AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_fusions007_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236408 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0207 284 shikimic acid kinase I (aroK) #1 HI0604 300 adenylate cyclase (cyaA) #2 HI0605 73 glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (gpsA) #3 HI0658 160 ABC transporter, ATP-binding protein #4 HI1587 300 DNA-binding protein H-NS (hns) #5 HI1588 69 formyltetrahydrofolate deformylase (purU) Motif 1 AAAATAGGCTAAAAATAGCGCGTATTTAACGCGCT 0 16 1 GTTTAGATAAAAAAATAGAACCCATAAAATAGGTT 5 29 0 ATAGAGGTTGAAAAATAGGGTGATTTATTGCGATA 0 148 1 AGATCTCCCAAAAAATGGGGTAGATTATCGCAATA 0 173 0 TTTACGCAATAAAACTAGGTACTATCCTACCACTC 1 129 1 CAATTTTTCGAAAAATACTATAAATTTTACCTATC 1 191 0 TCCACTCTGAAAAAATACTTATAATAATTGCGCCT 4 56 1 GCTATCCACTAATAATAGAAAATATAGATTTTTAT 1 76 1 AAATTTATTTAATAATAGAGAAAATAAAATTTATT 4 242 0 GACTAATAACAAAAATAGCGCGTTAAATACGCGCT 0 32 0 CGAGAAAAGAAAAAATATTGCAAAATAGCCTCAAA 3 116 1 AAACTTTAATAAAAATATAAAGAAAATAAACACAA 4 162 1 ATAAACACAAAAAAATATATCTGTTTCGACCATTT 4 187 1 TTTTTTATCTAAACATAGCACACAACATT 5 50 1 AGACGCAATAAAAACTATTTATAATATAACAAGTC 3 27 0 TAAACTGCGTAAAAATGCAGAAGATAGAAAGATCT 0 202 0 CGTTGATAAGAAAAATATCAAGCTATCCACTAATA 1 55 1 TGAAGTCTTCAAACCTAGGACTAATAACAAAAATA 0 50 0 ATAAATGCAAAAAAATGTGACATAAATCACAATTT 1 220 0 CCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAATTT 4 216 1 TTTTCTATTTGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTT 5 11 1 ******** ** MAP Score: 30.7203 Motif 2 AATAGCGCGTATTTAACGCGCTATTTTTGTTATTAGTCCTAGGTT 0 29 1 TATCTTCTGCATTTTTACGCAGTTTATTTTCATTAGAAATGATCG 0 211 1 AAAAATTGTGATTTATGTCACATTTTTTTGCATTTATACTCCCTA 1 218 1 TTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAATC 4 143 0 AATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTT 4 242 1 ATAGGTCTTAATTTGAGGCTATTTTGCAATATTTTTTCTTTTCTC 3 117 0 TTTATTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCG 4 8 1 TTGCGCCTCTACTTTTGTAGTGATTGGGGAGATTACCGTAAAACA 4 83 1 ATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTTATT 4 273 1 ATAAATCACAATTTTTCGAAAAATACTATAAATTTTACCTATCAA 1 189 0 AAATCACCCTATTTTTCAACCTCTATAGGGAATTTATTTTCCACG 0 129 0 AGGTTTGAAGACTTCATAGATGATTAAGAATTTTAACTATTCCAT 0 69 1 TGAGTAAGGTATTTTATAATACTTTGCGTTGATAAGAAAAATATC 1 29 1 TTTTTATAAAATCTGTTGGCATTTTGTTTGTTTTACGGTAATCTC 4 111 0 CGTTATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTGCGTCTT 3 18 1 TCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTT 4 212 1 AGATATCTATACTTATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGAT 2 39 1 AAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTA 4 168 0 AATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTAGATAAAGAAC 0 248 1 AATTCTGCCGATATAAAAATCTATATTTTCTATTATTAGTGGATA 1 78 0 **** ** **** MAP Score: 23.9303 Motif 3 TTAAATACGCGCTATTTTTAGCCTATTTTTCAATT 0 5 0 TTAATTTGAGGCTATTTTGCAATATTTTTTCTTTTCTCGG 3 115 0 ATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTGCGTCT 3 22 1 AAGTAGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGG 4 57 0 GTGATTTATTGCGATAATCTACCCCATTTTTTGGGAGATC 0 167 1 TTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGT 4 14 1 TTTATTGCGTCTTATTATACGTGGCTTTTTTGACTAGAAA 3 50 1 TCGAAAAATTGTGATTTATGTCACATTTTTTTGCATTTAT 1 215 1 TTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTT 4 162 0 TAATTCTGCCGATATAAAAATCTATATTTTCTATTATTAG 1 84 0 AAAAATAGCGCGTATTTAACGCGCTATTTTTGTTATTAGT 0 26 1 TTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTTA 4 248 1 TCCTTAATAAGTGATATTGAGTAAGGTATTTTATAATACT 1 12 1 TAGAAATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTAG 0 244 1 AAAATGCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAACTTTAA 4 131 1 GAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTA 5 21 1 TTTAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTAT 4 223 1 TTGTTGATAGGTAAAATTTATAGTATTTTTCGAAAAATTG 1 186 1 CACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTTATT 4 280 1 AATAAATCACCCTATTTTTCAACCTCTATAGGGAATTTAT 0 137 0 * ***** **** MAP Score: 22.3094 Motif 4 AATAAAAATATAAAGAAAATAAACACAAAAAAA 4 169 1 TATTTAATAATAGAGAAAATAAAATTTATTGTA 4 239 0 GTAAATATCTATTATTAAATAAATGGTCGAAAC 4 209 0 CGATCATTTCTAATGAAAATAAACTGCGTAAAA 0 223 0 TTAGGGAGTATAAATGCAAAAAAATGTGACATA 1 231 0 AATTAAGCTATTTACGCAATAAAACTAGGTACT 1 119 1 CACTTTTAATTTAATTAGATAAAGAACA 0 266 1 TATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGAT 2 52 1 CACGTATAATAAGACGCAATAAAAACTATTTAT 3 40 0 ATCCACTAATAATAGAAAATATAGATTTTTATA 1 79 1 TTTTATAAACTTTAATAAAAATATAAAGAAAAT 4 156 1 ATACTTTGCGTTGATAAGAAAAATATCAAGCTA 1 47 1 AATTAAATTAAAAGTGAAATAAAATTCGATCAT 0 249 0 TGTGCTATGTTTAGATAAAAAAATAGAACCCAT 5 39 0 ACCTAGGACTAATAACAAAAATAGCGCGTTAAA 0 40 0 CTGTTCCGAGAAAAGAAAAAATATTGCAAAATA 3 110 1 GAGATTACCGTAAAACAAACAAAATGCCAACAG 4 111 1 TAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTC 4 225 1 AATAGTTGCCGAAATCAAATAAA 4 0 0 TTATCGATTTTCTAGTCAAAAAAGCCACGTATA 3 65 0 GGTTCTAGTTTCAAATAGAAAAA 5 0 0 ATGGGGTAGATTATCGCAATAAATCACCCTATT 0 161 0 AATTGAAAAATAGGCTAAAAATAGCGCGTATTT 0 10 1 GAAAATAAACACAAAAAAATATATCTGTTTCGA 4 183 1 AAATCACAATTTTTCGAAAAATACTATAAATTT 1 199 0 TTATAATATAACAAGTCAATATAACGGGTATAT 3 11 0 AGATAGAAAGATCTCCCAAAAAATGGGGTAGAT 0 183 0 AATAGCTTAATTCTGCCGATATAAAAATCTATA 1 98 0 ** * ******* MAP Score: 18.477 Motif 5 ACGAGAAAGCATCTAAATATGGAATAGTTAAAATTCTTAATCAT 0 88 0 TGTTCTTTATCTAATTAAATTAAAAGTGAAATAAAATTCGAT 0 252 0 AAAAATATCAAGCTATCCACTAATAATAGAAAATATAGATTTTT 1 65 1 AATACTATAAATTTTACCTATCAACAATCAAAATGACTTTTTTA 1 169 0 CATAAATCACAATTTTTCGAAAAATACTATAAATTTTACCTATC 1 191 0 ATCTACAATTTATCTAGTAAAAGAGGAAATAAGTATAGAT 2 43 0 TATACCCGTTATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATT 3 12 1 AATCGGAATAGACTGTTCCGAGAAAAGAAAAAATATTGCAAAAT 3 98 1 GTGATTGGGGAGATTACCGTAAAACAAACAAAATGCCAACAGAT 4 102 1 ATTTTATAAAAATTTTATAAACTTTAATAAAAATATAAAGAAAA 4 144 1 AATGTGGGAAAATTTATTTAATAATAGAGAAAATAAAATTTATT 4 242 0 * * * ** * **** MAP Score: 16.0635 Motif 6 TAATAATAGAGAAAATAAAATTTATTGTAAA 4 237 0 CAACGCAAAGTATTATAAAATACCTTACTCA 1 29 0 TGGCTTTTTTGACTAGAAAATCGATAAAATC 3 71 1 TATCCACTAATAATAGAAAATATAGATTTTT 1 78 1 CATTTCTAATGAAAATAAACTGCGTAAAAAT 0 221 0 TTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAA 4 145 0 CTTTCTCGTGGAAAATAAATTCCCTATAGAG 0 123 1 ACTTTGCGTTGATAAGAAAAATATCAAGCTA 1 49 1 ACTGTTCCGAGAAAAGAAAAAATATTGCAAA 3 109 1 TTTCGAAAAATACTATAAATTTTACCTATCA 1 190 0 TTTATAAAATTTTTATAAAATCTGTTGGCAT 4 134 0 AAAATATAAAGAAAATAAACACAAAAAAATA 4 173 1 TTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCC 4 250 1 TGTAAATATCTATTATTAAATAAATGGTCGA 4 212 0 AAATTAAAAGTGAAATAAAATTCGATCATTT 0 247 0 TGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTG 3 26 1 TTTTATAAACTTTAATAAAAATATAAAGAAA 4 156 1 GCTATGTTTAGATAAAAAAATAGAACCCATA 5 38 0 ** ******** MAP Score: 13.8786 Motif 7 TAAATCACCCTATTTTTCAACCTCTATAGGGAATTTATTTTCCACGAG 0 127 0 AAAAATAGGGTGATTTATTGCGATAATCTACCCCATTTTTTGGGAGAT 0 158 1 TTTACGCAGTTTATTTTCATTAGAAATGATCGAATTTTATTTCACTTT 0 224 1 TGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTAGATAAAGAACA 0 250 1 GATAGCTTGATATTTTTCTTATCAACGCAAAGTATTATAAAATACCTT 1 34 0 TAAAAATCTATATTTTCTATTATTAGTGGATAGCTTGATATTTTTCTT 1 62 0 AAATATAGATTTTTATATCGGCAGAATTAAGCTATTTACGCAATAAAA 1 95 1 CGAAAAATTGTGATTTATGTCACATTTTTTTGCATTTATACTCCCTAA 1 216 1 CCCTAAGTGGTAAATTGTTCGCCAATTTTTGTTGTTCTGGTAGGGACA 1 258 1 ATATCTATACTTATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGAT 2 41 1 TAAATAGTTTTTATTGCGTCTTATTATACGTGGCTTTTTTGACTAGAA 3 41 1 ACATAGGTCTTAATTTGAGGCTATTTTGCAATATTTTTTCTTTTCTCG 3 116 0 TTTATTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGT 4 6 1 TTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAATCTGTT 4 139 0 GAAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAA 4 166 0 ATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTAT 4 218 1 TTTTTCTATTTGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCT 5 0 1 * **** * * ** * MAP Score: 3.63684 Motif 8 ATTTCACTTTTAATTTAATTAGATAAAGAACA 0 262 1 ATTCCTTAATAAGTGATATTGAGTAAGGTA 1 1 1 TATAATACTTTGCGTTGATAAGAAAAATATCAAGCTATC 1 43 1 TATCAAGCTATCCACTAATAATAGAAAATATAGATTTTT 1 70 1 GTGGTGTCCCTACCAGAACAACAAAAATTGGCGAACAAT 1 271 0 TACTTATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGAT 2 48 1 TTATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTGCG 3 20 1 GTGGCTTTTTTGACTAGAAAATCGATAAAATCGGAATAG 3 70 1 GAATAGACTGTTCCGAGAAAAGAAAAAATATTGCAAAAT 3 103 1 TTCTTCGTTATCCACTCTGAAAAAATACTTATAATAATT 4 46 1 ATTGGGGAGATTACCGTAAAACAAACAAAATGCCAACAG 4 105 1 TTTTATAAACTTTAATAAAAATATAAAGAAAATAAACAC 4 156 1 TTTCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAAT 4 210 1 GTGGGAAAATTTATTTAATAATAGAGAAAATAAAATTTA 4 244 0 TGTGCTATGTTTAGATAAAAAAATAGAACCCATAAAATA 5 33 0 * * * * ** * * * * MAP Score: 0.946292 Motif 9 CTATAGGGAATTTATTTTCCACGAGAAAGCATCTAAAT 0 114 0 TTTTACGCAGTTTATTTTCATTAGAAATGATCGAATTT 0 223 1 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