AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i CY/CY_fusions006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246164 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 hypothetical 73 hypothetical protein #1 hypothetical 300 hypothetical protein #2 sulA 76 cell division inhibitor #3 malK 68 cytoplasmic membrane protein for maltose uptake #4 pknA 106 protein kinase PknA #5 hypothetical 300 hypothetical protein #6 hypothetical 106 hypothetical protein #7 beta 79 beta transducin-like protein #8 hypothetical 54 hypothetical protein #9 ABC1-like 300 ABC1-like #10 pyrC 300 dihydroorotase #11 hypothetical 72 hypothetical protein #12 hypothetical 264 hypothetical protein #13 hypothetical 145 hypothetical protein #14 beta 97 beta transducin-like protein #15 beta 300 beta transducin-like protein #16 beta 300 beta transducin-like protein #17 hypothetical 44 hypothetical protein #18 eukaryotic 33 eukaryotic protein kinase Motif 1 TTTTTTGTGATATTTCCTGAGCTCACTGCCAGAATTAGG 1 107 1 GGCCAAAGTGTTTTTCTCCGGTTCCGTGCAATTCCATTG 1 148 0 TTTCATTTTAACTTACTCCTACTCCCCCCAGGGTC 2 51 1 CCCAAGCCCATTTTACCCACCATCCAGCCGAGGTTAATA 4 19 1 GAACTTATGTTTTGGCAGATACTCCAGGCAATTTTAAAC 5 30 0 CGCACCTATGTAATCCCTAATGTCCATCCTGAAAAAAAA 9 188 1 TCATAAATTTAATTCCCTATCTTCCCATTCCGTATTATT 9 245 1 CATTCCGTATTATTTCCTTTAGTCCTTTCTTTGTATCAG 9 270 1 AAGCCATTGGTTTTGCCTATCTTCCCAGCAATTAATCGA 12 231 1 TTCGGGCGGCTTTTTCCGCATTTCATCTCT 15 1 0 ATTATCCCGAATTTGCCATCAAACCAGGCGGCAAAGTTT 15 52 0 AGTGGTGATTTAGTCCCCCCTATCCCCGTCCCTGGCAGT 15 104 1 GATAATCAATTGTTCCTATCCGTCCCATCAAAAAGGAGG 16 132 1 AATAAATAATTTTTGCTAATCCTCCTTTTTGATGGGACG 16 152 0 AGCAATGCCCTATGCTCCTAGCTTGTCCAGCT 18 11 0 * ** ** *** ** MAP Score: 13.5676 Motif 2 CCCACACTTTCCTATTGGAGCCAGGCCGATGG 1 185 1 CCAATCCCCAAAATAGCCCCAATGAAGA 3 6 1 TCAACCCAAGCCCATTTTACCCACCATCCAGC 4 15 1 TCCGCCCAAACCTATCAGACCCTTACCAGCCA 4 84 1 TTGGCTAGAACCTATTAGAACCCATTGCCCAA 5 85 0 AGATTCCCGTCGTAGTTTACCCTGTTGCGGCG 5 203 1 AATTTACAGGTGTATTTGAGCCACTTAAAGAC 10 86 1 TATTCAATGACCCAATGGAGCCGATTTAGACC 10 162 1 TAATTTTCACTCCACTTTACCCGTTTGGA 11 7 0 ACTCAGTCAACGTAGTTTAGCCTATAATTTAC 13 73 1 CAGGGAAAAGCCTATTCGACCTGTAACATTTT 15 252 0 CAACATTAGCCCTAACTTAACCTAGAATGTGT 16 15 0 ATCAATTGTTCCTATCCGTCCCATCAAAAAGG 16 136 1 AGTCCATCTTCTCAACCGACCCCCTAAAAATC 16 198 0 **** * ***** MAP Score: 12.7955 Motif 3 GTTCTAGAACAACAATGTCATTGTTTTTACTGTTTTT 1 21 1 AAATAGTGGCAATTGTGGTGTGGATTTTTTGTGATAT 1 83 1 TGCCTTGATGTAAATTGATTTCGGTTTCCGCT 3 46 1 GGATGGTGGGTAAAATGGGCTTGGGTTGATTTCT 4 7 0 TGGCTGGTAAGGGTCTGATAGGTTTGGGCGGACTC 4 81 0 GTAAGTGGAGTTAGATTTTGGTTTAAAA 5 1 1 GGAAAATATTTCGATGGCTTTAGTGAGATAC 6 85 0 ATTGAGAATAAAAACTGAAATATTTTTTTGAAAAAAA 7 38 0 AGGCCTTAGAAAATTGGGTTAGTTTTTAGTGGGCAG 8 28 0 AATACACCTGTAAATTCAATTTGTTTTTGAATATCAA 10 65 0 GGCTTAATCATAAGCTGGTTTAGGTTTAGTTAAAAGT 10 273 0 TCAAGCCAAATAAAAGCCATTGGTTTTGCCTATCTTC 12 218 1 TGATTGACGCTACAATGACGTAGTTTTGCTAGGCAAC 13 110 1 TTTGATAGCATACAGGGCCTTTGCTTTAGATTT 14 6 0 ** * ** * * *** MAP Score: 11.7308 Motif 4 TGCCAGAATTAGGGACAATGGAATTGCACGG 1 133 1 TTGATTTCCAGGGGAGATTGATTGCGCTCCT 1 236 0 GCTTGGAATCAGGAAGATTGGTTTACC 1 283 1 AGATCCTCTGGGGAACATTGACAGCACAATG 2 15 1 GCTGGATGGTGGGTAAAATGGGCTTGGGTTG 4 16 0 AGTTTTTAGTGGGCAGAGAGAGAGTGCTTGT 8 13 0 AAGACACAAAAAGAAGAGAGGCTATCAGCGG 9 156 1 AATACGGAATGGGAAGATAGGGAATTAAATT 9 250 0 GTTTAAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTAACTA 10 253 1 TCCAAACGGGTAAAGTGGAGTGAAAATT 11 7 1 TAATGACGGAGAGCAAAGAGGAAATCGGCGG 12 156 1 ATTAATTGCTGGGAAGATAGGCAAAACCAAT 12 236 0 *** ******* MAP Score: 10.9242 Motif 5 TTTTACTGTTTTTTGACTAGACTCCCCATCACTAAACTAAA 1 45 1 ATTCCGCCGATTTCCTCTTTGCTCTCCGTCATTATAGCGAA 12 149 0 TCCTCGCTATTTTTGACTAGGCTTGCCCAGTCTTGTCACAG 15 192 1 AGAAAAACACTTTGGCCCACACTTTCCTATTGGAGCCAGGC 1 170 1 TTAGTGGTGATTTAGTCCCCCCTATCCCCGTCCCTGGCAGT 15 102 1 ATGGAGCCGATTTAGACCCCGATGTGCTGTATGAAGTAATT 10 176 1 GTCAACGTAGTTTAGCCTATAATTTACTCCACTGATTGACG 13 78 1 ATTTTGGATTCAAATTACCGATACTGTTTACGC 9 2 1 GGAGTTAGATTTTGGTTTAAAATTGCCTGGAGTATCTGCCA 5 16 1 AAGCCATTGGTTTTGCCTATCTTCCCAGCAATTAATCGAAC 12 231 1 TAAAAGTCTTTTTCCCCTTCCTTAAACTTCAAGATTTAGGG 10 239 0 TTTGGCAACATTAGCCCTAACTTAACCTAGAATGTGTTTAC 16 11 0 CTATTAATAATTTTCACTCCACTTTACCCGTTTGGA 11 5 0 AGTGAGATACTTTTCTTTATATTTCGCTTGATCGTCTTCCG 6 54 0 TATTATTTCCTTTAGTCCTTTCTTTGTATCAGT 9 277 1 *** * ** * ** * MAP Score: 10.5521 Motif 6 TGTCATTGTTTTTACTGTTTTTTGACTAGACTC 1 36 1 TTGATGTAAATTGATTTCGGTTTCCGCT 3 50 1 TCAGCCCCAGTTTATCTTGTTTTTCTATTAACC 4 50 0 TTGGTAACCCTTAAGCTTTTTTTACGGAAGACG 6 30 1 CTCTACATAATTAGACTTTTTTTCAAAAAAATA 7 22 1 AAAAAAATATTTCAGTTTTTATTCTCAATTCAG 7 46 1 TTATTCTCAATTCAGGATTTTTTAA 7 64 1 CCTTAGAAAATTGGGTTAGTTTTTAGTGGGCAG 8 28 0 CACGACGAAGTTTATGAATTTTTTCAACGATTT 9 81 0 TAGGGGTTTCTTCGTGTTTTTTTTCAGGATGGA 9 210 0 CACCTGTAAATTCAATTTGTTTTTGAATATCAA 10 65 0 ATTACATGAATTTGCTTTTTATTGAGTCACAAT 11 48 1 ATTAGTGGTTTTCACTGTTGTTTCGCTATAATG 12 128 1 CCCTGAGTTGTTAAACTTTGTTTTTTCCATATA 13 30 1 TGTTTCAGCTATGTTTTACTGGTGCA 14 81 0 ATATGATTTATTGATATTTTTTAAAATAGTACT 16 55 1 TAAGCGTTACTTAAAGTCTTTTTATAAGGTTTT 16 230 0 TTTTAGTAACTTAACTATTTTTTAAG 16 284 1 ** * ******* MAP Score: 8.34288 Motif 7 GTCTAGTCAAAAAACAGTAAAAACAATGACATTGTT 1 31 0 TCTGGCAGTGAGCTCAGGAAATATCACAAAAAATCC 1 104 0 GGGGGAGTAGGAGTAAGTTAAAATGAAAACCTGCAT 2 43 0 CCCACCATCCAGCCGAGGTTAATAGAAAAACAAGAT 4 34 1 TTTGGCAGATACTCCAGGCAATTTTAAACCAAAATC 5 23 0 TTGTGCCGCCGCAACAGGGTAAACTACGACGGGAAT 5 205 0 TACGGAAGACGATCAAGCGAAATATAAAGAAAAGTA 6 52 1 ACGGAATGGGAAGATAGGGAATTAAATTTATGAAGT 9 242 0 CAAAGAAAGGACTAAAGGAAATAATACGGAATGGGA 9 267 0 TGAATATTTTGCTCAAGTCAAAATCAATCCGGAACT 10 120 1 TTGAAGTTTAAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTAACTA 10 248 1 AAACGGGTAAAGTGGAGTGAAAATTATTAATAGTAA 11 13 1 TTATAGCGAAACAACAGTGAAAACCACTAATTTTCA 12 123 0 AGTATTGAGCAGTCAAGCCAAATAAAAGCCATTGGT 12 206 1 AATTGCTGGGAAGATAGGCAAAACCAATGGCTTTTA 12 228 0 AAATAAGCAAAAATAAGCTACCCTGA 13 0 1 AGCGTCAATCAGTGGAGTAAATTATAGGCTAAACTA 13 85 0 AGACTGGGCAAGCCTAGTCAAAAATAGCGAGGAAAG 15 189 0 TCAAAAAGGAGGATTAGCAAAAATTATTTATTATCA 16 159 1 ** *** **** * MAP Score: 8.12034 Motif 8 AGGTTAATAGAAAAACAAGATAAACTGGGGCTGAGT 4 49 1 ATTTTAAACCAAAATCTAACTCCACTTAC 5 3 0 TGCTTAAATGAAAAATTTCTTGCTTTGGCTAGAACC 5 105 0 TTGAATTGCCAAAAAATAAGTATGATTAATCTTAAT 5 163 1 CTTTTTTTCAAAAAAATATTTCAGTTTTTATTCTCA 7 37 1 TCTGCCCACTAAAAACTAACCCAATTTTCTAAGGCC 8 27 1 GAAATCGTTGAAAAAATTCATAAACTTCGTCGTGCT 9 80 1 ACGAAGACACAAAAAGAAGAGAGGCTATCAGCGGTC 9 153 1 CCTCTCAAAAACTACAAGCTTTATTTACGCTT 10 6 1 GTTGATATTCAAAAACAAATTGAATTTACAGGTGTA 10 64 1 TGACTTGAGCAAAATATTCAAGGTCTTTAAGTGGCT 10 104 0 TATTAGTATTAAAAATTAAAACTCCTGTATTTACCC 12 15 1 AAATAAGCAAAAATAAGCTACCCTGAGTTGTTAA 13 8 1 TTTGTTTGGTAAAAACTTTGCCGCCTGGTTTGATGG 15 40 1 GAGGATTAGCAAAAATTATTTATTATCAACAGATTT 16 167 1 CTTAAAAAATAGTTAAGTTACTAAAACGT 16 281 0 ***** ** * ** MAP Score: 6.05411 Motif 9 TAAACTAAATAGTGGCAATTGTGGTGTGGATTTT 1 77 1 GCATCTTCATTGGGGCTATTTTGGGGATTGG 3 7 0 CAAGATAAACTGGGGCTGAGTCCGCCCAAACCTA 4 64 1 TTCACTAACTAGAGGCAAATTTCT 5 286 1 ACCACGATTTACAGGCAATGTACGAAGACACAAA 9 132 1 CAAAAAGAAGAGAGGCTATCAGCGGTCGCACCTA 9 162 1 AGTTTAAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTAACTAAA 10 252 1 CGGAGAGCAAAGAGGAAATCGGCGGAATAGTAAC 12 162 1 AGAGATGAAATGCGGAAAAAGCCGCCCGAATTTG 15 10 1 TCACTAGAATTGAAGCTAACGCCTAGGGCTTTCC 15 161 1 GGGTATCAAGCGGCGATCGCCTGGGGCAATTT 17 8 1 GGCGATCGCCTGGGGCAATTTCGGTGTTGAACC 17 21 1 ** *** ** * ** MAP Score: 4.15923 Motif 10 GCTCCTGCCAAAAGCCCTCTAGATGCCATCGGC 1 209 0 GAAATCAACCCAAGCCCATTTTACCCACCATCC 4 11 1 TACCCACCATCCAGCCGAGGTTAATAGAAAAAC 4 32 1 CTAATAGGTTCTAGCCAAAGCAAGAAATTTTTC 5 99 1 GGAAGACGATCAAGCGAAATATAAAGAAAAGTA 6 55 1 GTATCTCACTAAAGCCATCGAAATATTTTCC 6 85 1 TTTTAGGAGACTAGCCATGTTTAAGGATGAAAT 9 52 1 TCAAAAACTACAAGCTTTATTTACGCTTTGAAG 10 14 1 TCGCCGTCTCCAAGCCCCCTAAATCTTGAAGTT 10 223 1 ATTGAGCAGTCAAGCCAAATAAAAGCCATTGGT 12 209 1 CAAGACTGGGCAAGCCTAGTCAAAAATAGCGAG 15 194 0 TGGGCAGGGAAAAGCCTATTCGACCTGTAACAT 15 255 0 ****** * * ** MAP Score: 3.64992 Motif 11 ACAACAATGTCATTGTTTTTACTGTTTTTTGACTA 1 29 1 AGATTCCCGTCGTAGTTTACCCTGTTGCGGCGGCA 5 203 1 TAATTTTACTCATAGTTAAGACTTTTAAAAAATTG 5 244 0 AAACTACAAGCTTTATTTACGCTTTGAAGATAATC 10 18 1 CTTGAAAATTAGTGGTTTTCACTGTTGTTTCGCTA 12 121 1 AATAAAAGCCATTGGTTTTGCCTATCTTCCCAGCA 12 226 1 AGTTGTTAAACTTTGTTTTTTCCATATAACTTAGT 13 35 1 ACTCAGTCAACGTAGTTTAGCCTATAATTTACTCC 13 73 1 * * ***** ** * MAP Score: 3.40356 Motif 12 GACTAGCCATGTTTAAGGATGAAATCGTTGAAAAAATTCATAAACT 9 60 1 TGAAGTTTAAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTAACTAAACCTAAACCA 10 249 1 GGTCGGTTGAGAAGATGGACTAAAACCTTATAAAAAGACTTTAAGT 16 209 1 AATCAATCCGGAACTTGGAACTATTCAATGACCCAATGGAGCCGAT 10 141 1 GTAAGTGGAGTTAGATTTTGGTTTAAAATTGCCTGG 5 0 1 TTACCCTGTTGCGGCGGCACAAAATCAATTTTTTAAAAGTCTTAAC 5 219 1 ATAGGTTCTAGCCAAAGCAAGAAATTTTTCATTTAAGCAACTCAAT 5 102 1 TAGCCCCAATGAAGATGCTAGGATGCCTTGATGTAAATTGATTTCG 3 23 1 GACCCTGGGGGGAGTAGGAGTAAGTTAAAATGAAAACCTGCATTGT 2 40 0 GAGGCTATCAGCGGTCGCACCTATGTAATCCCTAATGTCCATCCTG 9 173 1 * *** * * ** ** MAP Score: 3.03514 Motif 13 GGAACCGGAGAAAAACACTTTGGCCCACAC 1 162 1 ATCAATTTTTTAAAAGTCTTAACTATGAGT 5 242 1 TTTTTTTGAAAAAAAGTCTAATTATGTAGA 7 23 0 AAATCGTGGTTAAAAGACTTAGAGTAAGCA 9 112 0 AAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTAACTAAAC 10 257 1 AAAACCTTATAAAAAGACTTTAAGTAACGC 16 230 1 ********** MAP Score: 2.45505 Motif 14 ACAACAATGTCATTGTTTTTACTGTTTTTTG 1 29 1 CCTTGATGTAAATTGATTTCGGTTTCCGCT 3 48 1 GTAAGTGGAGTTAGATTTTGGTTTAAAATT 5 9 1 ACTTTTAAAAAATTGATTTTGTGCCGCCGCA 5 228 0 TGTAAATTCAATTTGTTTTTGAATATCAACT 10 63 0 CCAAGTTCCGGATTGATTTTGACTTGAGCAA 10 128 0 AATTACATGAATTTGCTTTTTATTGAGTCAC 11 47 1 AAATAAAAGCCATTGGTTTTGCCTATCTTCC 12 225 1 AGTTGTTAAACTTTGTTTTTTCCATATAACT 13 35 1 CATACAGGGCCTTTGCTTTAGATTT 14 4 0 ***** ***** MAP Score: 2.33826 Motif 15 TCATTTTAACTTACTCCTACTCCCCCCAGGGT 2 53 1 ATCATTAAGATTAATCATACTTATTTTTTGGC 5 170 0 AATCCTAATTTTACTCATAGTTAAGACTTTTA 5 252 0 TTCGTCGTGCTTACTCTAAGTCTTTTAACCAC 9 105 1 TTCCCAGCAATTAATCGAACTT 12 252 1 TCCATATAACTTAGTCCAACTCAGTCAACGTA 13 55 1 TTATAAGGTTTTAGTCCATCTTCTCAACCGAC 16 210 0 ATAATAAGCGTTACTTAAAGTCTTTTTATAAG 16 235 0 *** ** ***** MAP Score: 1.84722 Motif 16 AATGATTAGATTCCCGTCGTAGTTTACCCTGTTGCGGCGG 5 196 1 CTTTTACCCTTGTCCATGGTTGGTAACCCTTAAGCTTTTT 6 11 1 TCGTCGTGCTTACTCTAAGTCTTTTAACCACGATTTACAG 9 106 1 AAGCTTTATTTACGCTTTGAAGATAATCAAGATGGAATAG 10 25 1 ACCCGATTATTTGGCGGTGATGATTAACCATTAAGTAATA 12 47 1 AAATTAGTGGTTTTCACTGTTGTTTCGCTATAATGACGGA 12 126 1 AAAAATAAGCTACCCTGAGTTGTTAAACTTTGTTTTTTCC 13 18 1 TAGTCCAACTCAGTCAACGTAGTTTAGCCTATAATTTACT 13 66 1 TGTCCATAGTTGCCTAGCAAAACTACGTCA 13 125 0 ATCCGTCCCATCAAAAAGGAGGATTAGCAAAAATTATTTA 16 149 1 * * ** * *** * * MAP Score: 1.45696 Motif 17 GGCTAGGGATCGATATTGATTGCTT 0 1 1 TGCCCTGATAGCTTGGAATCAGGAAGATTGGTTT 1 273 1 GGGTAGATCCTCTGGGGAACATTGACAGCACAAT 2 11 1 CAATGAAGATGCTAGGATGCCTTGATGTAAATTG 3 29 1 GTTTAAAATTGCCTGGAGTATCTGCCAAAACATA 5 30 1 GATTTAGGGGGCTTGGAGACGGCGATCGGGTAAT 10 214 0 TCGATTAATTGCTGGGAAGATAGGCAAAACCAAT 12 236 0 ACGTAGTTTTGCTAGGCAACTATGGACA 13 127 1 CACTGCCAGGGACGGGGATAGGGGGGACTAAATC 15 110 0 TGATGGGACGGATAGGAACAATTGATTATCACTT 16 128 0 AGCTGGACAAGCTAGGAGCATAGGGCATTGCT 18 11 1 *** **** * ** MAP Score: 0.2462