AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_fusions009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236553
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI1123	80	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	HI1124	295	oligopeptide ABC transporter, periplasmic-binding protein (oppA)
#2	HI1187	89	dipeptide ABC transporter, permease protein (dppB)
#3	HI1188	300	DNA helicase II (uvrD)
#4	HI1638	69	peptide ABC transporter, periplasmic-binding protein (sapA)

Motif 1
TTTTAGCAATTTTTTTAGCGATTTATTAGACACAAC	1	151	1
TTGAAAGCTATTTTTATACTATTTATAAACAAACTT	3	113	0
TCGTCGTATTTTTTGACCGCACTTTTCGCCCATTTT	0	41	1
TTTTCGCCCATTTTGGTTGGAGTTGTT         	0	63	1
GTGCGGTGAATTTTTACCGCACTTTTATTATCTACG	2	54	1
TAAATTACCCTTTTAATGCTAATTGTGCTATCGTAA	1	49	0
GAGTATTATATTTTTTACCGATTAATTTCTTTGAAG	2	17	1
CAAAACTCAATTTTTCTTCAAATAATTTCCTGACAA	1	190	1
TTGTGATAAATTATGTGTCAAATTGTAAGGCATATT	4	33	0
AAAAATTCATTTTTGTAAAGATTTGTCAGGAAATTA	1	212	0
CAAAAATGAATTTTTGAGCTAATAAATAGAAGACTT	1	233	1
ATACGACGATTTTTAACCGCACTTAAATACGAGTAA	0	14	0
GGGTAGAACATTTTAAGAATAATATTAAGCGGGATT	3	187	0
TTAGGCGATATTTTTATAAAAAGTCTTCTATTTATT	1	253	0
          *****   * * ** *
MAP Score: 18.3208

Motif 2
GTCGTATTTTTTGACCGCACTTTTCGCCCATTTTGGTTGGAG	0	43	1
TGTATTCTCCTTGAATGGACTTGTTTAAATCTAATCAGGTTA	1	10	1
GGGATCTAGGATGTATTGATTTTTCCTATTGTAAATATTTTC	1	90	0
CCCGCCTCTCATATCATCACTTTTAGCAATTTTTTTAGCGAT	1	131	1
CACAACTCACAAAACTCAATTTTTCTTCAAATAATTTCCTGA	1	181	1
TTATTAGCTCAAAAATTCATTTTTGTAAAGATTTGTCAGGAA	1	216	0
TGAGCTAATAAATAGAAGACTTTTTATAAAAATATCGCCTAA	1	247	1
  AATTCAAGAGTATTATATTTTTTACCGATTAATTTCTTTG	2	8	1
GCGGTGAATTTTTACCGCACTTTTATTATCTACGAGTGATGG	2	56	1
ATTATTGTCATCATGGGTATTTTTGGAAAAATGAGAAACCTT	3	40	1
TATACTATTTATAAACAAACTTTTAATTCGTTTACCTCTCAT	3	93	0
CCATATGCTTTGAAAGCTATTTTTATACTATTTATAAACAAA	3	116	0
AGAATCCCGCTTAATATTATTCTTAAAATGTTCTACCCTACT	3	185	1
CTTAAAATGTTCTACCCTACTTTTGATATACTCACAAATCTT	3	206	1
    TCAATATCCTAGCCATTTTTACTAATATGCCTTACAAT	4	6	1
          *  *    ******   *   *
MAP Score: 16.4698

Motif 3
ATTTAAGTGCGGTTAAAAATCGTCGTATTTT	0	22	1
GAAAAGTGCGGTCAAAAAATACGACGATTTT	0	37	0
GTGAGTTGTGTCTAATAAATCGCTAAAAAAA	1	160	0
GAATTTTTGAGCTAATAAATAGAAGACTTTT	1	240	1
AGAAGACTTTTTATAAAAATATCGCCTAATG	1	260	1
GAAATTAATCGGTAAAAAATATAATACTCTT	2	15	0
ATAAAAGTGCGGTAAAAATTCACCGCACTCT	2	51	0
TTAAAAGTTTGTTTATAAATAGTATAAAAAT	3	109	1
TTTATAAATAGTATAAAAATAGCTTTCAAAG	3	120	1
TTGATGTTGAGTTTAAGGATATAGGAGAATC	3	160	1
GGGTAGAACATTTTAAGAATAATATTAAGCG	3	192	0
TCTTTAATCTGTTTAAATTTACAGTTATTAT	3	273	0
AATTTAAACAGATTAAAGATAGTTT      	3	285	1
          * *********
MAP Score: 8.34579

Motif 4
ACTTTTTATAAAAATATCGCCTAATGACAAGGAGG	1	265	1
CATTTTTACTAATATGCCTTACAATTTGACACATA	4	23	1
AAAATGGGCGAAAAGTGCGGTCAAAAAATACGACG	0	42	0
CGTAGATAATAAAAGTGCGGTAAAAATTCACCGCA	2	55	0
AAATAGTATAAAAATAGCTTTCAAAGCATATGGTT	3	125	1
AATCGCTAAAAAAATTGCTAAAAGTGATGATATGA	1	139	0
ATATTTTTATAAAAAGTCTTCTATTTATTAGCTCA	1	247	0
AGGATATAGGAGAATCCCGCTTAATATTATTCTTA	3	175	1
AATTTCTTTGAAGAGTGCGGTGAATTTTTACCGCA	2	40	1
CACAAAACTCAATTTTTCTTCAAATAATTTCCTGA	1	188	1
TACTATTTATAAACAAACTTTTAATTCGTTTACCT	3	98	0
TTCCTACATAAATTACCCTTTTAATGCTAATTGTG	1	58	0
CATATTAGTAAAAATGGCTAGGATATTGA      	4	4	0
TCTTCAAAGAAATTAATCGGTAAAAAATATAATAC	2	19	0
AGATGGGACTATAATAACTGTAAATTTAAACAGAT	3	263	1
          *****  **   ***
MAP Score: 5.25707