AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons037_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238663
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	proS	299	Prolyl tRNA Synthetase
#1	parB	29	Chromosome Partitioning Protein
#2	minD	32	chromosome partitioning ATPase
#3	thrS	199	Threonyl tRNA Synthetase

Motif 1
       AGTACTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATA	0	3	1
GAGATTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATATAATT	0	64	1
TAAAAACAAAAATATAATTAAAATAATACATAATCCTGA	0	84	1
CAACGCAAAACATTGATCTAGAAAAATCCCTGTGTTAAG	0	146	1
ATACCTCCTTCATAGCTAAACTAAATCTACTAGCTTAAA	0	185	1
AGCTTAAAAGACTCTCGATATAAAATCGCAATAGCCTGT	0	216	1
GATCGTCAAGAGTCTATAGAAAAAATTACAGGCTATTGC	0	243	0
          AATTCTATTAGGAAAAATCAGGAGATATT	1	0	1
GGAGATTTAGATTGGAACTAATAAAAACATCTTTTATAC	3	45	0
GCGCTTTGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTA	3	86	1
AAAAAATAAAAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	105	1
AAGCTTCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAATGCTA	3	132	1
          * *     ** *****  *
MAP Score: 11.3661

Motif 2
CTACAATTACAAAAATAAAAGATTAATAAG	0	14	1
TATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATAT	0	69	1
AAATAAAAACAAAAATATAATTAAAATAAT	0	81	1
ACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTTTTTAT	3	96	1
AAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCTTGCT	3	114	1
TCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAAT	3	137	1
          **********
MAP Score: 5.54747

Motif 3
AATCTTTTATTTTTGTAATTGTAGTACT  	0	8	0
TAAGTGTATACTTATTAATCTTTTATTTTT	0	24	0
TAAGTATACACTTAATTATAAGTTGAGATT	0	40	1
TATTTAGAAATTTAATAATCTCAACTTATA	0	56	0
TATTTTTGTTTTTATTTAGAAATTTAATAA	0	68	0
TATGTATTATTTTAATTATATTTTTGTTTT	0	86	0
GGGTTCTTAACTTAACAATTGGGGTCAGGA	0	117	0
AACACAGGGATTTTTCTAGATCAATGTTTT	0	152	0
ATAGCCTGTAATTTTTTCTATAGACTCTTG	0	246	1
TAAAAACATCTTTTATACTATCTGCTTAAT	3	33	0
TAAAAGATGTTTTTATTAGTTCCAATCTAA	3	48	1
AAAACTTTTATTTTTTAATACAAGTTCCAA	3	91	0
AAAATAAAAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCT	3	107	1
TTTTAGTGTTTTTTTTGATCAAAGCAAGAA	3	136	0
          **********
MAP Score: 0.96682

Motif 4
GTACTACAATTACAAAAATAAAAGATTAAT	0	11	1
ATTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAAT	0	67	1
TCTAAATAAAAACAAAAATATAATTAAAAT	0	78	1
ACAAAAATATAATTAAAATAATACATAATC	0	89	1
TTGGGTTCTTAACTTAACAATTGGGGTCAG	0	119	0
CCTCCTTCATAGCTAAACTAAATCTACTAG	0	188	1
TTGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTT	3	91	1
AGCTTTTTTTTATAAAAAAACTTTTATTTT	3	107	0
TCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAAT	3	137	1
          **********
MAP Score: 0.69335

Motif 5
ACAAAAATAAAAGATTAATAAGTATACACTTAATTA	0	22	1
TTGAGATTATTAAATTTCTAAATAAAAACAAAAATA	0	62	1
ATAAAAACAAAAATATAATTAAAATAATACATAATC	0	83	1
CCCAACGCAAAACATTGATCTAGAAAAATCCCTGTG	0	144	1
CAATAGCCTGTAATTTTTTCTATAGACTCTTGACGA	0	244	1
    TTGCTAAGGATTTTTGAGGATACGCATCAAGA	2	6	1
CCAGTTTGTAATGTTTATTAAGCAGATAGTATAAAA	3	17	1
GGCGCTTTGGAACTTGTATTAAAAAATAAAAGTTTT	3	85	1
TAAAAAATAAAAGTTTTTTTATAAAAAAAAGCTTCT	3	104	1
AAAAGCTTCTTGCTTTGATCAAAAAAAACACTAAAA	3	130	1
          ** ***  * ** * *
MAP Score: 0.294541