AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons011_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237541 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0079 102 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B (ppiB) #1 HI0195.1 26 conserved hypothetical transmembrane protein (aefA) #2 HI0207 284 shikimic acid kinase I (aroK) #3 HI0604 300 adenylate cyclase (cyaA) #4 HI0605 73 glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (gpsA) #5 HI0658 160 ABC transporter, ATP-binding protein #6 HI0949 300 aminotransferase #7 HI1022 112 biotin synthetase (bioB) #8 HI1445 102 dethiobiotin synthase (bioD-1) #9 HI1556 59 2-hydroxyacid dehydrogenase #10 HI1560 22 H. influenzae predicted coding region HI1560 #11 HI1561 106 peptide chain release factor 1 (prfA) #12 HI1587 300 DNA-binding protein H-NS (hns) #13 HI1588 69 formyltetrahydrofolate deformylase (purU) Motif 1 TTTAAGCTCGTAAAATGAAATAAAAACAAACCGCAC 0 11 1 CCACGTATAATAAGACGCAATAAAAACTATTTATAA 5 38 0 ATTCATCAATTAAGAAAGTATAAAAAGCGTGGTGTT 7 60 1 CAAAATGCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAAC 12 130 1 TTATTTAATAATAGAGAAAATAAAATTTATTGTAAA 12 237 0 AGATAAAAAAATAGAACCCATAAAATAGGTTCTAGT 13 24 0 TTTTTTGACTAGAAAATCGATAAAATCGGAATAGAC 5 75 1 AAAAATTTTATAAACTTTAATAAAAATATAAAGAAA 12 151 1 TTTGTCTATTTATAAGATAAAAAAAGTGAAAAT 8 7 1 CGTTATCTCAAATTATTAAATAAAAAATTCCTTTAA 8 46 1 TCTAATGAAAATAAACTGCGTAAAAATGCAGAAGAT 2 212 0 AATTTACTTTTCATATTGCAAAAAAAATATACAATT 6 66 1 TTGTAAGTCACCGAAAATAAAATCGGCGTATTC 11 83 0 CCACCGCACTTTTTAAAGGAGAAAAAA 8 85 1 ATAGCTTAATTCTGCCGATATAAAAATCTATATTTT 3 94 0 TTTACCATTTAGATTAGGGAAAAATA 1 8 1 AAACCTTCTAAAAGAGGTGAAAAAAAATAAGTCGGG 6 265 0 TATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTG 5 21 1 ACTTAGGGAGTATAAATGCAAAAAAATGTGACATAA 3 230 0 CAATTTTTCGAAAAATACTATAAATTTTACCTATCA 3 190 0 AATAAACCTCAATAAATAACATTAAATG 12 282 0 ATAAATAACATTAAATGTGGGAAAATTTATTTAATA 12 263 0 TATAAAGAAAATAAACACAAAAAAATATATCTGTTT 12 177 1 TTATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGAT 4 51 1 TGTGTCTGTTTTATAAACAGTAAATTTATCGCAAGG 6 227 1 CAAGCTATCCACTAATAATAGAAAATATAGATTTTT 3 73 1 TAGTACCTAGTTTTATTGCGTAAATAGCTTAATTCT 3 117 0 AATTGAAAAATAGGCTAAAAATAGCGCGTATTT 2 7 1 TAAATTCCCTATAGAGGTTGAAAAATAGGGTGATTT 2 138 1 CGGTAACCTATCAACCACAGGAAAATA 4 1 0 GAAGATAGAAAGATCTCCCAAAAAATGGGGTAGATT 2 182 0 TTTGTTTTCCCTCTAAAAAATTAAGGGTTGT 0 81 0 CAAACCTAGGACTAATAACAAAAATAGCGCGTTAAA 2 40 0 * * * ******* MAP Score: 28.6291 Motif 2 TTAATTTGAGGCTATTTTGCAATATTTTTTCTTTTCTCGG 5 115 0 AAGTAGAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGG 12 57 0 TTAAATACGCGCTATTTTTAGCCTATTTTTCAATT 2 5 0 ATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTGCGTCT 5 22 1 GATTTATTGCGATAATCTACCCCATTTTTTGGGAGATCTT 2 169 1 ATTGTTGATAGGTAAAATTTATAGTATTTTTCGAAAAATT 3 185 1 CCCTAAGTGGTAAATTGTTCGCCAATTTTTGTTGTTCTGG 3 258 1 AAAAGTGCGGTGGATTTTAAAGGAATTTTTTATTTAATAA 8 58 0 TTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTT 12 162 0 TTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACATTTA 12 248 1 CTTAATAAGTGATATTGAGTAAGGTATTTTATAATACTTT 3 14 1 GTAGATTATCGCAATAAATCACCCTATTTTTCAACCTCTA 2 149 0 TAATTCTGCCGATATAAAAATCTATATTTTCTATTATTAG 3 84 0 TCGAAAAATTGTGATTTATGTCACATTTTTTTGCATTTAT 3 215 1 CGTCAAAACGGGGACAATTGTATATTTTTTTTGCAATATG 6 77 0 TTTTTCTATTTGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTA 13 9 1 TTAGAAATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTA 2 243 1 ATTTCATCAAAAGTGCGGTTAATTTTGACCGCACTT 9 6 1 TAAAGCGTCTGAGATTCTTAATTTCCTTTTCGCTGTCAAT 11 25 1 ATAATAGATATTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATT 12 227 1 ATTAAGAAAGTATAAAAAGCGTGGTGTTTTTAACCGCACT 7 68 1 AAATAAATGGTCGAAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATT 12 186 0 TAAAATGAAATAAAAACAAACCGCACTTTTATAGCACTTT 0 21 1 TTTGATTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGT 12 14 1 TTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAATTTTTATAAAATCT 12 142 0 CGATTGTGGAATAATACAACCCTTAATTTTTTAGAGGGAA 0 66 1 * *** * * **** MAP Score: 24.9932 Motif 3 TCCTTTAAAATCCACCGCACTTTTTAAAGGAGAAAAAA 8 74 1 GCGGTCAAAATTAACCGCACTTTTGATGAAAT 9 1 0 ATTGCGATAATCTACCCCATTTTTTGGGAGATCTTTCTATC 2 174 1 AAACCGCACTTTTATAGCACTTTTACCTCGATTGTGGAATA 0 38 1 GATCTTTCTATCTTCTGCATTTTTACGCAGTTTATTTTCAT 2 203 1 AGTGGTAAATTGTTCGCCAATTTTTGTTGTTCTGGTAGGGA 3 263 1 CGTCTTATTATACGTGGCTTTTTTGACTAGAAAATCGATAA 5 57 1 ATAGGTAAAATTTATAGTATTTTTCGAAAAATTGTGATTTA 3 192 1 ACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAACATAGCAC 13 30 1 GACTTATTTTTTTTCACCTCTTTTAGAAGGTTTTAATCAAA 6 268 1 GCGCGTTAAATACGCGCTATTTTTAGCCTATTTTTCAATT 2 9 0 ATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTAGATAAAG 2 249 1 AATTTCCTTTTCGCTGTCAATTTTCCCTAAAATCGGCTAGA 11 44 1 ATATCTATACTTATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGA 4 41 1 CGTGGTGTTTTTAACCGCACTTTCAAAGGAAAAAC 7 87 1 GCGGTTAATTTTGACCGCACTTTGTATATAAAAAAGGAGCA 9 24 1 AATTTGAGGCTATTTTGCAATATTTTTTCTTTTCTCGGAAC 5 112 0 ATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCACA 12 243 1 ATAACGCAAATTTTCACTTTTTTTATCTTATAAATAGACAA 8 11 0 TCAAATGCCCTATGTGTCTGTTTTATAAACAGTAAATTTAT 6 215 1 TAAAAAAAGCGTTTCAGCTTTTTTGTTTTTACCCTAGTTTG 6 162 0 TATAATAATTGCGCCTCTACTTTTGTAGTGATTGGGGAGAT 12 75 1 GGTAGGATAGTACCTAGTTTTATTGCGTAAATAGCTTAATT 3 119 0 CCCGTTATATTGACTTGTTATATTATAAATAGTTTTTATTG 5 16 1 GATATATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAA 12 167 0 ACCCATAAAATAGGTTCTAGTTTCAAATAGAAAAA 13 4 0 TAAAAATCTATATTTTCTATTATTAGTGGATAGCTTGATAT 3 69 0 TTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATCCA 12 19 1 ATTGTATATTTTTTTTGCAATATGAAAAGTAAATTTAGCTT 6 60 0 * * *** **** * MAP Score: 24.9053 Motif 4 CTACCCCATTTTTTGGGAGATCTTTCTATCTTCTGCATT 2 185 1 TACGCGCTATTTTTAGCCTATTTTTCAATT 2 1 0 TTTGAGGCTATTTTGCAATATTTTTTCTTTTCTCGGAAC 5 112 0 GTGCGGTTAATTTTGACCGCACTTTGTATATAAAAAAGG 9 22 1 TTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATA 12 159 0 GTGCGGTGGATTTTAAAGGAATTTTTTATTTAATAATTT 8 55 0 CCGACTTATTTTTTTTCACCTCTTTTAGAAGGTTTTAAT 6 266 1 AGCGTGGTGTTTTTAACCGCACTTTCAAAGGAAAAAC 7 85 1 GTGCGGTTTGTTTTTATTTCATTTTACGAGCTTAAAA 0 8 0 TGCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAACTTTAATAA 12 135 1 GATAACGCAAATTTTCACTTTTTTTATCTTATAAATAGA 8 14 0 AAATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTAGAT 2 247 1 TGAGTAAGGTATTTTATAATACTTTGCGTTGATAAGAAA 3 29 1 AAGTGGTAAATTGTTCGCCAATTTTTGTTGTTCTGGTAG 3 262 1 GATAGGTAAAATTTATAGTATTTTTCGAAAAATTGTGAT 3 191 1 TTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTT 12 238 1 CTAGAACCTATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAAC 13 25 1 ACGGGGACAATTGTATATTTTTTTTGCAATATGAAAAGT 6 71 0 ATTGTGATTTATGTCACATTTTTTTGCATTTATACTCCC 3 222 1 TTTCGGCAACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTATC 12 19 1 CAAACCGCACTTTTATAGCACTTTTACCTCGATTGTGGA 0 37 1 GAGGCGCAATTATTATAAGTATTTTTTCAGAGTGGATAA 12 53 0 TATAAATAGTTTTTATTGCGTCTTATTATACGTGGCTTT 5 39 1 AACACCACGCTTTTTATACTTTCTTAATTGATGAATTAG 7 57 0 **** ***** * MAP Score: 22.5081 Motif 5 ATAAAAACAAACCGCACTTTTATAGCACTT 0 30 1 CGCTATTTTTAGCCTATTTTTCAATT 2 6 0 GCAATAAATCACCCTATTTTTCAACCTCTA 2 149 0 GCGATAATCTACCCCATTTTTTGGGAGATC 2 177 1 TTTTGTTTTTACCCTAGTTTGCCCATTGGA 6 153 0 ATCGCAAGGCACCCGACTTATTTTTTTTCA 6 254 1 GGTGTTTTTAACCGCACTTTCAAAGGAAAA 7 90 1 TTTAAAATCCACCGCACTTTTTAAAGGAGA 8 77 1 GTCAAAATTAACCGCACTTTTGATGAAAT 9 9 0 GTTAATTTTGACCGCACTTTGTATATAAAA 9 27 1 GGCGTATTCTAGCCGATTTTAGGGAAAATT 11 62 0 TTGAAACTAGAACCTATTTTATGGGTTCTA 13 19 1 ********** MAP Score: 21.6289 Motif 6 AAACCGCACTTTTATAGCACTTTTACCTCGATTGTGGAATA 0 38 1 ATTGCGATAATCTACCCCATTTTTTGGGAGATCTTTCTATC 2 174 1 ATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATTTAATTAGATAAAG 2 249 1 AATACCTTACTCAATATCACTTATTAAGGAAT 3 1 0 TATTTTATAATACTTTGCGTTGATAAGAAAAATATCAAGCT 3 38 1 ATAAAAATCTATATTTTCTATTATTAGTGGATAGCTTGATA 3 70 0 AAATGTGACATAAATCACAATTTTTCGAAAAATACTATAAA 3 202 0 ATCTATACTTATTTCCTCTTTTACTAGATAAATTGTAGAT 4 43 1 CGTCTTATTATACGTGGCTTTTTTGACTAGAAAATCGATAA 5 57 1 AAAATATACAATTGTCCCCGTTTTGACGTAACCCTACATCA 6 89 1 CGTGGTGTTTTTAACCGCACTTTCAAAGGAAAAAC 7 87 1 AAATTTTCACTTTTTTTATCTTATAAATAGACAAA 8 4 0 AAAATTTGCGTTATCTCAAATTATTAAATAAAAAATTCCTT 8 38 1 TCCTTTAAAATCCACCGCACTTTTTAAAGGAGAAAAAA 8 74 1 GCGGTCAAAATTAACCGCACTTTTGATGAAAT 9 1 0 GCGGTTAATTTTGACCGCACTTTGTATATAAAAAAGGAGCA 9 24 1 AATTTCCTTTTCGCTGTCAATTTTCCCTAAAATCGGCTAGA 11 44 1 AACAAACAAAATGCCAACAGATTTTATAAAAATTTTATAAA 12 124 1 TTGTGTTTATTTTCTTTATATTTTTATTAAAGTTTATAAAA 12 156 0 AAATTTATTGTAAATATCTATTATTAAATAAATGGTCGAAA 12 210 0 AATAAATTTTATTTTCTCTATTATTAAATAAATTTTCCCAC 12 242 1 AATGTTGTGTGCTATGTTTAGATAAAAAAATAGAA 13 44 0 * * * **** * ** MAP Score: 12.9893 Motif 7 GTGCGGTTTGTTTTTATTTCATTTTACGAG 0 17 0 TCTATAGGGAATTTATTTTCCACGAGAAAG 2 123 0 TTTTTACGCAGTTTATTTTCATTAGAAATG 2 222 1 AAATGATCGAATTTTATTTCACTTTTAATT 2 247 1 TTTATTTCACTTTTAATTTAATTAGATAAA 2 259 1 AGCTTGATATTTTTCTTATCAACGCAAAGT 3 49 0 AATCTATATTTTCTATTATTAGTGGATAGC 3 76 0 AAAATATAGATTTTTATATCGGCAGAATTA 3 94 1 ATAGTACCTAGTTTTATTGCGTAAATAGCT 3 124 0 TTTATGTCACATTTTTTTGCATTTATACTC 3 229 1 TTATAAATAGTTTTTATTGCGTCTTATTAT 5 38 1 TTGCAATATTTTTTCTTTTCTCGGAACAGT 5 109 0 AAACGTTTGCTTTTTATTTAGCCGTTTGAC 6 23 1 CAATTGTATATTTTTTTTGCAATATGAAAA 6 73 0 GTTTCAGCTTTTTTGTTTTTACCCTAGTTT 6 163 0 CACCCGACTTATTTTTTTTCACCTCTTTTA 6 263 1 AAATTTTCACTTTTTTTATCTTATAAATAG 8 15 0 TTAAAGGAATTTTTTATTTAATAATTTGAG 8 52 0 CGTCTGAGATTCTTAATTTCCTTTTCGCTG 11 30 1 GAATACGCCGATTTTATTTTCGGTGACTTA 11 83 1 TTTATTTGATTTCGGCAACTATT 12 3 1 AACTATTCCTTTCTTTTTTCTTCTTCGTTA 12 26 1 TCTGTTGGCATTTTGTTTGTTTTACGGTAA 12 115 0 ATTTTTTTGTGTTTATTTTCTTTATATTTT 12 173 0 AAACAGATATATTTTTTTGTGTTTATTTTC 12 183 0 TTTACAATAAATTTTATTTTCTCTATTATT 12 237 1 TATTTTATGGGTTCTATTTTTTTATCTAAA 13 33 1 ********** MAP Score: 11.4302