AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons013_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237686 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0050 74 conserved hypothetical transmembrane protein #1 HI0051 38 conserved hypothetical transmembrane protein #2 HI0052 26 conserved hypothetical protein #3 HI0053 109 zinc-type alcohol dehydrogenase #4 HI0154 255 acyl carrier protein (acpP) #5 HI0156 300 malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase (fabD) #6 HI0157 185 beta-ketoacyl-ACP synthase III (fabH) #7 HI0158 22 ribosomal protein L32 (rpL32) #8 HI0159 156 conserved hypothetical protein #9 HI0876 300 nucleoside diphosphate kinase (ndk) #10 HI0916 107 outer membrane protein, putative #11 HI0920 248 conserved hypothetical protein #12 HI1062 85 (3R)-hydroxymyristol (acyl carrier protein) dehydrase (fabZ) #13 HI1064 56 conserved hypothetical protein #14 HI1430 179 short chain dehydrogenase/reductase #15 HI1533 148 beta-ketoacyl-ACP synthase I (fabB) #16 HI1734 79 enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase (fabI) Motif 1 CAGAATAAAATTACTTGTTATGTTTAACTATGATATGATT 3 54 0 CACTAACCACTCTTTTATGAGTTAAAACTAACAAATAGGA 4 218 1 ACCCAATTTGTTCTTTATCCGATTTAAAGTGCGGTCAAAA 5 21 0 TTTTGTCCTATTGTTTTTTAATTGAAAATTCTTCTTCGGT 5 266 0 TTTCCTTTATTGAGTTATCCAATAAAAAATGTGATTTCCC 8 87 1 GGTTTTTTAGTTGTTTTTTACAATAAATTTTCAATTTTTG 11 122 1 TTGAGTGCGTTTTATTTTTAGCTATAAATATCGTATAATC 12 16 1 TAGATTTTATTTGTTTATTTTTTGTAAGGTATCAAC 12 59 1 TGTTTTTTCCTTCTGGCTTAAAAAATTGGCTTATTC 13 6 1 CTTAAAAAATTGGCTTATTCTATAAAATAACCGCTCAAGA 13 26 1 TGCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAAT 14 90 0 AATCTTGAGCTTATTTGTACTATTAAAGTAGTACAAATAA 14 138 0 TTTTTATTCCTTTCTTGCCTAATGAAATTTGCGTATAATA 15 10 1 GTCGAACAAATGAATTATTGCTTGAAATATTTTTATTTCG 15 68 1 TTTTGAGTCGTTATTTTTACATATAAAACAATAAGGAAGA 15 114 1 TGTTTCTTCTTTGTTCAATTAAAAATGTGGACTATT 16 6 1 TTCCCTGATTTTAGGTTTTTGCTCAAACGAATTTGCAAAT 16 46 1 ** ** * * *** * MAP Score: 19.9531 Motif 2 ACCACCGCACTTTTTATTTCTCTCCCTATTA 11 94 0 GTCCATAGATTTTTTCCTTTTTAATCGCTTA 6 153 1 TGTTTTTTCCTTCTGGCTTAAAAA 13 3 1 TTTTTTACTTATAGGTGTTCAC 6 1 1 GGAACCCAATTTGTTCTTTATCCGATTTAAA 5 33 0 TTTATTCTTATTGTTATTTCTTGGTGTACCT 0 41 1 GTGCGGTGGTTTTTTAGTTGTTTTTTACAAT 11 115 1 TTTTGCTTACTTTTTCTTTGGCGAAGCAAAG 5 196 1 GCTTGAAATATTTTTATTTCGTAGTAATTTT 15 87 1 TGTTTCTTCTTTGTTCAATTAAAA 16 3 1 AAATTGAACTTTTTTCTTCATCAGAACTCAA 10 11 1 TTTTTCCTATTTGTTAGTTTTAACTCATAAA 4 231 0 TTTTTATTCCTTTCTTGCCTA 15 0 1 CCAAAAAGAGTTTTTATGTTTCATAATCATA 3 30 1 TGCTTCTTCCTTATTGTTTTATAT 15 134 0 GCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAAAG 5 211 0 TATCTTTCCTTGTTAAAAAAAGA 8 2 1 AGTTCCAACCTTTTTAGTTAGCGGATAATTT 8 59 1 TAATTTTGAGTCGTTATTTTTACATATAAAA 15 111 1 ATAAAATTACTTGTTATGTTTAACTATGATA 3 59 0 ATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAG 14 17 0 TATTTTTATTATTGAGAGACCTC 11 235 0 AATCCGATAGATTTTATTTGTTTATTTTTTG 12 52 1 TATTGAGTGCGTTTTATTTTTAGCTATAAAT 12 14 1 ********* * MAP Score: 18.8481 Motif 3 GTACACCAAGAAATAACAATAAGAATAAACTACA 0 36 0 CAATTTATAAAATTGAACATAGGGGATCTTATTA 1 11 0 TATGAGTTAAAACTAACAAATAGGAAAAACAA 4 233 1 TAAATCGGATAAAGAACAAATTGGGTTCCCTTCT 5 35 1 CAAAGGAAACAAGGAAAAGTAGGGGCGCCTTTCT 5 162 1 TGCTTCGCCAAAGAAAAAGTAAGCAAAAAGAAAG 5 190 0 TGGCGAAGCAAAGAAAAAGTAAGCTCGCCATCGG 5 214 1 ATTTTCAATTAAAAAACAATAGGACAAAACATA 5 277 1 TGAGTTATCCAATAAAAAATGTGATTTCCCTTTG 8 97 1 GCATTTTGACAATAGAAAATGTGGCATAGAATAC 11 43 1 TAGGGAGAGAAATAAAAAGTGCGGTGGTTTTTTA 11 97 1 CGATCAATTGAAATAAAAATTGGGCAGATTATAT 14 19 1 TTATATCATCAAGCAAACGTTTGCGATATTGTTA 14 47 1 ATTTTTACATATAAAACAATAAGGAAGAAGCA 15 126 1 TTCTTTGTTCAATTAAAAATGTGGACTATTTTCC 16 16 1 TTTGAGCAAAAACCTAAAATCAGGGAAAATAGTC 16 39 0 ** ****** ** MAP Score: 18.296 Motif 4 GTCCATAGATTTTTTCCTTTTTAATCGCTTAT 6 153 1 TGTTTTTTCCTTCTGGCTTAAAAA 13 2 1 AACTTTCTCCTTATTGATTATGTTT 2 11 0 TAAATTGAACTTTTTTCTTCATCAGAACTCAA 10 10 1 TGTTTCTTCTTTGTTCAATTAAAA 16 2 1 TATCTTTCCTTGTTAAAAAAAGAG 8 2 1 GGCGCCTTTCTTTTTGCTTACTTTTTCTTTGG 5 185 1 ACTTTTTATTTCTCTCCCTATTAATTTTTGCC 11 85 0 TTGTTTTTCCTATTTGTTAGTTTTA 4 240 0 GGCGCCCCTACTTTTCCTTGTTTCCTTTGTTC 5 159 0 TTTTTCTCCTAAATCTTGAGCTTA 14 165 0 TTTTTATTCCTTTCTTGCCTAATGA 15 3 1 AAAACAACGTTCTCTGCCTAATTTAATTGGGC 10 41 1 TGCTTCTTCCTTATTGTTTTATAT 15 134 0 GGGAACCCAATTTGTTCTTTATCCGATTTAAA 5 33 0 TCCCTATTAATTTTTGCCATTTTACGGTATTC 11 71 0 ATTCTTATTGTTATTTCTTGGTGTACCTGTAG 0 44 1 AATGTGGACTATTTTCCCTGATTTTAGGTTTT 16 33 1 TATGTTTTGTCCTATTGTTTTTTAAT 5 284 0 TGGGTTCCCTTCTTTTCCACCTTTGTGGAATT 5 56 1 TTTTGTGTAGTTTATTCTTATTGTTATTTCTT 0 31 1 GCGAGCTTACTTTTTCTTTGCTTCGCCAAAGA 5 210 0 ********* * MAP Score: 18.1735 Motif 5 TACATTGCGAGCGGGATTTTAGCATTATCT 4 67 0 ACATACACTAACCACTCTTTTATGAGTTAA 4 213 1 TTGAGTTTTGACCGCACTTTAAATCGGATA 5 16 1 CATCGGCGAAACCCGATTTTAATTACCGAA 5 242 1 ATAAGACCACACCGGATTATTTTCCGATGT 6 107 0 TGCTATAATCACGCCTCTTTTTTTAACAAG 8 18 0 TCAAAGGGAAATCACATTTTTTATTGGATA 8 102 0 AAGCACTGCAACGGCATTTTTATCGTATTT 9 129 1 TTAAATTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTT 11 19 1 CCGCACTTTTGCAGCATTTTGACAATAGAA 11 30 1 GGTATTCTATGCCACATTTTCTATTGTCAA 11 48 0 CTAAAAAACCACCGCACTTTTTATTTCTCT 11 102 0 AATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAA 14 85 1 GCGTATAATAACGCGATTTTCTGAACTGGT 15 40 1 GGGAAAATAGTCCACATTTTTAATTGAACA 16 21 0 ********** MAP Score: 11.0584 Motif 6 GGATAATTTCCTTTATTGAGTTATCCAATAA 8 81 1 GCTATATTGAGTGCGTTTTATT 12 1 1 TATTTCGTAGTAATTTTGAGTCGTTATTTTT 15 101 1 CAGAGAACGTTGTTTTTGAGTTCTGATGAAG 10 26 0 AACTTTCTCCTTATTGATTATGTTTT 2 7 0 AATATTTTGAGTTTTGACCGCA 5 1 1 ATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATC 14 20 0 AGGGAAATCACATTTTTTATTGGATAACTCA 8 97 0 AATATGCAACCAATTTTGTTTATAATTTTTT 9 162 0 TAATCGCTTATCTTATTGAGT 6 174 1 TAGTACAAATAAATTTTGATTGCAAGCAATT 14 119 0 ACTAACCACTCTTTTATGAGTTAAAACTAAC 4 219 1 AAATAGTCCACATTTTTAATTGAACAAAGAA 16 16 0 CGGCGAAACCCGATTTTAATTACCGAAGAAG 5 245 1 TTAGTGTATGTATTTTTTAGTAACTTGCAAC 4 193 0 AATGTTACTATTATTTTGTGTAGTTTATTCT 0 18 1 TGCTTCTTCCTTATTGTTTTATATGTAAA 15 129 0 ATTGCTTGAAATATTTTTATTTCGTAGTAAT 15 84 1 GCAAGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGT 14 98 0 TTTTATTTGTTTATTTTTTGTAAGGTATCAA 12 63 1 * ********* MAP Score: 11.0132 Motif 7 GAGCAATTTATAAAATTGAACATAGGGGATCTT 1 15 0 TTTTCCACCTTTGTGGAATTGAATTTGTAGGAAATT 5 68 1 CTTGTTTCCTTTGTTCCATTGAATTTGCCTTAACGG 5 139 0 TGTCCTATTGTTTTTTAATTGAAAATTCTTCTTCGG 5 267 0 TCTGCATTCCTTTAACATCGGAAAATAATCCGGTGT 6 93 1 CGCCTCTTTTTTTAACAAGGAAAGATA 8 1 0 CTTTATTGAGTTATCCAATAAAAAATGTGATTTCCC 8 91 1 CTTTCTGGCGTTTACCATTTGAAGATTTTCATCGTT 9 29 1 TTTGCAGCATTTTGACAATAGAAAATGTGGCATAGA 11 37 1 TGCGTTTTATTTTTAGCTATAAATATCGTATAATCC 12 21 1 TGTTTTTTCCTTCTGGCTTAAAAAATTGGCTTATTC 13 10 1 ACTATTAAAGTAGTACAAATAAATTTTGATTGCAAG 14 124 0 TATTCCTTTCTTGCCTAATGAAATTTGCGTATAATA 15 14 1 AACAAATGAATTATTGCTTGAAATATTTTTATTTCG 15 72 1 TTCCTTATTGTTTTATATGTAAAAATAACGACTCAA 15 116 0 TGTTTCTTCTTTGTTCAATTAAAAATGTGGACTATT 16 10 1 AGCAAAAACCTAAAATCAGGGAAAATAGTCCACATT 16 33 0 TTTTAGGTTTTTGCTCAAACGAATTTGCAAATAAA 16 54 1 ** *** *** ** MAP Score: 10.152 Motif 8 TGCCTAATGAAATTTGCGTATAATAACGCGATT 15 25 1 GGCTATGATTTTATTGCTTAGAAATCCCCCATA 4 25 0 ACAATAGAAAATGTGGCATAGAATACCGTAAAA 11 51 1 TGCTCAAACGAATTTGCAAATAAA 16 65 1 TGTTTTTTCCTTCTGGCTTAAAAAATTGGCTTA 13 10 1 AATTAAAATGAAATTGCTTGCAATCAAAATTTA 14 108 1 AACAAATGAATTATTGCTTGAAATATTTTTATT 15 72 1 TATGCAACCAATTTTGTTTATAATTTTTTACAA 9 158 0 TCTTTTGCCGATATTGCTAATATTGGTTCGGTT 9 79 1 TTTTTATCGTATTTTGTAAAAAATTATAAACAA 9 145 1 ATATTACCTGTTGTTGCGAAGATAGTCAAAGGG 8 124 0 AATTGAAAATTTATTGTAAAAAACAACTAAAAA 11 125 0 TTTATTCTGTCAATGGCATATAAGGAGTCTAAA 3 85 1 GAATACCGTAAAATGGCAAAAATTAATAGGGAG 11 71 1 TGAGTCGTTATTTTTACATATAAAACAATAAGG 15 117 1 AAATAGTTGCAAGTTACTAAAAAATACATACAC 4 188 1 TATACGATATTTATAGCTAAAAATAAAACGCAC 12 20 0 ** **** ** ** MAP Score: 4.25647 Motif 9 GAACAAAGGAATTCATAGCAAGCCAATATAACTTATGATA 11 174 1 TAAGCAATAAAATCATAGCCAAAGATTTTAGATAATGCTA 4 38 1 TCCCTTTGACTATCTTCGCAACAACAGGTAATATTCACGC 8 123 1 CAGACCATAAAATAGTTGCAAGTTACTAAAAAATACATAC 4 179 1 GAACCGAACCAATATTAGCAATATCGGCAAAAGATGAATT 9 73 0 TTTGTTTATAATTTTTTACAAAATACGATAAAAATGCCGT 9 139 0 AAATCGCGTTATTATACGCAAATTTCATTAGGCAAGAAAG 15 19 0 TAGAATACCGTAAAATGGCAAAAATTAATAGGGAGAGAAA 11 69 1 TATCATAGTTAAACATAACAAGTAATTTTATTCTGTCAAT 3 59 1 AAAGAGGCGTGATTATAGCAATTTTTGTTATAGTTCCAAC 8 28 1 ATAAATTTTCAATTTTTGCAGAACAGATTAGAACAAAGGA 11 144 1 TTAAAATGAAATTGCTTGCAATCAAAATTTATTTGTACTA 14 110 1 ATTTTACGGTATTCTATGCCACATTTTCTATTGTCAAAAT 11 45 0 TCACGCCTCTTTTTTTAACAAGGAAAGATA 8 0 0 AACTTATGATATAGTTTACCACCAAATTTATAGAGGTCTC 11 203 1 TCAATGGAACAAAGGAAACAAGGAAAAGTAGGGGCGCCTT 5 153 1 TTTATGAGTTAAAACTAACAAATAGGAAAAACAA 4 231 1 AAATAAAAATATTTCAAGCAATAATTCATTTGTTCGACCA 15 66 0 AAAGAAAAAGTAAGCTCGCCATCGGCGAAACCCGATTTTA 5 223 1 TTAAATGAATTAATTTAACAATATCGCAAACGTTTGCTTG 14 56 0 *** * **** ** MAP Score: 1.8593 Motif 10 ACACCAAGAAATAACAATAAGAATAAACTACACAAAA 0 31 0 AAAACATAATCAATAAGGAGAAAGTT 2 0 1 TATGAGTTAAAACTAACAAATAGGAAAAACAA 4 233 1 CGCACTTTAAATCGGATAAAGAACAAATTGGGTTCCC 5 28 1 TTCGCCAAAGAAAAAGTAAGCAAAAAGAAAGGCGCCC 5 184 0 TCTTTGGCGAAGCAAAGAAAAAGTAAGCTCGCCATCG 5 210 1 CGTATTTTGTAAAAAATTATAAACAAAATTGGTTGCA 9 152 1 GCAAAAATTAATAGGGAGAGAAATAAAAAGTGCGGTG 11 86 1 AATTTATTGTAAAAAACAACTAAAAAACCACCGCACT 11 114 0 ATTTTTGCAGAACAGATTAGAACAAAGGAATTCATAG 11 155 1 GATACCTTACAAAAAATAAACAAATAAAATCTATCGG 12 55 0 TTGTACTATTAAAGTAGTACAAATAAATTTTGATTGC 14 127 0 ATTTTTACATATAAAACAATAAGGAAGAAGCA 15 126 1 CACATTTTTAATTGAACAAAGAAGAAACA 16 2 0 * ** * * ** *** MAP Score: 1.3947