AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CT/CT_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243014
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	CT084	169	Phopholipase D Superfamily [leader (33) peptide}
#1	CT085	125	hypothetical protein
#2	CT156	135	hypothetical protein
#3	CT157	123	Phospholipase D Endonuclease Superfamily

Motif 1
TTGAAAAAGCGAACAACAAAACTAAAACGGAATC	2	81	1
TAAAAAGTTAGAAAAAGAAAAAAATCCTTTATAA	3	27	0
TTCTTTTAATTAAAAACAAAACAAAAAATCTATT	0	49	0
TTCTAACTTTTTAGAAAAAAAAGACAATTATCTT	3	48	1
TTGTTTTTAATTAAAAGAAAATAAATAGCCGTAA	0	64	1
CTGCTTATTCGAATATTAAAAATAATTTTCCGAA	1	93	0
AATCTGTTTTTAAACAAAAAACAATAAAAAGGTT	0	11	0
CTATTCATGAGTAGATTAAAAACAGCACCTTATC	0	117	1
TGTTTGTTTTTAACAAATAAACTATATTGAAAAA	2	55	1
TTTAATATTCGAATAAGCAGACTACGAC      	1	107	1
AAAAATCCTTTATAAACAAGATGAGTTACTTT  	3	8	0
          *** ** ****  *
MAP Score: 13.981

Motif 2
TTTTAAACAAAAAACAATAAAAAGGTTA          	0	0	0
TTTAATTAAAAACAAAACAAAAAATCTATTTTCCAATC	0	41	0
TTTGTTTTTAATTAAAAGAAAATAAATAGCCGTAAAAA	0	63	1
TATTTTTAATATTCGAATAAGCAGACTACGAC      	1	103	1
CAAACACTTTATTTTAACAAAACGTTTAAAAATTGAAT	2	23	0
AGTTTATTTGTTAAAAACAAACACTTTATTTTAACAAA	2	40	0
AAAGTGTTTGTTTTTAACAAATAAACTATATTGAAAAA	2	51	1
TATATTGAAAAAGCGAACAACAAAACTAAAACGGAATC	2	77	1
AAAGTTAGAAAAAGAAAAAAATCCTTTATAAACAAGAT	3	20	0
TTTCTAACTTTTTAGAAAAAAAAGACAATTATCTTATA	3	47	1
GAAAGAGACCTAAATAAGAAAGATTATAAGATAATTGT	3	71	0
          **   ** ***    ***
MAP Score: 12.3859

Motif 3
ATGTTAGTAATAACTATTCATGAGTAGATTAAAAACAG	0	104	1
AGGGAAAATCTTTCTCAGCATGCACATAGGAGA     	1	5	0
AGAAAGATTTTCCCTCAGCATGCGTATATCTATTGTCT	1	28	1
      AAAGTAACTCATCTTGTTTATAAAGGATTTTT	3	4	1
GTCTCTTTCTTTTCTAGCCAGGACCTTAATGTT     	3	100	1
          *  **   ****   ***
MAP Score: 1.68124