AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237120 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0351 172 UDP-glucose 4-epimerase (galE) #1 HI0642 159 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (glmU) #2 HI0812 21 glucosephosphate uridylyltransferase (galU) #3 HI0813 77 carbon storage regulator (csrA) #4 HI0814 187 alanyl-tRNA synthetase (alaS) #5 HI0819 37 galactokinase (galK) #6 HI0820 207 galactose-1-phosphate uridylyltransferase (galT) #7 HI0867 237 lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative #8 HI0870.1 300 H. influenzae predicted coding region HI0870.1 #9 HI0873 58 DTDP-glucose 4,6-dehydratase (rffG) #10 HI1010 158 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, putative #11 HI1014 55 conserved hypothetical protein #12 HI1114 52 ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase (rfaD) #13 HI1115 110 thioredoxin, putative #14 HI1578 300 glycosyl transferase, putative #15 HI1700 125 lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative Motif 1 AAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTCATACT 6 92 0 TATTACTTTCTTTTTTGATTTTAAGATAAGG 8 88 1 AACTAAATGCTTTTATGATCTGTAAGGAATA 7 212 1 AGATAAGGGATATTTTGATTTTATCTCTCTT 8 111 1 TATTTTAGTATATTATGATTTTTTCGGGTGG 8 148 1 ATTTTGCTTATTTTCTTATTTTGTGACAAAG 6 114 1 ATGCATCTCCTTTTGTTATTTAAATAACGTA 14 241 1 TGGTAGGGTTTATTATTATTTTGTCCAATAT 8 225 1 TTCCCATCGGTTTTTTGAATTTTAAAGTGGT 1 21 0 ACCATCGGTTTTTTCTTATATAAAAGTTTGT 1 52 1 AACAAGGTAGTATTATTATATGAATTTCTAC 14 85 1 AAATGTTATTTTTTGTTAATTTTAGTGATAA 10 46 0 ATAAATCTTATATTTTGATCATAAATAATTT 6 32 1 ACTTAGTTTTTATTTTTATTATGGGTAACAA 4 154 1 TATGAGCTCATAATCTGATTTGAAATCAGGT 10 10 0 AGCCCCCTTATTTTTTGATAAACGAACGCTC 15 86 1 AGAAAAAGGCTATTTTTATCAGTACGGGAGC 7 10 1 TATCTTATCTTATCTTATCTTATCTTATCT 8 9 1 TTATCTTATCTTATCTTATCTTTTTCATTGT 8 29 1 CAAGAAATTGTTTTTTGAATAATCTGAAATA 4 14 1 TTTTTTATCATTCTGTGATCTAGATCTCAGA 10 74 1 GAAATTTGAGTTTTTTTAAATCACTGTGATT 14 167 0 ATAGCTTGTCTATGTTGATTTTGTTAAAATA 15 55 1 ATATTCTTAAATTTAACTGCGG 11 1 1 CGCACTTTTGATGAATTCGAGCGTTCG 15 108 0 **** ****** MAP Score: 24.3372 Motif 2 GAATGGTGATTTTCAATAAAATAAAAAACCTGTT 0 90 0 GGATATCTAATAAATGCAAACTAAGGAGATAAAA 3 52 1 TGTTTTTTGAATAATCTGAAATAACTTAAATTTT 4 22 1 CTTTTTGCCAAAACTCCAAAATAAAACCGCACTT 4 82 0 AATTTCAAAAATATGCAAAAATAGGGCGACTTAG 4 126 1 ACCCATAATAAAAATAAAAACTAAGTCGCCCTAT 4 146 0 GTTACTTTCATAAGTATGAACTAAATCATAAAAA 6 80 1 CTTTGTCACAAAATAAGAAAATAAGCAAAATTTT 6 111 0 TTACAATAATTTAGTATAAATTAATGTAATCGTT 6 157 1 TGGTGAGAATAAAAGGAAAACTAAATGCTTTTAT 7 194 1 ATAAGATAAGATAAGATAAGATAAGATA 8 4 0 AAAAGATAAGATAAGATAAGATAAGATAAGATAA 8 19 0 GCACTAGAACAATGAAAAAGATAAGATAAGATAA 8 34 0 TCTTAAAATCAAAAAAGAAAGTAATAAGCAAGGA 8 80 0 AAAAATCATAATATACTAAAATAGCGGATAAGAG 8 137 0 CCTCCAGAATATTGGACAAAATAATAATAAACCC 8 230 0 ATCACTAAAATTAACAAAAAATAACATTTTTTAT 10 48 1 ATATTAGCCGATACAATAAATTAAATCTGAGATC 10 96 0 GCGTAAAACCATAGTCAAAAATAAAGAATTTTTG 13 47 0 CGAAATGGCAAAGTAACACCGTGGTG 14 2 1 GTTACCGATTATTCGAGAAAATAAACAAGGTAGT 14 62 1 GAGCGTTCGTTTATCAAAAAATAAGGGGGCTTAT 15 83 0 *** * *** *** MAP Score: 23.786 Motif 3 GGCGACTTAGTTTTTATTTTTATTATGGGTAACAAGGATTC 4 150 1 AACTTTTTCCTTGTTATAATCTATAAATCTTATAT 6 4 1 TCATAAAAAATTTTGCTTATTTTCTTATTTTGTGACAAAGA 6 105 1 TATCTTATCTTTTTCATTGTTCTAGTGCTTTATATCTGCTT 8 40 1 GTCGCCCTATTTTTGCATATTTTTGAAATTTATAAAAAGGC 4 115 0 AAGCTCTAATTTTACACTCTTCTTTAAACTATTTTATACGT 14 267 0 AGATCTCAGATTTAATTTATTGTATCGGCTAATATACAGAT 10 95 1 TATCCGCTATTTTAGTATATTATGATTTTTTCGGGTGGGTA 8 141 1 ATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTCATACTTATGAAAG 6 84 0 GATAAGGGATATTTTGATTTTATCTCTCTTATCCGCTATTT 8 112 1 AAAATGTTATTTTTTGTTAATTTTAGTGATAAAACGTTATG 10 37 0 AAACCATCGGTTTTTTCTTATATAAAAGTTTGTTATAGTTT 1 50 1 TAGCAACAGGTTTTTTATTTTATTGAAAATCACCATTCTTA 0 86 1 AAAATAACATTTTTTATCATTCTGTGATCTAGATCTCAGAT 10 65 1 TTCCTTGCTTATTACTTTCTTTTTTGATTTTAAGATAAGGG 8 79 1 GGTAGGGTTTATTATTATTTTGTCCAATATTCTGGAGGGAA 8 226 1 AAATTTTCTCTTTATTCATCAATAACAACGGGTA 1 135 0 TTTATTTATGTTTTACCTATTGTAGCAAAAATTCTTTATTT 13 22 1 TTGTATGAAAATTACTCTAATGTTAGCTATATATTTGGTAG 8 190 1 TGACTCCTGTTTTTTATCAATGTAAACGATTACATTAATTT 6 174 0 CCCATCGGTTTTTTGAATTTTAAAGTGGTTAAAATAGAAA 1 9 0 TCACGGTTTATTTACAATAATTTAGTATAAATTAATGTAAT 6 146 1 CTTTAAACTATTTTATACGTTATTTAAATAACAAAAGGAGA 14 246 0 **** * ** * ** MAP Score: 20.5562 Motif 4 TCATAAAAAATTTTGCTTATTTTCTTATTTTGT 6 105 1 ATTTTCCTCCTTTTATTTATGTTTTACCTATTG 13 11 1 AAATTTTCTCTTTATTCATCAATAAC 1 143 0 TACACTCTTCTTTAAACTATTTTATACGTTATT 14 263 0 AGCAACAGGTTTTTTATTTTATTGAAAATCACC 0 87 1 GCGACTTAGTTTTTATTTTTATTATGGGTAACA 4 151 1 AAGCATTTAGTTTTCCTTTTATTCTCACCAGCT 7 191 0 TATATAAAGGTTTTCTCTATATATGTA 8 283 1 AACCATCGGTTTTTTCTTATATAAAAGTTTGTT 1 51 1 TTATGATATTCTTAAGCTATATTTAAAGGAATA 14 121 1 TATCTTATCTTATCTTATCTTATCTTATCTT 8 8 1 CTTATCTTATCTTATCTTATCTTATCTTTTTCA 8 23 1 AATTCTTTATTTTTGACTATGGTTTTACGCTCA 13 51 1 TATGCATCTCCTTTTGTTATTTAAATAACGTAT 14 240 1 AAATGTTATTTTTTGTTAATTTTAGTGATAAAA 10 44 0 GATATTTTGATTTTATCTCTCTTATCCGCTATT 8 119 1 TTGGTAGGGTTTATTATTATTTTGTCCAATATT 8 224 1 GTCGCCCTATTTTTGCATATTTTTGAAATTTAT 4 123 0 AAATTAATACCTTAAACTATATAAAGGTTTTCT 8 266 1 TTTATTTATTCCTTATCTTGTTGAGATGA 13 91 0 AATAATACTACCTTGTTTATTTTCTCGAATAAT 14 69 0 AGATCTCAGATTTAATTTATTGTATCGGCTAAT 10 95 1 GACTCCTGTTTTTTATCAATGTAAACGATTACA 6 181 0 AAAAACTTACCATTTGCTATCTTTCTAAGATAG 1 97 1 GCTTCCTTGCTTATTACTTTCTTTTTTGATTTT 8 77 1 CTTATCTTATCTTTTTCATTGTTCTAGTGCTTT 8 38 1 **** **** ** MAP Score: 16.2428 Motif 5 CCTAAATATGAGAGGTTATCTCACTCGCTAC 0 43 1 CTTTTTAGCAACAGGTTTTTTATTTTATTGA 0 81 1 ATGGGAAACCATCGGTTTTTTCTTATATAAA 1 45 1 ATGGTTTCCCATCGGTTTTTTGAATTTTAAA 1 26 0 AGAAAAAGGCTATTTTTATCAGTAC 7 4 1 TAAACTATATAAAGGTTTTCTCTATATATGT 8 278 1 AAATTTATAAAAAGGCTTTTTGCCAAAACTC 4 100 0 GAGAGTTTTAATTGGTTATCTATGCATCTCC 14 220 1 AAACTATTTTATACGTTATTTAAATAACAAA 14 252 0 GTGTGGTAAGAATGGTGATTTTCAATAAAAT 0 102 0 GAATGATAAAAAATGTTATTTTTTGTTAATT 10 56 0 TATCTCTCTTATCCGCTATTTTAGTATATTA 8 132 1 AAGGAATATGAATGGCGTTTTAATCACAGTG 14 146 1 TTAACAAGAAATTGTTTTTTGAATAATCTG 4 9 1 ATTGTAAATAAACCGTGATCTTTGTCACAAA 6 133 0 TCCTTGATTGATAGGATATCTAATAAATGCA 3 39 1 TCCTTAGATAATATGTGTTTTTAAAACCGCA 11 27 0 TCAGTACGGGAGCGGTTATTATCTTTAAAAT 7 28 1 AAAACTTACCATTTGCTATCTTTCTAAGATA 1 98 1 ATAAATTGAAAGCGGTTACTTTCATAAGTAT 6 66 1 * ********* MAP Score: 15.0862 Motif 6 GAATGGTGATTTTCAATAAAATAAAAAACCTGTTG 0 89 0 ATCACAGTGATTTAAAAAAACTCAAATTTCTATTT 14 168 1 AGGGGGCTTATTTTAACAAAATCAACATAGACAAG 15 59 0 CAAAAAGCCTTTTTATAAATTTCAAAAATATGCAA 4 109 1 GACTCCTGTTTTTTATCAATGTAAACGATTACATT 6 179 0 GAAATTGTTTTTTGAATAATCTGAAATAACTTAAA 4 17 1 CAAATTTCTATTTCAAAACAATTAATTTAGGAGAG 14 190 1 CATAACGTTTTATCACTAAAATTAACAAAAAATAA 10 37 1 TTTCTATTTTAACCACTTTAAAATTCAAAAAA 1 7 1 AAGCGGTTACTTTCATAAGTATGAACTAAATCATA 6 75 1 ATATTCTTAAATTTAACTGCGGTTTT 11 1 1 CCCTCTTTGCTAAAGCTAAAGAGGGAGACT 5 17 0 TAAGCTATATTTAAAGGAATATGAATGGCGTTTTA 14 133 1 AAAATATCCCTTATCTTAAAATCAAAAAAGAAAGT 8 92 0 AGTTAAGATCTATTAGGAGATTAAAA 10 142 1 AAAAAGGCTTTTTGCCAAAACTCCAAAATAAAACC 4 88 0 ATAGCTAACATTAGAGTAATTTTCATACAAATACT 8 185 0 *** * *** * ** MAP Score: 12.6876 Motif 7 AATACTTTTTAGCAACAGGTTTTTTATTTTATTGA 0 77 1 TTATATAAGAAAAAACCGATGGTTTCCCATCGGTT 1 40 0 TAAAAACTATAACAAACTTTTATATAAGAAAAAAC 1 59 0 GTTTTTACTTAAAAACTTACCATTTGCTATCTTTC 1 87 1 ATTCATCAATAACAACGGGTAATATTCTATCTTAG 1 121 0 TTAACAAGAAATTGTTTTTTGAATAAT 4 2 1 GAGTTTTGGCAAAAAGCCTTTTTATAAATTTCAAA 4 100 1 TATTATGGGTAACAAGGATTCTTTTTA 4 170 1 GTTATAATCTATAAATCTTATATTTTGATCATAAA 6 22 1 TAAGAAAATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTC 6 97 0 CCGTACTGATAAAAATAGCCTTTTTCT 7 2 0 CTGGTGTACTAGCAAAATTTATGATGCTTTCCGAA 7 77 1 TACCCACCCGAAAAAATCATAATATACTAAAATAG 8 147 0 ACATATATAGAGAAAACCTTTATATAGTTTAAGGT 8 274 0 TAAAATTAACAAAAAATAACATTTTTTATCATTCT 10 53 1 CTGCGGTTTTAAAAACACATATTATCTAAGGAGGA 11 26 1 CTATTGTAGCAAAAATTCTTTATTTTTGACTATGG 13 38 1 CAGTGATTTAAAAAAACTCAAATTTCTATTTCAAA 14 172 1 ***** * **** MAP Score: 6.45159 Motif 8 AACAAACTTTTATATAAGAAAAAACCGATGGT 1 52 0 CTATCTTTCTAAGATAGAATATTACCCGTTGT 1 113 1 TTAAACAATGGATATGATAAT 2 8 1 CGTTCCTTGATTGATAGGATATCTAATAAATG 3 36 1 AACTTTTTCCTTGTTATAATCTATAAATCTTA 6 10 1 TATCGTAAATTATTTATGATCAAAATATAAGA 6 37 0 GATCATAAATAATTTACGATAAATTGAAAGCG 6 48 1 GATCACGGTTTATTTACAATAATTTAGTATAA 6 144 1 GCGGTTATTATCTTTAAAATATTAACTCCCTG 7 39 1 AAACTAAATGCTTTTATGATCTGTAAGGAATA 7 211 1 AAGATAAGATAAGATAAGATAAGATA 8 4 0 AAGATAAGATAAGATAAGATAAGATAAGATAA 8 14 0 TGAAAAAGATAAGATAAGATAAGATAAGATAA 8 24 0 TTCTTTTTTGATTTTAAGATAAGGGATATTTT 8 95 1 GCGGATAAGAGAGATAAAATCAAAATATCCCT 8 116 0 TCCAGAATATTGGACAAAATAATAATAAACCC 8 230 0 TGTATATTAGCCGATACAATAAATTAAATCTG 10 101 0 AATTCTGTCCTCTTTAAAATAAGTCTGCGTAT 12 30 0 TCTGTAGAAATTCATATAATAATACTACCTTG 14 87 0 ATTTCTACAGAGGTTATGATATTCTTAAGCTA 14 108 1 TATGTTGATTTTGTTAAAATAAGCCCCCTTAT 15 65 1 * **** ***** MAP Score: 6.23485