAG	7	22	0
TTTCCTAGAAAAAAACTTTGCAACTATAGT	1	78	0
AGACAGCCTAAAAAGTCTTAGCTACGTTCC	5	94	1
TAAATCAATGAAAAATTTTATCAAAGCCCT	6	70	1
AAGTCTAATAAAAAGGGTTGTCTT      	6	271	1
ATATATAATTAAAAATTGAAGAGGAATCTC	7	141	1
TTTTAATTGTAAATATGTTGAGGGGGAGGG	3	269	1
GTAGTCTAAGAAAAACCGAATTTTTAGATC	1	32	1
TTTCAAGGATAAAAATGAAAAACAAAAGAT	7	181	0
TCTACTTAAGAAAAACGTTATGATTAGAAA	3	17	1
GAGAGCTCTTAAATGCCTTGATCCTGGGGA	7	72	0
          **********
MAP Score: 11.4445

Motif 5
         TACACCATTTTTCTTTTTGAGATCA	0	1	1
AATTAATTATATTAGTTTTTTGTTTAACACAATT	0	35	1
TTTGTTTAACACAATTTTTTAATTAAGCTTTGTA	0	53	1
AGCTTTGTAAACTTGATTTTTAATCTTTTCTTCT	0	78	1
TGATCTAAAAATTCGGTTTTTCTTAGACTACCTT	1	29	0
ACTATAGTTGCAAAGTTTTTTTCTAGGAAATCAA	1	78	1
TTTCTGTGCAAAATTGCTTTGCTTATTGAGACGA	1	168	1
TGAGAAACTCCTTAATTTTTTATTAAATTAAGGA	2	126	1
TTTTCTAATCATAACGTTTTTCTTAAGTAGACAA	3	14	0
ATCTGAAAACATAAACTTTGTATTAACAAAAAAG	3	155	1
AGCTTGATTAATAAAGCTTTTTTTAGGAAAATGC	3	187	1
AAGGGCTTTGATAAAATTTTTCATTGATTTAGCA	6	67	0
AAAAATCTAAACTATTCTTTTCTTTGCGGGTGTA	6	165	1
      AAGACAACCCTTTTTATTAGACTTGAAA	6	267	0
GTCAGAAACTAGATATTTTTTATTCCATGCTTTT	7	24	1
TCTCTATAGAAAACATCTTTTGTTTTTCATTTTT	7	167	1
CGCAAACTACACACTCTTTTTCTTCCAAGACTTT	7	255	1
          * **  ***** **
MAP Score: 10.1956

Motif 6
ATATTAGTTTTTTGTTTAACACAATTTTTTAATTAAGCT	0	43	1
TATAAGAGACTATAGTTGCAAAGTTTTTTTCTAGGAAAT	1	70	1
CCTAAAGCCGTTTCTTTAGAGAAGTATTTCCTCTACCCT	1	111	0
TTATCTTAAATTTCTGTGCAAAATTGCTTTGCTTATTGA	1	158	1
CTAGGAAAGCTTTTGTTGTAAAGATTCTGTTGTTAAATG	1	219	1
TTTTCGATTTTCTACTTACAACATTGTTGATTAACTACT	2	22	1
CCTTTCGTGATTTTTTTGAGAAACTCCTTAATTTTTTAT	2	110	1
   TGTCTTGTCTACTTAAGAAAAACGTTATGATTAGAA	3	7	1
CAAGCTTTTTTGTTAATACAAAGTTTATGTTTTCAGATT	3	154	0
TAAAAAAAGCTTTATTAATCAAGCTTTTTTGTTAATACA	3	173	0
TTAATAAAGCTTTTTTTAGGAAAATGCTTCTTTAAAAAC	3	194	1
TTACGGTTGTTTTAATTGTAAATATGTTGAGGGGGAGGG	3	260	1
TCTCGAATTCTATGTTTAAGACTTTCTTGGGTCAAGTAT	5	27	0
TGAAGAGGAATCTCTATAGAAAACATCTTTTGTTTTTCA	7	157	1
TTTTCATTTTTATCCTTGAAAACTTCCCTAGTTTTGCTA	7	190	1
          * *  ***  **  *  **
MAP Score: 7.73824

Motif 7
AGTTTTTTGTTTAACACAATTTTTTAATTAAGCTTTGTAAA	0	48	1
TAAACTTGATTTTTAATCTTTTCTTCTGCAATACTAGCATT	0	85	1
ACGGCGAAGATTGTGATCTTTTAAAAAGCATGATTTTCGTG	0	135	1
TGCAAAGAAATTCGTGCGTTTAAAAGAGGAACA        	0	174	1
AGACTATAGTTGCAAAGTTTTTTTCTAGGAAATCAAGGGTA	1	76	1
TTTTTAAGAATACCTATTTTTTATAACGTAAAGAAATATTA	3	76	1
TGCTTACGATTTATTAAGATTTTAATCTGAAAACATAAACT	3	131	1
AAAGCTTGATTAATAAAGCTTTTTTTAGGAAAATGCTTCTT	3	185	1
AAACTAACTGTTACGGTTGTTTTAATTGTAAATATGTTGAG	3	250	1
TGGACACAACTGAAAATTATTTGATGAGGAAACGCAA    	5	151	1
GAGAAGGGCTTTGATAAAATTTTTCATTGATTTAGCATGGG	6	63	0
GATCCATATATAATTAAAAATTGAAGAGGAATCTCTATAGA	7	136	1
ATAGCAAAACTAGGGAAGTTTTCAAGGATAAAAATGAAAAA	7	189	0
AGTTTTGCTATGTTGGGATTTTAAAATGGAAGTAGACGCAA	7	219	1
CTCTTTTTCTTCCAAGACTTTTAACTCTTAATAACTATAAT	7	268	1
          *    *   *** *   ****
MAP Score: 5.53062

Motif 8
CTCTAAAGAAACGGCTTTAGGGATTCGTATTA	1	129	1
AAGGCGATCCCCGATCTAAGGGTGGCGAAATA	2	77	1
GAAGAAATAGCCGTTTTCAGGGTATGAAGTCT	2	209	1
TGAAGTCTCTCTGGTCTAAGGATAAAAGAATC	2	233	1
ATTAATAAAGCTTTTTTTAGGAAAATGCTTCT	3	193	1
CTTTTTAGTTCCTATTTTAGGGGTGTC     	4	12	1
AGTCTTAGCTACGTTCCTAGGGTCATTTCGTG	5	107	1
TTTATCAAAGCCCTTCTCAGGGGGAAGAGACA	6	86	1
          *** *** ****
MAP Score: 4.6134

Motif 9
TACACCATTTTTCTTTTTGAGATCAAATTAATT	0	10	1
TATATTAGTTTTTTGTTTAACACAATTTTTTAA	0	42	1
AATACTAGCATTCTTTGTAATACGGCGAAGATT	0	114	1
GAAAATCATGCTTTTTAAAAGATCACAATCTTC	0	140	0
TATCTTAAATTTCTGTGCAAAATTGCTTTGCTT	1	159	1
GATTAACTACTTCTTTCTGATACTTTAAAGGCG	2	50	1
CTTTCGTGATTTTTTTGAGAAACTCCTTAATTT	2	111	1
AACTCCTTAATTTTTTATTAAATTAAGGAGTTT	2	131	1
CAGGGCGTGTTTTTTTAAGAATACCTATTTTTT	3	65	1
AGAATACCTATTTTTTATAACGTAAAGAAATAT	3	82	1
TAATAAAGCTTTTTTTAGGAAAATGCTTCTTTA	3	195	1
AGGAAAATGCTTCTTTAAAAACTTCTAAAAACA	3	211	1
TATAATTGAATTCTGTCAGAAACTAGATATTTT	7	10	1
          ******  ** **
MAP Score: 0.649637