AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237280 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0007 300 formate dehydrogenase, beta subunit (fdxH) #1 HI0009 69 fdhE protein (fdhE) #2 HI0090 300 conserved hypothetical protein #3 HI0345 300 ferredoxin-type protein (napG) #4 HI0563 153 transcriptional regulatory protein (asnC) #5 HI0643 32 biotin sulfoxide reductase (bisC) #6 HI0644 148 cytochrome C-type protein (yecK) #7 HI0645 54 lysophospholipase L2 (pldB) #8 HI0646 158 aspartate-semialdehyde dehydrogenase (asd) #9 HI0647 277 transport protein, putative #10 HI0648 241 modulator of drug activity B (mdaB) #11 HI0652 62 3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase (kdtA) #12 HI0745 225 L-asparaginase II (ansB) #13 HI0746 155 anaerobic C4-dicarboxylate membrane transporter protein (dcuB) #14 HI0747 203 NADH dehydrogenase (ndh) #15 HI1044 111 conserved hypothetical protein #16 HI1047_HI1048 253 HI1047: anaerobic dimethyl sulfoxide reductase, chain A (dmsA), HI1048: H. influenzae predicted coding region HI1048 #17 HI1068 43 nitrite reductase, cytochrome C-type protein (nrfB) #18 HI1069 161 nitrite reductase, cytochrome C552 (nrfA) #19 HI1074 264 conserved hypothetical protein #20 HI1076 300 cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit I (cydA) #21 HI1556 59 2-hydroxyacid dehydrogenase #22 HI1560 22 H. influenzae predicted coding region HI1560 #23 HI1561 106 peptide chain release factor 1 (prfA) #24 HI1562 252 H. influenzae predicted coding region HI1562 #25 HI1563 32 conserved hypothetical protein #26 HI1564 32 H. influenzae predicted coding region HI1564 #27 HI1564.1 284 H. influenzae predicted coding region HI1564.1 Motif 1 GTCAATTTTAACCGCACTTTTTCTTTTTCA 1 20 0 GTTAAAATTGACCGCACTTTTTATTATAAA 1 38 1 ATGAAAAATAACCGCACTTTATCCGTAATC 2 136 0 GTGTAAACTAACCGCACTTTTTTATAAAGG 2 273 1 TTCCACTTTTACCGCACATTTTTTGAAGTC 3 214 0 GTAAAAATCAACCGCACTTTATTTTCTCCC 3 263 1 TTTTAAATTAACCACACTTTTTTATTTAAT 8 36 1 ACGAAAAATGACCGCACTTTTAAAATAAAA 10 40 0 CTCAAGTATAACCGCACTTGGGTTATCTTT 12 45 1 GTTATTTATAACCGCACTTTGTTTATTACC 13 17 0 GTTATAAATAACCGCACTTTTGACCACAAT 13 35 1 CGCACTTTTGACCACAATTTATTGATCCAA 13 47 1 CAAAAAAATAACCGCACTTTGATATATAAG 14 84 1 CATAAAAATAACCGCACTTATATATCAAAG 14 100 0 TGAAAAATGCACCGCACTTTTTAGTGCAAA 17 11 1 CATTTTTTTAACCGCACTTT 19 254 1 GTCAAAATTAACCGCACTTTTGATGAAAT 21 9 0 GTTAATTTTGACCGCACTTTGTATATAAAA 21 27 1 ********** MAP Score: 85.9802 Motif 2 TGCGGTTAAAATTGACCGCACTTTTTATTATAAAAG 1 34 1 TTTCTTTTAAATTAACCACACTTTTTTATTTAATTT 8 32 1 TTTTCGTTCGATTTCCACCAATTTTTTACCGAATTT 10 63 1 ATTCTTCTTTAATTGCTTCAATTTTTTCTTGAAGAT 24 224 0 GGCGTATAGCATACGCCTCAATTTTTAGAAACGTTA 15 20 1 AAATATAACAAATAAGCCCTATTTTTGTATTTATAT 20 37 1 TGCGGTCAATTTTAACCGCACTTTTTCTTTTTCAGG 1 18 0 TCTATATAGCATTTTTTACTATTTTTTATCCTTATG 20 84 1 AAAAGGGTTCATAATGAACCCTTTTTAACTTTTCTC 19 146 1 ATGAAAAATGCACCGCACTTTTTAGTGCAAACT 17 7 1 ATTTTCAATCCTTTTTTTGCTATACT 11 0 1 AAAGTGATCAAAATTGCTCACTTTTTTCAGTCTTAA 24 16 1 CCTCCTAATTAAATAGTTCAATTTTTAATCATTTCA 24 64 1 AACGGTGCTGAAATAGCACCGTTTTTGTTGTTCTAA 14 30 1 TTTATTCCTCAAATTTACCTTTTTTTTCTTTATTGA 19 84 0 AATATTTACCAAAATTTCCATTTTTTTAACCGCACT 19 236 1 TTATCTCTATAATAACTGGTGTTTTTTTAACCTTTA 20 149 1 GATTCAACTGAATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAA 2 13 0 TCAACAAATAAAACACAGTGTTTTTTATTAACCTAG 13 120 1 TGCGGTCAAAATTAACCGCACTTTTGATGAAAT 21 7 0 CGGCAGAAAATTTCTTGCCGATTTTTA 10 1 0 CGGCAAGAAATTTTCTGCCGATTTTTTATTTTAAAA 10 17 1 TTTGATAACCTTTTTTAACGAGGAGT 4 0 1 GAAAATTTAATTTAATCACTCTTTTT 8 0 0 TTTTCCACTTTTACCGCACATTTTTTGAAGTCGGTT 3 210 0 TGCGGTTATAAATAACCGCACTTTTGACCACAATTT 13 31 1 TAGCGTTAGNAAAATCAAGTATTTTTAATGAAAATT 8 83 0 TACAGAAAATAATAAGAATAGTTTTTATTTCTTGAT 27 162 0 TATGCCTTTTTACGTTAATTTTTAAAAGTATAT 10 218 0 TAATTGCTCCTTTTTTATATACAAAG 21 43 0 ATGTTTGAGAATTATTATTATTTTTTTTATAGGACT 27 72 0 TCTCACAACAATAAAGATTGATTTTTGATAAAAATC 27 129 1 TTTCGTGTAAACTAACCGCACTTTTTTATAAAGGAA 2 269 1 CGGTATTTCTTTACGCATTCATTTTTCAAGATAAAA 2 170 0 ATTACGGATAAAGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTTT 2 137 1 TTTATTTTAAAAGTGCGGTCATTTTTCGTTCGATTT 10 41 1 TTATATATCAAAGTGCGGTTATTTTTTTGAGTTATT 14 77 0 TTTGATATATAAGTGCGGTTATTTTTATGAAAGTTT 14 101 1 TATAATCTTGCGGTTTTTTAGGAGTCGA 25 2 1 GTGGCTTAGTATTTACCACTTTCTTTGATGCAGGTC 3 125 1 AAGTACGGAATTTAAGCATAATTTTTTTGAAAGATA 12 68 0 TTTTCTTGAGAAATATCATAGTTTTTGATTTACAAA 6 63 1 CATATCGCCTTTTTGGATGCCTTTTTCTGCCGCTAA 0 18 0 AAAATGCTATATAGATCACATTTTTGATATAAATAC 20 63 0 *** * * ***** MAP Score: 36.7511 Motif 3 CCATATCGCCTTTTTGGATGCCTTTTTCTGCCGCTA 0 19 0 GTGCGGTTGATTTTTACATGGTTTTTACGCAGCCTT 3 244 0 TATGCCTTTTTACGTTAATTTTTAAAAGTATA 10 219 0 AGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTTTTATCTTGAAAA 2 148 1 CTATATAGCATTTTTTACTATTTTTTATCCTTATGT 20 85 1 GAATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAAAAA 2 4 0 TGCGGTTATTTTTTTGAGTTATTTTAAGTTGATATT 14 64 0 TTAACCACACTTTTTTATTTAATTTCTTTCGCGAAA 8 43 1 AGTGCGGTCATTTTTCGTTCGATTTCCACCAATTTT 10 52 1 GTTAGGGTTGTTTTTTATTATTTTATTGGA 6 128 1 CATAAATTTGTTTTTCCATTGTTTATAAATAACTTA 12 149 1 AGAATAGTTTTTATTTCTTGATTTTTATCAAAAATC 27 148 0 TTCAAGTATTTTATTTACTTTCTTTTCTTGGTTGAA 4 74 1 AAAATAGGGCTTATTTGTTATATTTTATTTAATTGA 20 26 0 TTTCCACCAATTTTTTACCGAATTTTCAATTCCAGC 10 74 1 AGTGCGGTTATTTTTATGAAAGTTTTCCGCCCTGTT 14 112 1 ATCACATAATTTTTTTTGTTGATTGTATAACCTTTA 12 107 0 ATTTTCAATCCTTTTTTTGCTATACT 11 0 1 CCTCCTTTAGATTTTATTTAATTTTTTCACAATGAA 4 120 0 AATATACCTCTTTTTGAGTATTTTAAAAGATAAGCT 18 68 1 ACTATTCTTATTATTTTCTGTATTTAAACCTGCTTG 27 176 1 TTGAGAATTATTATTATTTTTTTTATAGGACTAAAT 27 68 0 TACTAATCGTTATTTATTGATTTATATAGTGTTTT 6 9 1 TTATATAGTGTTTTTCTTCAGCTTATAACATTTTTT 6 31 1 GCGTCTGAGATTCTTAATTTCCTTTTCGCTGTCAAT 23 29 1 ATTGTCGCCTTGTTTTAGTGTGTTTTTGATTTGCCA 24 178 1 AAGTGACAAATTTTTCAGAAATTTTCTTAGTCAATA 2 231 1 AAATTTACCTTTTTTTTCTTTATTGATGGTGCATTT 19 74 0 ACGAAGATGGATTTTTTGTTTATTTCGTTAAGATTC 9 30 1 TCGGCAAGAAATTTTCTGCCGATTTTTTATTTTAAA 10 16 1 CTTAAATCATTTATTCCTCAAATTTACCTTTTTTTT 19 93 0 ATAACTGGTGTTTTTTTAACCTTTAAAAATAATTAT 20 160 1 TACGCCTCAATTTTTAGAAACGTTAATTAGTAATAT 15 31 1 AGTCAATTTGTTATTCCAAAGTTTATTAAAACATCA 16 95 1 CGCCGATTTTATTTTCGGTGACTTACAA 23 88 1 ***** * **** MAP Score: 31.5278 Motif 4 GTGCGGTTAAAATTGACCGCACTTTTTATTATAAAAGTGAGAGAAT 1 33 1 ATTTCGTGTAAACTAACCGCACTTTTTTATAAAGGAAAACCT 2 268 1 TAATGATTTTATTTCAAGTATTTTATTTACTTTCTTTTCTTGGTTG 4 62 1 CCTCCTTTAGATTTTATTTAATTTTTTCACAATGAATTAGATGATA 4 110 0 TTATTTATTGATTTATATAGTGTTTTTCTTCAGCTTATAACATTTT 6 19 1 CCCTAACTATAAGTAGTTAGGGTTGTTTTTTATTATTTTATTGGA 6 113 1 TTTTCTTTTAAATTAACCACACTTTTTTATTTAATTTCTTTCGCGA 8 31 1 CTTCAATACGAAGATGGATTTTTTGTTTATTTCGTTAAGATTCGTT 9 23 1 TCGGCAAGAAATTTTCTGCCGATTTTTTATTTTAAAAGTGCGGTCA 10 16 1 TTTTCGTTCGATTTCCACCAATTTTTTACCGAATTTTCAATTCCAG 10 63 1 ATTTTCAATCCTTTTTTTGCTATACTAGCCGAAATT 11 0 1 TATGATCTCGATCACATAATTTTTTTTGTTGATTGTATAACCTTTA 12 107 0 AAAGTAGTCTAACTAAATTAAGTTATTTATAAACAATGGAAAAACA 12 157 0 AAGTTATGGAATCTCTACCTATTTGTTGCTATATTACACGCCGTTT 13 75 1 TTCAACAAATAAAACACAGTGTTTTTTATTAACCTAGGGGGGCAGT 13 119 1 AAACGGTGCTATTTCAGCACCGTTCTTTGTTATCGAATCACATT 14 8 0 GCACTTATATATCAAAGTGCGGTTATTTTTTTGAGTTATTTTAAGT 14 71 0 GCACTTTGATATATAAGTGCGGTTATTTTTATGAAAGTTTTCCGCC 14 97 1 TTATCATTACATTAATGTAACATTTTTAACAATTTAAACTTTTAGG 14 159 1 GATTATAATTAACTCGTTTTAGTTATTTTTCAATCTGACTGTGGGG 16 207 1 AAAATACTCAAAAAGAGGTATATTGTTGTTTTAAATAAATTAAGGC 18 46 0 TTTATTCCTCAAATTTACCTTTTTTTTCTTTATTGATGGTGCATTT 19 74 0 AAATTCGTAAAATTATTTTCCATTGTTGTTGAGAAAAAGATAAATG 19 181 0 AAAAAATGCTATATAGATCACATTTTTGATATAAATACAAAAATAG 20 55 0 TATCTCTATAATAACTGGTGTTTTTTTAACCTTTAAAAATAATTAT 20 150 1 GAAATTAAGAATCTCAGACGCTTTATTTGTGATTTACCCA 23 4 0 ATTCTTCTTTAATTGCTTCAATTTTTTCTTGAAGATCAGGCTGTTT 24 214 0 GATTTTTATCAAAAATCAATCTTTATTGTTGTGAGAAAATACCTTT 27 119 0 AAATAATAAGAATAGTTTTTATTTCTTGATTTTTATCAAAAATCAA 27 146 0 TATTTTCTGTATTTAAACCTGCTTGTTTCCTATAATGCGAGCCGTT 27 187 1 ** * ** ** * * * MAP Score: 30.527 Motif 5 GCTTATAACATTTTTTCTTGAGAAATATCAT 6 51 1 TCACATAATTTTTTTTGTTGATTGTATAACC 12 111 0 ATTGCTTCAATTTTTTCTTGAAGATCAGGCT 24 218 0 CGAAGATGGATTTTTTGTTTATTTCGTTAAG 9 31 1 AATTTACCTTTTTTTTCTTTATTGATGGTGC 19 78 0 TTAACCACACTTTTTTATTTAATTTCTTTCG 8 43 1 TAATTGCTCCTTTTTTATATACAAAGTGCGG 21 38 0 ATTATTATTATTTTTTTTATAGGACTAAATA 27 67 0 AAACACAGTGTTTTTTATTAACCTAGGGGGG 13 130 1 AGAATAGTTTTTATTTCTTGATTTTTATCAA 27 153 0 TACTAATCGTTATTTATTGATTTATATAGT 6 9 1 ACACTGTGTTTTATTTGTTGAAACGGCGTGT 13 110 0 AATATCATAGTTTTTGATTTACAAAACCTCT 6 74 1 AATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAAAAA 2 8 0 CTAACCGCACTTTTTTATAAAGGAAAACCT 2 280 1 GTCTGCCACGTTATTTCTAGACTATAAGGAA 10 185 0 AAAGTGCGGTTATTTTTTTGAGTTATTTTAA 14 73 0 TTATTTGTTATATTTTATTTAATTGACTTAG 20 21 0 TTATTTCAAGTATTTTATTTACTTTCTTTTC 4 70 1 TTCAATCCTTTTTTTGCTATACTAGCCGAAA 11 13 1 ATAGATCACATTTTTGATATAAATACAAAAA 20 58 0 CTAAATTAAGTTATTTATAAACAATGGAAAA 12 160 0 ATCTACATAATTATTTTTAAAGGTTAAAAAA 20 171 0 TTTCTGCCGATTTTTTATTTTAAAAGTGCGG 10 28 1 GTAGAAAAACTTTTTTCTTTTGGTATCTTAC 18 134 1 TAAAGATTGATTTTTGATAAAAATCAAGAAA 27 140 1 TATACCGCCTTAATTTATTTAAAACAACAAT 18 40 1 GTTAGGGTTGTTTTTTATTATTTTATTGGA 6 128 1 ****** **** MAP Score: 29.1036 Motif 6 TAATAAAAAGTGCGGTCAATTTTAACCGCACT 1 32 0 ACGGATAAAGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTT 2 140 1 TATAAAAAAGTGCGGTTAGTTTACACGAAATT 2 267 0 GCACATTTTTTGAAGTCGGTTTCTTTTGAAAT 3 199 0 GAAAATAAAGTGCGGTTGATTTTTACATGGTT 3 257 0 TATAAGTAGTTAGGGTTGTTTTTTATTATTTT 6 120 1 AATAAAAAAGTGTGGTTAATTTAAAAGAAAAT 8 30 0 ATTTTAAAAGTGCGGTCATTTTTCGTTCGATT 10 44 1 TATGCCTTTTTACGTTAATTTTTAAAAGTAT 10 220 0 TGGTCAAAAGTGCGGTTATTTATAACCGCACT 13 29 0 GGTTATTTTTTTGAGTTATTTTAAGTTGATAT 14 65 0 TATATCAAAGTGCGGTTATTTTTTTGAGTTAT 14 78 0 GATATATAAGTGCGGTTATTTTTATGAAAGTT 14 104 1 ATTAACTCGTTTTAGTTATTTTTCAATCTGAC 16 214 1 TCATCAAAAGTGCGGTTAATTTTGACCGCACT 21 13 1 ** ***** *** MAP Score: 25.6344 Motif 7 AAATTAAGGCGGTTTTATACCGCCTTAATTTATT 18 25 1 TTGTAGGGTGGGCTTTAGCCCACCAAAAAACAAT 27 249 1 TAAACGCGTGGGCTTAAGCCCACCCTACATTGGC 10 117 0 ACTTTTTTCAGTCTTAAGCCCTCCAATTCCCTCC 24 35 1 CGTTTAACTAGGGTTTATTCCCACCCTACGGGCT 10 145 1 TTTTTACATGGTTTTTACGCAGCCTTTTCCACTT 3 236 0 TACAAAGGGCGTATTTACTACGCCCTTTTCATTA 7 23 1 AATTGACTATGGATTTAAAAATCCGTTAGCATAG 16 69 0 ATTATTTTCTGTATTTAAACCTGCTTGTTTCCTA 27 185 1 TCATAGTTTTTGATTTACAAAACCTCTACAATCA 6 78 1 ** **** ** ** MAP Score: 5.92734 Motif 8 TTATAATAAAAAGTGCGGTCAATTTTAACCGCACTT 1 31 0 GATTCAACTGAATAGCGGGTTTTTTTATAAATTTAA 2 13 0 GATTACGGATAAAGTGCGGTTATTTTTCATTGTGTT 2 136 1 CAAGCTCGGGAAATTTCGGTATTTCTTTACGCATTC 2 186 0 CTTTATAAAAAAGTGCGGTTAGTTTACACGAAATTT 2 266 0 CACATTTTTTGAAGTCGGTTTCTTTTGAAATTGGGT 3 194 0 GGAGAAAATAAAGTGCGGTTGATTTTTACATGGTTT 3 256 0 TTTTCTTGAGAAATATCATAGTTTTTGATTTACAAA 6 63 1 TTAAATAAAAAAGTGTGGTTAATTTAAAAGAAAATT 8 29 0 AGCGTTAGNAAAATCAAGTATTTTTAATGAAAATTG 8 82 0 CTTCGTATTGAAGATGGATTTTTTTA 9 0 0 GTTGCCCAAAAAACTTGGTAGATTCTGAACGAATCT 9 60 0 TATAGAGCGAAAGAATGGTTATTTTATGCAAAATTC 9 125 0 TTTTCGCAAGAAAGGTGATAAATTAAAGACTTGGAA 9 188 1 TTTTTATTTTAAAAGTGCGGTCATTTTTCGTTCGAT 10 39 1 TTGTGGTCAAAAGTGCGGTTATTTATAACCGCACTT 13 28 0 TCAACAAATAAAACACAGTGTTTTTTATTAACCTAG 13 120 1 TTAGAACAACAAAAACGGTGCTATTTCAGCACCGTT 14 30 0 TTATATATCAAAGTGCGGTTATTTTTTTGAGTTATT 14 77 0 TTTGATATATAAGTGCGGTTATTTTTATGAAAGTTT 14 101 1 TTGCACTAAAAAGTGCGGTGCATTTTTCAT 17 4 0 AGGCGGTATAAAACCGCCTTAATTTTGAGTATTATT 18 14 0 AAAATACTCAAAAAGAGGTATATTGTTGTTTTAAAT 18 56 0 TTATTCCTCAAATTTACCTTTTTTTTCTTTATTGAT 19 83 0 GAGAAAAGTTAAAAAGGGTTCATTATGAACCCTTTT 19 146 0 AGTGCGGTTAAAAAAATGGAAATTTTGGTAAATATT 19 236 0 TATAAATACAAAAATAGGGCTTATTTGTTATATTTT 20 36 0 AGATAATCCAAATTGGCGGCTATTCTACTACTAAAC 20 119 0 AAGGTTAAAAAAACACCAGTTATTATAGAGATAATC 20 147 0 TACTCAACTCCAATCAGCTAAGTTTAAATTGACTTA 20 201 0 GTGCGGTCAAAATTAACCGCACTTTTGATGAAAT 21 8 0 GAAAGTGATCAAAATTGCTCACTTTTTTCAGTCTTA 24 15 1 TTTTTTCTTGAAGATCAGGCTGTTTTGGCAAATCAA 24 203 0 CGACTCCTAAAAAACCGCAAGATTATA 25 1 0 CGTTTAATCTAAAATTGGTCATATTTAGTCCTATAA 27 46 1 *** *** **** MAP Score: 4.13896