AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CY/CY_operons091_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944253658
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	hypothetical	121	hypothetical protein
#1	hypothetical	173	hypothetical protein
#2	hypothetical	126	hypothetical protein
#3	hypothetical	170	hypothetical protein

Motif 1
          TTTCCATTAACTTGTGCAAATT	0	0	1
CCTATTACACTTTGTTTTAACTAGATTAATAA	1	51	1
CTAGATTAATAATCCATTATTTGATTGTTTTA	1	71	1
CCATTATTTGATTGTTTTATTTAAATTTCCTT	1	84	1
TTTATTTAAATTTCCTTTAATTCAGGTTACTG	1	99	1
GATTTAAGCATTGGCTTTATTTGTTATCAGCG	1	151	1
ATTCTCTGGTTATCTATTTTCTTAGTTGTTTC	2	67	1
AGTTTTAGTCAAACTGTTATTTAGTTTTAATT	3	108	1
AAACTGTTATTTAGTTTTAATTTTACTAACTT	3	118	1
TTAATTTTACTAACTTTTTTCTTCTTTAAAAA	3	134	1
          ** ** ******
MAP Score: 4.85532

Motif 2
  ATTAATTATCTTTGCTTGATTGTTTAGTTGT	1	8	1
TTTGCTTGATTGTTTAGTTGTTTAACTATAACC	1	20	1
TTACACTTTGTTTTAACTAGATTAATAATCCAT	1	55	1
AATAATCCATTATTTGATTGTTTTATTTAAATT	1	78	1
TTAAGCATTGGCTTTATTTGTTATCAGCG    	1	154	1
TCGATTCTCTGGTTATCTATTTTCTTAGTTGTT	2	64	1
GTTATCTATTTTCTTAGTTGTTTCTTGGTTGGT	2	75	1
CTTAGTTGTTTCTTGGTTGGTTTCCCCCTCGTT	2	87	1
TTAGTCAAACTGTTATTTAGTTTTAATTTTACT	3	112	1
GTTTTAATTTTACTAACTTTTTTCTTCTTTAAA	3	131	1
          * ***  ******
MAP Score: 4.69629

Motif 3
          TTTCCATTAACTTGTGCAAATTC	0	0	1
CACTGGTATAATTCCCGTTGGTTCCGAATACGA	0	80	1
      ATTAATTATCTTTGCTTGATTGTTTAG	1	4	1
ACTATAACCTATTACACTTTGTTTTAACTAGAT	1	44	1
ATAATCCATTATTTGATTGTTTTATTTAAATTT	1	79	1
TTTTATTTAAATTTCCTTTAATTCAGGTTACTG	1	98	1
CCCCAGATTAATTGAGCTAGATTTAAGCATTGG	1	132	1
AGATTTAAGCATTGGCTTTATTTGTTATCAGCG	1	150	1
CTGGTTATCTATTTTCTTAGTTGTTTCTTGGTT	2	72	1
GAGGGGCAGGATTAAAGTTTGTTAGGAGTCTGA	3	56	0
AACTCAACACATTCAATCAGTTTTAGTCAAACT	3	90	1
TTTAGTTTTAATTTTACTAACTTTTTTCTTCTT	3	127	1
          ***  ***** **
MAP Score: 4.00298