AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237611
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0286	135	aminotransferase
#1	HI0468	300	ATP phosphoribosyltransferase (hisG)
#2	HI0469	92	histidinol dehydrogenase (hisD)
#3	HI0470	68	histidinol-phosphate aminotransferase (hisC)
#4	HI0471	111	imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / histidinol-phosphatase (hisB)
#5	HI0472	65	amidotransferase (hisH)
#6	HI0473	35	phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA)
#7	HI0621.1	175	conserved hypothetical protein
#8	HI1166	87	histidinol-phosphate aminotransferase (hisH)
#9	HI1167	190	phosphoserine aminotransferase (serC)
#10	HI1181	206	phosphoheptose isomerase (gmhA)
#11	HI1655	71	antigen

Motif 1
      AGTGAAATCCTTTTGTTTCTAATAAATTTTTCGAGA	0	109	0
TTGCCTTAAAAATACACTTTAAAATTAAAAAAAGCAATTTTT	1	45	0
       AACAACTCCCTTTAAAATAAATAAAATGACTGTGC	9	3	1
TAGATAATTTTTGTCAATTTGACATGTATAAAAGGTAAGAGA	7	143	1
GCCATATTCTACCGCAGATTGTTAATGACAAAAAATTTTTTT	0	19	1
ATGTACTAAAAACACAATTTTTTTCAAAAAAATTGCTTTTTT	1	18	1
GAAAATAATGATGTCTTTTTTATCACTACAAAAATCGATAAT	9	138	0
ACGTAAATTCTTAGCCCTTTAATTTTCAAAAACACA      	10	4	0
ATGATGATTTTTTGCGATTTAGATCGAAAAAATAAGTTTGAG	10	78	0
TATTTAGTTTTATACTGTTTGTATAAAGCAAATGATAAACCT	4	46	1
TGCTGGGTTATCATCCATTTTACGGATACAAAGGAAAATAAA	2	58	1
        TGATTGCTCCTTGTTGGGAATAAAATCGCGATGG	10	182	0
      ACATATTTCGTATTGTTGTATGAAAATTTGACTGCT	3	42	0
AAATCAAAAAAATTCTTTCTATCATTCATAAAATAGAGGGTA	9	81	0
TAGAATACCAAAACAGATTTAAAAACAATAAATAAAAAGGGC	7	14	0
ATCGATAATCAATGCTTTTTACTGAAATCAAAAAAATTCTTT	9	105	0
ATGTATTTTTAAATAAATTTGGGCGTAGTAAATACGCCCATT	8	23	0
AGTGTAATAAAAATCAGTGTAAAAGCAATAAATACCCCTCGG	1	213	1
GCTACGACTATTGTCTGTTTATGATGGAGCAAAG        	11	47	1
GGATTTTTCAAGATATGTTTATCTTACGTAAATTCTTAGCCC	10	29	0
GTTTTCTTTTATCTCAACTTTAAAATAGGAAAAACATT    	1	272	1
GAGGGTAAATTTTGACGATTGATTAAAAAAAAGCTAAATTAC	9	46	0
AATCGCAAAAAATCATCATTTCATCGAAAAAAGATGAATTTT	10	101	1
ATGACTTATATTTGCTAATTGCTTGGATTAAATAGATAATTT	7	111	1
CAGCGTAAATTAACCGCACTTTTCTCGAAAAATTTATTAGAA	0	87	1
          *   *  ****      * ***
MAP Score: 28.8704

Motif 2
AAAAAGCAATTTTTTTGAAAAAAATTGTGTTTTTAGTACATT	1	17	0
AAAAAATTGCTTTTTTTAATTTTAAAGTGTATTTTTAAGGCA	1	44	1
CGGAAGATATTTTATTATCTTCCAAACATACAATCACGCCTG	1	171	0
TCCGAGGGGTATTTATTGCTTTTACACTGATTTTTATTACAC	1	214	0
TTCGAGGGGTTTTCTTTTATCTCAACTTTAAAATAGGAAAAA	1	264	1
CATATTTCGTATTGTTGTATGAAAATTTGACTGCTTACGTGT	3	35	0
AGGTTTATCATTTGCTTTATACAAACAGTATAAAACTAAATA	4	46	0
ACCTCATACCATTCATATAACATACACGGAGAAAAAT     	4	84	1
AAATTATCTATTTAATCCAAGCAATTAGCAAATATAAGTCAT	7	111	0
 TCTCTTACCTTTTATACATGTCAAATTGACAAAAATTATCT	7	144	0
TACGCCCAAATTTATTTAAAAATACATACTAACCCATATCAA	8	38	1
GGCACAGTCATTTTATTTATTTTAAAGGGAGTTGTT      	9	4	0
GTAATTTAGCTTTTTTTTAATCAATCGTCAAAATTTACCCTC	9	46	1
TTACCCTCTATTTTATGAATGATAGAAAGAATTTTTTTGATT	9	80	1
AAAGAATTTTTTTGATTTCAGTAAAAAGCATTGATTATCGAT	9	105	1
ATGATGTCTTTTTTATCACTACAAAAATCGATAATCAATGCT	9	131	0
TTTCCTTGCTTTTTATGAAAATAATGATGTCTTTTTTATCAC	9	154	0
CTCAAACTTATTTTTTCGATCTAAATCGCAAAAAATCATCAT	10	78	1
AAAATTCATCTTTTTTCGATGAAATGATGATTTTTTGCGATT	10	101	0
CCATCGCGATTTTATTCCCAACAAGGAGCAATCA        	10	182	1
         CTTTGCTCCATCATAAACAGACAATAGTCGTAG	11	48	0
          ***  *  **   *    ** *
MAP Score: 23.3853

Motif 3
TGTAGTGATAAAAAAGACATCATTATTTTCATAAA	9	150	1
AAAATGTACTAAAAACACAATTTTTTTCAAAAAAA	1	15	1
GATTGATTAAAAAAAAGCTAAATTACGGCACAGTC	9	37	0
TTTAAAATTAAAAAAAGCAATTTTTTTGAAAAAAA	1	35	0
TCTAAATCGCAAAAAATCATCATTTCATCGAAAAA	10	97	1
TAGCCTAAATAAAAATTCATCTTTTTTCGATGAAA	10	119	0
AAATTTATTTAAAAATACATACTAACCCATATCAA	8	45	1
ATATTGCCTTAAAAATACACTTTAAAATTAAAAAA	1	55	0
CTGAAATCAAAAAAATTCTTTCTATCATTCATAAA	9	91	0
TGATTTCAGTAAAAAGCATTGATTATCGATTTTTG	9	117	1
ATTTAGATCGAAAAAATAAGTTTGAGTAGTTGGGG	10	69	0
TCAAATTGACAAAAATTATCTATTTAATCCAAGCA	7	130	0
AAACAGATTTAAAAACAATAAATAAAAAGGGCTTA	7	11	0
ATCAATATCTCAAAATGCTGGGTTATCATCCATTT	2	43	1
AATCTGTCTAAAAAAGATAATCTGACATATTGACA	7	72	0
TAAGTGCAGATAAAATTCATATTGTATATGCTCGC	1	109	0
CCGAGTGTAATAAAAATCAGTGTAAAAGCAATAAA	1	210	1
AAGATTTTGTAAAAAAATTTTTTGTCATTAACAAT	0	36	0
TTTCAATATTGAAAATTCAGCGTAAATTAACCGCA	0	70	1
          *****  **   ***
MAP Score: 19.6453

Motif 4
GCAGATTGTTAATGACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTT	0	32	1
AAATTCAGCGTAAATTAACCGCACTTTTCTCGAAAAATTTA	0	82	1
GTAAAAATGTACTAAAAACACAATTTTTTTCAAAAAAATTG	1	12	1
ACACTTTAAAATTAAAAAAAGCAATTTTTTTGAAAAAAATT	1	33	0
TTGAGCGAGCATATACAATATGAATTTTATCTGCACTTACC	1	105	1
GATTTTTATTACACTCGGAAGATATTTTATTATCTTCCAAA	1	187	0
GAAGGCAATTTTCGAGGGGTTTTCTTTTATCTCAACTTTAA	1	254	1
TGTATGTTATATGAATGGTATGAGGTTTATCATTTGCTTTA	4	69	0
       TTGAAAGAGCGGTTAATTTTTGTCGTATTTTTGC	5	3	1
AATTGCTTGGATTAAATAGATAATTTTTGTCAATTTGACAT	7	127	1
ATCATTCATAAAATAGAGGGTAAATTTTGACGATTGATTAA	9	62	0
CTATTTTATGAATGATAGAAAGAATTTTTTTGATTTCAGTA	9	87	1
TTTTTATGAAAATAATGATGTCTTTTTTATCACTACAAAAA	9	146	0
GTAGTTGGGGATTTTTCAAGATATGTTTATCTTACGTAAAT	10	38	0
AAAATCCCCAACTACTCAAACTTATTTTTTCGATCTAAATC	10	64	1
CGCTAGCCTAAATAAAAATTCATCTTTTTTCGATGAAATGA	10	116	0
          *   *  *    * **** **
MAP Score: 15.2903

Motif 5
ATAAAAATTCATCTTTTTTCGATGAAATGATG	10	114	0
ATGTCAGATTATCTTTTTTAGACAGATTAGTT	7	79	1
CTAAAAACACAATTTTTTTCAAAAAAATTGCT	1	23	1
AATGACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTTC	0	42	1
TTTTACACTGATTTTTATTACACTCGGAAGAT	1	205	0
         AATGTTTTTCCTATTTTAAAGTT	1	287	0
CTTTTTATTTATTGTTTTTAAATCTGTTTTGG	7	17	1
TTTTTTTACAAAATCTTTTCAATATTGAAAAT	0	54	1
TTTTCTCGAAAAATTTATTAGAAACAAAAGGA	0	106	1
AGGGGTATTTATTGCTTTTACACTGATTTTTA	1	220	0
CAGTCATTTTATTTATTTTAAAGGGAGTTGTT	9	10	0
CTACTCAAACTTATTTTTTCGATCTAAATCGC	10	75	1
ACTACGCCCAAATTTATTTAAAAATACATACT	8	36	1
GAAAATAATGATGTCTTTTTTATCACTACAAA	9	148	0
TGCTCGCTCAAATGTTATTAGATCTTATATTG	1	84	0
TTAAATAGATAATTTTTGTCAATTTGACATGT	7	138	1
         GATATTAATTATAGATCTAAGCA	3	1	1
TGCCATCGCGATTTTATTCCCAACAAGGAGCA	10	180	1
          ** ******* *
MAP Score: 9.5755

Motif 6
         AAAAAATTAGCCATATTCTACCGCAG	0	1	1
TTCAATATTGAAAATTCAGCGTAAATTAACCGCAC	0	71	1
     TAGTAAAAATGTACTAAAAACACAATTTTT	1	5	1
TTAAAATTAAAAAAAGCAATTTTTTTGAAAAAAAT	1	34	0
AAAATCAGTGTAAAAGCAATAAATACCCCTCGGAA	1	222	1
ACAAACAGTATAAAACTAAATAATCTCGAATCGCT	4	33	0
AATTTTGCAAAAATACGACAAAAATTAACCGCTCT	5	15	0
CGACCGATTGTAAAAGGATAAAAAA          	5	50	1
AAACAGATTTAAAAACAATAAATAAAAAGGGCTTA	7	11	0
TCAAATTGACAAAAATTATCTATTTAATCCAAGCA	7	130	0
AATTTATTTAAAAATACATACTAACCCATATCAAT	8	46	1
CAACTCCCTTTAAAATAAATAAAATGACTGTGCCG	9	12	1
ACGATTGATTAAAAAAAAGCTAAATTACGGCACAG	9	39	0
TGATTTCAGTAAAAAGCATTGATTATCGATTTTTG	9	117	1
TGTAGTGATAAAAAAGACATCATTATTTTCATAAA	9	150	1
TTATTTTCATAAAAAGCAAGGAAATACA       	9	172	1
TCTAAATCGCAAAAAATCATCATTTCATCGAAAAA	10	97	1
CATTTCATCGAAAAAAGATGAATTTTTATTTAGGC	10	117	1
          *****  *   ****
MAP Score: 3.93668