AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons037_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238652
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	proS	299	Prolyl tRNA Synthetase
#1	parB	29	Chromosome Partitioning Protein
#2	minD	32	chromosome partitioning ATPase
#3	thrS	199	Threonyl tRNA Synthetase

Motif 1
       AGTACTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATA	0	3	1
GAGATTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATATAATT	0	64	1
TAAAAACAAAAATATAATTAAAATAATACATAATCCTGA	0	84	1
CAACGCAAAACATTGATCTAGAAAAATCCCTGTGTTAAG	0	146	1
ATACCTCCTTCATAGCTAAACTAAATCTACTAGCTTAAA	0	185	1
AGCTTAAAAGACTCTCGATATAAAATCGCAATAGCCTGT	0	216	1
GATCGTCAAGAGTCTATAGAAAAAATTACAGGCTATTGC	0	243	0
          AATTCTATTAGGAAAAATCAGGAGATATT	1	0	1
GGAGATTTAGATTGGAACTAATAAAAACATCTTTTATAC	3	45	0
GCGCTTTGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTA	3	86	1
AAAAAATAAAAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	105	1
AAGCTTCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAATGCTA	3	132	1
          * *     ** *****  *
MAP Score: 11.3661

Motif 2
AAAAATAAAAGATTAATAAGTATACACTTA	0	24	1
AATCTCAACTTATAATTAAGTGTATACTTA	0	40	0
TATAAGTTGAGATTATTAAATTTCTAAATA	0	56	1
TTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATA	0	68	1
AAAACAAAAATATAATTAAAATAATACATA	0	86	1
AAAACATTGATCTAGAAAAATCCCTGTGTT	0	152	1
GTCAAGAGTCTATAGAAAAAATTACAGGCT	0	248	0
TATACTATCTGCTTAATAAACATTACAAAC	3	20	0
TTGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTT	3	91	1
AGCTTTTTTTTATAAAAAAACTTTTATTTT	3	107	0
TTCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAA	3	136	1
          **********
MAP Score: 9.52413

Motif 3
CTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATAAG	0	14	1
TATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATAT	0	69	1
AAATAAAAACAAAAATATAATTAAAATAAT	0	81	1
ACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTAT	3	96	1
AAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	114	1
TCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAAT	3	137	1
          **********
MAP Score: 5.54747

Motif 4
CTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATAAG	0	14	1
TAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATATAAT	0	72	1
CAAAAATATAATTAAAATAATACATAATCC	0	90	1
AACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTA	3	95	1
AAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	114	1
TGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAATGCT	3	140	1
          **********
MAP Score: 2.26896

Motif 5
TACTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATAA	0	12	1
ATAAGTATACACTTAATTATAAGTTGAGATT	0	39	1
ATTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATA	0	67	1
CTAAATAAAAACAAAAATATAATTAAAATAA	0	79	1
CAAAAATATAATTAAAATAATACATAATCCT	0	90	1
TTAGATTGGAACTAATAAAAACATCTTTTAT	3	47	0
TGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTT	3	92	1
AAGCTTTTTTTTATAAAAAAACTTTTATTTT	3	107	0
TCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAATG	3	137	1
          ** ********
MAP Score: 2.17482

Motif 6
GTACTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATAAG	0	11	1
TAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATATAATTAA	0	72	1
AAAAATATAATTAAAATAATACATAATCCTGAC	0	91	1
CTATCTGCTTAATAAACATTACAAACTGGTTTG	3	13	0
GGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTAT	3	93	1
TAAAAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	111	1
CTTTGATCAAAAAAAACACTAAAATGCTAACAA	3	142	1
          ** *** * ****
MAP Score: 2.06162

Motif 7
       AGTACTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATA	0	3	1
AAGATTAATAAGTATACACTTAATTATAAGTTGAGATTA	0	32	1
AGTTGAGATTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATAT	0	60	1
TAAAAACAAAAATATAATTAAAATAATACATAATCCTGA	0	84	1
CCTGACCCCAATTGTTAAGTTAAGAACCCAACGCAAAAC	0	118	1
AACGCAAAACATTGATCTAGAAAAATCCCTGTGTTAAGA	0	147	1
AGCTTAAAAGACTCTCGATATAAAATCGCAATAGCCTGT	0	216	1
ACTCTTGACGATCAATCACTGAAGATAACAGCCCCACTC	0	269	1
         AATTCTATTAGGAAAAATCAGGAGATATT 	1	1	1
CAGGAGATTTAGATTGGAACTAATAAAAACATCTTTTAT	3	47	0
GGCGCTTTGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTT	3	85	1
AAAAAATAAAAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	105	1
AAAAGCTTCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAATGC	3	130	1
CAAAAAAAACACTAAAATGCTAACAACGAAAGTCCCCCT	3	149	1
          * * *  *   ** ** **
MAP Score: 0.383018

Motif 8
TTACAAAAATAAAAGATTAATAAGTATACAC	0	20	1
CTACTAGCTTAAAAGACTCTCGATATAAAAT	0	211	1
TAATTTTTTCTATAGACTCTTGACGATCAAT	0	254	1
      TTGCTAAGGATTTTTGAGGATACGC	2	4	1
CAGATAGTATAAAAGATGTTTTTATTAGTTC	3	39	1
ATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTATAAAAAAA	3	102	1
TTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCTTTGATCA	3	120	1
          ******** **
MAP Score: 0.329823