AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_fusions016_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236764
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0885	191	thiol:disulfide interchange protein (dsbD)
#1	HI0886	111	H. influenzae predicted coding region HI0886
#2	HI0887	187	phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (purH)
#3	HI0888	95	phosphoribosylamine--glycine ligase (purD)
#4	HI1428	54	phosphoribosylglycinamide formyltransferase (purN)
#5	HI1429	179	phosphoribosylaminoimidazole synthetase (purM)
#6	HI1587	300	DNA-binding protein H-NS (hns)
#7	HI1588	69	formyltetrahydrofolate deformylase (purU)

Motif 1
AAAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATTCCCC	3	42	0
TTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATT	2	100	1
CGAGCATCTATATTTTTATACTCAATTCT   	0	172	1
         TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAA	1	1	1
TGGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTG	1	24	1
ATAGCCGTACTTTTTTTAAATTAGGCATACGC	3	61	1
GCAATCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAG	5	40	0
TTCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAA	2	154	1
CTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTT	5	153	1
          TTTATTTGATTTCGGCAACTAT	6	0	1
AACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTT	6	180	0
CAATTTTAATTATTGTTTAACTACCCGTTAAA	1	41	1
TGTAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCC	2	16	1
TTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATA	6	159	0
AAAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTTCCTT	0	87	1
CTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCA	6	28	1
CTGATTTTCCTTTTTGTGATCTAAATCATAGT	0	107	1
  TAAAATCTTAAATTTAAATTCAGCCCTTTT	4	8	1
ATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTAT	6	234	1
ACGTTTGCGATATTGTTAAATTAATTCATTTA	5	104	0
TATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCA	7	38	1
AAATCTTGAGCTTATTTGTACTATTAAAGTAG	5	20	1
TAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACGTTTGCG	2	116	1
ATGACGCCGTTTTAATTCATCTTTAAACAAAA	1	80	1
          ******* * **
MAP Score: 27.1296

Motif 2
TACGCCAAAATAAGTATAAGGATGGAAA        	0	2	0
CTGTGCAACATTATTGTAACAATAAAAAAGTGCGGT	0	61	1
     AGAATTGAGTATAAAAATATAGATGCTCGAA	0	170	0
AAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAACTACCC	1	31	1
TTGCTTTCCTTTTGTTTAAAGATGAATTAAAACGGC	1	85	0
TTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAG	2	100	1
TCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAAAGGAA	2	155	1
          TTTATCTAACTATCCCCCTCTTTACA	3	0	1
GGGCTGAATTTAAATTTAAGATTTTA          	4	0	0
AATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAATGAA	5	76	1
ATTAAATGAATTAATTTAACAATATCGCAAACGTTT	5	102	1
AGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGG	6	57	0
TTTATAAACTTTAATAAAAATATAAAGAAAATAAAC	6	157	1
GTTTCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAAT	6	209	1
AAAATAAAATTTATTGTAAATATCTATTATTAAATA	6	221	0
TGTGGGAAAATTTATTTAATAATAGAGAAAATAAAA	6	248	0
GTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCACACAACATT	7	43	1
          *** * ***  **  *
MAP Score: 25.0372

Motif 3
GTTTATAAAATTTTTATAAAATCTGTTGGCATTTTGT	6	129	0
ACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTA	7	24	1
TAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTT	2	18	1
TTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAA	6	237	1
ATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTTATT	6	273	1
TCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAAAT	6	212	1
ATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTTAAT	5	151	1
TTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTA	6	150	0
AAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTTCCTTTTTGTG	0	88	1
AAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATAT	6	176	0
TATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTATCGTATTT	2	54	1
          TTTTTCTCCTAAATCTTGAGCTTATTT	5	0	1
AGCATCTATATTTTTATACTCAATTCT          	0	174	1
AAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAAT	5	82	0
AAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAA	2	103	1
ATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCACTCTGAA	6	30	1
AAGGGCTGAATTTAAATTTAAGATTTTA         	4	1	0
AGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGGA	6	56	0
AAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATTCCCCCTCTTT	3	36	0
TCACCGCACTTTTTTATTGTTACAATAATGTTGCACA	0	62	0
TATGACGCCGTTTTAATTCATCTTTAAACAAAAGGAA	1	79	1
TATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAACTACCCGTTA	1	34	1
TGCAATCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAGTACA	5	36	0
ATTTTTAACTATTTAATGAAAGGAAAATACA      	2	166	1
          *******      * **
MAP Score: 24.328

Motif 4
 TTTCCATCCTTATACTTATTTTGGCGTATGCT	0	9	1
TTTTGTGATCTAAATCATAGTTTTAGGTATTCA	0	118	1
GTTTTAGGTATTCAAATTTCTTTGTGATAGAAT	0	137	1
         TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAG	1	1	1
TTACTTTTGGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAA	1	17	1
TTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAACTACCCGT	1	36	1
TGACGCCGTTTTAATTCATCTTTAAACAAAAGG	1	81	1
         TTTAGTTGTAGTTTCATAATTTTA	2	1	1
GTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACAT	2	20	1
ATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTT	2	69	1
ATAGAAAAGATTAAATATAATTTCTTAAAGTGC	2	96	0
CCAAAAGGGCTGAATTTAAATTTAAGATTTTA 	4	9	0
TCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAGTACAA	5	35	0
TGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTC	5	69	1
GGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGG	6	57	0
GCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAACTTT	6	136	1
TCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTT	6	152	0
ATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATT	6	234	1
TTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTTA	6	255	1
TTTTCCCACATTTAATGTTATTTATTGAGGTTT	6	274	1
ACCCATAAAATAGGTTCTAGTTTCAAATAGAAA	7	12	0
ACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAA	7	30	1
          ** *** ** ***
MAP Score: 22.2779

Motif 5
AAATACTTTTTACCAAAAGTAAAAAATAA    	1	6	0
CTCGAAATTCTATCACAAAGAAATTTGAATACC	0	143	0
ATTCATCTTTAAACAAAAGGAAAGCAA      	1	94	1
GAGATTACCGTAAAACAAACAAAATGCCAACAG	6	111	1
GATAACGAAGAAGAAAAAAGAAAGGAATAGTTG	6	25	0
ACTATTAAAGTAGTACAAATAAATTTTGATTGC	5	39	1
TAAAGAAAATAAACACAAAAAAATATATCTGTT	6	179	1
TATTTAATAATAGAGAAAATAAAATTTATTGTA	6	239	0
ACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTGCTTGCAA	5	68	0
TTTAACTATTTAATGAAAGGAAAATACA     	2	169	1
AAAATTATGAAACTACAACTAAA          	2	0	0
AACCTCGATCAATTGAAATAAAAATTGGGCAGA	5	152	0
TATGTTTAGATAAAAAAATAGAACCCATAAAAT	7	34	0
TGATTTAGATCACAAAAAGGAAAATCAGGTAAA	0	102	0
GCAACATTATTGTAACAATAAAAAAGTGCGGTG	0	65	1
AAGGAATAGTTGCCGAAATCAAATAAA      	6	4	0
GTTAAACAATAATTAAAATTGAAAAATACTTTT	1	29	0
TAATCTCCCCAATCACTACAAAAGTAGAGGCGC	6	85	0
CTTTAATAAAAATATAAAGAAAATAAACACAAA	6	165	1
          ** *****  ***
MAP Score: 21.0221

Motif 6
ATCACCGCACTTTTTTATTGTTACAATAATGTTGCACAGATA	0	58	0
GATCTAAATCATAGTTTTAGGTATTCAAATTTCTTTGTGATA	0	124	1
       TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTTTTCAAT	1	3	1
GGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAACTACCC	1	25	1
         TTTAGTTGTAGTTTCATAATTTTATCCTTATTT	2	1	1
TCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTTATGTGGGCTT	2	23	1
GGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACT	2	59	1
TTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACGT	2	101	1
CGGCTATTTTTTACCTGCAATTCCCCCTCTTTTGTAAAGAGG	3	26	0
TGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAATGA	5	69	1
CTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTTAATC      	5	153	1
          TTTATTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTT	6	0	1
TCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCACTCTGAAAAAATAC	6	32	1
CTGTTGGCATTTTGTTTGTTTTACGGTAATCTCCCCAATCAC	6	102	0
TCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAATC	6	143	0
AACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTAT	6	170	0
AAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTT	6	245	1
          **  **  * **     * * *
MAP Score: 20.4355

Motif 7
ATTATTGTAACAATAAAAAAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTT	0	70	1
TTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTT	1	13	1
TAACTACCCGTTAAAGATTAATATGACGCCGTTTTAATTCATCTT	1	58	1
GTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTTATGTGGGCTT	2	20	1
TGGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTTT	2	58	1
TTTTACCGCACTTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTA	2	89	1
AAGCAAACGTTTGCGTTATAATTCTCATCGCTTATTTTTAACTAT	2	133	1
GTATGCCTAATTTAAAAAAAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATT	3	46	0
        TTTTTCTCCTAAATCTTGAGCTTATTTGTACTATTAA	5	2	1
TTATTTGTACTATTAAAGTAGTACAAATAAATTTTGATTGCAAGC	5	31	1
TAAATTTTGATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCA	5	58	1
  TTTATTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCG	6	8	1
TGAAAAAATACTTATAATAATTGCGCCTCTACTTTTGTAGTGATT	6	63	1
GTTTATAAAATTTTTATAAAATCTGTTGGCATTTTGTTTGTTTTA	6	121	0
TTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTT	6	152	0
TAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAA	6	228	1
CTATTTGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCT	7	15	1
          **      ** * *   *    ***
MAP Score: 15.0349

Motif 8
TCCTTATTTTTGCCCACATTTATGTGGGCTT	2	34	1
TTATCTAACTATCCCCCTCTTTACAAAAGAG	3	11	1
TTACCTGCAATTCCCCCTCTTTTGTAAAGAG	3	27	0
TGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATT	5	144	1
TAAATAAATTTTCCCACATTTAATGTTATTT	6	266	1
          ******** **
MAP Score: 1.42032