AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236928
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0033	53	conserved hypothetical protein
#1	HI0034	124	conserved hypothetical protein
#2	HI0121	300	conserved hypothetical protein
#3	HI0266	82	conserved hypothetical protein
#4	HI0267	41	nitrate/nitrite sensor protein (narQ)
#5	HI0909	124	preprotein translocase SecA subunit (secA)
#6	HI1129	201	conserved hypothetical protein
#7	HI1130	30	conserved hypothetical protein
#8	HI1136	122	UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase (murD)
#9	HI1137	21	cell division protein (ftsW)
#10	HI1139	137	UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase (murC)
#11	HI1140	71	D-alanine--D-alanine ligase (ddlB)
#12	HI1143	83	cell division protein (ftsZ)
#13	HI1144	38	UDP-3-0-(3-hydroxymyristoyl) N-acetylglucosamine deacetylase (lpxC)
#14	HI1716	196	undecaprenyl-phosphate alpha-N-acetylglucosaminyltransferase (rfe), putative

Motif 1
TTATTTTTTACCGCACTTTACTAAAAT   	0	7	0
TAAAAAATAACCGCACTTTTTAGATAAGGA	0	27	1
GCGAAATTAACCGCGCTTTTTATGTCTAAA	1	25	0
TGATAGAATTCCGCACCTTTATTGCTAAGT	1	95	1
  AAATTTTACCGCACTTTTCTAAATTTCC	4	8	1
ACAATTCAAACGGCTTTTTTCATAAAATTT	6	16	0
TTTATTCAAACGGCTTTTTTATTTTGATAA	6	45	1
CTCCACAAAACACCACTTTTCTCCACTTCT	6	135	0
 AAAATAATGTAGTACTTTTATCTTAAATT	7	9	1
ATAGCTAGGTTCGCTCTTTCACTTTTGAAA	8	15	1
GTAAAAAAGGTCGCTCTTTCAAAAGTGAAA	8	31	0
TTTCTAATATTAGCACTTTTGGATATAAAA	10	50	0
CGAATTTTAACCGCACTTTTAGTTGAGTTT	10	91	1
TCAAAATTGACCGCACTTTTACGCCTATCT	14	61	0
TCAATTTTGACCGCATTTTTTATAAAAATA	14	81	1
ACTTCAACGCCCGTATTTTTATAAAAAATG	14	94	0
TTTAACGAAGCCCTATTTTTCACTTCAACG	14	115	0
          **********
MAP Score: 35.7617

Motif 2
GATGGTCTTTTCTTTTGAAAGTTCATAGAAGTTG	2	233	1
TCAATAAAATTTTATGAAAAAAGCCGTTTGAATT	6	10	1
GTTTGAATTGTTTATTCAAACGGCTTTTTTATTT	6	35	1
CGCCCGTATTTTTATAAAAAATGCGGTCAAAATT	14	83	0
TGCACAATAATTTTTTAAAATATCGCTATTTCAA	5	40	0
GGGTTGTGGCGTTTTATAAATAGCCTCAGTCATA	10	10	1
AAAAGGTCGCTCTTTCAAAAGTGAAAGAGCGAAC	8	23	0
CTGATTATTTTCTTTGTAAATAGTGAGCCATTGT	2	97	1
ACTTGAATACTTTTTCCAAATTGTAATGCAGGAA	2	44	1
GAAGAATATTGCTATTGAAATAGCGATATTTTAA	5	26	1
GAGCCATTGTGCTTCTGAAATTGCTTTATCGCTT	2	121	1
    AATTTCTCTTTTTAAATATATAAGTTAAAT	5	104	0
         ATTTTAGTAAAGTGCGGTAAAAAAT	0	1	1
ATAGCAATATTCTTCACAAAAAACAGAAAAA   	5	7	0
TTTTAGAAAATCTCTAAAAATCTCCACAAAACAC	6	152	0
TTTTACCGCACTTTTCTAAATTTCCACTGGAGTT	4	13	1
ACCCTAAAATTTTTTGTAAAGGATAACATAAGGC	14	166	0
TTACTAGGTATTTTCTGAAACTTA          	13	0	0
GCAACTGATTTTTATCAAAATAAAAAAGCCGTTT	6	52	0
TTTTTAGAGATTTTCTAAAAATAAGTTCAATTTT	6	166	1
  AAGTCATCCTTATCTAAAAAGTGCGGTTATTT	0	31	0
          *****  ***  **
MAP Score: 14.5844

Motif 3
GGCGTAAAAGTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTTT	14	66	1
ATCTAAAAAGTGCGGTTATTTTTTACCGCACTTTA	0	17	0
TTTACGTTAGTAAAGGAAATTTATATTTCCATCAA	8	56	1
TCATCTACAATAAAGGGAATTTATATTTTATATAT	12	23	1
GCTATTGAAATAGCGATATTTTAAAAAATTATTGT	5	36	1
AGTGGTGTTTTGTGGAGATTTTTAGAGATTTTCTA	6	148	1
GAAATAAAAACGTTGCGAATTTTAACCGCACTTTT	10	76	1
TCTTCTTAATTGCTATAAATTTTAAAATTATATCA	8	91	0
 AGGAAACTCCAGTGGAAATTTAGAAAAGTGCGGT	4	17	0
TGTAGGCGTATGCTATCAATTTTGGGTAGAATAAC	3	30	1
AGCATACGCCTACAATAATTTTAGAGGAAACCTT 	3	9	0
TGTTATCCTTTACAAAAAATTTTAGGGTCACACT 	14	172	1
TTTCTAAAAATAAGTTCAATTTTTAAGGCGTAAT 	6	177	1
         TTATTTTAATTTTTCATCTACAATAA	12	1	1
TAGCCTCAGTCATAAGTATTTTTTATATCCAAAAG	10	30	1
    TAAAAATAATTTCAATTTAGACATAAAAAGC	1	6	1
TACTTATGACTGAGGCTATTTATAAAACGCCACAA	10	13	0
AATAGTTCAGTGGCGTTAATTATAGATCATATAGT	2	191	1
         TCAATAAAATTTTATGAAAAAAGCCG	6	1	1
          **  *  ****** *
MAP Score: 12.8045

Motif 4
TAAAGTGCGGTAAAAAATAACCGCACTTTTT	0	17	1
TAATTTCAATTTAGACATAAAAAGCGCGGTT	1	16	1
AAAATCCACGCAAAAAATAAGCGCGAAATTA	1	46	0
TTGTTCTCACTTAGCAATAAAGGTGCGGAAT	1	102	0
CAATGAAATTTAAGCGATAAAGCAATTTCAG	2	135	0
TATGAACTTTCAAAAGAAAAGACCATCATAC	2	229	0
AAACGAAAAATATGATAAAACAACTTCTATG	2	256	0
TACAATAATTTTAGAGGAAACCTT       	3	3	0
AATTATTGTGCATGAAATAAAGTATTTCATA	5	62	1
AATAAAATTTTATGAAAAAAGCCGTTTGAAT	6	12	1
TGATTTTTATCAAAATAAAAAAGCCGTTTGA	6	50	0
TAGAGATTTTCTAAAAATAAGTTCAATTTTT	6	170	1
     AAATTTAAGATAAAAGTACTACATTA	7	14	0
TTATAGCAATTAAGAAGAAAGAAA       	8	108	1
TTTAGTAACTCACGAAATAAG          	9	10	1
AGTGCTAATATTAGAAATAAAAACGTTGCGA	10	63	1
GTATCATCAGTAAGAAGAAAAACAGGATAGA	11	48	1
ACTAAATATATAAAATATAAATTCCCTTTAT	12	32	0
ATACCACTGGTAAAATAAAAGATAGGCGTAA	14	42	1
          ***** *****
MAP Score: 8.55496

Motif 5
   TAAAAATAATTTCAATTTAGACATAAAAAGCGCGGTTA	1	7	1
AATCTTCCTGCATTACAATTTGGAAAAAGTATTCAAGTCGA	2	41	0
TAGGAATAAACAATGAAATTTAAGCGATAAAGCAATTTCAG	2	135	0
TAATTAACGCCACTGAACTATTATTTAACCACTTCAATAGG	2	172	0
 AGGAAACTCCAGTGGAAATTTAGAAAAGTGCGGTAAAATT	4	11	0
ATTGTGCATGAAATAAAGTATTTCATAAGCATTTAACTATT	5	66	1
         TCAATAAAATTTTATGAAAAAAGCCGTTTGAA	6	1	1
ACTTGCAAGTAATTCCACATTAAAGCAACTGATTTTTATCA	6	69	0
ATGTGGAATTACTTGCAAGTTGAGCGAACAAATTATAAACT	6	90	1
TACGCCTTAAAAATTGAACTTATTTTTAGAAAATCTCTAAA	6	168	0
          AAATTTAAGATAAAAGTACTACATTATTTT 	7	9	0
TCATTGATGGAAATATAAATTTCCTTTACTAACGTAAAAAA	8	53	0
TAAATATATAAAATATAAATTCCCTTTATTGTAGATGAAAA	12	20	0
ACCACTGGTAAAATAAAAGATAGGCGTAAAAGTGCGGTCAA	14	44	1
   AGTGTGACCCTAAAATTTTTTGTAAAGGATAACATAAG	14	168	0
          ** *  ** **     **  *
MAP Score: 6.30185

Motif 6
TAACCGCGCTTTTTATGTCTAAATTGAAATTATTT	1	13	0
CTTCCTGCATTACAATTTGGAAAAAGTATTCAAGT	2	44	0
CGGCTGATTATTTTCTTTGTAAATAGTGAGCCATT	2	94	1
TACCAAACTATATGATCTATAATTAACGCCACTGA	2	197	0
TATGATGGTCTTTTCTTTTGAAAGTTCATAGAAGT	2	230	1
      AAGGTTTCCTCTAAAATTATTGTAGGCGT	3	4	1
TGTGAAGAATATTGCTATTGAAATAGCGATATTTT	5	23	1
TCATGCACAATAATTTTTTAAAATATCGCTATTTC	5	42	0
ACTATTTAACTTATATATTTAAAAAGAGAAATT  	5	101	1
TCAAACGGCTTTTTTCATAAAATTTTATTGA    	6	6	0
AAACGGCTTTTTTATTTTGATAAAAATCAGTTGCT	6	52	1
AATCAGTTGCTTTAATGTGGAATTACTTGCAAGTT	6	76	1
AATGTAGTACTTTTATCTTAAATTT          	7	15	1
GGTTCGCTCTTTCACTTTTGAAAGAGCGACCTTTT	8	22	1
GAAATATAAATTTCCTTTACTAACGTAAAAAAGGT	8	50	0
CCATCAATGATATAATTTTAAAATTTATAGCAATT	8	84	1
ATTAGCACTTTTGGATATAAAAAATACTTATGACT	10	37	0
TTCGCAACGTTTTTATTTCTAATATTAGCACTTTT	10	60	0
TATTTTAATTTTTCATCTACAATAAAGGGAATTTA	12	11	1
AATAAAGGGAATTTATATTTTATATATTTAGTCAG	12	31	1
TTTGACCGCATTTTTTATAAAAATACGGGCGTTGA	14	86	1
TGCCTTATGTTATCCTTTACAAAAAATTTTAGGGT	14	165	1
          *** ** *  *** *
MAP Score: 5.84414

Motif 7
   ATTTTAGTAAAGTGCGGTAAAAAATAACCGC	0	7	1
TCCTTATCTAAAAAGTGCGGTTATTTTTTACCGC	0	23	0
TTTAGACATAAAAAGCGCGGTTAATTTCGCGCTT	1	25	1
TAAATAATAGTTCAGTGGCGTTAATTATAGATCA	2	186	1
GGAAATTTAGAAAAGTGCGGTAAAATTT      	4	4	0
TAAACTTGCCAGAAGTGGAGAAAAGTGGTGTTTT	6	125	1
TTAAAATTATATCATTGATGGAAATATAAATTTC	8	71	0
TTCTTTCTTCTTAATTGCTATAAATTTTAAAATT	8	97	0
AAACTCAACTAAAAGTGCGGTTAAAATTCGCAAC	10	87	0
ATAAATTCCCTTTATTGTAGATGAAAAATTAAAA	12	13	0
GGTAAAATAAAAGATAGGCGTAAAAGTGCGGTCA	14	50	1
          *  ****  *****
MAP Score: 1.87823

Motif 8
          TAAAAATAATTTCAATTTAGAC	1	0	1
AGCATACGCCTACAATAATTTTAGAGGAAACC	3	12	0
AGCGATATTTTAAAAAATTATTGTGCATGAAA	5	47	1
TTTATTTTGATAAAAATCAGTTGCTTTAATGT	6	62	1
AGAGATTTTCTAAAAATAAGTTCAATTTTTAA	6	171	1
GCTATAAATTTTAAAATTATATCATTGATGGA	8	83	0
CTTTTGGATATAAAAAATACTTATGACTGAGG	10	33	0
ACTAAATATATAAAATATAAATTCCCTTTATT	12	31	0
TAGGGCTTCGTTAAAAATATATTTCTAGGTAA	14	130	1
TGTTATCCTTTACAAAAAATTTTAGGGTCACA	14	172	1
          ******* * **
MAP Score: 1.70256