AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_profile013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239317
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	cydA	190	Cytochrome Oxidase Subunit I
#1	CPn0766	101	CT646 hypothetical protein
#2	CPn0912	85	CT768 hypothetical protein
#3	CPn0914	50	hypothetical protein
#4	ybeB	60	IojAP superfamily ortholog

Motif 1
GAAAAGTTGCACAAAGTGCTCGGCTATTGT	0	41	1
TAGCATACGAACAAAAAGGTTAACAGCAAA	0	95	1
TATTGCAACTACAAAATACTTTGCTGTTAA	0	114	0
GAACGATGAAACAAAGTATTGCAACTACAA	0	130	0
GTTTTTCTTGAAAAAGAGCCCTCTATCCAT	1	43	1
CTCTATCCATTAAAATAGCTGCCTTTATAT	1	63	1
AATTGACGTTAAAGATTGCTAGCAGCAGAC	2	15	1
GCTTGACAAATAAAATTGTTAAAACTTAAA	2	45	0
 TTCCATTTAAAAAAAAGCTCGACCTTATC	4	9	1
          **********
MAP Score: 3.4675

Motif 2
GTATACTGAGAAAAGTTGCACAAAGTGCTC	0	32	1
TTGTCCTAGGAAAGGTAACCTATTATCTTA	0	67	1
GTTTTTCTTGAAAAAGAGCCCTCTATCCAT	1	43	1
CTTAAAATATAAAGGCAGCTATTTTAATGG	1	69	0
AATTGACGTTAAAGATTGCTAGCAGCAGAC	2	15	1
GTTAAAACTTAAAGTCTGCTGCTAGCAATC	2	28	0
 TTCCATTTAAAAAAAAGCTCGACCTTATC	4	9	1
          AAAACCAGCTTTAGGATACT	4	50	0
          **********
MAP Score: 3.25597

Motif 3
GCAAAGTATTTTGTAGTTGCAATACTTTGTTTCATCGTTCACATT	0	120	1
TGTTTCATCGTTCACATTACAGTTTCTAATTTTATATACAATTCT	0	147	1
TATTTTACTCTCTTAATTATAATTAATATGTGTTTTTCTTGAAAA	1	12	1
TTAATATGTGTTTTTCTTGAAAAAGAGCCCTCTATCCATTAAAAT	1	34	1
AAGAGCCCTCTATCCATTAAAATAGCTGCCTTTATATTTTAAGAA	1	56	1
AATAGCTGCCTTTATATTTTAAGAATTCTTGAGCT          	1	76	1
AGCAGCAGACTTTAAGTTTTAACAATTTTATTTGTCAAGCCCCAC	2	35	1
          TTCCATTTAAAAAAAAGCTCGACCTTATCTTGGAT	4	0	1
          **    **  ** *  *   *   *
MAP Score: 3.02181

Motif 4
TTGCACAAAGTGCTCGGCTATTGTCCTAGGA	0	47	1
AACTACAAAATACTTTGCTGTTAACCTTTTT	0	107	0
GTAGTTGCAATACTTTGTTTCATCGTTCACA	0	132	1
   TATATTTTACTCTCTTAATTATAATTAA	1	7	1
 TAACTCGTCTACTCTCTTCTGTTCCCTGTG	3	9	1
AGCTTTAGGATACTCGATTATCCAAGATAAG	4	33	0
          ********* *
MAP Score: 0.10172