AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_fusions016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236749
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0887	187	phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (purH)
#1	HI0888	95	phosphoribosylamine--glycine ligase (purD)
#2	HI1428	54	phosphoribosylglycinamide formyltransferase (purN)
#3	HI1429	179	phosphoribosylaminoimidazole synthetase (purM)
#4	HI1587	300	DNA-binding protein H-NS (hns)
#5	HI1588	69	formyltetrahydrofolate deformylase (purU)

Motif 1
TAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTT	0	18	1
TTTTTGCCCACATTTATGTGGGCTTTTTTATGCCTGA	0	40	1
TTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTTTA	0	67	1
AAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAA	0	103	1
ATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCAT	3	67	1
AAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAAT	3	82	0
ATGCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAACTTTAA	4	134	1
AAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATAT	4	176	0
TCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAAT	4	212	1
TTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAA	4	237	1
ATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTTATT	4	273	1
ACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTA	5	24	1
          **** **      ****
MAP Score: 20.4649

Motif 2
TTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATT	0	100	1
TAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACGTTTGCG	0	116	1
TCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAAA	0	155	1
          TTTATCTAACTATCCCCCTCTT	1	0	1
AAAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATTCCCC	1	42	0
ATAGCCGTACTTTTTTTAAATTAGGCATACGC	1	61	1
GGGCTGAATTTAAATTTAAGATTTTA      	2	4	0
CAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAA	3	75	1
GTTAAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAA	3	90	0
ATTAAATGAATTAATTTAACAATATCGCAAAC	3	102	1
CTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTT	3	153	1
          TTTATTTGATTTCGGCAACTAT	4	0	1
TCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTT	4	153	0
GTTTCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTA	4	209	1
ATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTAT	4	234	1
TGTGGGAAAATTTATTTAATAATAGAGAAAAT	4	252	0
GTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCACACAA	5	43	1
          *********  *
MAP Score: 18.759

Motif 3
TAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATT	0	18	1
TTGCCCACATTTATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAA	0	43	1
TTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTT	0	66	1
CTTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAA	0	99	1
TCTTTTCTATATTTAAGCAAACGTTTGCGTTATAAT	0	119	1
TGCAGGTAAAAAATAGCCGTACTTTTTTTAAATTAG	1	49	1
ATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCA	3	67	1
AAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAA	3	83	0
CTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATT	3	139	1
AGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGG	4	57	0
ATGCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAACTTTA	4	134	1
TTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTT	4	152	0
CAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTT	4	174	0
AATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTA	4	226	1
ATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTTA	4	252	1
AGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAA	5	27	1
          ****      ******
MAP Score: 17.6438

Motif 4
     TTTAGTTGTAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACAT	0	5	1
TATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTT	0	54	1
CCGCACTTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACG	0	94	1
AAATCTTAAATTTAAATTCAGCCCTTTTGGGCTGATTTCTATAAGGAA	2	12	1
ACAAATAAATTTTGATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGT	3	53	1
TTGCTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGT	3	136	1
      TTTATTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTC	4	4	1
AAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAG	4	165	0
TCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTC	4	212	1
CTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTT	4	259	1
TGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAACATAG	5	20	1
          **  * *        ***    *   **
MAP Score: 5.07562

Motif 5
AGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTTATGTGG	0	19	1
TTTGCCCACATTTATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTAT	0	42	1
TGGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCAC	0	58	1
TATAGAAAAGATTAAATATAATTTCTTAAAGTGCGGTAAAAA	0	88	0
TAAGCAAACGTTTGCGTTATAATTCTCATCGCTTATTTTTAA	0	132	1
AATTCAGCCCTTTTGGGCTGATTTCTATAAGGAAGAAA    	2	26	1
ATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAAT	3	67	1
AAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAAT	3	77	0
TCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTTAATC     	3	152	1
ATCTGTTGGCATTTTGTTTGTTTTACGGTAATCTCCCCAATC	4	104	0
GTTTATAAAATTTTTATAAAATCTGTTGGCATTTTGTTTGTT	4	124	0
TTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAAT	4	144	0
GATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAA	4	166	0
AGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAA	4	232	1
ATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTTATT     	4	273	1
GAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCA	5	28	1
          ***   *   **** *     *
MAP Score: 4.52341

Motif 6
GTAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATT	0	17	1
TTTTGCCCACATTTATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAA	0	41	1
TTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTTT	0	66	1
AAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACGT	0	106	1
TGCGTTATAATTCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTA	0	144	1
   TTTATCTAACTATCCCCCTCTTTACAAAAGAGGG	1	7	1
TGCAGGTAAAAAATAGCCGTACTTTTTTTAAATTAGG	1	49	1
ACTATTAAAGTAGTACAAATAAATTTTGATTGCAAGC	3	39	1
GATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCA	3	66	1
CTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTG	3	139	1
TGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCG	4	16	1
AGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGGA	4	56	0
AAAACAAACAAAATGCCAACAGATTTTATAAAAATTT	4	122	1
TTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTT	4	163	0
TAAATGGTCGAAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATT	4	186	0
TAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTA	4	225	1
ATTATTAAATAAATTTTCCCACATTTAATGTTATTTA	4	261	1
AGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAAC	5	27	1
          ** *   * **  ****
MAP Score: 2.78159

Motif 7
TTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTTTA	0	66	1
GCACTTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTA	0	96	1
TTGCAGGTAAAAAATAGCCGTACTTTTTTTAAATTAGG	1	48	1
TTTCTCCTAAATCTTGAGCTTATTTGTACTATTAAAGT	3	12	1
TTGCAATCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAGTACA	3	36	0
GATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCAT	3	66	1
GCTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTG	3	138	1
AGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGGAT	4	55	0
TAAAACAAACAAAATGCCAACAGATTTTATAAAAATTT	4	121	1
ATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAATCTGT	4	140	0
TTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTA	4	161	0
AAAAATATATCTGTTTCGACCATTTATTTAATAATAGA	4	197	1
TTAATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTA	4	224	1
TTATTAAATAAATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATT	4	262	1
          ** **     ** ** **
MAP Score: 1.16231