AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i WIT_ctrl_PID043_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 943391579 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 cysM 133 cysteine synthase B, O-acetylserine sulfhydrolase B #1 cysW 300 sulfate transport system permease W protein #2 cysP 300 thiosulfate binding protein #3 sbp 300 periplasmic sulfate-binding protein Motif 1 GCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCT 3 123 0 CTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACT 1 168 1 AACTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCG 3 104 1 GCAACAATTACGCCTGTTGAACCAAGTTCTTAT 2 167 1 TTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTG 1 211 1 TCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTT 1 138 1 GAATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGAT 0 20 1 CATCACCGTCAGCCAGATGGCGTGCAGCATGTC 1 64 0 ACCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGCCGTAGAACAG 1 250 0 GGAAGAAATCCGCCTCATATTGCTGACAAAGTG 3 157 0 GAAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCA 3 36 1 TACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGT 0 98 0 ATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAA 1 18 1 ACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATA 1 266 1 TGTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCA 1 35 0 CAAATAAAATAGCCTGGTGAACTTAGTTCAAGA 2 48 0 AACATATACCCGCAAGTTATAGCCAATCTTTTT 3 206 1 TTGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATC 2 78 1 AATTCATGTAGGCCTGATAAGCGAAGCGCATCA 3 50 0 CTGGCGTCCAGGGAAGTTAAAGCGCGTCACCAG 1 151 0 **** **** ** MAP Score: 27.1977 Motif 2 CAGGCATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGA 1 13 1 TGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCAC 2 79 1 CGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAG 3 106 0 CCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCT 1 215 1 TGCTCGTCGAGCCAACCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGC 1 260 0 CTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGC 1 124 1 AATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACATGAA 3 44 1 CGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCA 1 38 1 TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGT 1 92 1 GCGATCATCACCGTCAGCCAGATGGCGTGCAGCATGT 1 65 0 ATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGC 0 22 1 ACCTCTGTTTCCTCCCTGCATTTGTGGGGAGGATTTC 2 10 1 GATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACG 0 92 1 AGTGCGCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCC 3 124 0 TTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACA 1 169 1 TGACGCTACTGGACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGT 1 191 1 GTATATAAAACCGTTACTCCTTTCACGTCCGTTATAA 2 229 1 ** *** * ** ** MAP Score: 22.7271 Motif 3 ATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAAC 0 24 0 AGGTTTGTAACCTGTAGACCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCA 0 71 1 TATCCATACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTA 0 94 0 CGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCATCAGCCCCTTGCTGAATGC 1 16 0 AGATGGCGTGCAGCATGTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAAAC 1 40 0 TGCACGCCATCTGGCTGACGGTGATGATCGCGCTGATTGCCGT 1 71 1 GATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCC 1 105 1 CGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTTCCCT 1 132 1 CCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCCGTTTGCCGTATCG 1 180 1 ATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATT 1 205 1 TGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGA 1 248 1 ACGAACAGCGCGGAGAAACCGGAGCGTACACATAGTACGTGAG 2 111 0 GTATATAAAACCGTTACTCCTTTCACGTCCGTTATAAATATGA 2 229 1 TTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGCATGGA 3 107 1 TCTTTAATGTTTGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCAC 3 243 1 * * **** *** * MAP Score: 20.835 Motif 4 TGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGG 0 23 1 AACCTGTAGACCTGATAAGACGCGCAAGCGTCGCA 0 79 1 CGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTA 0 94 0 TCAGCCCCTTGCTGAATGCCTGCAC 1 0 0 GGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAATCTGGCCGATC 1 27 1 TCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCTGGC 1 51 1 TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTG 1 92 1 TACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCC 1 113 1 TGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTTCCCT 1 140 1 TGGTGTATTTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCG 1 239 1 AATAAAATAGCCTGGTGAACTTAGTTCAAGACGAA 2 44 0 CATAGTACGTGAGGATTTCGAGCACTGCCCGGGGC 2 89 0 TGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTC 2 122 1 AGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCC 3 38 1 CTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCGCATC 3 106 1 GCCTCATATTGCTGACAAAGTGCGCTTTGTCCATG 3 144 0 ****** * ** * MAP Score: 18.3137 Motif 5 ATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTA 0 22 1 GATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGTATGGA 0 92 1 CGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCAT 1 38 1 AGGTTTACCGGTACGGCAATCAGCGCGATCATCACCGTCAGCC 1 83 0 TAAACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCG 1 119 1 ACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCC 1 167 1 CAAATACACCAGACCGGCAACCACCGGCGATACGGCAAACGGA 1 207 0 TTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG 1 247 1 TGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTA 2 79 1 CTATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAAC 2 119 1 AAGGGAATAAGAACTTGGTTCAACAGGCGTAATTGTTGCAGTC 2 163 0 AGAAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACAT 3 35 1 CGCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCC 3 114 0 * ** * * * *** * MAP Score: 17.7526 Motif 6 TGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATG 0 23 1 TCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGTGAT 1 51 1 TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCA 1 92 1 GGCTGGTGACGCGCTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGA 1 149 1 CCGGCAACCACCGGCGATACGGCAAACGGAATGTCCAGTAGCGTC 1 192 0 TGGTGTATTTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTT 1 239 1 ACCTCTGTTTCCTCCCTGCATTTGTGGGGAGGATTT 2 1 1 CCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTATGTGTACGCTCCGG 2 91 1 TGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAACTGACT 2 122 1 AGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACATGAATT 3 38 1 **** * ** * * * MAP Score: 15.412 Motif 7 AACTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGC 3 104 1 CACGCCATCTGGCTGACGGTGATGATCGCGCTGATTGCCGT 1 73 1 AACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATGG 0 28 1 TTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTATGTG 2 85 1 TTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTT 1 130 1 CTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGCAAATT 1 274 1 GTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCATCAGCCCCT 1 26 0 TTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCTG 1 212 1 TCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCATT 1 98 1 GCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG 1 249 1 TTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCACAACACAACATAA 3 257 1 AATTCATGTAGGCCTGATAAGCGAAGCGCATCAGGCATTTT 3 42 0 TACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAG 0 90 0 GTGCAGGCATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGT 1 1 1 TTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCC 1 169 1 *** ** * * *** MAP Score: 15.2903 Motif 8 TGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAATG 0 23 1 ATAAGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGTATGGATAG 0 93 1 GTGCAGGCATTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTAC 1 2 1 GGGGCTGATGCCGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCT 1 27 1 TACCGGTAAACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGA 1 113 1 TCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCCGTTTG 1 170 1 CATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTT 1 204 1 GCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGC 1 260 1 CATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTATGTGT 2 82 1 TGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAACTGACT 2 122 1 AGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACATGAATT 3 38 1 CTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGCATGGAC 3 106 1 TGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCACAACACAACATAAG 3 254 1 ** * ** * * ** * MAP Score: 10.6622 Motif 9 AAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTT 0 28 0 GACGCTTGCGCGTCTTATCAGGTCTACAGGTTA 0 78 0 GACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGT 0 97 1 GCGTGCAGCATGTCCGGATCGGCCAGATTCTGT 1 45 0 GGACATGCTGCACGCCATCTGGCTGACGGTGAT 1 63 1 GGTTTACCGGTACGGCAATCAGCGCGATCATCA 1 92 0 AAACCTGGTGTTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCT 1 120 1 GAAGTTAAAGCGCGTCACCAGCCAGGCCAGCAG 1 139 0 CTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACT 1 168 1 TTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTG 1 211 1 TGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCG 1 248 1 TAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCA 1 264 1 TATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCG 2 120 1 GCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGT 3 105 0 GCTTTGTCCATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCT 3 123 0 GGAAGAAATCCGCCTCATATTGCTGACAAAGTG 3 157 0 ATGAGCAAAGCGTGCCAGAAGGTTAACCAAACA 3 250 0 CGCCCGACTCTCTTATGTTGTGT 3 287 0 **** ** **** MAP Score: 8.73022 Motif 10 AGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTAACATT 0 21 0 ACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCA 0 91 0 CGGTTTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACG 1 38 1 TGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGTGT 1 92 1 AGCCAGGCCAGCAGAATGCCGAACACCAGGTTTACCGGT 1 114 0 GGAAGTTAAAGCGCGTCACCAGCCAGGCCAGCAGAATGC 1 134 0 GACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGGACATTCCGTTTG 1 176 1 CCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCTGT 1 215 1 TGCTCGTCGAGCCAACCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGCCG 1 258 0 GGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGCAAATT 1 277 1 TGTCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGT 2 79 1 CGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAACTGACT 2 128 1 TAGGCCTGATAAGCGAAGCGCATCAGGCATTTTTGCTTC 3 36 0 CGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGTT 3 104 0 ** * ** * * ** * MAP Score: 8.67321 Motif 11 ATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTTTA 0 26 0 AGGTTTGTAACCTGTAGACCTGATAAGACGCGCAAGCGTCG 0 71 1 AGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGTATGGATA 0 96 1 AGATGGCGTGCAGCATGTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAA 1 42 0 CCAGCAGAATGCCGAACACCAGGTTTACCGGTACGGCAATC 1 105 0 GGAAGTTAAAGCGCGTCACCAGCCAGGCCAGCAGAATGCCG 1 132 0 CTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACTGG 1 162 1 ATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTA 1 205 1 TGGTGTATTTGCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGC 1 239 1 GCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAAC 1 260 1 GTTCTTATTCCCTTTTCAACTTCCAAATCACCAAACGGTAT 2 192 1 GTATATAAAACCGTTACTCCTTTCACGTCCGTTATAAATAT 2 229 1 **** * ** * * * MAP Score: 8.55195 Motif 12 AATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGA 0 21 1 GGAGGCGCTTCCCGCGATCCGGGCTTTTTAA 0 35 1 TTCAGCAAGGGGCTGATGCCGGTTTTACAGA 1 19 1 TACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCA 1 44 1 GTGATGATCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAA 1 91 1 CTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACT 1 139 1 GCTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCT 1 161 1 CGGCAACCACCGGCGATACGGCAAACGGAAT 1 205 0 GGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG 1 259 1 ATTCCTTTACCCTGAAACCGATGACAGAAG 3 9 1 AAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATC 3 37 1 ACTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGCC 3 105 1 AAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGCATGGACAA 3 122 1 ******* *** MAP Score: 5.40088 Motif 13 AATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGA 0 21 1 CCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCC 0 38 0 TACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGC 0 100 0 CGTGCAGCATGTCCGGATCGGCCAGATTCTG 1 46 0 TCGCGCTGATTGCCGTACCGGTAAACCTGGT 1 98 1 TTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGC 1 130 1 CGCTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGC 1 160 1 ACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGC 1 203 1 CGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTGTATTTGCT 1 221 1 GCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGC 1 249 1 CTCGGCGGTTGGCTCGACGAGCATAACCTGC 1 274 1 TTCGAGCACTGCCCGGGGCCAAAATGACAAA 2 77 0 GAAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTAT 3 36 1 AATTCATGTAGGCCTGATAAGCGAAGCGCAT 3 52 0 AACTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCGCGC 3 104 1 TGCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGC 3 115 0 TTGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATC 3 253 1 ******* *** MAP Score: 3.6586 Motif 14 TTGAGTGAATGTTAAACGCCCGGAGGCGCTTCCCGCGATCCG 0 14 1 AGACGCGCAAGCGTCGCATCAGGCAACACCACGTATGGATAG 0 96 1 CGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCATCAGCCCCTTGCTGAATG 1 17 0 TTTACAGAATCTGGCCGATCCGGACATGCTGCACGCCATCTG 1 42 1 GGAAGTTAAAGCGCGTCACCAGCCAGGCCAGCAGAATGCCGA 1 131 0 ACGGAATGTCCAGTAGCGTCAGCAGTAACTGGCGTCCAGGGA 1 170 0 TACACCAGACCGGCAACCACCGGCGATACGGCAAACGGAATG 1 204 0 GGCCGTTAGAGCCGTAGAACAGCAAATACACCAGACCGGCAA 1 230 0 GTTATGCTCGTCGAGCCAACCGCCGAGCGGGCCGTTAGAGCC 1 259 0 CACGAACAGCGCGGAGAAACCGGAGCGTACACATAGTACGTG 2 113 0 CCTGATAAGCGAAGCGCATCAGGCATTTTTGCTTCTGTCATC 3 29 0 CATGCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAG 3 106 0 * * ** * *** * * MAP Score: 1.63761 Motif 15 CCATTAAAAAGCCCGGATCGCGGGAAGCGCCTCCGGGCGTT 0 28 0 ACGTGGTGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGG 0 89 0 GTGCAGCATGTCCGGATCGGCCAGATTCTGTAAAACCGGCA 1 35 0 ACACCAGGTTTACCGGTACGGCAATCAGCGCGATCATCACC 1 90 0 TTCGGCATTCTGCTGGCCTGGCTGGTGACGCGCTTTAACTT 1 130 1 CGCTTTAACTTCCCTGGACGCCAGTTACTGCTGACGCTACT 1 160 1 ACATTCCGTTTGCCGTATCGCCGGTGGTTGCCGGTCTGGTG 1 203 1 GCTGTTCTACGGCTCTAACGGCCCGCTCGGCGGTTGGCTCG 1 249 1 TCATTTTGGCCCCGGGCAGTGCTCGAAATCCTCACGTACTA 2 81 1 ATGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTTCGTGTCCAAAC 2 121 1 AAGCAAAAATGCCTGATGCGCTTCGCTTATCAGGCCTACAT 3 37 1 TGCCGGATGCGGCGCGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGT 3 105 0 TCGCGCCGCATCCGGCATGGACAAAGCGCACTTTGTCAGCA 3 129 1 TTGGTTAACCTTCTGGCACGCTTTGCTCATCACAACACAAC 3 253 1 CGCCCGACTCTCTTATGTTGTGTTGTGATGAG 3 278 0 *** * **** * * MAP Score: 1.0394