AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_fusions005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236333
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0002	168	long chain fatty acid coA ligase, putative
#1	HI0156	300	malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase (fabD)
#2	HI0387	300	ATP-dependent helicase (dinG)
#3	HI0389	24	outer membrane protein
#4	HI0390.1	42	long chain fatty acid coenzyme A ligase (fadD)
#5	HI1533	148	beta-ketoacyl-ACP synthase I (fabB)

Motif 1
TAAAAATTTTAGATGTTTTAAAATGAATAAAATCTTATTGAG	2	62	0
TAACGACTCAAAATTACTACGAAATAAAAATATTTCAAGCAA	5	85	0
CGTTATTTTTACATATAAAACAATAAGGAAGAAGCA      	5	122	1
ACCGAAGAAGAATTTTCAATTAAAAAACAATAGGACAAAACA	1	266	1
GGATCACTAAAAATAATTTAAAACAATCAATATTCTTCTAGC	0	91	1
TTGCTTCGCCAAAGAAAAAGTAAGCAAAAAGAAAGGCGCCCC	1	183	0
CTAGAATTTAATTTACGCTCTAAAAATGAACAAGGGATCACT	0	57	1
AGCGTAAATTAAATTCTAGATAATAAAAAACGCTCCGAAGAG	0	34	0
TGTTTTGAATAGATTTTACTCAATGAGAAAGGTTAAAAATGA	2	147	0
TTTTGACCGCACTTTAAATCGGATAAAGAACAAATTGGGTTC	1	21	1
TTTTTACCGCACTTTTAGCCTGACTAGCAAAAGATAAGGTAA	2	98	1
CGCAAATTTCATTAGGCAAGAAAGGAATAAAAA         	5	1	0
CCGTTAAGGCAAATTCAATGGAACAAAGGAAACAAGGAAAAG	1	139	1
AGATTGTCGCATAGAAACGCTAAATATCAAGAATAAAAATAC	2	233	0
GTTGTGCGCTAATATAATCTTAAATAGGAATAAAAGCTAGAA	0	126	0
AATCTTAAAGATTTTCCAACAAATTAGGATAAAAA       	4	17	1
          * **       **  ** ** *
MAP Score: 15.739

Motif 2
CTTTGAAAAAATTAACCGCTCTTCGGAGCGTT	0	16	1
CTTCTAGCTTTTATTCCTATTTAAGATTATAT	0	125	1
TATTTTGAGTTTTGACCGCACTTTAAATCGGA	1	12	1
CAATTTGTTCTTTATCCGATTTAAAGTGCGGT	1	26	0
CTTAACGGAAATTTTCTGAACTCGCTACGCTC	1	115	0
GCGCCCCTACTTTTCCTTGTTTCCTTTGTTCC	1	158	0
GGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTTTGG	1	185	1
GCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAAAGA	1	210	0
CATCTAAAATTTTTACCGCACTTTTAGCCTGA	2	89	1
TTACCGCACTTTTAGCCTGACTAGCAAAAGAT	2	101	1
ATGATTTGTCATTACCTTATCTTTTGCTAGTC	2	119	0
ACAAATCATTTTTAACCTTTCTCATTGAGTAA	2	142	1
ATTCTTGATATTTAGCGTTTCTATGCGACAAT	2	241	1
        TTTTTATCCTAATTTGTTGGAAAA	4	28	0
       TTTTTATTCCTTTCTTGCCTAATGA	5	3	1
TAATAACGCGATTTTCTGAACTGGTCGAACAA	5	45	1
          **** *** ***
MAP Score: 15.615

Motif 3
TGAGTTTTGACCGCACTTTAAATCGGATAA	1	17	1
AAATTGGGTTCCCTTCTTTTCCACCTTTGT	1	52	1
AGAAAGGCGCCCCTACTTTTCCTTGTTTCC	1	166	0
AGTAGGGGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTT	1	179	1
CTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTTTGGCGA	1	190	1
CCGATGGCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTC	1	218	0
AAAATTTTTACCGCACTTTTAGCCTGACTA	2	94	1
CAAAACATAACCGTTCTTTAAAAATAGCCT	2	182	1
          **********
MAP Score: 12.9477

Motif 4
ATTTAATTTACGCTCTAAAAATGAACAAGGGA	0	62	1
TGAACAAGGGATCACTAAAAATAATTTAAAAC	0	83	1
AATAATTTAAAACAATCAATATTCTTCTAGCT	0	102	1
AAGTGCGGTCAAAACTCAAAATATT       	1	3	0
AAAATTTTAGATGTTTTAAAATGAATAAAATC	2	70	0
AGGCTAAAAGTGCGGTAAAAATTTTAGATGTT	2	87	0
CTCAATGAGAAAGGTTAAAAATGATTTGTCAT	2	139	0
AACATAACCGTTCTTTAAAAATAGCCTCTATG	2	185	1
GCTAAATATCAAGAATAAAAATACTGGTGGCT	2	225	0
GTCGCATAGAAACGCTAAATATCAAGAATAAA	2	238	0
TGCGGTTATTTACTTTAAAAATATGTTTTACT	2	276	1
AAAATTACTACGAAATAAAAATATTTCAAGCA	5	86	0
TGTAAAAATAACGACTCAAAATTACTACGAAA	5	103	0
TTATTGTTTTATATGTAAAAATAACGACTCAA	5	116	0
          * ** *******
MAP Score: 12.327

Motif 5
TTTTTGCTTACTTTTTCTTTGGCGAAGCAA	1	195	1
GGCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAA	1	213	0
 TGCTTCTTCCTTATTGTTTTATATGTAAA	5	129	0
        TTTTTATTCCTTTCTTGCCTAA	5	2	1
GGGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTT	1	184	1
TCAATAAGATTTTATTCATTTTAAAACATC	2	63	1
CTACTTTTCCTTGTTTCCTTTGTTCCATTG	1	154	0
TAGAAGAATATTGATTGTTTTAAATTATTT	0	101	0
TATGTTTTGTCCTATTGTTTTTTAATTGAA	1	280	0
CACCAGTATTTTTATTCTTGATATTTAGCG	2	228	1
TCTTCTAGCTTTTATTCCTATTTAAGATTA	0	124	1
CATTTTTAACCTTTCTCATTGAGTAAAATC	2	148	1
TGAATAAAATCTTATTGAGTTTTTCATAGA	2	51	0
GGGAACCCAATTTGTTCTTTATCCGATTTA	1	35	0
TTAGTGATCCCTTGTTCATTTTTAGAGCGT	0	71	0
GAACAAATGAATTATTGCTTGAAATATTTT	5	71	1
          **********
MAP Score: 11.3518

Motif 6
CGGAGCGTTTTTTATTATCTAGAATTTAATTTACGCT	0	39	1
GAATATTGATTGTTTTAAATTATTTTTAGTGATCCCT	0	89	0
CTTTTATTCCTATTTAAGATTATATTAGCGCACAACT	0	132	1
CTTTTCCACCTTTGTGGAATTGAATTTGTAGGAAATT	1	67	1
CCTTGTTTCCTTTGTTCCATTGAATTTGCCTTAACGG	1	139	0
GGGGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTTTGGCGA	1	183	1
     TATGTTTTGTCCTATTGTTTTTTAATTGAAAA	1	278	0
AGAACGGTTATGTTTTGAATAGATTTTACTCAATGAG	2	162	0
GCCACCAGTATTTTTATTCTTGATATTTAGCGTTTCT	2	226	1
TCTTTGCGGTTATTTACTTTAAAAATATGTTTTACTA	2	272	1
        TTTCTATCCTCCAGTTATTTAAAC     	3	5	0
GAAATAAAAATATTTCAAGCAATAATTCATTTGTTCG	5	70	0
TTGAAATATTTTTATTTCGTAGTAATTTTGAGTCGTT	5	89	1
          * * *    *** ****
MAP Score: 10.9456

Motif 7
         TTTTTATTCCTTTCTTGCCTAAT	5	1	1
GGTTCCCTTCTTTTCCACCTTTGTGGAATTGA	1	58	1
TGACAAATCATTTTTAACCTTTCTCATTGAGT	2	140	1
GCGCCCCTACTTTTCCTTGTTTCCTTTGTTCC	1	158	0
TTCTTCTAGCTTTTATTCCTATTTAAGATTAT	0	123	1
CTCAATAAGATTTTATTCATTTTAAAACATCT	2	62	1
GCGGTAAAAATTTTAGATGTTTTAAAATGAAT	2	76	0
CTTGAAATATTTTTATTTCGTAGTAATTTTGA	5	88	1
GCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTTTGGC	1	186	1
CGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAAAGAA	1	209	0
TTCGTAGTAATTTTGAGTCGTTATTTTTACAT	5	104	1
GCCACCAGTATTTTTATTCTTGATATTTAGCG	2	226	1
          TTTTTATCCTAATTTGTTGGAA	4	30	0
TCTTATTGAGTTTTTCATAGATAGCTTGCTTA	2	40	0
AACGGTTATGTTTTGAATAGATTTTACTCAAT	2	165	0
TTGTAGGAAATTTTCGTCTGTTTGAGCGTAGC	1	92	1
GAGTCGTTATTTTTACATATAAAACAATAAGG	5	118	1
          ****  ******
MAP Score: 9.52696

Motif 8
  TTAAAACTTTGAAAAAATTAACCGCTCTTC	0	8	1
CGCTCTAAAAATGAACAAGGGATCACTAAAAA	0	72	1
AAATCGGATAAAGAACAAATTGGGTTCCCTTC	1	36	1
GCAAATTCAATGGAACAAAGGAAACAAGGAAA	1	147	1
TGCTTCGCCAAAGAAAAAGTAAGCAAAAAGAA	1	192	0
TGGCGAAGCAAAGAAAAAGTAAGCTCGCCATC	1	214	1
CAAGCTATCTATGAAAAACTCAATAAGATTTT	2	44	1
TTAAAGATTTTCCAACAAATTAGGATAAAAA 	4	21	1
TCTGAACTGGTCGAACAAATGAATTATTGCTT	5	59	1
ATTGTTTTATATGTAAAAATAACGACTCAAAA	5	114	0
          * ******** *
MAP Score: 7.8632

Motif 9
AGCGGTTAATTTTTTCAAAGTTTTAA       	0	3	0
CTTCGGAGCGTTTTTTATTATCTAGAATTTAAT	0	36	1
TTAGTGATCCCTTGTTCATTTTTAGAGCGTAAA	0	68	0
AACAATCAATATTCTTCTAGCTTTTATTCCTAT	0	112	1
GGCGCCCCTACTTTTCCTTGTTTCCTTTGTTCC	1	158	0
TAGGGGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTT	1	181	1
TTTTTGCTTACTTTTTCTTTGGCGAAGCAAAGA	1	195	1
GCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAAAGAA	1	209	0
TTAATTGAAAATTCTTCTTCGGTAATTAAAATC	1	256	0
     TATGTTTTGTCCTATTGTTTTTTAATTG	1	282	0
TCAATAAGATTTTATTCATTTTAAAACATCTAA	2	63	1
TTAAAAATGATTTGTCATTACCTTATCTTTTGC	2	124	0
ATTTTTAACCTTTCTCATTGAGTAAAATCTATT	2	149	1
CACCAGTATTTTTATTCTTGATATTTAGCGTTT	2	228	1
        TTTTTATCCTAATTTGTTGGAAAAT	4	27	0
       TTTTTATTCCTTTCTTGCCTAATGAA	5	3	1
TGCTTGAAATATTTTTATTTCGTAGTAATTTTG	5	86	1
        TGCTTCTTCCTTATTGTTTTATATG	5	133	0
          *** *****  **
MAP Score: 3.94983

Motif 10
ATTCTTCTAGCTTTTATTCCTATTTAAGAT	0	122	1
ATTGGGTTCCCTTCTTTTCCACCTTTGTGG	1	54	1
TAGGGGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTT	1	181	1
TTTTGCTTACTTTTTCTTTGGCGAAGCAAA	1	196	1
GCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAAA	1	212	0
GCCACCAGTATTTTTATTCTTGATATTTAG	2	226	1
          TTTTTATTCCTTTCTTGCCT	5	0	1
GCTTGAAATATTTTTATTTCGTAGTAATTT	5	87	1
          **********
MAP Score: 3.62593