AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CY/CY_fusions020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246755
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	gcp	159	sialoglycoprotease
#1	hypothetical	53	hypothetical protein
#2	rfbB	77	dTDP-glucose 4-6-dehydratase
#3	putA	300	delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
#4	gabD	100	succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)
#5	fmt	213	methionyl-tRNA formyltransferase

Motif 1
ATCTTGCTTATTTATTTAGCCGCCTTTTTAGTCT	0	36	0
CTCTGCTAGTTTGAGTTTGATCCAAAAGACGACG	0	134	0
         CTTGACTTTACTGAAAAGCTGAAAA	1	1	1
CGGTTGCCAGTTAACTGGTATGAAGGAACACAGC	2	13	0
CAATCCTTTGTTGACTAAGCTCAATTTTTGGGTG	3	26	0
GGATTGTCGGTTGATTTGGCTGAAAATTAGTTAT	3	54	1
ATTTCCATAATGAAAATTGCCGAAAAAGTGAGCT	3	151	0
TTAGCTGTTCTTGAGAGAGACTAATTTTGCCATT	3	185	1
ATTTTGCCATTTCATTAGGATGAAGAATCAGAGC	3	208	1
ATTCCAGAGTTTAAGTTGCCCCAAAGCCATTGGC	4	47	0
AAAGGGTAGATTTAGTCCGATGAACTACGACTGT	5	26	1
TGTACTTGGTTGTAATTTGCTTAACTATCGGCCC	5	57	1
TACCATGGTCTTAATTACCCTTAACAATGTAAAG	5	148	0
          ** * *  ******
MAP Score: 7.0183

Motif 2
GAATCTTGCTTATTTATTTAGCCGCCTTTTTAGT	0	38	0
CCGTGATCCGGGGATCGTTAGCCGATAATAGGAA	0	83	1
AGGAAAGACTGGGCTAATAAACCGTCGTCTTTTG	0	112	1
AAAATTAGTGGGGCAAATTGATTGAAAAAAT   	1	32	1
GACAATCCTTTGTTGACTAAGCTCAATTTTTGGG	3	28	0
AAGGATTGTCGGTTGATTTGGCTGAAAATTAGTT	3	52	1
ATTTTCATTATGGAAATTTAGCTGTTCTTGAGAG	3	168	1
CTAATGAAATGGCAAAATTAGTCTCTCTCAAGAA	3	192	0
ATGGCTTTGGGGCAACTTAAACTCTGGAATTTTC	4	51	1
AGCTTGAGGGGGAGGCATTAACCC          	4	86	1
CCTCAAAAAGGGTAGATTTAGTCCGATGAACTAC	5	20	1
ACATTGTTAAGGGTAATTAAGACCATGGTAGTTA	5	152	1
GGTAGTTAAAGGTGTAATGAACTGGGCAGACTTT	5	178	1
          **   * *******
MAP Score: 6.4757

Motif 3
TCGTTTCCTTGGTTAAACAAAAGACTAAAA	0	15	1
CTAAAAAGGCGGCTAAATAAATAAGCAAGA	0	39	1
GGAAAGACTGGGCTAATAAACCGTCGTCTT	0	113	1
AAATTAGTGGGGCAAATTGATTGAAAAAAT	1	33	1
GTTTACCCCTGAGAAAATAAGGTACGGTTG	2	41	0
ATTTTCTCAGGGGTAAACAAAGTGAATTGC	2	53	1
CTAATTTTCAGCCAAATCAACCGACAATCC	3	54	0
CAGGCATTTTGAGAAATCTATAATCATTCT	3	90	1
CTAATGAAATGGCAAAATTAGTCTCTCTCA	3	196	0
ATGGCTTTGGGGCAACTTAAACTCTGGAAT	4	51	1
ACATTGTTAAGGGTAATTAAGACCATGGTA	5	152	1
          **********
MAP Score: 6.22246

Motif 4
GACTAAAAAGGCGGCTAAATAAATAAGCAAGATT	0	37	1
TTTCCTATTATCGGCTAACGATCCCCGGATCACG	0	84	0
TAGGAAAGACTGGGCTAATAAACCGTCGTCTTTT	0	111	1
AAAAATTAGTGGGGCAAATTGATTGAAAAAAT  	1	31	1
          TCGGCTGTGTTCCTTCATACCAGT	2	0	1
TAACTAATTTTCAGCCAAATCAACCGACAATCCT	3	53	0
GCTCACTTTTTCGGCAATTTTCATTATGGAAATT	3	152	1
GCTTATCTTCTGGGCGATCTGTTTGGTAAGGTAT	3	275	0
  CAAGATTGGGGGCCAGCAACCTAGACTAGAAA	4	8	1
CAATGGCTTTGGGGCAACTTAAACTCTGGAATTT	4	49	1
          TGGGGTATATCCTCAAAAAGGGTA	5	0	1
TGTAATGAACTGGGCAGACTTTCTAGATATTTT 	5	190	1
          ***** *  * ***
MAP Score: 3.64274

Motif 5
CAATTTGCCCCACTAATTTTTCAGCTTTTCAGT	1	19	0
      TCGGCTGTGTTCCTTCATACCAGTTAA	2	4	1
TTTGAGAAATCTATAATCATTCTACACACGTCA	3	97	1
GAAAGTGATGCTCTGATTCTTCATCCTAATGAA	3	218	0
CCCAACCCTTCATTGTACATTCAGAAAGTGATG	3	241	0
GGCATCTCTGCATTAATCCTTCTAGTGAATTAA	5	102	0
CTGCCCAGTTCATTACACCTTTAACTACCATGG	5	174	0
          ** ** ** ****
MAP Score: 1.9008

Motif 6
TTGCTTATTTATTTAGCCGCCTTTTTAGTCT	0	36	0
AAATAAGCAAGATTCGCAACCTGTTACCGTG	0	57	1
CAGTCTTTCCTATTATCGGCTAACGATCCCC	0	92	0
AAAGACGACGGTTTATTAGCCCAGTCTTTCC	0	113	0
TGCCCCACTAATTTTTCAGCTTTTCAGTAAA	1	16	0
CATACCAGTTAACTGGCAACCGTACCTTATT	2	25	1
TGTCATAACTAATTTTCAGCCAAATCAACCG	3	61	0
TTTGGTAAGGTATTCCCAACCCTTCATTGTA	3	257	0
       CAAGATTGGGGGCCAGCAACCTAG	4	3	1
AAACTCTGGAATTTTCCAGCTTGAGGGGGAG	4	69	1
TAATTTGCTTAACTATCGGCCCGAATTGTAC	5	69	1
          **** ******
MAP Score: 1.0572

Motif 7
GATAATAGGAAAGACTGGGCTAATAAACCGTCGT	0	106	1
AAGCTGAAAAATTAGTGGGGCAAATTGATTGAAA	1	25	1
GGATTGTCGGTTGATTTGGCTGAAAATTAGTTAT	3	54	1
AAATAAGAGTATGACGTGTGTAGAATGATTATAG	3	107	0
CTTCATCCTAATGAAATGGCAAAATTAGTCTCTC	3	199	0
TGAATGTACAATGAAGGGTTGGGAATACCTTACC	3	251	1
         CAAGATTGGGGGCCAGCAACCTAGA	4	1	1
ATTTTCCAGCTTGAGGGGGAGGCATTAACCC   	4	79	1
TAACAATGTAAAGAATTGTGAGAAACGGCATCTC	5	127	0
TAAAGGTGTAATGAACTGGGCAGACTTTCTAGAT	5	184	1
          ****  ***  ***
MAP Score: 0.961672

Motif 8
GAAAAATTAGTGGGGCAAATTGATTGAAAAA	1	30	1
          TCGGCTGTGTTCCTTCATACC	2	0	1
CAAAGGATTGTCGGTTGATTTGGCTGAAAAT	3	50	1
GCTCACTTTTTCGGCAATTTTCATTATGGAA	3	152	1
CCAATGGCTTTGGGGCAACTTAAACTCTGGA	4	48	1
CAACTTAAACTCTGGAATTTTCCAGCTTGAG	4	63	1
          TGGGGTATATCCTCAAAAAGG	5	0	1
TGTAATGAACTGGGCAGACTTTCTAGATATT	5	190	1
          ******** **
MAP Score: 0.76472