AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CT/CT_operons029_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243027
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	CT084	169	Phopholipase D Superfamily [leader (33) peptide}
#1	CT085	125	hypothetical protein
#2	rl28	148	L28 Ribosomal Protein
#3	sycE	37	Secretion Chaperone
#4	yscU	256	YopS Translocation Protein U
#5	CT156	135	hypothetical protein
#6	CT157	123	Phospholipase D Endonuclease Superfamily
#7	CT159	145	hypothetical protein
#8	CT161	147	hypothetical protein
#9	CT162	232	hypothetical protein

Motif 1
     TAACCTTTTTATTGTTTTTTGTTTAAAAACAGATT	0	5	1
AAAAACAGATTTTGTTAAGGATTTTTTTAAATTAAAAACA	9	53	1
ATTTTTTAATTTTTTTATGAATTTTTTAGAGGCGGGGAAT	9	134	0
CTAACATGATTTTTTACGGCTATTTATTTTCTTTTAATTA	0	71	0
ACTCATCTTGTTTATAAAGGATTTTTTTCTTTTTCTAACT	6	16	1
GAATAGGATCTTTTTAAAGGCCTTTATGCTTCTATTATAC	7	82	0
ACAAAATAAGTTTTTTTAGATGTTTTTAATTTAAAAAAAT	9	73	0
CCGTTTTAGTTTTGTTGTTCGCTTTTTCAATATAGTTTAT	5	71	0
AAGTGCGCTCTTTTTATTACAGTTTTTACAAG        	3	2	0
TACCTAAGAAGTTGTACAGCTTTTTCTTAAGGCTAACACA	4	10	1
CGGAATATTTTTTTTAAAGAGCGTTTTTCATGAAGCACTA	4	97	0
TCCTATTCTTTTTATCTAGGTCGTTATAAACAAATAAAAG	7	114	1
GGAAAATAGATTTTTTGTTTTGTTTTTAATTAAAAGAAAA	0	45	1
GAGTGTTGTTGTTGTTAAGCATTTTTTAATTTTTTTATGA	9	154	0
   GAGTGTTTCTCTATTGCGGTTTGTAAAAAGGGAAAAG	9	205	0
CAAGTTACCGTATATAAATGTTTTTCTCAAGAAAGAAGGT	4	188	0
TACACGAACTATTTTTGATCGTTTTGTTAAAACGCGAAAC	8	48	1
TAATCTTTCTTATTTAGGTCTCTTTCTTTTCTAGCCAGGA	6	83	1
TAAAGATTCAATTTTTAAACGTTTTGTTAAAATAAAGTGT	5	18	1
AAAAAGAAACTATGTTAGACCTTTTTTAATATATCGGGAA	2	69	0
TGAAACACATTTTCTGCCACTTTTTCACGAAAACTTCTTC	2	32	1
AATCTTGCTTTTTCTTTAGAATTTCTTTTTCCTTAATAAT	4	58	0
          *** *   *   *** *  *
MAP Score: 34.4623

Motif 2
AGAACCCCTTACTCTTTGTTTATAAATGGGATGAG	4	145	1
GTTAAAATAAAGTGTTTGTTTTTAACAAATAAACT	5	43	1
AAAAAAACTTATTTTGTGTTTGTAACTTAAAGAGT	9	96	1
AATAGATTTTTTGTTTTGTTTTTAATTAAAAGAAA	0	49	1
       TCTTTTATTTGTTTATAACGACCTAGAT	7	127	0
ATAAAGGATTTTTTTCTTTTTCTAACTTTTTAGAA	6	29	1
CACCTCGATAAGGTGCTGTTTTTAATCTACTCATG	0	122	0
AATAAGTTTTTTTAGATGTTTTTAATTTAAAAAAA	9	74	0
CAGATTTTGTTAAGGATTTTTTTAAATTAAAAACA	9	58	1
  AAAGTAACTCATCTTGTTTATAAAGGATTTTTT	6	8	1
GGTCTAACATAGTTTCTTTTTGTTACAGTTGCCCT	2	88	1
TAAGATAATTGTCTTTTTTTTCTAAAAAGTTAGAA	6	48	0
TAGGTAAGAGTGTTGTTGTTGTTAAGCATTTTTTA	9	166	0
TAAGAAGTTGTACAGCTTTTTCTTAAGGCTAACAC	4	14	1
TAAGGCTAACACAGCCTTTTTATTATTAAGGAAAA	4	37	1
AAAGTGGCAGAAAATGTGTTTCAAAATAAAAGTAC	2	20	0
TAGAGAACGGAATATTTTTTTTAAAGAGCGTTTTT	4	109	0
ATTCAATTTTTAAACGTTTTGTTAAAATAAAGTGT	5	23	1
GAACTATTTTTGATCGTTTTGTTAAAACGCGAAAC	8	53	1
TAACCTTTTTATTGTTTTTTGTTTAAAAACAGATT	0	10	1
 AAAGGAAGTGCGCTCTTTTTATTACAGTTTTTAC	3	13	0
TAAGCATTTTTTAATTTTTTTATGAATTTTTTAGA	9	144	0
TTACCGTATATAAATGTTTTTCTCAAGAAAGAAGG	4	189	0
GATAAAAAGAATAGGATCTTTTTAAAGGCCTTTAT	7	95	0
GCAGTTCGGAAAATTATTTTTAATATTCGAATAAG	1	89	1
AAACTATGTTAGACCTTTTTTAATATATCGGGAAG	2	68	0
          *   * ***** ***
MAP Score: 28.0207

Motif 3
ATTAAAAACATCTAAAAAAACTTATTTTGT	9	83	1
CCAATCTGTTTTTAAACAAAAAACAATAAA	0	17	0
TCATCCCATTTATAAACAAAGAGTAAGGGG	4	149	0
TCTAGGTCGTTATAAACAAATAAAAGA   	7	128	1
AAAAACGCTCTTTAAAAAAAATATTCCGTT	4	109	1
ATGTTTTTAATTTAAAAAAATCCTTAACAA	9	64	0
AAACACTTTATTTTAACAAAACGTTTAAAA	5	30	0
AAGTGTTTGTTTTTAACAAATAAACTATAT	5	52	1
GCGTTTCGCGTTTTAACAAAACGATCAAAA	8	60	0
CTTCCCGATATATTAAAAAAGGTCTAACAT	2	68	1
TTTCTAACTTTTTAGAAAAAAAAGACAATT	6	47	1
AAAAAGAAATTCTAAAGAAAAAGCAAGATT	4	68	1
AAATAAACTATATTGAAAAAGCGAACAACA	5	69	1
TTCTTTTAATTAAAAACAAAACAAAAAATC	0	53	0
TCTAAAAAATTCATAAAAAAATTAAAAAAT	9	144	1
CCATTATCACTCTACAAAAATATTTACGTG	8	122	1
CCACCTTCTTTCTTGAGAAAAACATTTATA	4	186	1
TGTGTTAGCCTTAAGAAAAAGCTGTACAAC	4	20	0
GATTAGTGCTTCATGAAAAACGCTCTTTAA	4	94	1
CCCTTTTCCCTTTTTACAAACCGCAATAGA	9	203	1
AAAAATCCTTTATAAACAAGATGAGTTACT	6	12	0
TTGTTTTTAATTAAAAGAAAATAAATAGCC	0	64	1
          **********
MAP Score: 26.3347

Motif 4
TAGTGCTTCATGAAAAACGCTCTTTAAAAAAAATA	4	97	1
TTCTTAAGGCTAACACAGCCTTTTTATTATTAAGG	4	33	1
AAAAAATCCTTAACAAAATCTGTTTTTTGGGTCCA	9	45	0
TAAAAACAAAACAAAAAATCTATTTTCCAATCTGT	0	38	0
TGTCTCCCTGACACATAGCCTTTTTGGGGCAGTTC	1	61	1
TAAAAACATCTAAAAAAACTTATTTTGTGTTTGTA	9	85	1
AAAAAAGGTCTAACATAGTTTCTTTTTGTTACAGT	2	82	1
TTTGTTTTTAACAAATAAACTATATTGAAAAAGCG	5	57	1
TTAGAAAAAGAAAAAAATCCTTTATAAACAAGATG	6	19	0
TTTGTTAAAAACAAACACTTTATTTTAACAAAACG	5	37	0
   TTCGATATTAAAGATTCAATTTTTAAACGTTT	5	7	1
AAAGGCCTTTAAAAAGATCCTATTCTTTTTATCTA	7	97	1
ACTTTTATTTTGAAACACATTTTCTGCCACTTTTT	2	22	1
      AAAGTAACTCATCTTGTTTATAAAGGATT	6	4	1
          * *** *  ** ***
MAP Score: 13.5463

Motif 5
TCTTTTAATTAAAAACAAAACAAAAAATCTATTTTC	0	46	0
TATCGGGAAGAAGTTTTCGTGAAAAAGTGGCAGAAA	2	42	0
     CTTGTAAAAACTGTAATAAAAAGAGCGCACT	3	5	1
AAGGAAAAAGAAATTCTAAAGAAAAAGCAAGATTAG	4	64	1
GCTTCATGAAAAACGCTCTTTAAAAAAAATATTCCG	4	101	1
TCTGCCACCTTCTTTCTTGAGAAAAACATTTATATA	4	182	1
AAAAAGAAAAAAATCCTTTATAAACAAGATGAGTTA	6	14	0
TTTCTTTTTCTAACTTTTTAGAAAAAAAAGACAATT	6	41	1
GCTTCCAATTAACGTCTGTATAATAGAAGCATAAAG	7	65	1
ATAGAAGCATAAAGGCCTTTAAAAAGATCCTATTCT	7	87	1
TTTGTTTATAACGACCTAGATAAAAAGAATAGGATC	7	112	0
GCTCCCCCATTATCACTCTACAAAAATATTTACGTG	8	116	1
TTTTTAAATTAAAAACATCTAAAAAAACTTATTTTG	9	76	1
CCCCGCCTCTAAAAAATTCATAAAAAAATTAAAAAA	9	137	1
          **   **  * *****
MAP Score: 3.82157

Motif 6
TCTCCTATGTGCATGCTGAGAAAGATTTTC	1	10	1
ATAGATATACGCATGCTGAGGGAAAATCTT	1	31	0
TAAAGAAAAAGCAAGATTAGTGCTTCATGA	4	80	1
TCCTTTATAAACAAGATGAGTTACTTT   	6	7	0
          **********
MAP Score: 1.12408