AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i WIT_ctrl_PID043_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	943391368
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	cysM	133	cysteine synthase B, O-acetylserine sulfhydrolase B
#1	cysW	300	sulfate transport system permease W protein
#2	cysP	300	thiosulfate binding protein
#3	sbp	300	periplasmic sulfate-binding protein

Motif 1
AATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGAT	0	21	1
CCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCT	0	37	0
ACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGT	0	98	0
TTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAA	1	19	1
GTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCA	1	35	0
ATCACCGTCAGCCAGATGGCGTGCAGCATGTC	1	64	0
CTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTT	1	139	1
TTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACT	1	169	1
CCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTAT	1	215	1
CCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGCCGTAGAACAG	1	250	0
CGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATA	1	267	1
      AATTTGCAGGTTATGCTCGTCGAGCC	1	284	0
AAATAAAATAGCCTGGTGAACTTAGTTCAAGA	2	48	0
ATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCG	2	121	1
CAACAATTACGCCTGTTGAACCAAGTTCTTAT	2	168	1
AAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCA	3	37	1
ATTCATGTAGGCCTGATAAGCGAAGCGCATCA	3	50	0
ACTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCG	3	105	1
CTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCT	3	123	0
          *** ***** **
MAP Score: 26.1057

Motif 2
CAGGCATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGA	1	13	1
TGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCAC	2	79	1
CGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAG	3	106	0
CCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCT	1	215	1
TGCTCGTCGAGCCAACCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGC	1	260	0
CTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGC	1	124	1
CGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCA	1	38	1
AATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACATGAA	3	44	1
TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGT	1	92	1
GCGATCATCACCGTCAGCCAGATGGCGTGCAGCATGT	1	65	0
AGTGCGCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCC	3	124	0
ATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGC	0	22	1
TTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACA	1	169	1
GATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACG	0	92	1
ACCTCTGTTTCCTCCCTGCATTTGTGGGGAGGATTTC	2	10	1
TGACGCTACTGGACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGT	1	191	1
GTATATAAAACCGTTACTCCTTTCACGTCCGTTATAA	2	229	1
          **    *** * ** **
MAP Score: 22.7271

Motif 3
TTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATG	0	25	1
ATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTAT	0	93	0
TGTAAAACCGGCATCAGCCCCTTGCTGAATGCCTGCAC     	1	5	0
TGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGTGAT	1	53	1
ATCTGGCTGACGGTGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAA	1	79	1
ACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTT	1	122	1
TCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCCGTT	1	170	1
ATACACCAGACCGGCAACCACCGGCGATACGGCAAACGGAATG	1	204	0
CTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACG	1	250	1
      ACCTCTGTTTCCTCCCTGCATTTGTGGGGAGGATTTC	2	4	1
TCGTCTTGAACTAAGTTCACCAGGCTATTTTATTTGTCATTTT	2	45	1
TTTATTTGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCAC	2	73	1
TGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAACTGA	2	122	1
GGAATAAGAACTTGGTTCAACAGGCGTAATTGTTGCAGTCAGT	2	160	0
GCCTGATAAGCGAAGCGCATCAGGCATTTTTGCTTCTGTCATC	3	29	0
CTGACAAAGTGCGCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGC	3	125	0
TTTAATGTTTGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCACAA	3	245	1
          **     *  * ***    ** *
MAP Score: 22.1279

Motif 4
ATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCG	0	22	1
AGGTTTGTAACCTGTAGACCTGATAAGACGCGCA	0	71	1
TGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTC	0	87	0
TCAGCCCCTTGCTGAATGCCTGCAC         	1	1	0
TTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAATC	1	19	1
ATCCGGACATGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGT	1	59	1
TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCT	1	92	1
CCAGCAGAATGCCGAACACCAGGTTTACCGGTAC	1	112	0
TGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCG	1	128	1
CTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACG	1	162	1
TACTGGACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGT	1	197	1
CCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTT	1	215	1
GCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGA	1	260	1
AAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGG	3	37	1
TTGCAGAATTCATGTAGGCCTGATAAGCGAAGCG	3	55	0
CCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACA	3	110	0
          **** * *** * *
MAP Score: 19.9352

Motif 5
ACGGCAATCAGCGCGATCATCACCGTCAGCCAGATGGCGT	1	74	0
GCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGT	3	105	0
CTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG	1	250	1
TCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGCAAATT     	1	275	1
AAGTTAAAGCGCGTCACCAGCCAGGCCAGCAGAATGCCGA	1	131	0
CGTACTATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTG	2	115	1
TACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCTG	1	44	1
ACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATGG	0	29	1
CACCAGACCGGCAACCACCGGCGATACGGCAAACGGAATG	1	204	0
ACCGGCATCAGCCCCTTGCTGAATGCCTGCAC        	1	2	0
GCTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACT	1	161	1
CTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGT	0	90	1
CACATAGTACGTGAGGATTTCGAGCACTGCCCGGGGCCAA	2	86	0
          ** **  * **     * **
MAP Score: 18.903

Motif 6
TGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATGG	0	23	1
CAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGAC	1	21	1
TGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGTGATGATCGCGCTGATTGCCGT	1	68	1
GATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCATT	1	93	1
TGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTT	1	125	1
TTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCC	1	164	1
ACTGGACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTG	1	198	1
TATTTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG	1	244	1
GCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGCAAATT     	1	269	1
GTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTATGTG	2	80	1
TTGCAAACTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGC	3	99	1
GGCGTTCGCGCCGCATCCGGCATGGACAAAGCGCACTTTGTCAGCA	3	124	1
TTTGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCACAACACAACATAA	3	252	1
          * *  *** *     *     *  **
MAP Score: 15.0542

Motif 7
GCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATTCACTCAA	0	14	0
GGCTTTTTAATGGCAAGGTTTGTAACCTGTAGACCTGATAAGACG	0	56	1
ATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTC	0	87	0
TCTGTAAAACCGGCATCAGCCCCTTGCTGAATGCCTGCAC     	1	5	0
TGCAGCATGTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCATCAGC	1	30	0
TCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGTGAT	1	51	1
GGTGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGG	1	90	1
ACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTA	1	122	1
GCTGACGCTACTGGACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGC	1	189	1
GCCAACCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGCCGTAGAACAGCAAATACA	1	242	0
ACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGCAAATT 	1	266	1
TGAGGATTTCGAGCACTGCCCGGGGCCAAAATGACAAATAAAATA	2	70	0
TCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAACTGACTGCAACAATT	2	131	1
AAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACATGAATTCTGC	3	42	1
GCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGTTTGCA	3	100	0
CTGACAAAGTGCGCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCT	3	123	0
GTGTTGTGATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACATTAA	3	246	0
          * **     **    ** *   * *
MAP Score: 7.78169

Motif 8
TAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAAT	0	26	1
CGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTACAAACCT	0	71	0
AGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGTATGGATA	0	96	1
ATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAATCTGGCCG	1	18	1
TTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCT	1	42	1
GATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCA	1	96	1
CCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCT	1	123	1
GCGCTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTAC	1	159	1
CCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCCGTTTGCCGTAT	1	180	1
ATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCTGTTCTACG	1	219	1
TGGTGTATTTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGC	1	239	1
GCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGCAAATT    	1	273	1
    ACCTCTGTTTCCTCCCTGCATTTGTGGGGAGGATTTC	2	6	1
CATAGTACGTGAGGATTTCGAGCACTGCCCGGGGCCAAAAT	2	83	0
CACGTACTATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGT	2	113	1
GAATAAGAACTTGGTTCAACAGGCGTAATTGTTGCAGTCAG	2	161	0
ATATTTATAACGGACGTGAAAGGAGTAACGGTTTTATATAC	2	229	0
CAGGCATTTTTGCTTCTGTCATCGGTTTCAGGGTAAAGGAA	3	11	0
CCTGATAAGCGAAGCGCATCAGGCATTTTTGCTTCTGTCAT	3	30	0
CCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACATGAATTCTGCAA	3	48	1
TGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGTTTGCAAA	3	98	0
TAAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGCATGGACAAAGCGCACTT	3	121	1
          * * **   * **  *  * *
MAP Score: 5.74403

Motif 9
ATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTA	0	22	1
GATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGTATGGA	0	92	1
CAGGCATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAATCTGG	1	13	1
CGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCAT	1	38	1
ATGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGTGATGATCGCGCTGATTG	1	67	1
TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGG	1	92	1
CTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTA	1	124	1
GACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCCGTTTGCCGT	1	176	1
TTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG	1	247	1
TGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTA	2	79	1
CTATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAAC	2	119	1
CATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGT	3	105	0
GTTTGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCACAACACAAC	3	251	1
          **  * *** *  *  *     *
MAP Score: 4.01297

Motif 10
TCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATGGCAAGGTTT	0	44	1
CGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCTGTTCT	1	224	1
CTAAGTTCACCAGGCTATTTTATTTGTCATTTT	2	55	1
TATAAATTTAATGACTTTCTAATAGCCATCATA	2	267	0
CGGATTTCTTCCGCCTTTTTAATCCCTCAACAT	3	178	1
       CGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGT	3	284	0
          * * ** ******
MAP Score: 3.15343