AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CT/CT_operons013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944242410
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	glgX	117	Glycogen Hydrolase (debranching)
#1	CT043	300	hypothetical protein
#2	sycE	37	Secretion Chaperone
#3	yscU	256	YopS Translocation Protein U
#4	glgP	155	Glycogen Phosphorylase
#5	glgC	192	Glucose-1-P Adenyltransferase
#6	glgA	300	Glycogen Synthase
#7	mrsA	245	Phosphoglucomutase
#8	CT865	248	hypothetical protein

Motif 1
GTTGTACAGCTTTTTCTTAAGGCTAACACAG	3	20	1
CTTCGTACTGTTTTTTTTAAACCTAGCATAA	1	268	0
GAACGGAATATTTTTTTTAAAGAGCGTTTTT	3	109	0
ATCTTGATTATTTTTGTTAAAAGAAATAATT	6	240	1
TTCGGTTAGATTTTTATTAAACTTACTTGTT	0	87	1
TATATAAATGTTTTTCTCAAGAAAGAAGGTG	3	187	0
ATGGGTCCGTTTTTTGTCAAAATTAGATAAT	5	48	1
ATATTCCCTATTTTTATCAAAATCTTTGCAA	7	162	0
AATCAAGATGTTTTTGTTATATTTAATTACT	6	218	0
TAACACAGCCTTTTTATTATTAAGGAAAAAG	3	43	1
GCACGAGCAATTTTTTATAAGGATAAACATT	8	41	1
TGTTCGCCTTTTTTAGTTAAGGAGGCTTT  	4	8	0
TTTAATAATTTATTTTTTAAAATTATTTTTT	5	155	1
TTGTCTGGCTTTTTTAATAATTTATTTTTTA	5	143	1
ATTTAATTACTTTTATTTAATGGATAGTTTC	6	198	0
AATTAATGAGTTTTATTTAATTAACGAAACG	6	267	1
AATAGAAATCTTTCTTTTAATATTAATATTT	4	93	1
CAAAATAAGATTTCTTTTAATTACGAGTGTA	8	104	1
CTAATCTTGCTTTTTCTTTAGAATTTCTTTT	3	69	0
AAGTGCGCTCTTTTTATTACAGTTTTTACAA	2	11	0
AGATAATTTTTATTTTTCAAACATCTAAAAA	5	72	1
TTTTTAAAATTATTTTTTATGGTGGCGGGGA	5	168	1
TTAATATTAATATTTCTTATTCACAAGCAAA	4	109	1
GCCATTCACTTTTTAAATAAGAAGTAAGAAA	7	50	0
          ***** *****
MAP Score: 30.5774

Motif 2
ACTAATCTTGCTTTTTCTTTAGAATTTCTT	3	71	0
GAACCCCTTACTCTTTGTTTATAAATGGGA	3	146	1
AAGAGGGTCTCTCTTCCTTTTGTGTTTAAG	0	36	1
AAGAGAGACCCTCTTCCTTTTGTTGTATGA	0	21	0
GAGAATAGAAATCTTTCTTTTAATATTAAT	4	90	1
ATATTTAATCATCTTTCTTTCAGTAGGATG	8	189	0
AGTTGTACAGCTTTTTCTTAAGGCTAACAC	3	19	1
CCCCTCTCTTCTCTTCATTTCTTCGGTTAG	0	66	1
   TAGCAAGCTTTTCGTTTCGTTAATTAA	6	283	0
CTAACACAGCCTTTTTATTATTAAGGAAAA	3	42	1
GAAGTGCGCTCTTTTTATTACAGTTTTTAC	2	13	0
GAGCTTGCGCCTTCTTATTTTCTTACCAGC	1	119	1
TATTTTCTTACTTCTTATTTAAAAAGTGAA	7	47	1
GGCCGTTTGAATTTTTGTTTGGTTATAAAT	7	78	1
AAATTAGATAATTTTTATTTTTCAAACATC	5	67	1
AAAAAGAGCGCACTTCCTTT          	2	27	1
CTTTGCAATTCGCCTTCTTAAGACCTTTCC	7	140	0
CAATAATTACAGTTTTGTTTGTCTGGCTTT	5	125	1
ATAATTAATGAGTTTTATTTAATTAACGAA	6	265	1
CATCTTGATTATTTTTGTTAAAAGAAATAA	6	239	1
CTTCGGTTAGATTTTTATTAAACTTACTTG	0	86	1
GAGCATCTGCCACCTTCTTTCTTGAGAAAA	3	177	1
GGAGGAAATACGCTTTCTTCTATTCTAAAA	8	71	0
TTTAGAATTTCTTTTTCCTTAATAATAAAA	3	54	0
          **********
MAP Score: 23.944

Motif 3
GCTCTAATCATTTACTAACAAACCTGCTTATGCTAGGTTTA	1	241	1
TTGTAAAAACTGTAATAAAAAGAGCGCACTTCCTTT     	2	11	1
GCCTTTTTATTATTAAGGAAAAAGAAATTCTAAAGAAAAAG	3	50	1
TGAAAAACGCTCTTTAAAAAAAATATTCCGTTCTCTAAAGA	3	107	1
TGCCACCTTCTTTCTTGAGAAAAACATTTATATACGGTAAC	3	184	1
TGCAGTATCGTCTGTTGAGAATAGAAATCTTTCTTTTAATA	4	74	1
TAGAAATCTTTCTTTTAATATTAATATTTCTTATTCACAAG	4	95	1
CCATGCCCTTTATAGAGATAAGAACTCTTTTCTGACTCGCC	5	11	0
ATTATCTAATTTTGACAAAAAACGGACCCATGCCCTTTATA	5	38	0
TATTTTTAGATGTTTGAAAAATAAAAATTATCTAATTTTGA	5	64	0
TTTTCAAACATCTAAAAATAAAATCGATTTATTATTCATGC	5	85	1
TAATAATTTATTTTTTAAAATTATTTTTTATGGTGGCGGGG	5	157	1
GAGAAATTTCTCTACCGATAAAAAGGTTTTGTGAGGTACAC	6	96	0
GGTAGAGAAATTTCTCAAAAATCAAAGTTTTTTACATTTAA	6	121	1
AGAAGGTCGTTGTGGTGGTAAGATGCCCCTTAAATGTAAAA	6	150	0
ATTAATTATTTCTTTTAACAAAAATAATCAAGATGTTTTTG	6	233	0
TTGCAAAGATTTTGATAAAAATAGGGAATATTTATCTCTGA	7	162	1
GGAATATTTATCTCTGAAAATCAAGGATCAGTTAGTTTTGA	7	186	1
ACGAGCAATTTTTTATAAGGATAAACATTTTTAGAATAGAA	8	43	1
AATCTTATTTTGTCAGGAGGAAATACGCTTTCTTCTATTCT	8	75	0
AGGAGGTCGCTATGTTGATAATAACGTTTCTAAAAGGTACC	8	134	1
          * *   ** ** *    ** *
MAP Score: 14.2699

Motif 4
    GAGGGAATCTCCTTCGTACTGTTTTTTTTAAACCTAG	1	273	0
ACCGAAGGGAACGAGCTTGCGCCTTCTTATTTTCTTACCAG	1	107	1
CCGTTCTCTAAAGAACCCCTTACTCTTTGTTTATAAATGGG	3	134	1
ATTTTTATTAAACTTACTTGTTCTAGTTTTT          	0	96	1
TATCTCTATAAAGGGCATGGGTCCGTTTTTTGTCAAAATTA	5	32	1
CAAAAGGAAGAGAGACCCTCTTCCTTTTGTTGTATGATAGC	0	17	0
TGATTTTCAGAGATAAATATTCCCTATTTTTATCAAAATCT	7	168	0
TATAAATGGGATGAGCATCTGCCACCTTCTTTCTTGAGAAA	3	165	1
TAAATATAACAAAAACATCTTGATTATTTTTGTTAAAAGAA	6	224	1
TTTTCATGAAGCACTAATCTTGCTTTTTCTTTAGAATTTCT	3	72	0
GTTTTCGATAATTATTTTCTTACTTCTTATTTAAAAAGTGA	7	35	1
TAAAAAGTGAATGGCCGTTTGAATTTTTGTTTGGTTATAAA	7	66	1
TTTGTGTTTAAGCCCCTCTCTTCTCTTCATTTCTTCGGTTA	0	54	1
TTTGGCTCAAAACTAACTGATCCTTGATTTTCAGAGATAAA	7	192	0
ACTAAAAAAGGCGAACATTTTACTTGATTTTTTACCGAATA	4	22	1
TTAGCCTTAAGAAAAAGCTGTACAACTTCTTAGGTA     	3	5	0
CCTTTGTACTATCCTCTCCAGACCTTATATTTAATCATCTT	8	204	0
CTTTTTTAATAATTTATTTTTTAAAATTATTTTTTATGGTG	5	151	1
          *    * *  * **  ** **
MAP Score: 8.64363

Motif 5
ATTATTAAGGAAAAAGAAATTCTAAAGAAAA	3	58	1
AAACGCTCTTTAAAAAAAATATTCCGTTCTC	3	111	1
TAGATGTTTGAAAAATAAAAATTATCTAATT	5	68	0
TCAAACATCTAAAAATAAAATCGATTTATTA	5	88	1
AATAATTTTAAAAAATAAATTATTAAAAAAG	5	151	0
CCGCCACCATAAAAAATAATTTTAAAAAATA	5	165	0
ATCCATTAAATAAAAGTAATTAAATATAACA	6	204	1
TTATTTTTGTTAAAAGAAATAATTAATGAGT	6	247	1
          AAAAACAAAAAAAATAAATCA	7	0	1
          ***** *****
MAP Score: 6.14205

Motif 6
AACAAAAGGAAGAGGGTCTCTCTTCCTTTT	0	27	1
TGAAGAGAAGAGAGGGGCTTAAACACAAAA	0	53	0
GAAACTCCGAAGAGGGATGTCGCACCAGCC	1	169	1
AGCCTCGATAGGAAGGCCTTGCCTAACAGC	1	195	1
CTTAATAATAAAAAGGCTGTGTTAGCCTTA	3	37	0
TTCTCAAGAAAGAAGGTGGCAGATGCTCAT	3	175	0
TTTTTAGTTAAGGAGGCTTT          	4	0	0
ACGATACTGCAGAGGGTCTTGATATTCGGT	4	55	0
   CTGGGGTGGAAGGATTCGAACCTCCGA	6	7	1
TCTACCGATAAAAAGGTTTTGTGAGGTACA	6	97	0
TTCTGCTCATAGAAGGTCGTTGTGGTGGTA	6	171	0
GATGTTTGAGGAAAGGTCTTAAGAAGGCGA	7	131	1
TTACGAGTGTAGGAGGTCGCTATGTTGATA	8	124	1
          **********
MAP Score: 5.55971

Motif 7
CAAAAGGAAGAGGGTCTCTCTTCCTTTTGTGTT	0	29	1
TTTGTGTTTAAGCCCCTCTCTTCTCTTCATTTC	0	54	1
TTATCAACATAGCGACCTCCTACACTCGTAATT	8	122	0
AATAGAAGAAAGCGTATTTCCTCCTGACAAAAT	8	77	1
TCGAGGCTGGTGCGACATCCCTCTTCGGAGTTT	1	170	0
TAATAAAAAGAGCGCACTTCCTTT         	2	23	1
ATTTGCTGTTAGGCAAGGCCTTCCTATCGAGGC	1	196	0
 AAAACTCCCAGCGCCTTTGTACTATCCTCTCC	8	226	0
         GAGGGAATCTCCTTCGTACTGTTT	1	286	0
GATGAGCATCTGCCACCTTCTTTCTTGAGAAAA	3	174	1
TTTACATTTAAGGGGCATCTTACCACCACAACG	6	151	1
ATAAAGGGCATGGGTCCGTTTTTTGTCAAAATT	5	39	1
GGAACGAGCTTGCGCCTTCTTATTTTCTTACCA	1	114	1
TGATAAAAATAGGGAATATTTATCTCTGAAAAT	7	174	1
          **** *  *****
MAP Score: 1.42538