AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_fusions006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236383 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0161 215 glutathione reductase (gor) #1 HI0162 93 lipoprotein, putative #2 HI1231 113 dihydrolipoamide dehydrogenase (lpdA) #3 HI1232 62 dihydrolipoamide acetyltransferase (aceF) #4 HI1233 299 pyruvate dehydrogenase, E1 component (aceE) #5 HI1661 102 2-oxoglutarate dehydrogenase E2 component, dihydrolipoamide succinyltransferase(sucB) #6 HI1662 157 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component (sucA) #7 HI1664 27 conserved hypothetical protein #8 HI1665 53 H. influenzae predicted coding region HI1665 #9 HI1667 73 conserved hypothetical protein #10 HI1668 21 tail specific protease (prc) #11 HI1669 38 conserved hypothetical protein #12 HI1670 183 H. influenzae predicted coding region HI1670 Motif 1 TTAAAAATATTGACCGCACTTTTACGGTCTT 2 74 0 CAATGTTTTTTGACCGCAGTTTTCATCAA 3 8 0 TTGTGTTTTATGACCGCACTTTAAAAGGAAC 3 36 1 CACAAAAAAATTACCGCACTTTCAAATAATT 4 103 1 CAAGTAAAAATAACCGCACTTTGTTTAAGAG 6 19 1 AAACAATAAAAAACCGCACTTCATCTCTTAA 6 43 0 AATGTAAAATTAACCGCACTTTT 7 14 1 TAAATGGTTTTGACCGCACTTTGTTTGAGAA 9 14 1 TTTATTAAAATCACCGCACTTGTTGCTTTTC 9 42 0 TTTGCCTAGTTTATCGCACTTTTTACAAAAT 12 129 0 * ********* MAP Score: 47.8403 Motif 2 CTAATCATCTGTTCAAAAGAGTAAAAAATATTCATAA 0 106 1 TCTGCCTAATTTTTATAAAGAATGCTATAAATTGATG 0 152 0 AAAAATTTTAGTTTAAAAAAGGTTCAAACT 0 195 1 AATAAGGAAGTTTGTAAGAATAGCACAATTCTAATTG 1 51 1 TATTTTTAACGTTTTTACGAGGTAAAA 2 96 1 ATGACCGCACTTTAAAAGGAACAAAAA 3 45 1 TTTTCAGATTTTTTTCAAAAAGGACTCAGCA 4 4 0 CTGAAAAAACTTTAAAACAAAGCCCGATGGAATGCAA 4 34 1 ACTATCTTTATCTCAAAAAATCTTCTAAAATTTACAA 4 178 1 TTGTTAAATGTTTGTGAAAAGCAAATATTGCCGTATT 4 218 1 GTGAATATTAGTTTAGACAAGGCTAAACACGAATACG 4 249 0 ATTTTAATACAAGTAAAAATAACCGCACT 6 2 1 ACTCTTTAGATTTCAAACAATAAAAAACCGCACTTCA 6 51 0 AGATCACAAATTTGTAACAATTTCCGATAAGAGGCTT 6 95 1 CCGCACTTTGTTTGAGAAAAGCAACAAGTGCGGTGAT 9 27 1 TTCCTAAACCTTTATTAAAATCACCGCACTTGTTGCT 9 46 0 CCAACAGAAATTTGTGAAAAATCAACCGCAC 11 4 0 ACGTTTTTGATTTATAAAGAAAGACCACAAGC 12 5 0 TCACAAATACGTTAAAACAACGATAGAATGGCACGTT 12 37 0 GCTGAATAAATTTCACACAAAAATAACGCCAAGACTT 12 73 0 TTATCGCACTTTTTACAAAATTAACAACGGATCCCGT 12 113 0 *** * **** * * MAP Score: 25.3365 Motif 3 CACAAAAACTAAAATGAAACGCTATACATTAA 1 21 1 ACCGCACTTTAAAAGGAACAAAAA 3 48 1 TTTTGTTCGCTAAAATAACCAGTAAAATATTG 4 68 0 AAAAACACAAAAAAATTACCGCACTTTCAAAT 4 98 1 AAAATCTTCTAAAATTTACAAGATTTGTTAAA 4 194 1 AAACCTTTATTAAATTAACCGCACT 5 3 0 TAATACAAGTAAAAATAACCGCACTTTGTTTA 6 14 1 ATTTCAAACAATAAAAAACCGCACTTCATCTC 6 47 0 AACAAATGTAAAATTAACCGCACTTTT 7 9 1 GTTATCACATTAAAGGAAAAGCCATTGATTTT 8 19 1 TTTGTTTGAGAAAAGCAACAAGTGCGGTGATT 9 33 1 AAACCTTTATTAAAATCACCGCACTTGTTGCT 9 46 0 AAATTTGTGAAAAATCAACCGCAC 11 2 0 TCTTTCTTTATAAATCAAAAACGTGCCATTCT 12 18 1 CACTTTTTACAAAATTAACAACGGATCCCGTT 12 112 0 **** ****** MAP Score: 22.6137 Motif 4 CCTTTTTGAAAAAAATCTGAAAAAACTTTAAAACA 4 18 1 TTAGCGAACAAAAAAACACAAAAAAATTACCGCAC 4 87 1 AAGACTTCACAAATACGTTAAAACAACGATAGAAT 12 45 0 TTTACCTCGTAAAAACGTTAAAAATATTGACCGCA 2 87 0 CCCATCCTATAAAGACCGTAAAAGTGCGGTCAATA 2 63 1 GAACCAACAGAAATTTGTGAAAAATCAACCGCAC 11 9 0 TATGCTGAATAAATTTCACACAAAAATAACGCCAA 12 78 0 GTAAAAAAGAAGAAAAGGAAAAATAAA 5 85 1 ACTAGATCACAAATTTGTAACAATTTCCGATAAGA 6 92 1 AAAATTAGGCAGAATACAAAAAAATTTTAGTTTAA 0 176 1 CAAACTCTTTAGATTTCAAACAATAAAAAACCGCA 6 56 0 ACTTTGTTTGAGAAAAGCAACAAGTGCGGTGATTT 9 31 1 AATTTTGTAAAAAGTGCGATAAACTAGGCAAATCT 12 128 1 TTTCTCAAACAAAGTGCGGTCAAAACCATTTAGTA 9 11 0 TTGATGAAAACTGCGGTCAAAAAACATTGTGT 3 7 1 ATATTAGTTTAGACAAGGCTAAACACGAATACGGC 4 247 0 CATCTGTTCAAAAGAGTAAAAAATATTCATAAAAC 0 111 1 ATTTTTATAAAGAATGCTATAAATTGATGTAATTG 0 146 0 TGCTTTTCACAAACATTTAACAAATCTTGTAAATT 4 206 0 TTTATCTCAAAAAATCTTCTAAAATTTACAAGATT 4 184 1 TTTTAGTTTAAAAAAGGTTCAAACT 0 200 1 ATTTTAATACAAGTAAAAATAACCGCACTTT 6 6 1 GATAATTAAGATATAGTAAAAAAGAAGAAAAGGAA 5 70 1 *** * * **** * MAP Score: 22.4316 Motif 5 TGGTGGGCAGAAACCCATCCTATAAAGACCGTAAAAGTGCGG 2 50 1 TACCTCGTAAAAACGTTAAAAATATTGACCGCACTTTTACGG 2 78 0 TGCGGTCAAAAAACATTGTGTTTTATGACCGCACTTTAAAAG 3 21 1 AAAAAATCTGAAAAAACTTTAAAACAAAGCCCGATGGAATGC 4 27 1 TTTGTTCGCTAAAATAACCAGTAAAATATTGCATTCCATCGG 4 57 0 TAGCGAACAAAAAAACACAAAAAAATTACCGCACTTTCAAAT 4 88 1 GCAAAGATAAAAACCTTTATTAAATTAACCGCACT 5 3 0 ATTTTAATACAAGTAAAAATAACCGCACTTTGTTTA 6 4 1 TTCCTAAACCTTTATTAAAATCACCGCACTTGTTGCT 9 46 0 GAACCAACAGAAATTTGTGAAAAATCAACCGCAC 11 2 0 TATGCTGAATAAATTTCACACAAAAATAACGCCAAGACTTCA 12 71 0 TTAATAAAATAAAGATTTGCCTAGTTTATCGCACTTTTTACA 12 133 0 *** *** * *** MAP Score: 20.9578 Motif 6 CATACTAGGCTTCACATAAAATCATTTCAA 0 75 1 TTTATAGCATTCTTTATAAAAATTAGGCAG 0 158 1 TATAAGTTCTCCACAAAAACTAAAATG 1 7 1 AATTGTGCTATTCTTACAAACTTCCTTATT 1 51 0 AATTTCCCCATAAATCAATTAGAA 1 79 0 TTGACCGCAGTTTTCATCAA 3 0 0 TTTCAGATTTTTTTCAAAAAGGACTCAGCA 4 10 0 AGATAGTGAATTTTCATCAAATCATCATAT 4 155 0 CACTATCTTTATCTCAAAAAATCTTCTAAA 4 177 1 TCTCAAAAAATCTTCTAAAATTTACAAGAT 4 188 1 TTTCACAAACATTTAACAAATCTTGTAAAT 4 207 0 CAATATTTGCTTTTCACAAACATTTAACAA 4 218 0 TAAACTAATATTCACTCAAAACAGATTAAG 4 271 1 ACCGCACTTCATCTCTTAAACAAAGTGCGG 6 32 0 TTATCGGAAATTGTTACAAATTTGTGATCT 6 95 0 CACTTGTTGCTTTTCTCAAACAAAGTGCGG 9 27 0 AGTGCGGTGATTTTAATAAAGGTTTAGGAA 9 53 1 TGCGGTTGATTTTTCACAAATTTCTGTTGG 11 11 1 TTGTGGTCTTTCTTTATAAATCAAAAACGT 12 12 1 TAACGCCAAGACTTCACAAATACGTTAAAA 12 57 0 CTGAATAAATTTCACACAAAAATAACGCCA 12 79 0 TTTATCGCACTTTTTACAAAATTAACAACG 12 121 0 ********** MAP Score: 18.4716 Motif 7 GTTCAAAAGAGTAAAAAATATTCATAAAACCAAT 0 116 1 TAGGCAGAATACAAAAAAATTTTAGTTTAAAAAA 0 181 1 AAATTTTAGTTTAAAAAAGGTTCAAACT 0 197 1 AAAACTGCGGTCAAAAAACATTGTGTTTTATGAC 3 16 1 GAAAAAAATCTGAAAAAACTTTAAAACAAAGCCC 4 25 1 TATCTTTATCTCAAAAAATCTTCTAAAATTTACA 4 180 1 TCACAAACATTTAACAAATCTTGTAAATTTTAGA 4 201 0 TAGCCTTGTCTAAACTAATATTCACTCAAAACAG 4 261 1 TAATATTCACTCAAAACAGATTAAGGAAAACCT 4 276 1 TGCGGTTAATTTAATAAAGGTTTTTATCTTTGCT 5 12 1 TGCGGTGATTTTAATAAAGGTTTAGGAA 9 55 1 TAAATAAAAATTGACTCGGAA 10 0 1 * ****** ** * MAP Score: 13.3709 Motif 8 AACAATCTTCCTCTTTTTCTATCACGCTATTTCA 0 36 1 ATATTTTTTACTCTTTTGAACAGATGATTAGTTT 0 103 0 CAATTTATAGCATTCTTTATAAAAATTAGGCAGA 0 155 1 AGTTTGAACCTTTTTTAAACTAAAATTTTTTTG 0 192 0 TTACAAACTTCCTTATTAATGTATAGCGTTTCAT 1 34 0 TGCTGAGTCCTTTTTGAAAAAAATCTGAAAAA 4 8 1 TTCCATCGGGCTTTGTTTTAAAGTTTTTTCAGAT 4 32 0 AATTCACTATCTTTATCTCAAAAAATCTTCTAAA 4 173 1 AGATAAAAACCTTTATTAAATTAACCGCACT 5 7 0 TCCTTTTCTTCTTTTTTACTATATCTTAATTATC 5 70 0 AATAACCGCACTTTGTTTAAGAGATGAAGTGCGG 6 27 1 TTTGACCGCACTTTGTTTGAGAAAAGCAACAAGT 9 22 1 TTCCTAAACCTTTATTAAAATCACCGCACTTGT 9 50 0 GCTTGTGGTCTTTCTTTATAAATCAAAAACGTG 12 9 1 CTAGGCAAATCTTTATTTTATTAATGCCTCAAGG 12 151 1 **** ** * *** MAP Score: 12.0727 Motif 9 CATCTGTTCAAAAGAGTAAAAAATATTCATA 0 111 1 AGTTCTCCACAAAAACTAAAATGAAACGCTA 1 14 1 ACCTCGTAAAAACGTTAAAAATATTGACCGC 2 88 0 AAGTGCGGTCATAAAACACAATGTTTTTTGA 3 26 0 ACCGCACTTTAAAAGGAACAAAAA 3 48 1 TTTGAAAAAAATCTGAAAAAACTTTAAAACA 4 22 1 TTAGCGAACAAAAAAACACAAAAAAATTACC 4 87 1 AAAATCTTCTAAAATTTACAAGATTTGTTAA 4 194 1 AATGTTTGTGAAAAGCAAATATTGCCGTATT 4 224 1 AGAGGAAAGCAAAGATAAAAACCTTTATTAA 5 22 0 TAATTAAGATATAGTAAAAAAGAAGAAAAGG 5 72 1 AAAAAAGAAGAAAAGGAAAAATAAA 5 87 1 ATTTTAATACAAGTAAAAATAACCGCACT 6 8 1 TAGATTTCAAACAATAAAAAACCGCACTTCA 6 51 0 TTTGTTTGAGAAAAGCAACAAGTGCGGTGAT 9 33 1 ATTTATAAAGAAAGACCACAAGC 12 2 0 GTCTTTCTTTATAAATCAAAAACGTGCCATT 12 17 1 CACTTTTTACAAAATTAACAACGGATCCCGT 12 113 0 ***** ***** MAP Score: 7.00387 Motif 10 CATATCTACAGTGAGGAAGATTGAACAATCTT 0 13 1 AAATTTTAGTTTAAAAAAGGTTCAAACT 0 197 1 CTATACATTAATAAGGAAGTTTGTAAGAATAG 1 42 1 AGCCCACCGATTAATGAAATCTTTGGTGGGCA 2 27 1 TTGATGAAAACTGCGGTCAAAA 3 0 1 ATATGATGATTTGATGAAAATTCACTATCTTT 4 155 1 TCAAAACAGATTAAGGAAAACCT 4 286 1 TGCGGTTAATTTAATAAAGGTTTTTATCTTTG 5 12 1 TGCGGTGATTTTAATAAAGGTTTAGGAA 9 55 1 **** **** ** MAP Score: 2.19513