AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237225 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0429 111 glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (glmS) #1 HI0431 35 conserved hypothetical protein #2 HI0432 66 conserved hypothetical protein #3 HI0433 75 orfG protein #4 HI0439 98 competence protein A (comA) #5 HI0622 300 polypeptide deformylase (def) #6 HI0623 92 methionyl-tRNA formyltransferase (fmt) #7 HI0740 300 phosphomannomutase (yhxB) #8 HI0752 300 phosphoribosylformylglycinamidine synthase (purL) #9 HI0885 191 thiol:disulfide interchange protein (dsbD) #10 HI0886 111 H. influenzae predicted coding region HI0886 #11 HI0887 187 phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (purH) #12 HI0888 95 phosphoribosylamine--glycine ligase (purD) #13 HI1205 214 conserved hypothetical protein #14 HI1206 86 colicin V production protein (cvpA) #15 HI1334 126 cell division protein (ftsJ) #16 HI1335 90 cell division protein (ftsH) #17 HI1336 111 dihydropteroate synthase (folP-1) #18 HI1337 37 mrsA protein (mrsA) #19 HI1428 54 phosphoribosylglycinamide formyltransferase (purN) #20 HI1429 179 phosphoribosylaminoimidazole synthetase (purM) #21 HI1463 37 mrsA protein (mrsA) #22 HI1464 111 dihydropteroate synthase (folP-2) #23 HI1465 137 cell division ftsH-related protein #24 HI1587 300 DNA-binding protein H-NS (hns) #25 HI1588 69 formyltetrahydrofolate deformylase (purU) #26 HI1723 135 conserved hypothetical protein #27 HI1726 124 phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase (purC) Motif 1 TATCGCGCTTTTTTTTCCAGTGCTTTATA 3 3 0 AATCTTCTATTTTTTGTAGTCGTTTCGCCTATATT 15 101 0 ACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATT 24 175 0 TAATTATCAATTTTTTGATCTACTTAACAT 7 4 0 TTTCAGAGGATTTTTATTTCTTTTTAAAAAATAGCA 27 73 1 ATCATACGCTATTTTAAGTCTATTTTTAGTAAAAAT 13 160 0 AGTGCGGTCAATTTTTGAGGTGTTTTT 13 197 1 AATGCGGTTAATTTTTAGAGTGATTTTGGTGGGCGA 17 83 0 AAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTTCCTTTTTGT 9 88 1 AATGCGGTTAATTTTTAGAGTGATTTTGGTGGGCGA 22 83 0 GTATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAACTACCCGT 10 33 1 TAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATT 11 18 1 CTTGTAACCTTTTTTTAACCTAGATTTAACTTTTGG 23 20 0 ATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAAAACCA 18 5 0 ATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAAAACCA 21 5 0 TTGTTGTATTTTTTTTATACTTGTAACCTTTTTTTA 23 39 0 TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTTT 10 4 1 AAAGTGTGTAATTTTACGTCTGTTATATCACATTAT 8 85 1 ACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCT 25 24 1 TAAGTAAGTAATTTTTCAACTCATATGAAGTCACAT 5 206 1 AACTCGGAAATTTTTATACTTTTAATTAATTTAAGG 8 45 0 TTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTGCTT 20 72 0 TCACCGCACTTTTTTATTGTTACAATAATGTTGCAC 9 63 0 ATTTCTCTTGTTTTTAAGGGTAGAATTTTAGTGGGA 5 273 0 TATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAATTTATCGTATT 11 54 1 TCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAAAGGAAAA 11 157 1 GAGCATCTATATTTTTATACTCAATTCT 9 173 1 AAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTTGGA 17 32 1 AAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTTGGA 22 32 1 TGCGCAGGGGTTTTTTATTGTGTAAACGCGTGGCAA 0 43 1 AAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATTCCCCCTCTT 12 37 0 TAAGTGTCTAATTTTAATTTTCAATAAGTAAGTAAT 5 182 1 ATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCACTCTGA 24 30 1 AGAGCGGTTGATTTTCTCAATGTTTTTTACTGATTT 15 28 1 CGATGAATTTATTTTATTCATCAAAAGGTGTATTCT 13 77 0 ****** * *** MAP Score: 40.1784 Motif 2 TAACAATAAAAAAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTT 9 77 1 TAATTTAAAAAAAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATT 12 46 0 AATAAAATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAA 18 15 0 AATAAAATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAA 21 15 0 TTCATTTCTTAATTTGTTGTATTTTTTTTATACTTGTA 23 50 0 ATCGTGCTATAATCTCGTAAAGTTTTTTCAAAAAAGTG 26 18 0 TAAATGGTCGAAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTT 24 185 0 AAAATGCGGTTAATTTTTAGAGTGATTT 22 93 0 TATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAATCTG 24 141 0 GAAAAAATACAAACTTTATCGTATTTTTTGAAAAATTA 13 118 1 AAAATGCGGTTAATTTTTAGAGTGATTT 17 93 0 CGCACTTTTGAAAGTGCGGTTATTTTTATGGAGAAAAA 2 38 1 TTTATGCCTGAAATTTATCGTATTTTTACCGCACTTTA 11 66 1 TATTTTTTGAAAAATTAAACTATTTTTACTAAAAATAG 13 139 1 ACATTGAGAAAATCAACCGCTCTTTTTTATTAGGAATC 15 13 0 GTAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTT 11 17 1 TATTTTTTTTATACTTGTAACCTTTTTTTAACCTAGAT 23 31 0 TTTCTATTTGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTAT 25 12 1 CAAATAAAGCAAACGTTTGCTATTTTTTAAAAAGAAAT 27 88 0 TTTAATTTTCAATAAGTAAGTAATTTTTCAACTCATAT 5 194 1 GCTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTG 20 138 1 GATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCAT 20 66 1 TTTTGCCCACATTTATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAA 11 41 1 CAAAAGGTGTATTCTATGTCTGATTTTTCAAACCATCT 13 54 0 TAGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGGA 24 56 0 TTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTA 24 161 0 ATCATACGCTATTTTAAGTCTATTTTTAGTAAAAATAG 13 158 0 ACACACTTTCATAAACTCGGAAATTTTTATACTTTTAA 8 56 0 TATTTAATCAAATAAGTGTCTAATTTTAATTTTCAATA 5 170 1 AATAATTAAAATTGAAAAATACTTTTTACCAAAAGTAA 10 17 0 AAAACAAACAAAATGCCAACAGATTTTATAAAAATTTT 24 122 1 *** * ****** MAP Score: 35.7281 Motif 3 AGATTTATAATGACCGCACTTTTGAAAGTGCG 2 24 1 TCCATAAAAATAACCGCACTTTCAAAAGTGCG 2 38 0 AATAATACGCTTATCGCGCTTTTTTTTCCAGT 3 18 0 GGGCTTAAGCCCACCGTTTTTTGAAATGATTG 6 33 0 CGTGCAGAATTAACCGCACTTTTAGATGCCGC 7 175 1 TGCCGCTTTATCTCCGCCTTTTGCGGCATCTA 7 197 0 AGGTAAAAAATCACCGCACTTTTTTATTGTTA 9 77 0 TATCGTATTTTTACCGCACTTTAAGAAATTAT 11 81 1 AGGTAAAAAATAGCCGTACTTTTTTTAAATTA 12 52 1 AATACAAACTTTATCGTATTTTTTGAAAAATT 13 123 1 CCTCAAAAATTGACCGCACTTATCATACGCTA 13 185 0 TTGAGAAAATCAACCGCTCTTTTTTATTAGGA 15 16 0 GTTCAAAGTCTAACCTACCTTTCCTAAGTTAA 16 65 0 CTCTAAAAATTAACCGCATTTT 17 99 1 CTCTAAAAATTAACCGCATTTT 22 99 1 TTTATACTTGTAACCTTTTTTTAACCTAGATT 23 30 0 TTTTATCTCACTTTTTTGAAAAAA 26 2 1 * ***** **** MAP Score: 34.9811 Motif 4 CTTATCGCGCTTTTTTTTCCAGTGCTTTATA 3 10 0 AAAGGCTGAATCTTTTATACTTAACAGCCAA 4 60 0 TCCTTCTGTTTTTATTTAACTTAGATAAGTA 5 92 0 AAACTCGGAAATTTTTATACTTTTAATTAAT 8 51 0 AAATCACCGCACTTTTTTATTGTTACAATAA 9 71 0 AAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTTCCTT 9 88 1 GAGCATCTATATTTTTATACTCAATTCT 9 173 1 TTATTTTTTACTTTTGGTAAAA 10 1 1 ATTGAAAAATACTTTTTACCAAAAGTAAAAA 10 14 0 GTAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCC 11 17 1 TCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAA 11 155 1 TGTATTTTCCTTTCATTAAAT 11 176 0 AAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATTCCCC 12 42 0 TAGCCGTACTTTTTTTAAATTAGGCATACGC 12 62 1 ATGATGGATTTCTATTAACCTCAATCAAATA 13 20 0 TACCGATGAATTTATTTTATTCATCAAAAGG 13 85 0 ATAAAGTTTGTATTTTTTCCTTACCGATGAA 13 106 0 AATCAACCGCTCTTTTTTATTAGGAATCCTT 15 10 0 ATTTTCTCAATGTTTTTTACTGATTTCAATT 15 38 1 TTGTGACGAAATTTTTTAACTTAGGAAAGGT 16 50 1 GGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTG 17 29 1 GGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTG 22 29 1 CTTGTAACCTTTTTTTAACCTAGATTTAACT 23 25 0 TTGTTGTATTTTTTTTATACTTGTAACCTTT 23 44 0 ACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATC 24 27 1 TTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTA 24 171 0 AGTGCAATCCAGTTTTTTCCTAGAAATCGTG 26 50 0 * ********* MAP Score: 32.3885 Motif 5 GATTGCGCAGGGGTTTTTTATTGTGTAAACG 0 40 1 TTTGAAAGTGCGGTTATTTTTATGGAGAAAA 2 44 1 ACGCTTATCGCGCTTTTTTTTCCAGTGCTTT 3 13 0 TAAATCTTATTGTTTTATTTTGA 8 287 1 TAAAAAAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTT 9 83 1 TAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTT 10 27 1 CATTTATGTGGGCTTTTTTATGCCTGAAATT 11 50 1 TAATTCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTAA 11 151 1 AAAAAAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAATT 12 46 0 TGTATTCTATGTCTGATTTTTCAAACCATCT 13 54 0 ATACGATAAAGTTTGTATTTTTTCCTTACCG 13 111 0 AGTAAAAATAGTTTAATTTTTCAAAAAATAC 13 138 0 ATGATAAGTGCGGTCAATTTTTGAGGTGTTT 13 191 1 TTTACGCAAACGTTTTCTTTTTGGCTTTATT 14 10 1 TTTTCTTTTTGGCTTTATTTTTGTAGAATAG 14 22 1 GAAAATCAACCGCTCTTTTTTATTAGGAATC 15 13 0 AATCTTCTATTTTTTGTAGTCGTTT 15 111 0 TCTTCGGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGA 17 24 1 AAAATGCGGTTAATTTTTAGAGTGATTT 17 93 0 AATAAAATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATA 18 16 0 AATAAAATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATA 21 16 0 TTCGGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATT 22 26 1 AAAATGCGGTTAATTTTTAGAGTGATTT 22 93 0 TTTCTTAATTTGTTGTATTTTTTTTATACTT 23 53 0 GCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTT 24 24 1 TGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTT 24 163 0 ATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTT 24 174 0 CTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAA 25 32 1 AGCAAACGTTTGCTATTTTTTAAAAAGAAAT 27 88 0 **** ****** MAP Score: 27.9152 Motif 6 TTGCTTTCCTTTTGTTTAAAGATGAATTAAAAC 10 88 0 ACGCAAACGTTTTCTTTTTGGCTTTATTTTTGTAGAATA 14 13 1 TCGGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTTG 17 27 1 ATAAAATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAAAACCA 18 7 0 ATAAAATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAAAACCA 21 7 0 TCGGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTTG 22 27 1 CAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCACTCT 24 25 1 TTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTT 24 238 1 TAATTAGCCGTTTTCATTTNGTTAGATTTCCGCTAGTCT 7 34 1 GTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATT 24 154 0 TCCTAATGATTTTGTTCTTGGATGTATTTCGCTATAATC 17 46 1 TCCTAATGATTTTGTTCTTGGATGTATTTCGCTATAATC 22 46 1 AGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACGT 11 104 1 CACGGGGTCCTTCTGTTTTTATTTAACTTAGATAAGTAT 5 91 0 AAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAACTACCC 10 28 1 TTGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAA 20 68 1 AATCTTCTATTTTTTGTAGTCGTTTCGCCTATA 15 103 0 GAAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATT 24 175 0 TTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCACACAAC 25 37 1 TCTTAATTTGTTGTATTTTTTTTATACTTGTAACCTTTT 23 43 0 TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTTTTCAAT 10 6 1 TAACGACGATTTTTTATTTATTTCAACGAATAAGGATAA 7 72 1 TTTCAGAGGATTTTTATTTCTTTTTAAAAAATAGCAAAC 27 73 1 AACTATTTCCTACTTTCCTAAAATTTCAATCCCGC 26 110 0 ATAAAATCTGTTGGCATTTTGTTTGTTTTACGGTAATCT 24 112 0 *** **** * * * MAP Score: 27.3727 Motif 7 AACGTAGGGTGGGCTTTAGCCAGCA 6 4 1 TGATAGGAAGTAGGGTGGGCTTAAGCCCACC 6 50 0 TTAGAGTGATTTTGGTGGGCGATTATAGCGA 22 74 0 TTAGAGTGATTTTGGTGGGCGATTATAGCGA 17 74 0 CATTTCAAAAAACGGTGGGCTTAAGCCCACC 6 37 1 TTGCCCACATTTATGTGGGCTTTTTTATGCC 11 43 1 TTGGGTTATCTTTGGCTGGCTGTTCATAAGG 8 139 1 GTTATTAGATAATGGCGGGATTGAAATTTTA 26 96 1 AGGGTAGAATTTTAGTGGGATTATAGCACAG 5 262 0 ATGCCGATGGTAGTGTGGGGTTTCCCCATGT 5 33 1 ** ******** MAP Score: 7.46355 Motif 8 TGCGCAGGGGTTTTTTATTGTGTAAACGCGTGGCAA 0 43 1 AAGTGCGGTTATTTTTATGGAGAAAAA 2 49 1 CTAACGACGATTTTTTATTTATTTCAACGAATAAGG 7 71 1 AAACTCGGAAATTTTTATACTTTTAATTAATTTAAG 8 46 0 CCAATTGAAGTATTTTTGTTTGATAATGTGATATAA 8 107 0 AATTGATTGATTTTTTAGCGGTTGTAGAGAGGGTAT 8 199 1 ATCACCGCACTTTTTTATTGTTACAATAATGTTGCA 9 64 0 TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTT 10 3 1 TGGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTA 10 24 1 TAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCA 11 102 1 TCTCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAAAGGAA 11 155 1 TAGCCGTACTTTTTTTAAATTAGGCATACGCAAGGA 12 62 1 CCGATGAATTTATTTTATTCATCAAAAGGTGTATTC 13 78 0 TCAACCGCTCTTTTTTATTAGGAATCCTT 15 3 0 TTTCTCAATGTTTTTTACTGATTTCAATTAGCTTCG 15 40 1 TGTGACGAAATTTTTTAACTTAGGAAAGGTAGGTTA 16 51 1 TTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAAAACCA 18 4 0 ATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTGCT 20 73 0 ATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTTAA 20 151 1 ATTCCTTTAATTTTTTATCGTTATAAAACCA 21 5 0 GGAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTT 22 29 1 TTGTTGTATTTTTTTTATACTTGTAACCTTTTTTTA 23 39 0 ATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCACTCTGA 24 30 1 TTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTT 24 151 0 GAAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTAT 24 178 0 TTCGACCATTTATTTAATAATAGATATTTACAATAA 24 211 1 TGGGAAAATTTATTTAATAATAGAGAAAATAAAATT 24 246 0 CATTTAATGTTATTTATTGAGGTTTATT 24 282 1 AACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATC 25 23 1 ATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCACACAA 25 39 1 TTTCAGAGGATTTTTATTTCTTTTTAAAAAATAGCA 27 73 1 ******** * * MAP Score: 7.25182 Motif 9 AAGTTTTCCTTATTTATTCTATTACTAA 0 93 0 ATTCTTTCCTATTCTTTAAAGGCTGAA 4 81 0 AAGTGCGGTGATTTTTTACCTGATTTTCCTTTTTGTG 9 88 1 TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTT 10 2 1 GGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTGTTTAAC 10 25 1 TAGTTTCATAATTTTATCCTTATTTTTGCCCACATTT 11 18 1 AGTGCGGTCAATTTTTGAGGTGTTTTT 13 197 1 AAACGTTTTCTTTTTGGCTTTATTTTTGTAGAATAGC 14 17 1 AGAGCGGTTGATTTTCTCAATGTTTTTTACTGATTTC 15 28 1 GAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTTGG 17 30 1 TTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAATGAATTA 20 78 1 GAAAGGCTTTATTTTTTCCTAATGATTTTGTTCTTGG 22 30 1 TATTAAATAAATTTTCCCACATTTAATGTTATTTATT 24 263 1 AATAATAAACATTTTCCCCCTATACTTCCCCTAACAT 27 37 1 ***** * * * ** MAP Score: 6.06353