AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons014_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237729 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0500 300 conserved hypothetical protein #1 HI0501 167 high affinity ribose transport protein (rbsD) #2 HI0505 97 ribokinase (rbsK) #3 HI0506 27 rbs repressor (rbsR) #4 HI0821 207 galactose operon repressor (galR) #5 HI0822 90 galactose ABC transporter, periplasmic-binding protein (mglB) #6 HI0823 65 galactoside ABC transporter, ATP-binding protein (mglA) #7 HI1106 111 xylose operon regluatory protein (xylR) #8 HI1107 300 Na+/H+ antiporter (nhaC) #9 HI1110 50 D-xylose ABC transporter, ATP-binding protein (xylG) #10 HI1111 233 D-xylose ABC transporter, periplasmic-binding protein (xylF) #11 HI1526 84 ADP-heptose synthase (rfaE) #12 HI1635 274 purine nucleotide synthesis repressor (purR) Motif 1 CCCTTAGATTACAACAAAAATTGATGGGAAA 6 8 0 ACAAATATAGATAACAAAAATAGAAAAACAACT 1 106 0 ATTTAGCTTCAAGATAAAAATAGCCAGAATAAC 7 37 0 CTCTATTTGAATAACCAAAATTGTGGCGATTTT 11 51 0 CGCACTTTGTAGAAACAAAACTGCGGTGATAAT 12 10 1 TCACGCAAGAACGACAAAATTTGACTGAAAAAT 0 167 1 TTGTCACAAAATAAGAAAATAAGCAAAATTTTT 4 84 1 TTTTATGAGGAGAACAAAATGAGCGATTTTGGT 12 124 0 TAATTAATCTATGAGCAAATTTGCAAAAATGAA 5 54 0 AACTGCGGTGATAATAAAAAGTTGGTTTGATTA 12 28 1 ACGTTTCGATAAGACAAATATAGATAACAAAAA 1 119 0 GAACTAAATCATAAAAAATTTTGCTTATTTTCT 4 97 0 AAATGATTACATAAAAAATTATGAATTTGTGAT 5 22 0 ATTTCTAGATAGGATAAAAAATTCTCCGACCAA 1 40 0 TAATCATTGCATAACCAAAATCGCTCATTTTGT 12 111 1 ACAGTTGCAAATAATCAACATAGAAAAATTAAA 10 81 0 TGTTCTCCTCATAAAAAATAACGCAGACATTCT 12 141 1 CAAATTTTTTATAAAAAGAAGTGATTTTTTCGT 12 186 0 CGCTATGCCTAGAAAAAAATTATTAGAAGCATT 8 227 1 ACAAAAATAGAAAAACAACTAAGAAATTTCAAA 1 93 0 ACCAGTTTGAACAACAAACAATTAAAGTACAGA 0 77 1 TAAATTATTTATGATCAAAATATAAGATTTATA 4 163 1 TTAACAGAGAAAGAAAAATATTTTTCTGCACAA 0 241 1 ACTCAAATTTACGATAAACTACGCCCCTAACTT 11 12 0 CCTTTATAATAGGAAAAATTTTTAGGGATTTAA 12 247 1 AGAATAATAAGAAGATAGTAAAAGAA 8 3 1 TGGATAAACTATAAAAAGCTAAGTATAAATGAA 8 96 1 * ** ***** ** MAP Score: 23.9292 Motif 2 AGTATGAACTAAATCATAAAAAATTTTGCTTATTT 4 100 0 GTTTTTCACAAAAATACGAAAAATTTCATCACCTA 10 24 0 TTCCCCTTAGATTACAACAAAAATTGATGGGAAA 6 9 0 AATGAAAATGATTACATAAAAAATTATGAATTTGT 5 25 0 AAATTTCTAGATAGGATAAAAAATTCTCCGACCAA 1 40 0 TCTAGCAAGAATAATACGAAAAAATCACTTCTTTT 12 171 1 ACAAACCTTTATAATAGGAAAAATTTTTAGGGATT 12 242 1 AAAATATAACAATACAGGATAAAATA 2 81 1 TATTTACAATAATTTAGTATAAATTAATGTAATCG 4 38 0 CCACAACTCAAATTTACGATAAACTACGCCCCTAA 11 15 0 GATCATAAATAATTTACGATAAATTGAAAGCGGTT 4 144 0 TAAATAACATAATTGATGAAAAGTTAGTTTTTCAC 10 50 0 TTATAGATTATAACAAGGAAAAAGTT 4 191 1 TACTTTGGATAAACTATAAAAAGCTAAGTATAAAT 8 91 1 AAAAATAGAAAAACAACTAAGAAATTTCAAATTTG 1 89 0 AAATCACTTCTTTTTATAAAAAATTTGCAATAAAG 12 192 1 AGAAGCATTGAATCGAATCAAAAATGGGTTTTGTT 8 251 1 GTCCCATTGTGTAGAAAGAAAAAATATAACAATAC 2 61 1 AGCTAAGTATAAATGAAAATGAATTAGCTTATTGG 8 112 1 TAAAAAAGGCTTTCAATTATAAAATCTTTCTCCAT 10 146 0 ATGTGGTATTGGATATAAAAATGGCCAGTTAT 7 7 1 TAAAAAGTTGGTTTGATTAAAAGATTGAAAGTGCA 12 42 1 GAACGACAAAATTTGACTGAAAAATTGACCGCACT 0 175 1 GAATTAGCTTATTGGATTAATAATTTATCAAGAGT 8 132 1 *** * ***** * MAP Score: 20.975 Motif 3 CTTTAATTGTTTGTTGTTCAAACTGGTTTTTA 0 72 0 GCCCAATTGTTGTTTGGATTGTTCAAAG 0 282 0 GGTCGGAGAATTTTTTATCCTATCTAGAAATT 1 42 1 ATCTAGAAATTTTGTGATCAATATCCCAAATT 1 63 1 AATTTCTTAGTTGTTTTTCTATTTTTGTTATC 1 98 1 TTTTTCTATTTTTGTTATCTATATTTGTCTTA 1 111 1 AAAGCTCCTTTTTGTTATCGAAACGTTTCGAT 1 142 0 TTGACTCCTGTTTTTTATCAATGTAAACGATT 4 11 1 ATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTCATAC 4 102 1 AAATTATGAATTTGTGATCCATGTCACAAA 5 8 0 AAATTCATAATTTTTTATGTAATCATTTTCAT 5 27 1 TTCCCATCAATTTTTGTTGTAATCTAAGGGGA 6 11 1 ATGTGGTATTGGATATAAAAATGGCCAGTT 7 8 1 TAGCTTTTTATAGTTTATCCAAAGTAAATAAG 8 85 0 ACAAAACCCATTTTTGATTCGATTCAATGCTT 8 253 0 AAAATGGGTTTTGTTTATTAAACAATAGGGAG 8 271 1 TTTTCCTCTCTAGGTGATGAAATTTTTCGTAT 10 14 1 GTTAGGGGCGTAGTTTATCGTAAATTTGAGTT 11 14 1 CGCCACAATTTTGGTTATTCAAATAGAGAGAT 11 56 1 ATGATTATGGTTGTTTTTAGTATGTCTGTTGT 12 86 0 ATGAGCGATTTTGGTTATGCAATGATTATGGT 12 107 0 TTATTGCAAATTTTTTATAAAAAGAAGTGATT 12 193 0 ******** ** MAP Score: 16.8612 Motif 4 AAAATATTTTTCTTTCTCTGTTAAGGTTGTTTGTAACC 0 227 0 GGAGAATTTTTTATCCTATCTAGAAATTTTGTGATCAA 1 46 1 TTCTTAGTTGTTTTTCTATTTTTGTTATCTATATTTGT 1 101 1 AAAAGCTCCTTTTTGTTATCGAAACGTTTCGATAAGAC 1 137 0 ATTGTTATATTTTTTCTTTCTACACAATGGGACAAATA 2 56 0 ACTCCTGTTTTTTATCAATGTAAACGATTACATTAATT 4 14 1 ATTATCGTAATTAATCTATGAGCAAATTTGCAAAAATG 5 56 0 TTATTCTGGCTATTTTTATCTTGAAGCTAAATATCTTT 7 38 1 TGAAAAATTCTTTTACTATCTTCTTATTATTCT 8 5 0 AGTAAAAGAATTTTTCAATGAGTATATTCCATTATTAG 8 26 1 CCAAAGATACTTTTACTCTTGATAAATTATTAATCCAA 8 143 0 GTTTTGTTTATTAAACAATAGGGAGATTTAAT 8 278 1 AACATTTTCCTCTCTAGGTGATGAAATTTTTC 10 4 1 TGTTATTTAATTTTTCTATGTTGATTATTTGCAACTGT 10 76 1 TGGAGAAAGATTTTATAATTGAAAGCCTTTTTTAAAGT 10 147 1 CAAACCAACTTTTTATTATCACCGCAGTTTTGTTTCTA 12 19 0 GCGATTTTGGTTATGCAATGATTATGGTTGTTTTTAGT 12 97 0 GATTTTTTCGTATTATTCTTGCTAGAATGTCTGCGTTA 12 159 0 AAAAATCACTTCTTTTTATAAAAAATTTGCAATAAAGA 12 190 1 CCCTAAAAATTTTTCCTATTATAAAGGTTTGTTGAGAA 12 236 0 **** **** * * MAP Score: 14.2768 Motif 5 ATAATCAGCTTGCCAGTAAATTTGATGAACTTAG 0 32 1 CGGTCAATTTTTCAGTCAAATTTTGTCGTTCTTG 0 172 0 CGATTCCGATTGAATGTAAATTTGGTCGGAGAAT 1 19 1 TGTAAATTTGGTCGGAGAATTTTTTATCCTATCT 1 33 1 TTTTTATCCTATCTAGAAATTTTGTGATCAATAT 1 53 1 TTTGTGATCAATATCCCAAATTTGAAATTTCTTA 1 73 1 AGTGCGGTGAATTTTTAGGGTGTTTT 3 2 1 ATGTAAACGATTACATTAATTTATACTAAATTAT 4 31 1 CACGGTTTATTTACAATAATTTAGTATAAATTAA 4 46 0 AAATAAGAAAATAAGCAAAATTTTTTATGATTTA 4 92 1 CGCTTTCAATTTATCGTAAATTATTTATGATCAA 4 147 1 ATCATTTTCATTTTTGCAAATTTGCTCATAGATT 5 48 1 CATAGATTAATTACGATAATTTATTT 5 74 1 TTTCCCATCAATTTTTGTTGTAATC 6 1 1 TAAGAAGATAGTAAAAGAATTTTTCAATGAGTAT 8 17 1 GATTCAATGCTTCTAATAATTTTTTTCTAGGCAT 8 231 0 GGGGCGTAGTTTATCGTAAATTTGAGTTGTGGTA 11 18 1 TTGTGGTAAAATCGCCACAATTTTGGTTATTCAA 11 44 1 TCACTTCTTTTTATAAAAAATTTGCAATAAAGAT 12 195 1 AACCTTTATAATAGGAAAAATTTTTAGGGATTTA 12 245 1 *** ******* MAP Score: 11.0973 Motif 6 ACCTTAACAGAGAAAGAAAAATATTTTTCTGCACAACA 0 238 1 ACAAACCTTTATAATAGGAAAAATTTTTAGGGATTTAA 12 242 1 ACAAAATAAGAAAATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAG 4 89 1 GAAAGATTTTATAATTGAAAGCCTTTTTTAAAGTGTGA 10 151 1 GAATAATACGAAAAAATCACTTCTTTTTATAAAAAATT 12 179 1 TATGAGGAGAACAAAATGAGCGATTTTGGTTATGCAAT 12 116 0 GAGTTGTGGTAAAATCGCCACAATTTTGGTTATTCAAA 11 41 1 TATTTAAGTTATAATAGAAAAGATATTTAGCTTCAAGA 7 56 0 TATTAATCCAATAAGCTAATTCATTTTCATTTATACTT 8 116 0 CTATTGTTTAATAAACAAAACCCATTTTTGATTCGATT 8 261 0 GACATGGATCACAAATTCATAATTTTTTATGTAATCAT 5 15 1 TTAATTCTTGAGAAAGTGCGGTCAATTTTTCAGTCAAA 0 186 0 TTGATCATAAATAATTTACGATAAATTGAAAGCGGTTA 4 143 0 AAAAACACCCTAAAAATTCACCGCACT 3 8 0 TATTGGATATAAAAATGGCCAGTTATTCTGGCTATTTT 7 16 1 * ** * ****** MAP Score: 4.46546 Motif 7 TTCAAACTGGTTTTTAATGCTACTAAGTTCATCAAA 0 52 0 TGCGGTCAATTTTTCAGTCAAATTTTGTCGTTCTTG 0 172 0 ATTGACCGCACTTTCTCAAGAATTAACGGGGTTACA 0 198 1 AAATATTTTTCTTTCTCTGTTAAGGTTGTTTGTAAC 0 228 0 GGTCGGAGAATTTTTTATCCTATCTAGAAATTTTGT 1 42 1 TCTTAGTTGTTTTTCTATTTTTGTTATCTATATTTG 1 102 1 TTGTTATATTTTTTCTTTCTACACAATGGGACAAAT 2 57 0 TTGACTCCTGTTTTTTATCAATGTAAACGATTACAT 4 11 1 ATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTCATACTTAT 4 102 1 AAAGTAACCGCTTTCAATTTATCGTAAATTATTTAT 4 139 1 AACTTTTTCCTTGTTATAATCTATAAATCT 4 187 0 TATGTAATCATTTTCATTTTTGCAAATTTGCTCATA 5 42 1 GCTAAATATCTTTTCTATTATAACTTAAATAGCAAT 7 63 1 GTAAAAGAATTTTTCAATGAGTATATTCCATTATTA 8 27 1 AGTTCCATCACTTTCAGTAATATCTAATAATGGAAT 8 51 0 AGCTAATTCATTTTCATTTATACTTAGCTTTTTATA 8 105 0 CCCAAAGATACTTTTACTCTTGATAAATTATTAATC 8 146 0 GTTATTTAATTTTTCTATGTTGATTATTTGCAACTG 10 77 1 TTAAAAAAGGCTTTCAATTATAAAATCTTTCTCCAT 10 146 0 CAGTTGTTAGTTTTCACACTTTAAAAAAGGCTTTCA 10 166 0 AATCGCCACAATTTTGGTTATTCAAATAGAGAGATT 11 53 1 GGGGCTTGCACTTTCAATCTTTTAATCAAACCAACT 12 47 0 TTATTGCAAATTTTTTATAAAAAGAAGTGATTTTTT 12 189 0 TCCCTAAAAATTTTTCCTATTATAAAGGTTTGTTGA 12 239 0 ***** * ** ** MAP Score: 2.90975 Motif 8 CAGCTTGCCAGTAAATTTGATGAACTTAGT 0 37 1 GCAAGAACGACAAAATTTGACTGAAAAATT 0 171 1 CCGATTGAATGTAAATTTGGTCGGAGAATT 1 24 1 GATCAATATCCCAAATTTGAAATTTCTTAG 1 78 1 AGTTGTTTTTCTATTTTTGTTATCTATATT 1 106 1 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