AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_profile013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239324
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	cydA	190	Cytochrome Oxidase Subunit I
#1	CPn0766	101	CT646 hypothetical protein
#2	CPn0912	85	CT768 hypothetical protein
#3	CPn0914	50	hypothetical protein
#4	ybeB	60	IojAP superfamily ortholog

Motif 1
GAAAAGTTGCACAAAGTGCTCGGCTATTGT	0	41	1
TAGCATACGAACAAAAAGGTTAACAGCAAA	0	95	1
TATTGCAACTACAAAATACTTTGCTGTTAA	0	114	0
GAACGATGAAACAAAGTATTGCAACTACAA	0	130	0
GTTTTTCTTGAAAAAGAGCCCTCTATCCAT	1	43	1
CTCTATCCATTAAAATAGCTGCCTTTATAT	1	63	1
AATTGACGTTAAAGATTGCTAGCAGCAGAC	2	15	1
GCTTGACAAATAAAATTGTTAAAACTTAAA	2	45	0
 TTCCATTTAAAAAAAAGCTCGACCTTATC	4	9	1
          **********
MAP Score: 3.4675

Motif 2
CACAAAGTGCTCGGCTATTGTCCTAGGAAAGGTA	0	50	1
CTAGGAAAGGTAACCTATTATCTTAGCATACGAA	0	72	1
        TATATTTTACTCTCTTAATTATAATT	1	2	1
TTATAATTAATATGTGTTTTTCTTGAAAAAGAGC	1	28	1
      TAACTCGTCTACTCTCTTCTGTTCCCTG	3	4	1
TTATCTTGGATAATCGAGTATCCTAAAGCTGGTT	4	34	1
          **  *** * ****
MAP Score: 3.32015

Motif 3
TTACTAGGTCCTTGGGTAGTATACTGAGAAAAGTT	0	14	1
GCACAAAGTGCTCGGCTATTGTCCTAGGAAAGGTA	0	49	1
GAAAGGTAACCTATTATCTTAGCATACGAACAAAA	0	76	1
ACAGCAAAGTATTTTGTAGTTGCAATACTTTGTTT	0	117	1
         TATATTTTACTCTCTTAATTATAATT	1	1	1
ATAAAGGCAGCTATTTTAATGGATAGAGGGCTCTT	1	56	0
       TAACTCGTCTACTCTCTTCTGTTCCCTG	3	3	1
TCGACCTTATCTTGGATAATCGAGTATCCTAAAGC	4	28	1
          ** ** ** * ** *
MAP Score: 2.59621

Motif 4
GCAAAGTATTTTGTAGTTGCAATACTTTGTTT	0	120	1
CAGTTTCTAATTTTATATACAATTCTGGAAGT	0	166	1
TATTTTACTCTCTTAATTATAATTAATATGTG	1	12	1
TTAATATGTGTTTTTCTTGAAAAAGAGCCCTC	1	34	1
AATAGCTGCCTTTATATTTTAAGAATTCTTGA	1	76	1
AGCAGCAGACTTTAAGTTTTAACAATTTTATT	2	35	1
GTTTTAACAATTTTATTTGTCAAGCCCCACAC	2	50	1
TCGAGCTTTTTTTTAAATGGAA          	4	0	0
          ***** *** **
MAP Score: 2.56415

Motif 5
CTACAAAATACTTTGCTGTTAACCTTTTTGTTCGTATG	0	98	0
AAATTAGAAACTGTAATGTGAACGATGAAACAAAGTAT	0	141	0
ATATTTTACTCTCTTAATTATAATTAATATGTGTTTTT	1	11	1
AAAGAGCCCTCTATCCATTAAAATAGCTGCCTTTATAT	1	55	1
AAATAGCTGCCTTTATATTTTAAGAATTCTTGAGCT  	1	75	1
TGCTAGCAATCTTTAACGTCAATTATTTT         	2	1	0
TAGCAGCAGACTTTAAGTTTTAACAATTTTATTTGTCA	2	34	1
          ** * * ** **  *  *
MAP Score: 0.937387

Motif 6
CAGCAAAGTATTTTGTAGTTGCAATACTTTGTTT	0	118	1
TACAGTTTCTAATTTTATATACAATTCTGGAAGT	0	164	1
AACACATATTAATTATAATTAAGAGAGTAAAATA	1	12	0
AATTAATATGTGTTTTTCTTGAAAAAGAGCCCTC	1	32	1
TAAAGGCAGCTATTTTAATGGATAGAGGGCTCTT	1	56	0
AAGTTTTAACAATTTTATTTGTCAAGCCCCACAC	2	48	1
GGTCGAGCTTTTTTTTAAATGGAA          	4	0	0
          * ***** ***  *
MAP Score: 0.48842