AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CY/CY_fusions021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246796
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	Na/H	291	Na/H antiporter
#1	potassium	123	potassium channel
#2	NaH-antiporter	300	NaH-antiporter protein
#3	hypothetical	297	hypothetical protein

Motif 1
AGGCTACACGAAATTAGGGATAATTACTATGAC	0	94	1
TTAGTAATTGAAAGTAGGGCTAAATTGCCGCCG	3	119	1
ATCCCTACTCAAACAAGGGGGAGATTTAACTGC	2	84	1
TTTTCCAAGCAAATTTTGGGAAATCAAAACCTA	0	251	1
CTACGCCACTAAAAATTGGGGAGCTTTTGCCTT	2	248	1
CGGCAAAGCCCAAGAATGGAAAAACACCGTCCG	3	251	0
CTAATTTAGAAAATTGTGGCGAAGGACACTAAA	3	199	0
ACAATTTTCTAAATTAGGGTTGATAAACTGCCT	3	215	1
TTCAGTAATCAAAGACTGGTTGGAATTGCCATA	3	26	1
AGACCATATCCAAATTTGGCCAGTCTAACGCGT	1	22	0
ACTCCAGACAAAATTATGAAAAAATGCAAATCT	3	152	0
GATTACTGAAAAACAATGGGGTGAAC       	3	3	0
TTAGAACTAAAAAGACTGATCAAAG        	2	2	0
AATTTATTTGAAAAATTGAGGTGTGGCAGTTAA	2	109	0
          *** *****  **
MAP Score: 9.2226

Motif 2
AAATCTCGGCGGCAATTTAGCCCTACTTTC	3	128	0
TTGGCGAATTGGGAATTTAGTGTCCTTCGC	3	184	1
CGTCCGTATAGGCAGTTTATCAACCCTAAT	3	227	0
CATTTGATATGGCAGTTTTGGGTTATGGCA	3	52	0
TGTTTGAGTAGGGATTTTAGTGGGGCGATT	2	69	0
ATTGAGGTGTGGCAGTTAAATCTCCCCCTT	2	98	0
GGCTGAGTTCGTGAGTTTAATGTGAAGATA	3	88	1
TCGCCGTTTAGTCCGTTTAACT        	3	285	1
CTAAACTTAAGTCAATTAAAGATAGGATCA	2	31	1
AAACAGGTCAGTCGATTTAAGATCAGGAGA	1	87	0
 CTTTGATCAGTCTTTTTAGTTCTAAACTT	2	9	1
ATTTTAGTGGGGCGATTGAGCGGGATGATC	2	56	0
          **********
MAP Score: 8.23361

Motif 3
CCTAGGATTTTAATCACAGAAAAACTGGAACTCTAGCC	0	59	0
TTAAAATCCTAGGCTACACGAAATTAGGGATAATTACT	0	84	1
GATATTGTGTTTTCCAAGCAAATTTTGGGAAATCAAAA	0	242	1
CCTAACGCGTTAGACTGGCCAAATTTGGATATGGTCTG	1	18	1
     CCTAAAACCTCACTTAAAACAGGTCAGTCGATT	1	100	0
TTCTAAACTTAAGTCAATTAAAGATAGGATCATCCCGC	2	29	1
CCCCACTAAAATCCCTACTCAAACAAGGGGGAGATTTA	2	74	1
TTCAGAGTCCTACGCCACTAAAAATTGGGGAGCTTTTG	2	239	1
 TTACATTGGATGTCATCTCTAAGCAGGATAAGGCAAA	2	273	0
CCATTGTTTTTCAGTAATCAAAGACTGGTTGGAATTGC	3	17	1
CAAAACTGCCATATCAAATGAATACAGGCTGAGTTCGT	3	62	1
GTGAAGATAGTTAGTAATTGAAAGTAGGGCTAAATTGC	3	109	1
CAATTCGCCAACTCCAGACAAAATTATGAAAAAATGCA	3	157	0
GTCCTTCGCCACAATTTTCTAAATTAGGGTTGATAAAC	3	205	1
          *   *   * *** ****
MAP Score: 6.56655

Motif 4
AAGGGAACTGCTCCTTTCCCTATGCAGACT	0	145	1
GGATGTTGACCTACTTCCCTGGTTGATCAG	0	179	0
GATCATCCCGCTCAATCGCCCCACTAAAAT	2	56	1
AATCGCCCCACTAAAATCCCTACTCAAACA	2	69	1
AACTTCTATTGACCATTGCCCCTGGTCTAC	2	169	1
TATTTTCAGAGTCCTACGCCACTAAAAATT	2	235	1
GAAAGTAGGGCTAAATTGCCGCCGAGATTT	3	128	1
GCGAAGGACACTAAATTCCCAATTCGCCAA	3	184	0
GGAATTTAGTGTCCTTCGCCACAATTTTCT	3	195	1
          **********
MAP Score: 4.80386

Motif 5
TGGATGTTGACCTACTTCCCTGGTTGATCA	0	180	0
TCATCCCGCTCAATCGCCCCACTAAAATCC	2	58	1
CTTCTATTGACCATTGCCCCTGGTCTACAG	2	171	1
TTTTCAGAGTCCTACGCCACTAAAAATTGG	2	237	1
TCCCAATTCGCCAACTCCAGACAAAATTAT	3	168	0
AATTTAGTGTCCTTCGCCACAATTTTCTAA	3	197	1
          **********
MAP Score: 3.64693

Motif 6
CTAATTTTAATCTTTTGACCTGGCTAGAGTTC	0	38	1
TAGGGATAATTACTATGACCTGTAGTAACTGA	0	108	1
TCGTATCTGGTATATTGTCCTTTTGGCGGGAT	0	213	1
GAAATAATTGTCTCCTGATCTTAAATCGACTG	1	77	1
TGATCTTAAATCGACTGACCTGTTTTAAGTGA	1	92	1
AATAACAACTTCTATTGACCATTGCCCCTGGT	2	163	1
GAATTGGGAATTTAGTGTCCTTCGCCACAATT	3	189	1
          ***  *******
MAP Score: 2.28931

Motif 7
ATCTTTTGACCTGGCTAGAGTTCCAGTTTTTCT	0	47	1
TTTCCCTATGCAGACTGGATCTGATCAACCAGG	0	159	1
TATTGTCCTTTTGGCGGGATATTGTGTTTTCCA	0	225	1
TTGCCTTATCCTGCTTAGAGATGACATCCAATG	2	274	1
TAATCAAAGACTGGTTGGAATTGCCATAACCCA	3	31	1
GGCTAAATTGCCGCCGAGATTTGCATTTTTTCA	3	136	1
TTTCATAATTTTGTCTGGAGTTGGCGAATTGGG	3	164	1
          *** *****  **
MAP Score: 1.99542