AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i CY/CY_fusions007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246264 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 nucH 130 extracellular nuclease #1 alkaline 300 alkaline phosphatase #2 frpC 300 iron-regulated protein #3 hypothetical 300 hypothetical protein #4 Fat 82 Fat protein #5 hypothetical 300 hypothetical protein #6 hemolysin 300 hemolysin #7 pyrC 300 dihydroorotase #8 hypothetical 72 hypothetical protein #9 hypothetical 264 hypothetical protein #10 leukotoxin 300 leukotoxin (LtA) Motif 1 TTAGAGCCATACTCCCTGGCAAGCATTTTTAGCTTAATAACCA 0 22 1 TTCCGTTTTGCCCACATTAACTGACATTTTCACTTAGAACTTG 0 72 1 TGTCGATCCCGCCGAGGATTTTTCGCAGAATTTGCA 1 3 1 TTTTTCGTTCCCCGTTGACAATGGCGGTTTTACTTCAACTTTC 1 73 1 AAGTGATCGTCCTTCACCGATGGGGAATTTTGCTGTCCGTTGG 1 201 1 TTGGCGATCGCCAGCACCGATTGAAGGTTTTGCCCCACTTTTT 1 240 1 GGGACGAAAGCCTCAAGTCAAGGGATATTTAGTATTTTCCAGA 2 158 0 TATCCCCCTTCCGGCTTAGCTCGGTATTTTGGCTTGGATAAAA 3 116 1 AACTTACCAACCATCCCAGCTTGAAACTTTTTTTGTCATCATT 3 168 0 CCCTGGGCTCCCGGCCCACCAGGGCAGTCTTGCAATAATGGCG 5 126 0 TGCTTCTAGTCTTGACAGCAAGGCGATTCTTGCTATGATTACC 6 185 1 ATTTGAGCCACTTAAAGACCTTGAATATTTTGCTCAAGTCAAA 7 99 1 ATTAAAACTCCTGTATTTACCCGATTATTTGGCGGTGATGATT 9 29 1 ** * * * *** ** MAP Score: 11.9947 Motif 2 AACGGGGAACGAAAAAGCTAAGCTCAAGGGCG 1 57 0 CTAACTCTAGGGAAAGTTGAAGTAAAACCGCC 1 95 0 GTTAGACTATGAAAAGGTTAAGCAAATTTGCT 1 125 0 GAGAAATTAAGAAAAACTTATGGTTAGACTAT 1 147 0 ATTTCTCTATGAAAAACTGGAGCGGGGCCAAG 1 172 1 TCTCAATCAGGAAAAAGTGGGGCAAAACCTTC 1 262 0 TAAGTGCTAAGAAATGCTTAAGACTTTCAATT 2 59 0 CATTTTTATGGCAATAGAGGAGCAATTTAGAG 3 237 1 TTCATACCACGAAAAAATTGAGTCCCTGTTGA 5 55 1 GGGCAGTCTTGCAATAATGGCGAAAAGACCGT 5 116 0 GGACTGGCCAGCAATATTGGTGATCGCCTGAG 5 222 0 ATTTTTTACCGTAAAAACTGAGGAGTTTTAAG 6 271 1 TCCAAACGGGTAAAGTGGAGTGAAAATTAT 8 8 1 ACATAAAACAGTAAAAAATGAGGTAAATGTTA 10 182 0 GGGTTATTGAGTAAAAATTAAGCATCACTGTA 10 218 1 * **** ***** MAP Score: 11.7479 Motif 3 TTAGCTTTTTCGTTCCCCGTTGACAATGGC 1 68 1 AAGTGATCGTCCTTCACCGATGGGGAATTT 1 201 1 TCGGTGCTGGCGATCGCCAACGGACAGCAA 1 230 0 TTGGCGATCGCCAGCACCGATTGAAGGTTT 1 240 1 GATTTAAGTATGAACACCGAAAGTGGATGT 2 111 1 ATATAGTGCTCGATCGCCGAGCATTGTGTA 2 235 0 TACCGGGAATTGGTCACCAACAAAATTAAT 3 16 0 CCTGTTGAGACCGTCACCGTGGTTTTAAAT 5 79 1 AACGCTCAGGCGATCACCAATATTGCTGGC 5 218 1 CGATTCTAGACGATCCCCATGGGCTTGCCT 6 70 1 CAAGTCCTACTGTTCGCCAAGTAGACAATG 6 117 1 AGTAATTACCCGATCGCCGTCTCCAAGCCC 7 210 1 ********** MAP Score: 10.6483 Motif 4 AACCAGGGAGTTTTCCGTTTTGCCCACATTAACT 0 60 1 AGTTAGCAAATTTGCTTAACCTTTTCATAGTCTA 1 121 1 AACCATAAGTTTTTCTTAATTTCTCTATGAAAAA 1 154 1 GATTGAAGGTTTTGCCCCACTTTTTCCTGATTGA 1 258 1 TTTTGTCATCATTGCCCAATTTTTTTATCCAAGC 3 147 0 ATTGCTCTAAATTGCTCCTCTATTGCCATAAAAA 3 239 0 ACCGACGGTCTTTTCGCCATTATTGCAAGACTGC 5 112 1 TCCTCGCACTTTTTCGACATTGTCTACTTGGCGA 6 130 0 GTATGAAGTAATTACCCGATCGCCGTCTCCAAGC 7 204 1 TTAAAAGTCTTTTTCCCCTTCCTTAAACTTCAAG 7 247 0 AACTCCTGTATTTACCCGATTATTTGGCGGTGAT 9 34 1 AGAATGATCATTTTCCCAACTGCTATGACTTGAA 9 93 1 TATTCCGCCGATTTCCTCTTTGCTCTCCGTCATT 9 157 0 ATACTGAGATATTACGTTACTATTCCGCCGATTT 9 177 0 AGCCATTGGTTTTGCCTATCTTCCCAGCAATTAA 9 232 1 AGCAGAATGATTTACCAAATTGTTGCGATTTCAT 10 109 1 CCCCATAACATTTACCTCATTTTTTACTGTTTTA 10 177 1 *** ** *** ** MAP Score: 9.49495 Motif 5 GAGCCATACTCCCTGGCAAGCATTTTTAGCTTAATAACCA 0 25 1 ACTTGACTACTATTGGAGGAGATTTTTGAC 0 110 1 TGTCGATCCCGCCGAGGATTTTTCGCAGAATTTGCA 1 6 1 GATCGTCCTTCACCGATGGGGAATTTTGCTGTCCGTTGGC 1 205 1 CGATCGCCAGCACCGATTGAAGGTTTTGCCCCACTTTTTC 1 244 1 TGCTCGGCGATCGAGCACTATATTTTTTTCTGCTCTACAG 2 242 1 TTTTTGTCATCATTGCCCAATTTTTTTATCCAAGCCAAAA 3 142 0 TACCAACCATCCCAGCTTGAAACTTTTTTTGTCATCATTG 3 167 0 TGGTAAGTTTCGATGGTGTACAATTTTGTCAACGTCATTT 3 202 1 TGACGGTCTCAACAGGGACTCAATTTTTTCGTGGTATGAA 5 55 0 GAGACCGTCACCGTGGTTTTAAATCTTACCGACGGTCTTT 5 85 1 GGCCGGGAGCCCAGGGAGATAAGTTTTAGCACGCTGTCTA 5 153 1 ACGAATAAGAAAATGCAGAGATATTTTCCCCAGCATC 6 7 0 AGTTTAAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTAACTAAACCTAAA 7 252 1 TAGCCAGATACAGTGATGCTTAATTTTTACTCAATAACCC 10 218 0 ** ** * **** * MAP Score: 7.30902 Motif 6 TCCCCATAACATTTACCTCATTTTTTACTGTTTTATGTGTTAG 10 176 1 AACCAGTAGAGTTTGACATCCACTTTCGGTGTTCATACTTAAA 2 113 0 GAAGCAGAATGATTTACCAAATTGTTGCGATTTCATGATATCA 10 107 1 CCGCCCTTGAGCTTAGCTTTTTCGTTCCCCGTTGACAATGGCG 1 56 1 AGAGTTAGCAAATTTGCTTAACCTTTTCATAGTCTAACCATAA 1 119 1 CCCGCCGAGGATTTTTCGCAGAATTTGCACAGTAAAGTGCCGC 1 17 1 CCGATTGAAGGTTTTGCCCCACTTTTTCCTGATTGAGAAATTT 1 256 1 TTTTTAGCTTAATAACCAGGGAGTTTTCCGTTTTGCCCACATT 0 47 1 ATATTACGTTACTATTCCGCCGATTTCCTCTTTGCTCTCCGTC 9 160 0 TAACACGATGAATCCTCGCACTTTTTCGACATTGTCTACTTGG 6 133 0 CCCCCTTCCGGCTTAGCTCGGTATTTTGGCTTGGATAAAAAAA 3 119 1 AAACTCCTGTATTTACCCGATTATTTGGCGGTGATGATTAACC 9 33 1 ATTTTTGTTTATTTGTCGATTTGTTGAGCTTTTATTGCC 3 271 1 ATGCTGGGGAAAATATCTCTGCATTTTCTTATTCGTAGGCTAT 6 11 1 GAAAATTAGTGGTTTTCACTGTTGTTTCGCTATAATGACGGAG 9 124 1 GATTCTAGACGATCCCCATGGGCTTGCCTCGTTGGGTGGACTA 6 71 1 ACTATTAATAATTTTCACTCCACTTTACCCGTTTGGA 8 4 0 GAAAATACTAAATATCCCTTGACTTGAGGCTTTCGTCCCAACC 2 162 1 CCTCTCAAAAACTACAAGCTTTATTTACGCTTTGAAGATAATC 7 10 1 * ** * *** * ** MAP Score: 6.24649 Motif 7 GGGGAATTTTGCTGTCCGTTGGCGATCGCCAGCACCGATTGAAG 1 222 1 TCAAGACCTGGACCCTCCATGGCAAGCCCCGCTATGAATTGCTC 3 64 0 CGAAAAAATTGAGTCCCTGTTGAGACCGTCACCGTGGTTTTAAA 5 64 1 GCTAGTTAGAGCAACGCTCAGGCGATCACCAATATTGCTGGCCA 5 206 1 ACCCAACGAGGCAAGCCCATGGGGATCGTCTAGAATCGCTACTC 6 64 0 GTAATTACCCGATCGCCGTCTCCAAGCCCCCTAAATCTTGAAGT 7 211 1 CGTCATTATAGCGAAACAACAGTGAAAACCACTAATTTTCAAGT 9 120 0 TTACAGTTATTCGATTGAGAACACAACTAAAAATCTGTT 10 5 1 AATAGAATTCGTTGTGCAAATGTAATCCCCATAACATTTACCTC 10 151 1 * * ** ** * ** * MAP Score: 5.99655 Motif 8 ATTTTCACTTAGAACTTGACTACTATTGGA 0 97 1 CACCGATTGAAGGTTTTGCCCCACTTTTTC 1 254 1 ATGAACCAGTAGAGTTTGACATCCACTTTC 2 129 0 TGCTCTCCCAAGAACTGGCCATGTACCGGG 3 39 0 AATTCATAGCGGGGCTTGCCATGGAGGGTC 3 68 1 AGGCTTTTGATGGACTGGCCAGCAATATTG 5 235 0 ATCAAAAGCCTGAATTTGACCGTCGACCCT 5 254 1 TTCGTAGGCTATAATTTGCCTGGAGTAGCG 6 42 1 ACGATCCCCATGGGCTTGCCTCGTTGGGTG 6 79 1 AGTTCCGGATTGATTTTGACTTGAGCAAAA 7 126 0 TGGCTTTTATTTGGCTTGACTGCTCAATAC 9 207 0 TAAAAGCCATTGGTTTTGCCTATCTTCCCA 9 228 1 ********** MAP Score: 5.85791 Motif 9 ATAAGTTTTTCTTAATTTCTCTATGAAAAAC 1 158 1 CTGCTCTACAGTTTATTTCACTACTAGAGGT 2 271 1 CAGCTTGAAACTTTTTTTGTCATCATTGCCC 3 164 0 AGCAATTTTTGTTTATTTGTCGATTTGTTGA 3 267 1 CATAAATCCTGTTTATTTGAGAATTTTCT 4 63 1 CATCAAAAGCCTGAATTTGACCGTCGACCCT 5 253 1 TCGACCCTCATTTTATTTGTGGAGCCTAGCC 5 276 1 AAACTACAAGCTTTATTTACGCTTTGAAGAT 7 18 1 GAATTTACAGGTGTATTTGAGCCACTTAAAG 7 85 1 ATTAAAACTCCTGTATTTACCCGATTATTTG 9 29 1 GTATTTACCCGATTATTTGGCGGTGATGATT 9 41 1 AACCAATGGCTTTTATTTGGCTTGACTGCTC 9 212 0 TGTTTAAAAATTTTATTTATCCCCTAACTCC 10 45 1 TTAAGCATCACTGTATCTGGCTAAAACTTTA 10 235 1 ********* * MAP Score: 5.69616 Motif 10 ACTCCCTGGCAAGCATTTTTAGCTTAATAA 0 32 1 CTTAATAACCAGGGAGTTTTCCGTTTTGCC 0 54 1 ACTACTATTGGAGGAGATTTTTGAC 0 115 1 CGATCCCGCCGAGGATTTTTCGCAGAATTT 1 13 1 TGAAAAGGTTAAGCAAATTTGCTAACTCTA 1 118 0 CTTCACCGATGGGGAATTTTGCTGTCCGTT 1 212 1 CCTCAAGTCAAGGGATATTTAGTATTTTCC 2 161 0 GAGCAATTTAGAGCAATTTTTGTTTATTTG 3 256 1 CGGCCCACCAGGGCAGTCTTGCAATAATGG 5 128 0 CGTAAAAACTGAGGAGTTTTAAGAAGTCCT 6 280 1 CGGGTAAATACAGGAGTTTTAATTTTTAAT 9 22 0 ********** MAP Score: 5.07208 Motif 11 GCTAACTCTAGGGAAAGTTGAAGTAAAACCGCC 1 95 0 TGAAAGTCTTAAGCATTTCTTAGCACTTAAATC 2 62 1 CTCGATCGCCGAGCATTGTGTAGTTTAGGATTG 2 224 0 GTTCTTGGGAGAGCAATTCATAGCGGGGCTTGC 3 54 1 GGCAATAGAGGAGCAATTTAGAGCAATTTTTGT 3 246 1 CTGCTAGTTAGAGCAACGCTCAGGCGATCACCA 5 204 1 TCGCTACTCCAGGCAAATTATAGCCTACGAATA 6 40 0 TGATTACCCTAAGCAACTCCGAGACACACATAG 6 220 1 AGGTGTATTTGAGCCACTTAAAGACCTTGAATA 7 93 1 ACTCAATAAAAAGCAAATTCATGTAATTACTAT 8 42 0 ****** ** ** MAP Score: 5.04371 Motif 12 GTTAATTTTTATGTTCTTTAAGTTGAGCTTTGTAAACTTAG 2 14 0 GAACATAAAAATTAACATAAAATTGAAAGTCTTAAGCATTT 2 39 1 AAAATACTAAATATCCCTTGACTTGAGGCTTTCGTCCCAAC 2 163 1 AGAACTGGCCATGTACCGGGAATTGGTCACCAACAAAATTA 3 18 0 AATAAACAAAAATTGCTCTAAATTGCTCCTCTATTGCCATA 3 243 0 ATAAAGGTCAATATACCATTAGTAGATTGTTTGGTTCATAC 5 21 1 CCAGTCCATCAAAAGCCTGAATTTGACCGTCGACCCTCATT 5 247 1 GTAGGCTATAATTTGCCTGGAGTAGCGATTCTAGACGATCC 6 45 1 ACACACATAGATGAACCCTGTTTTGTATATTTTTTACCGTA 6 243 1 TATTAATAGTAATTACATGAATTTGCTTTTTATTGAGTCAC 8 37 1 TCATTTTCCCAACTGCTATGACTTGAAAATTAGTGGTTTTC 9 100 1 ** * * * *** ** MAP Score: 5.01436 Motif 13 GATCCCCATGGGCTTGCCTCGTTGGGTGGAC 6 81 1 GCTTTTATTTGGCTTGACTGCTCAATACTGA 9 204 0 TTCATAGCGGGGCTTGCCATGGAGGGTCCAG 3 70 1 TAAGGCTAGGCTCCACAAATAAAA 5 286 0 TCCCCCTTCCGGCTTAGCTCGGTATTTTGGC 3 118 1 AAGCTAAAAATGCTTGCCAGGGAGTATGGCT 0 26 0 TATGCTTCTAGTCTTGACAGCAAGGCGATTC 6 183 1 CTTAGATGAAGGCCTGACATCCGGAGTTCTC 4 27 0 ****** **** MAP Score: 3.00076 Motif 14 CTTGACTACTATTGGAGGAGATTTTTGAC 0 111 1 CCCCGTTGACAATGGCGGTTTTACTTCAACTT 1 82 1 GCCAGCACCGATTGAAGGTTTTGCCCCACTTT 1 249 1 CAATCAACCCAGTGTAGGATTTAAGTATGAAC 2 94 1 TTTGACATCCACTTTCGGTGTTCATACTTAAA 2 113 0 ATATCCCTTGACTTGAGGCTTTCGTCCCAACC 2 173 1 AGCATTGTGTAGTTTAGGATTGCGGCGGGTGA 2 214 0 TGAAGGCCTGACATCCGGAGTTCTCATAAACA 4 20 0 TCGACGGTCAAATTCAGGCTTTTGATGGACTG 5 248 0 TTACCGTAAAAACTGAGGAGTTTTAAGAAGTC 6 276 1 AATAGTTCCAAGTTCCGGATTGATTTTGACTT 7 134 0 TAATCGGGTAAATACAGGAGTTTTAATTTTTA 9 24 0 GTTTCGCTATAATGACGGAGAGCAAAGAGGAA 9 147 1 AACACCCAATATTGAGGGAGTTAGGGGATAAA 10 60 0 * ** ******* MAP Score: 2.6338 Motif 15 AACGATTAGAGCCATACTCCCTGGCAAGCATTTTTAGCTTAATAACC 0 17 1 TGTCGATCCCGCCGAGGATTTTTCGCAGAATTTGCACA 1 1 1 CCAAGTGATCGTCCTTCACCGATGGGGAATTTTGCTGTCCGTTGGCG 1 199 1 CTTGACTTGAGGCTTTCGTCCCAACCTAGACTCAGTCACCCGCCGCA 2 179 1 CCGGATGTCAGGCCTTCATCTAAGTAATGCATAAATCCTGTTTATTT 4 34 1 TCCCTGTTGAGACCGTCACCGTGGTTTTAAATCTTACCGACGGTCTT 5 77 1 GCAACGCTCAGGCGATCACCAATATTGCTGGCCAGTCCATCAAAAGC 5 216 1 AGCGATTCTAGACGATCCCCATGGGCTTGCCTCGTTGGGTGGACTAG 6 68 1 CATTGGTTTTGCCTATCTTCCCAGCAATTAATCGAACTT 9 235 1 * * ** ** * ** * MAP Score: 2.60294 Motif 16 AATGTCAGTTAATGTGGGCAAAACGGAAAACTC 0 67 0 TTACTGTGCAAATTCTGCGAAAAATCCTCGGCG 1 19 0 AATCAGGAAAAAGTGGGGCAAAACCTTCAATCG 1 257 0 AAAATTGGGCAATGATGACAAAAAAAGTTTCAA 3 158 1 GCAGTCTTGCAATAATGGCGAAAAGACCGTCGG 5 113 0 GATGCTGGGGAAAATATCTCTGCA 6 1 1 CTTGAAGTTTAAGGAAGGGGAAAAAGACTTTTA 7 247 1 AATTGCTGGGAAGATAGGCAAAACCAATGGCTT 9 231 0 *** ******* MAP Score: 2.3251 Motif 17 GAGCCATACTCCCTGGCAAGCATTTTTAGCTTAATAA 0 25 1 TGTCGATCCCGCCGAGGATTTTTCGCAGAATTT 1 6 1 GATCGTCCTTCACCGATGGGGAATTTTGCTGTCCGTT 1 205 1 CCCCACTTTTTCCTGATTGAGAAATTTCTAAAGCAAT 1 272 1 AATCAATCAACCCAGTGTAGGATTTAAGTATGAACAC 2 91 1 TACCAACCATCCCAGCTTGAAACTTTTTTTGTCATCA 3 170 0 GGGCCGGGAGCCCAGGGAGATAAGTTTTAGCACGCTG 5 152 1 CATAGATGAACCCTGTTTTGTATATTTTTTACCGTAA 6 248 1 *** * ** * *** MAP Score: 0.899083