AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i CP/CP_operons038_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238681 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 clpB 300 Clp Protease ATPase #1 CPn0145 213 CT114 hypothetical protein #2 CPn0146 240 hypothetical protein #3 CPn0147 126 hypothetical protein #4 CPn0148 171 S/T Protein Kinase #5 polA 23 DNA Polymerase I #6 sohB 123 Protease #7 adt_2 228 ADP/ATP Translocase #8 pgsA_1 300 Glycerol-3-P Phosphatidyltransferase #9 uvrD 102 DNA Helicase Motif 1 AGTCACGATCTTTAAGTCCTTGATTTGTGAA 0 46 1 GAGGAAAGTTTATAGATTTTTTATTATTCCT 0 234 1 TAAGAGAATGGATAGGTTTTTAGATTCTATG 1 61 1 ATTCGCATTTTTTAAATTATTGTTGGAATTA 2 217 1 CTCTAAAGCGTAGAGGTACTTAAGGGAGAGG 3 10 1 TCATTATCTTTTTAAGTTATTCAACTTAGAT 3 78 0 GTATTTTAACTGTAGGTTTTTCCTTCCGTTG 4 35 1 CTAGTTATTCTTGAGGTTCTTTTAAAACAAC 4 62 0 CAAGAATAACTAGAGGTTCTTGTTTGTTTAT 4 80 1 TACTAGAATTTATAGGTCGTT 6 112 1 GAGCAAGGATTATAAGTTTATCCACGAACCG 7 31 1 ACTAAATGTCTATAAGTCTTTATACGCCATA 7 190 1 TTAGCCAAGGTAGAGGTTATTCGGAAAGAGA 8 84 0 ******** ** MAP Score: 10.509 Motif 2 CAGATCTTTATTTGTTGCAATATTTTTTTAAATAAGAATT 2 78 1 GCATGAGAATTTTATAATTTTCATCTTTAAGCTTTTCTGC 6 43 1 TGCTATTTTGTTTTTATTCATTATCTTTTTAAGTTATTCA 3 86 0 CTACACACACTTTATCGTCCTAGTTTTTTTATGATCCCGG 1 117 0 AGTTCGCACCCTTTTTCGTATTCTTTTTAAAGAAAGCCTA 8 129 1 TGAATTCGCATTTTTTAAATTATTGTTGGAATTAGT 2 214 1 AATTGAGCTATTTTTTAGCCTCATATTGCAGATGTCATGA 2 114 1 TAACTGTAGGTTTTTCCTTCCGTTGTTTTAAAAGAACCTC 4 41 1 ACTTCTTAAATTTCTGTGACTGCTCTTGTTTAGCCAAATG 1 180 0 TTCTTGTTTGTTTATTGCAATCTTCGTTTTTGCTATCTAT 4 96 1 ATCAGTTCTTTCTGTATTGCTCTTATTTATAACATGTTAT 2 14 1 CAGAGGAAAGTTTATAGATTTTTTATTATTCCTATGTAAT 0 232 1 AATGGAGTCTCTTTTTATCGTGATCGTTAATTTATGCCTT 7 89 1 TGGATGCCACTCTATAGTCACGATCTTTAAGTCCTTGATT 0 31 1 CTGCTCATCCCTTATTTTATCCATTTTAGAATTTACTAGA 6 79 1 ACCCCAAGCACTTTTTAAAAAGGTTTTTCTTATTACATAG 0 263 0 CTTATAATCCTTGCTCACAATACTTTTTCTTTCCGGG 7 7 0 *** * * * *** * MAP Score: 9.71205 Motif 3 CTCCTAAGGACCAATTTCTTCACAAATCAAGGACTT 0 59 0 TTAGGAGTTGCCGCTTTCTTCAGACAGTTCAAGAGA 0 88 1 GGATCTCTTTCCCCTTTCTAAAAATACATTAGGAAG 0 127 0 TTTTATTATTCCTATGTAATAAGAAAAACCTTTTTA 0 252 1 TTCACCCCAAGCACTTTTTAAAAAGGTTTTTCTTAT 0 270 0 TAGGAAAAGCCCTCTTTGTTAAGAGAATGGATAGGT 1 42 1 TTCTTGTTTCCCGGGATCATAAAAAAACTAGGACGA 1 107 1 ATTAACACTTGCAATGTTATAACATGTTATAAATAA 2 36 0 GTTTTTCCTTCCGTTGTTTTAAAAGAACCTCAAGAA 4 50 1 TCCACCATTTGCCTTATATTTATATAAGTTAACTAT 4 134 0 CATATATTAGGCTTTCTTTAAAAAGAATACGAAAAA 8 140 0 ** * * **** * * MAP Score: 6.683 Motif 4 TTAGGAGTTGCCGCTTTCTTCAGACAGTTCAAGAGATCACT 0 88 1 AAAGTTGCCTCTTCTACATTCTCAGAGGAAAGTTTATAGAT 0 210 1 TAGGAAAAGCCCTCTTTGTTAAGAGAATGGATAGGTTTTTA 1 42 1 TCTTCTTGCTACGCTTTCTTGTTTCCCGGGATCATAAAAAA 1 92 1 ATGAAGCTTGCCGCACAATTCTAATCCTACACACACTTTAT 1 142 0 TTCTGTGACTGCTCTTGTTTAGCCAAATGAAGCTTGCCGCA 1 168 0 TTTCTGTATTGCTCTTATTTATAACATGTTATAACATTGCA 2 22 1 ATTAGCAAAGCCTCTCCCTTAAGTACCTCTACGCTTTAGAG 3 10 0 ATACAAGTAAGATCTAAGTTGAATAACTTAAAAAGATAATG 3 67 1 TGATAGAAAAACTCTGTGTTATTCTCGGTGAGCATGAGAAT 6 12 1 TTCCGAATAACCTCTACCTTGGCTAACGCAAGCTAGTTGTA 8 89 1 CAACTGTTCGGCTCTACATTGACATATATTAGGCTTTCTTT 8 157 0 ***** ** * * * MAP Score: 5.83311 Motif 5 AATGGATAGGTTTTTAGATTCTATGTCTTC 1 67 1 GAATTCGCATTTTTTAAATTATTGTTGGAA 2 215 1 TCCTAATGTATTTTTAGAAAGGGGAAAGAG 0 129 1 TTGCAATATTTTTTTAAATAAGAATTGAGC 2 92 1 TCTATGCTTGTTTGTAGATTTAGCATGCTC 8 224 1 TAAGTCCTAATTTTTAGCTTTACACCTCGA 9 80 0 TGGGTGCGGAATTTTAGATACTAGGAAAAG 1 21 1 CAGAGGAAAGTTTATAGATTTTTTATTATT 0 232 1 TATTTTATCCATTTTAGAATTTACTAGAAT 6 91 1 AAGAAAAACCTTTTTAAAAAGTGCTTGGGG 0 272 1 ATTCATTATCTTTTTAAGTTATTCAACTTA 3 81 0 AGGACTTCTTAAATTTCTGTGACTG 1 198 0 ********** MAP Score: 5.40053 Motif 6 TAAGTCCTTGATTTGTGAAGAAATTGGTCCTTAG 0 58 1 TAGACGTTTAGGTTTGGTAGTATTTCGATAGGGT 0 171 1 TTTAAAAAGTGCTTGGGGTGAATTTT 0 284 1 AGAGTTTTCTATGGGTGCGGAATTTTAGATACTA 1 10 1 GGACGATAAAGTGTGTGTAGGATTAGAATTGTGC 1 137 1 GTAGGATTAGAATTGTGCGGCAAGCTTCATTTGG 1 153 1 TGCTTTCCAAGCTTTGGTAGGATTAAAGTGTTTG 2 177 1 GGATTAAAGTGTTTGAGATGAATTCGCATTTTTT 2 196 1 ATATAAGGCAAATGGTGGAGAGTTAGCTCT 4 151 1 TACGCCATAAAGTTGGGAAGGAGTTT 7 212 1 CATGCTCTATAATGGGGCCGAATTATAAGGTTCC 8 247 1 ACCTTTCTATAATTGTGATGAAAGTATACTCGCT 9 15 1 * ***** * *** MAP Score: 5.12789 Motif 7 CAAGGTGGATGCCACTCTATAGTCACGATC 0 26 1 TAACCTAAGAGGATCTCTTTCCCCTTTCTA 0 143 0 GCAACTTTATCAAACCCTATCGAAATACTA 0 188 0 TGTAGAAGAGGCAACTTTATCAAACCCTAT 0 198 0 ATTCACCCCAAGCACTTTTTAAAAAGGTTT 0 277 0 TAATCCTACACACACTTTATCGTCCTAGTT 1 132 0 AATTTTTAACAGATCTTTATTTGTTGCAAT 2 69 1 GAGATGAATTCGCATTTTTTAAATTATTGT 2 210 1 GGTGAGCATGAGAATTTTATAATTTTCATC 6 38 1 AAACTCCTTCCCAACTTTATGGCGTATAAA 7 208 0 GGGTTCGAATCCCTCTCTTTCCGAATAACC 8 71 1 AGTTGTAGTTCGCACCCTTTTTCGTATTCT 8 123 1 ACATATATTAGGCTTTCTTTAAAAAGAATA 8 147 0 ACCGTTTGAGCGAACTCTATGCTTGTTTGT 8 209 1 GATCCTTTTAGGAACCTTATAATTCGGCCC 8 261 0 CTAACTAGTACGATCCTTTTAGGAACCTTA 8 272 0 AAAGTATACTCGCTTTTTATTTTAGCTCGA 9 35 1 ********** MAP Score: 4.4477 Motif 8 ATCTCTTTCCCCTTTCTAAAAATACATTAGGA 0 129 0 AAATCACCTTTCTATAATTGTGATGAAA 9 6 1 CATATATTAGGCTTTCTTTAAAAAGAATACGA 8 144 0 ATAAGAAAAACCTTTTTAAAAAGTGCTTGGGG 0 270 1 AAAAACCTATCCATTCTCTTAACAAAGAGGGC 1 50 0 AGGAGTTGCCGCTTTCTTCAGACAGTTCAAGA 0 90 1 CTTATTTTATCCATTTTAGAATTTACTAGAAT 6 89 1 TAGTTCGCACCCTTTTTCGTATTCTTTTTAAA 8 128 1 AGATGAATTCGCATTTTTTAAATTATTGTTGG 2 211 1 TTCTTGCTACGCTTTCTTGTTTCCCGGGATCA 1 94 1 AAGTATACTCGCTTTTTATTTTAGCTCGACAG 9 36 1 ******* *** MAP Score: 3.9952 Motif 9 GTCCTTAGGAGTTGCCGCTTTCTTCAGACAGTTC 0 84 1 TATGTCTTCTTGCTACGCTTTCTTGTTTCCCGGG 1 88 1 GGATTAGAATTGTGCGGCAAGCTTCATTTGGCTA 1 156 1 AAGTAAGTCTTGCTTTCCAAGCTTTGGTAGGATT 2 167 1 TGGTCCCCCATGCTATTTTGTTTTT 3 111 0 TTCTTGTTTGTTTATTGCAATCTTCGTTTTTGCT 4 96 1 TGCAATCTTCGTTTTTGCTATCTATAGTTAACTT 4 111 1 TGGATAAACTTATAATCCTTGCTCACAATACTTT 7 21 0 ACACCCAGAAGACATCGCATGCTTATAGCTCCTA 7 154 0 CTCTACCTTGGCTAACGCAAGCTAGTTGTAGTTC 8 100 1 GTTCGCACCCTTTTTCGTATTCTTTTTAAAGAAA 8 130 1 CATTGACATATATTAGGCTTTCTTTAAAAAGAAT 8 148 0 CTTGTTTGTAGATTTAGCATGCTCTATAATGGGG 8 230 1 * * ******** MAP Score: 3.8525 Motif 10 TCTCTTTCCCCTTTCTAAAAATACATTAGGAAGTGAT 0 123 0 AATCTATAAACTTTCCTCTGAGAATGTAGAAGAGGCA 0 215 0 TAAGAAAAACCTTTTTAAAAAGTGCTTGGGGTGAATT 0 271 1 AGGAAAAGCCCTCTTTGTTAAGAGAATGGATAGGTTT 1 43 1 CTACGCTTTCTTGTTTCCCGGGATCATAAAAAAACTA 1 100 1 TAACAGATCTTTATTTGTTGCAATATTTTTTTAAATA 2 75 1 TTAGCAAAGCCTCTCCCTTAAGTACCTCTACGCTTTA 3 13 0 TTTCCTTCCGTTGTTTTAAAAGAACCTCAAGAATAAC 4 53 1 AGGTTCTTGTTTGTTTATTGCAATCTTCGTTTTTGCT 4 93 1 TTCGTTTTTGCTATCTATAGTTAACTTATATAAATAT 4 118 1 AGAGCTAACTCTCCACCATTTGCCTTATATTTATA 4 146 0 AAACTCTGTGTTATTCTCGGTGAGCATGAGAATTTTA 6 20 1 AATGGAGTCTCTTTTTATCGTGATCGTTAATTTATGC 7 89 1 TCGAATCCCTCTCTTTCCGAATAACCTCTACCTTGGC 8 75 1 TTTTCGTATTCTTTTTAAAGAAAGCCTAATATATGTC 8 141 1 AATTTTGGCTAACTAGTACGATCCTTTTAGGAACC 8 275 0 ** *** * ** * * MAP Score: 3.8411 Motif 11 TTAGACGTTTAGGTTTGGTAGTATTTCGATAGGG 0 170 1 GAAAGTTTATAGATTTTTTATTATTCCTATGTAA 0 237 1 AGAGTTTTCTATGGGTGCGGAATTTT 1 2 1 TTATCGTCCTAGTTTTTTTATGATCCCGGGAAAC 1 112 0 AAGTGTGTGTAGGATTAGAATTGTGCGGCAAGCT 1 145 1 TTGCTTTCCAAGCTTTGGTAGGATTAAAGTGTTT 2 176 1 CTACTAAGTTAGTATTTTAACTGTAGGTTTTTCC 4 24 1 ATTCTCGGTGAGCATGAGAATTTTATAATTTTCA 6 32 1 ATTGTGAGCAAGGATTATAAGTTTATCCACGAAC 7 26 1 AGGAGCTATAAGCATGCGATGTCTTCTGGGTGTA 7 155 1 CCCATTATAGAGCATGCTAAATCTACAAACAAGC 8 229 0 ATAATGGGGCCGAATTATAAGGTTCCTAAAAGGA 8 255 1 ** *** *** * * MAP Score: 3.43952 Motif 12 ATAAAGTGTGTGTAGGATTAGAATTGTGCGGC 1 142 1 GTATTTTAACTGTAGGTTTTTCCTTCCGTTGT 4 35 1 GTACTTAAGGGAGAGGCTTTGCTAATCAGTAA 3 25 1 GTAGTATTTCGATAGGGTTTGATAAAGTTGCC 0 187 1 TATGCTTGTTTGTAGATTTAGCATGCTCTATA 8 226 1 AGGCAAATGGTGGAGAGTTAGCTCT 4 156 1 TAAGAGAATGGATAGGTTTTTAGATTCTATGT 1 61 1 GCAGATGTCATGAAAGATTTGAATCAAAGTAA 2 141 1 TCCAAGCTTTGGTAGGATTAAAGTGTTTGAGA 2 182 1 CATTCTCAGAGGAAAGTTTATAGATTTTTTAT 0 226 1 GAGCAAGGATTATAAGTTTATCCACGAACCGC 7 31 1 TTATGGCGTATAAAGACTTATAGACATTTAGT 7 190 0 GGGATGAGCAGAAAAGCTTAAAGATGAAAATT 6 58 0 ** *** ***** MAP Score: 2.49719 Motif 13 TGAAGAAATTGGTCCTTAGGAGTTGCCGCTTTCTTCAGACAG 0 73 1 AGGGGAAAGAGATCCTCTTAGGTTAGACGTTTAGGTTTGGTA 0 148 1 CTTGATCAGTTCTTTCTGTATTGCTCTTATTT 2 0 1 ATTTTTAACAGATCTTTATTTGTTGCAATATTTTTTTAAATA 2 70 1 TTGAATCAAAGTAAGTCTTGCTTTCCAAGCTTTGGTAGGATT 2 159 1 TATTTTAACTGTAGGTTTTTCCTTCCGTTGTTTTAAAAGAAC 4 36 1 ACTAGAGGTTCTTGTTTGTTTATTGCAATCTTCGTTTTTGCT 4 88 1 GTGAGCATGAGAATTTTATAATTTTCATCTTTAAGCTTTTCT 6 39 1 TCATCTTTAAGCTTTTCTGCTCATCCCTTATTTTATCCATTT 6 63 1 CTCTTTTTATCGTGATCGTTAATTTATGCCTTGCCGTTTGCT 7 97 1 GCTAACGCAAGCTAGTTGTAGTTCGCACCCTTTTTCGTATTC 8 110 1 * * ** * ** * ** MAP Score: 0.883865