AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons009_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237439 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0096 300 H. influenzae predicted coding region HI0096 #1 HI0097 272 iron(III) ABC transporter, periplasmic-binding protein (hitA) #2 HI0098 216 iron(III) ABC transporter, permease protein (hitB) #3 HI0129 300 H. influenzae predicted coding region HI0129 #4 HI0498 254 spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic-binding protein (potD) #5 HI1019 300 thiamin ABC transporter, periplasmic-binding protein (tbpA) #6 HI1344 72 spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic-binding protein (potD) #7 HI1345 25 spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC) #8 HI1347 268 spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA) #9 HI1382 90 phosphate ABC transporter, permease protein (pstC) #10 HI1383 300 phosphate ABC transporter, periplasmic-binding protein (pstS) #11 HI1475 227 H. influenzae predicted coding region HI1475 #12 HI1476 227 transcriptional regulatory protein #13 HI1525 186 molybdate-binding periplasmic protein, putative #14 HI1526 84 ADP-heptose synthase (rfaE) #15 HI1692 173 molybdenum ABC transporter, permease protein (modB) #16 HI1693 137 molybdenum ABC transporter, periplasmic-binding protein (modA) Motif 1 GAGCAAAGAATTTTTTCAATTTATTGACCTCC 4 137 0 TAATAAGATTTTTTTTCATTTTATGCATAAAC 10 70 0 CTTACCCAATTTTTTTCATTTTTCAATCTGAC 15 147 1 AGAAATAAACTTTCTACATTTTCTGAAAAAAT 5 94 0 TAATCGATTTTTTTTCTAATTTCATGACATGG 13 67 0 TTTGTATAGATTTCTTTAATTTACAATGAGTT 5 12 1 TCTTCAATGCTTTTTTCAATTCAAGTAATTCA 0 90 1 ATGAACGGCAGTTTTTTACTTTCTAAGGCATT 8 142 1 ATATCAAGATGTTTTCTATTTTTCTCGTTAAA 8 42 0 TTAATCTATTGTTTTACTATTTCGAATAAAAA 12 112 1 CACAATTATTTTCTACACTTCGCTACGCAAT 10 9 1 GTCCCAACCTTTTTTGTTGTTTCAAAATTAAG 13 25 1 CAAATTCCTATTTCTTTTGTTTTCTTTGTTTT 11 204 1 TTAAACGGGCGTTTTCTTTTTTGTTTAAATTC 11 25 1 TTTCAGCTTGTTTATACAGTTTTTTGTCGGTT 0 150 1 TTTTTGTCGGTTTCTGCTTGTTGAGAGCGCAT 0 170 1 TAAATTCTTAGTTTTTCTGGTTCATTTTGACT 11 50 1 AAGATCTGATTTTTTCTTAGTTTTCTTTCCCT 11 92 1 TAGGCGTCTATTTTTATATGTCGCCCCTGCAG 8 208 1 TTAATGTACCGTTTTGTTTTTCATCTAAATAT 1 34 1 AAGCCTAAGCGTTATATATTTTACTAAATAAT 16 39 1 ATGTTTGCCGTTTCTGTATGTCATTTTGCGTG 2 186 1 AGGGCGGATATTTCTGCCCTTTTGTTATTATA 15 32 1 TTTGGATTATTTTATCCTTGTTAGCGTTTGCA 3 212 1 CTATATGATTGTTATTTATTTCAATATATAAT 16 81 1 ATGTAGAAAGTTTATTTCTTTTTAAAAAGCCG 5 107 1 ***** ** *** MAP Score: 19.4768 Motif 2 GAGGCAAAGTTAAATCCTTTTAGGAATGTGAACTTTT 2 97 0 ATTCTCGCTCCTTTTAAAAATATCTTTTTTA 8 4 1 GGAATAATTGTTCCGCCTTTTCCTATTATTTCTTCAA 0 60 1 TGGCGGTGCATTGCCCCTTTTTTTATTCTTAGGGAAA 11 117 0 GGCGGATATTTCTGCCCTTTTGTTATTATAGAGCATC 15 34 1 TCGTCATTATTGCTGCCTTTTAATCATAAATAAGGAT 5 267 1 AATATAACCTTATCTCCTTTTCGTCATTATTGCTGCC 5 247 1 GTAAGCAAAATGAATCCTTATCTAAATAGCCTCTCTT 15 115 0 GGCACCAAAATCAACCGTTTTTGCAATAATTTGCTGT 10 261 0 TCTAAGGCATTAAGTCCTTTTCATTATTAACAATTCA 8 163 1 AAAAAAATCTTATTACGTTTTAACCTTAGGTACGTTA 10 87 1 GGAACAATTATTCCGCCTTATTTATTTGATCTGACAT 0 37 0 GTTCGTTTAATGTACCGTTTTGTTTTTCATCTAAATA 1 28 1 TCTCCTACGATTAAACGTTATTTACTTGATTATATAT 16 104 0 AATAAGATTTTTTTTCATTTTATGCATAAACATAACA 10 64 0 TGCGGTTAAATTTCTCGTTATTTTTATGAACGGCAGT 8 117 1 GGGAAATATGTCAAACCTTTTAGAAAAAAATGCTATA 4 53 1 TATTATTTCTTCAATGCTTTTTTCAATTCAAGTAATT 0 83 1 ATCTTTCGAATAATTCATTATACAATTTTATATATAT 13 123 1 GAAATAAACTTTCTACATTTTCTGAAAAAATAAAGGG 5 88 0 * ****** *** MAP Score: 19.1093 Motif 3 GAATAATTGTTCCGCCTTTTCCTATTATTT 0 61 1 CGCAGAATTGACCGCACTTTGTGTTGAAAC 0 235 1 TGCCTCGCAGACCGCCATTCTGGCTCACTT 2 128 1 CCTTTCCACCACCGCACTTTTTGCGGCTTC 4 188 1 GAGAAATTTAACCGCACTTTCGATGAATTT 8 103 0 TTTATTTTATACCGCACTTTATACAAAACC 9 16 1 ATTTAAGATAACCGCACTTTATTAATGTTA 9 53 0 AGATTTAAACGCCATTTAAACGGGCGT 11 7 1 CAAAAAAGAAAACGCCCGTTTAAATGGCGT 11 18 0 GGCAGAAATATCCGCCCTTCATGACTATTA 15 20 0 GGCGGATATTTCTGCCCTTTTGTTATTATA 15 34 1 ********** MAP Score: 18.0008 Motif 4 AGGCGGAATAATTGTTCCGCCTTTTCCTATTATTT 0 56 1 AACTGTTTCAATTCGCTTTCCATTTCAGCTTGTTT 0 128 1 ACTTCCGCAGAATTGACCGCACTTTGTGTTGAAAC 0 230 1 TTTAAATGCAAATAGTTCTCAATTTAAATTGATAT 1 62 0 CATAAGGAGCTTTTCAATGCAATTTAAACATTTCA 1 153 1 GCAGACCGCCATTCTGGCTCACTTTACTTATCATC 2 134 1 CGGGCTTCCGTTATGTTTGCCGTTTCTGTATGTCA 2 174 1 ATTTACAATGAGTTATCTTCATTTTTATAGACTAG 5 30 1 CTTTTCGTCATTATTGCTGCCTTTTAATCATAAAT 5 263 1 ATTCTCGCTCCTTTTAAAAATATCT 8 0 1 ATAACGAGAAATTTAACCGCACTTTCGATGAATTT 8 103 0 ATCTCTTTATTTTATACCGCACTTTATACAAAACC 9 11 1 AAATTATTTAAGATAACCGCACTTTATTAATGTTA 9 53 0 ACGTAATAAGATTTTTTTTCATTTTATGCATAAAC 10 70 0 AGATTTAAACGCCATTTAAACGGGCGT 11 2 1 ATTCTTAGTTTTTCTGGTTCATTTTGACTAAATCA 11 53 1 CAAAGATCTGATTTTTTCTTAGTTTTCTTTCCCTA 11 90 1 ATTTCGCCAAATTCCTATTTCTTTTGTTTTCTTTG 11 197 1 AAATGAAACTATTACGGTGTATTTTATAGTTGCAA 12 68 0 TGAAGGGCGGATATTTCTGCCCTTTTGTTATTATA 15 29 1 GGCTATTTAGATAAGGATTCATTTTGCTTACCCAA 15 121 1 TTGCTTACCCAATTTTTTTCATTTTTCAATCTGAC 15 144 1 *** **** *** MAP Score: 16.9746 Motif 5 CGGCTAATTATCGTAATAGTAGTTCCCCTT 3 44 1 TGTATATTATCCGTAATAGTTGCATGTTGC 12 42 1 ATAAAATACACCGTAATAGTTTCATTTGGC 12 76 1 TTGTTTTTATTCGAAATAGTAAAACAATAG 12 117 0 AAATTATTACCCGTAATAGAACTAATTAAG 12 150 0 GTTTTTAATCCCGTAATAGTTGTAATTATT 12 181 1 ACCTCTTTAGTCGTAATAGTTGAATAATTA 12 203 0 GATAGAATCTTAATAGTCATGAAGGGC 15 7 1 ********** MAP Score: 16.1155 Motif 6 AATTCGCTTTCCATTTCAGCTTGTTTATACAGT 0 137 1 AGTTTTTTGTCGGTTTCTGCTTGTTGAGAGCGC 0 167 1 GTTTAATGTACCGTTTTGTTTTTCATCTAAATA 1 32 1 AGCCGTAGCGGCTTCTTTGTGCTGACCATTA 1 251 0 GTTATGTTTGCCGTTTCTGTATGTCATTTTGCG 2 183 1 ATTATTTTATCCTTGTTAGCGTTTGCACTTCTG 3 217 1 GCACTTTTTGCGGCTTCCGCTTTTGCCAATAAC 4 201 1 TCTACGTCAGCCCCTTTATTTTTTCAGAAAATG 5 77 1 AACCTTATCTCCTTTTCGTCATTATTGCTGCCT 5 252 1 GGCATTAAGTCCTTTTCATTATTAACAATTCAC 8 168 1 CCAAAATCAACCGTTTTTGCAATAATTTGCTGT 10 261 0 TTTAAACGGGCGTTTTCTTTTTTGTTTAAATTC 11 24 1 GGTGCATTGCCCCTTTTTTTATTCTTAGGGAAA 11 117 0 TTAATACACCTTTTTTGCTGTACCTTATGTG 12 8 1 ACTAACCTCTTTAGTCGTAATAGTTGAA 12 209 0 GGAGTCCCAACCTTTTTTGTTGTTTCAAAATTA 13 22 1 GATATTTCTGCCCTTTTGTTATTATAGAGCATC 15 38 1 ** **** ** ** MAP Score: 10.8201 Motif 7 ACAATTATTCCGCCTTATTTATTTGATCTGA 0 40 0 ATCTCTCAAGCGGTTTATTATCCAGATACGA 0 268 1 GGCTATTCTATGCCTAATTTTATTTAAATGC 1 88 0 CGCACGCAAGCGGTTAATTTTGTTAGAGAAT 2 59 0 AGTATACCCACGGCTAATTATCGTAATAGTA 3 34 1 ATAATGCATTCTGCTTATTTTTGGATTATTT 3 193 1 TGCTTATTTTTGGATTATTTTATCCTTGTTA 3 204 1 CTACGTCAGCCCCTTTATTTTTTCAGAAAAT 5 78 1 GAATTTTACTTCGTTAATTTTATAAATATTG 8 78 0 ATCGAAAGTGCGGTTAAATTTCTCGTTATTT 8 109 1 AATCTCTTTATTTTATACCGCACT 9 3 1 ATTGCAAAAACGGTTGATTTTGGTGCCTCTG 10 271 1 TTAGTTTTTCTGGTTCATTTTGACTAAATCA 11 57 1 ATCAGATCTTTGGTTGATTTAGTCAAAATGA 11 71 0 GAAACTATTACGGTGTATTTTATAGTTGCAA 12 68 0 ***** ***** MAP Score: 9.09544 Motif 8 TTTCAACACAAAGTGCGGTCAATTCTGCGGAAGT 0 230 0 TCCAAATATTGCGTGCGTGTATTTGAAAAAATTC 2 10 1 AATTGTAAACGCGTGCGTGAATTTTTTCAAATAC 2 28 0 GTTCACGCACGCAAGCGGTTAATTTTGTTAGAGA 2 61 0 GCTATACTGCGCGCGCGCAAAATTTGCGTGTTTT 4 84 1 AATTCATCGAAAGTGCGGTTAAATTTCTCGTTAT 8 104 1 TCACTATATCATAGGCGTCTATTTTTATATGTCG 8 197 1 AACATTAATAAAGTGCGGTTATCTTAAATAATTT 9 54 1 ACGGACGTAAGTGGGCGGGAATTATTGAAAACAG 11 160 0 AATAGTCATGAAGGGCGGATATTTCTGCCCTTTT 15 21 1 AAGGGATTTAAAGAGAGGCTATTTAGATAAGGAT 15 105 1 * * **** **** MAP Score: 7.30887 Motif 9 ATTACTTGAATTGAAAAAAGCATTGAAGAAATAATAG 0 82 0 CTATTTGCATTTAAATAAAATTAGGCATAGAATAGCC 1 82 1 GTGCGTGTATTTGAAAAAATTCACGCACGCGTTTACA 2 22 1 AAAAAATCCCTTAGGAAAAAACTGGCAAAATCTTACC 4 10 1 ATGTCAAACCTTTTAGAAAAAAATGCTATACTGCGCG 4 60 1 TCATTGTAAATTAAAGAAATCTATACAAAAT 5 4 0 CCCTTTATTTTTTCAGAAAATGTAGAAAGTTTATTTC 5 88 1 GCCAACGGCTTTTTAAAAAGAAATAAACTTTCTACAT 5 107 0 TAACAAAAGGTTTCACAAACCTTTGAATTTAAAATAG 6 11 1 TATAACAATATTTATAAAATTAACGAAGTAAAATTCA 8 73 1 ATACCGCACTTTATACAAAACCTAGCACTTAACATTA 9 24 1 CAGCAAATTATTGCAAAAACGGTTGATTTTGGTGCCT 10 262 1 TGTCATGAAATTAGAAAAAAAATCGATTAATTTATAA 13 70 1 ** * *** * *** MAP Score: 6.83838 Motif 10 TTTTGGATTATTTTATCCTTGTTAGCGTTTGCA 3 211 1 TACAATGAGTTATCTTCATTTTTATAGACTAGT 5 33 1 AACCTTATCTCCTTTTCGTCATTATTGCTGCCT 5 252 1 AGATGTTTTCTATTTTTCTCGTTAAACTAAAAA 8 35 0 GGCATTAAGTCCTTTTCATTATTAACAATTCAC 8 168 1 TTTAAACGGGCGTTTTCTTTTTTGTTTAAATTC 11 24 1 AAAGATCTGATTTTTTCTTAGTTTTCTTTCCCT 11 91 1 GCATTGCCCCTTTTTTTATTCTTAGGGAAAGAA 11 114 0 CTATTTCTTTTGTTTTCTTTGTTTTG 11 211 1 GAGTCCCAACCTTTTTTGTTGTTTCAAAATTAA 13 23 1 CTTACCCAATTTTTTTCATTTTTCAATCTGACG 15 147 1 * ***** ** ** MAP Score: 6.5518 Motif 11 TCCAAATATTGCGTGCGTGTATTTGAAAAAA 2 9 1 GAATTGTAAACGCGTGCGTGAATTTTTTCAAA 2 31 0 ATTAACCGCTTGCGTGCGTGAACTGAAAAGTT 2 72 1 TTTTCTTTACTGCGAGGTTGTATGAACGCAAA 3 151 1 AATGCTATACTGCGCGCGCGCAAAATTTGCGT 4 81 1 CCGCAAAAAGTGCGGTGGTGGAAAGGAAAAGA 4 182 0 **** ***** * MAP Score: 6.26118 Motif 12 TTAAATTGAGAACTATTTGCATTTAAATAAAATTAGGCATA 1 70 1 TCCAAATATTGCGTGCGTGTATTTGAAAAAATTCACGCACG 2 10 1 ATTCACGCACGCGTTTACAATTCTCTAACAAAATTAACCGC 2 40 1 CTAAATATTCATCTGAAGTACTTTCAAACAAACCGTAATCA 3 264 0 AAAGGGAAATATGTCAAACCTTTTAGAAAAAAATGCTATAC 4 50 1 GTAGATTAGCAAGTGCACTAGTCTATAAAAATGAAGATAAC 5 41 0 AAAATGTAGAAAGTTTATTTCTTTTTAAAAAGCCGTTGGCA 5 104 1 TATTAATGTTAAGTGCTAGGTTTTGTATAAAGTGCGGTATA 9 23 0 AACATTAATAAAGTGCGGTTATCTTAAATAATTTTGGAAAA 9 54 1 TTTTAATCTATTGTTTTACTATTTCGAATAAAAACAATGAC 12 110 1 AATTAGTGCCATGTCATGAAATTAGAAAAAAAATCGATTAA 13 59 1 CATTGATGAGAGGTAAGATGCTCTATAATAACAAAAGGGCA 15 46 0 * ** *** ** ** MAP Score: 5.74671 Motif 13 TATTATTTCTTCAATGCTTTTTTCAATTCAAGTAAT 0 83 1 GTTCTCAATTTAAATTGATATTTAGATGAAAAACAA 1 47 0 ATGTAGAAAGTTTATTTCTTTTTAAAAAGCCGTTGG 5 107 1 GAATTTTACTTCGTTAATTTTATAAATATTGTTATA 8 73 0 AACGGGCGTTTTCTTTTTTGTTTAAATTCTTAGTTT 11 28 1 TTATCCGTAATAGTTGCATGTTGCAACTATAAAATA 12 48 1 TTTAATCTATTGTTTTACTATTTCGAATAAAAACAA 12 111 1 AGTCCCAACCTTTTTTGTTGTTTCAAAATTAAGTCA 13 24 1 AGAAAAAAAATCGATTAATTTATAAACTAAAGATTG 13 82 1 AACTAAAGATTGAATAAATCTTTCGAATAATTCATT 13 106 1 CTTACCCAATTTTTTTCATTTTTCAATCTGACGCCA 15 147 1 TGCTATATGATTGTTATTTATTTCAATATATAATCA 16 79 1 * ** * ****** MAP Score: 4.61913 Motif 14 TATTTGATCTGACATTTTAATAGTTATCATTTTTATC 0 15 0 GTACCGTTTTGTTTTTCATCTAAATATCAATTTAAAT 1 39 1 ACGCACGCAAGCGGTTAATTTTGTTAGAGAATTGTAA 2 54 0 TTGTTTGAAAGTACTTCAGATGAATATTTAGAGGCA 3 274 1 TCCAGTTATAGACGTAAAGTTTGTTATTGGCAAAAGC 4 219 0 GCTTTCTAGTGTATTAAAATTTACTAAGATTGCCAAC 5 138 0 CACTTTCGATGAATTTTACTTCGTTAATTTTATAAAT 8 82 0 AAGGCATTAAGTCCTTTTCATTATTAACAATTCACTA 8 166 1 ACAAAACCTAGCACTTAACATTAATAAAGTGCGGTTA 9 38 1 TTAATAAAGTGCGGTTATCTTAAATAATTTTGGAAAA 9 58 1 AAAGAAACTGGGAATAAAGTTAATTATCAATCCATCG 10 208 1 ATTATTACCCGTAATAGAACTAATTAAGTCATTGTTT 12 141 0 TTTTAATCCCGTAATAGTTGTAATTATTCAACTATTA 12 183 1 AAGCCTAAGCGTTATATATTTTACTAAATAATTTTTC 16 39 1 CTATATGATTGTTATTTATTTCAATATATAATCAAGT 16 81 1 ACGATTAAACGTTATTTACTTGATTATATATTGAAAT 16 98 0 * ** * * ***** MAP Score: 4.39355 Motif 15 TAATCTCTCAAGCGGTTTATTATCCAGATAC 0 266 1 CGTTTAATGTACCGTTTTGTTTTTCATCTAA 1 31 1 GTAAGATTTTGCCAGTTTTTTCCTAAGGGAT 4 15 0 CGCGCAGTATAGCATTTTTTTCTAAAAGGTT 4 66 0 ATCTACGTCAGCCCCTTTATTTTTTCAGAAA 5 76 1 GCACAATCAAGGCGTTTTTTT 6 61 1 TTTTATGAACGGCAGTTTTTTACTTTCTAAG 8 138 1 TGCAGTCTTGCAGGTTTTATTTCTACTCAGT 8 235 1 TTAAGATAACCGCACTTTATTAATGTTAAGT 9 50 0 CATTTAAACGGGCGTTTTCTTTTTTGTTTAA 11 22 1 CGGTGCATTGCCCCTTTTTTTATTCTTAGGG 11 120 0 CACCGCCAAAGCCCCTGTTTTCAATAATTCC 11 146 1 GGATATTTCTGCCCTTTTGTTATTATAGAGC 15 37 1 ******** ** MAP Score: 0.974564