AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons015_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237755 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0221.1 109 H. influenzae predicted coding region HI0221.1 #1 HI0222 109 GMP synthase (guaA) #2 HI0285 135 menaquinone-specific isochorismate synthase (menF) #3 HI0590 104 putrescine-ornithine antiporter (potE) #4 HI1170_HI1171 41 HI1170: H. influenzae predicted coding region HI1170, HI1171: anthranilate synthase component II (trpG) #5 HI1387 105 anthranilate synthase component I (trpE) #6 HI1388.1 48 H. influenzae predicted coding region HI1388.1 #7 HI1389 52 anthanilate phosphoribosyltransferase (trpD) #8 HI1389.1 36 indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) #9 HI1430 179 short chain dehydrogenase/reductase Motif 1 TTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGC 0 36 1 TTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGC 1 36 1 TTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTACGC 2 36 1 TGTCATTAACAATCTGCGGTAGAATATGGC 2 106 1 TAAAGTGAGGTTGTGAGGATC 3 1 1 CACAAACAAAAAAGTGCGGTTAAAAATATC 3 50 1 TATACTCCTACAAGTGCGGTCAAAAAATCA 3 80 0 AACAGTTCGGTATTCGTTATA 4 1 1 GACATCAAAAAGTGCGGTAATTTTTAAC 6 8 1 TTTCTCCTTTAAAGTGCGGTTAAAAATTAC 6 26 0 ********** MAP Score: 43.9519 Motif 2 TCTTTAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAA 0 4 1 CTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATG 0 40 1 TTATTATTGATAGTGTAAGCGGTTCATATTATTTAAAACTTTGC 0 64 0 TCTTTAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAA 1 4 1 CTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATG 1 40 1 TTATTATTGATAGTGTAAGCGGTTCATATTATTTAAAACTTTGC 1 64 0 TCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTACGCTGAATTTTCAATATTGAA 2 40 1 ATTAACAATCTGCGGTAGAATATGGCTAATTTTTT 2 110 1 TAAAGTGAGGTTGTGAGGATCTTCTTCATAACTCTCTCA 3 5 1 AACAAAAAAGTGCGGTTAAAAATATCTGATTTTTTGACCGCACT 3 54 1 TCCTTTAAAGTGCGGTTAAAAATTACCGCACTTTTTGATGTC 6 8 0 TTTTCTTCTTATTGTGGCGTATAAAATTAGCTTTTA 8 3 0 AACGTTTGCTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATT 9 24 0 ** *** * * *** MAP Score: 27.4651 Motif 3 TAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGG 0 14 1 GCGGTTCATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGCACTTTA 0 45 0 TAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGG 1 14 1 GCGGTTCATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGCACTTTA 1 45 0 AACCGCACTTTTCTCGAAAAATTTATTAGAAACAAAAGGATTTCA 2 12 0 GTGCGGTTAATTTACGCTGAATTTTCAATATTGAAAAGATTTTGT 2 49 1 TGAAAAGATTTTGTAAAAAAATTTTTTGTCATTAACAATCTGCGG 2 80 1 TGTGAGGATCTTCTTCATAACTCTCTCAACACAAACAAAAAAGTG 3 21 1 TATCTGATTTTTTGACCGCACTTGTAGGAGTATAAATT 3 76 1 CCTGATTTTTATTTTTTATACTTTTTGATTAAAAATTGTATTTT 5 9 0 TTATTTATCCTTTTGGAAAATTTTGTACTATTAAACTAGTGCAAA 5 68 0 TGCGGTAATTTTTAACCGCACTTTAAAGGAGAAAAA 6 22 1 TTTTCTTCTTATTGTGGCGTATAAAATTAGCTTTT 8 11 0 TCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGGTTAATC 9 2 0 ATTTTTAAAATTAAAATGAAATTGCTTGCAATCAAAATTTATTTG 9 100 1 ATCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAGTACAAATAAGCTCAAG 9 130 1 ** * ***** ** MAP Score: 23.8418 Motif 4 TTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTT 0 35 1 CAAAGTTTTAAATAATATGAACCGCTTACACTATCAAT 0 65 1 TTACACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 0 90 1 TTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTT 1 35 1 CAAAGTTTTAAATAATATGAACCGCTTACACTATCAAT 1 65 1 TTACACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 1 90 1 ATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTACGCTGAATTT 2 35 1 CAATCTGCGGTAGAATATGGCTAATTTTTT 2 115 1 AGTGCGGTCAAAAAATCAGATATTTTTAACCGCACTTT 3 60 0 AACAGTTCGGTATTCGTTATAATCAGGT 4 0 1 CGGTATTCGTTATAATCAGGTCATTTTACGCAAA 4 17 1 TATAAAAAATAAAAATCAGGCTTGACTTATTCCTTTTG 5 34 1 GACATCAAAAAGTGCGGTAATTTTTAACCGCACTT 6 7 1 TAAAATATAGAAAATTAACAAATCCATA 7 0 1 CAATTGAAATAAAAATTGGGCAGATTATATCATCAAGC 9 23 1 ** *** ** * ** MAP Score: 22.085 Motif 5 CAACCGCACTTTAAACAGCAAAAGGCAGGCTAAA 0 24 0 TCATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGC 0 51 0 CAACCGCACTTTAAACAGCAAAAGGCAGGCTAAA 1 24 0 TCATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGC 1 51 0 ACAAAATCTTTTCAATATTGAAAATTCAGCGTAA 2 60 0 CAATCTGCGGTAGAATATGGCTAATTTTTT 2 115 1 TGACCGCACTTGTAGGAGTATAAATT 3 88 1 CAATTTTTAATCAAAAAGTATAAAAAATAAAAAT 5 16 1 ATTAAACTAGTGCAAAAGGAATAAGTCAAGCCTG 5 50 0 TTTGCACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAA 5 68 1 TACAAAATTTTCCAAAAGGATAAATAAAT 5 86 1 TTAACCGCACTTTAAAGGAGAAAAA 6 33 1 TAAAATATAGAAAATTAACAAATC 7 0 1 GAATTAATTTAACAATATCGCAAACGTTTGCTTG 9 56 0 GCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAA 9 91 0 TTTGTACTACTTTAATAGTACAAATAAGCTCAAG 9 141 1 * ** ** ***** MAP Score: 17.4824 Motif 6 TAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTTTGCTGT 0 14 1 CCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTT 0 33 1 TTTTAAATAATATGAACCGCTTACACTATC 0 70 1 ACACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 0 92 1 CCAACCGCACTTTAAACAGCAAAAGGCAGG 1 29 0 TTTTAAATAATATGAACCGCTTACACTATC 1 70 1 ACACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 1 92 1 ATTCAGCGTAAATTAACCGCACTTTTCTCG 2 41 0 AATCAGATATTTTTAACCGCACTTTTTTGT 3 55 0 ATATCTGATTTTTTGACCGCACTTGTAGGA 3 75 1 GTGCGGTAATTTTTAACCGCACTTTAAAGG 6 21 1 TAAAAGCTAATTTTATACGCCACAATAAGA 8 10 1 TGCTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTA 9 32 0 ********** MAP Score: 12.5898 Motif 7 TCTTTAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTT 0 5 1 CACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 0 93 1 TCTTTAAGGTGGGCTTTAGCCTGCCTTT 1 5 1 CACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 1 93 1 AATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTACGCT 2 34 1 AAAAAATTAGCCATATTCTACCGCA 2 120 0 AACACAAACAAAAAAGTGCGGTTAAAAATATCT 3 48 1 GACATCAAAAAGTGCGGTAATTTTTAACC 6 6 1 TGTGGCGTATAAAATTAGCTTTTA 8 1 0 CAATATCGCAAACGTTTGCTTGATGATATAATC 9 45 0 ** *** ** *** MAP Score: 10.4066 Motif 8 TGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGAACCGCTT 0 50 1 TGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGAACCGCTT 1 50 1 TCCTTTTGTTTCTAATAAATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAA 2 17 1 TGCGGTTAATTTACGCTGAATTTTCAATATTGAAAAGATTTT 2 50 1 TGCGGTTAAAAATATCTGATTTTTTGACCGCACTTGTAGGAG 3 64 1 CTGATTTTTATTTTTTATACTTTTTGATTAAAAATTGTATTT 5 11 0 ACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAAAGGATAAATAAAT 5 73 1 GACATCAAAAAGTGCGGTAATTTTTAACCGCACTTTAAAGGA 6 10 1 TAAAAGCTAATTTTATACGCCACAATAAGAAG 8 0 1 ATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTG 9 82 1 * * * * **** * * MAP Score: 7.34763 Motif 9 CTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTT 0 34 1 TTATAATGCTCTTATTATTGATAGTGTAA 0 90 0 CTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTT 1 34 1 TTATAATGCTCTTATTATTGATAGTGTAA 1 90 0 GTGAAATCCTTTTGTTTCTAATAAATTTTTCGAGAAAAG 2 11 1 AAAATTCAGCGTAAATTAACCGCACTTTTCTCGAAAAAT 2 35 0 TGACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTTCAATATTGAA 2 72 0 ACAATCTGCGGTAGAATATGGCTAATTTTTT 2 114 1 AAAAGTGCGGTTAAAAATATCTGATTTTTTGACCGCACT 3 59 1 AAGCCTGATTTTTATTTTTTATACTTTTTGATTAAAAAT 5 18 0 TTTGCACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAAAGGAT 5 68 1 AAAGTGCGGTTAAAAATTACCGCACTTTTTGATGTC 6 7 0 ATATGGATTTGTTAATTTTCTATATTTTA 7 0 0 TTGCTTGATGATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATT 9 24 0 TGTTAAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAA 9 76 1 ACAAATAAATTTTGATTGCAAGCAATTTCATTTTAATTT 9 107 0 TGCAATCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAGTACAAA 9 126 1 *** * * * **** MAP Score: 7.14684 Motif 10 GTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGA 0 54 1 TTATAATGCTCTTATTATTGATAGTGTAAG 0 89 0 GTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGA 1 54 1 TTATAATGCTCTTATTATTGATAGTGTAAG 1 89 0 ATATTCTACCGCAGATTGTTAATGACAAAAA 2 102 0 GTAGAATATGGCTAATTTTTT 2 124 1 TCAAAAAATCAGATATTTTTAACCGCACTTT 3 60 0 ATAAGTCAAGCCTGATTTTTATTTTTTATAC 5 33 0 CAAAAAGTGCGGTAATTTTTAACCGCACTTT 6 15 1 TAAAAGCTAATTTTATACGCCACAAT 8 5 1 ATATAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGA 9 22 0 CAAACGTTTGCGATATTGTTAAATTAATTCA 9 60 1 ATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAAT 9 86 1 TAAATCTTGAGCTTATTTGTACTATTAAAGT 9 149 0 *** ******* MAP Score: 4.21952 Motif 11 TCTTTAAGGTGGGCTTTAGCCTG 0 2 1 CCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTT 0 33 1 TCTTTAAGGTGGGCTTTAGCCTG 1 2 1 CCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTT 1 33 1 AAATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTAC 2 33 1 TAACCGCACTTTAAAGGAGAAAAA 6 34 1 TAAGCTCAAGATTTAGGAGAAAAA 9 165 1 ********* * MAP Score: 3.44591 Motif 12 CACTTTAAACAGCAAAAGGCAGGCTAAAGCCCAC 0 18 0 ACTTTGCAAAAACCAACCGCACTTTAAACAGCAA 0 37 0 ACTTTGCAAAAACCAACCGCACTTTAAACAGCAA 1 37 0 CATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGCA 1 50 0 ACACTATCAATAATAAGAGCATTATAA 1 92 1 AAATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTACGCT 2 33 1 TTCAATATTGAAAATTCAGCGTAAATTAACCGCA 2 50 0 TTTTGTCATTAACAATCTGCGGTAGAATATGGCT 2 103 1 AATCTGCGGTAGAATATGGCTAATTTTTT 2 116 1 CAACACAAACAAAAAAGTGCGGTTAAAAATATCT 3 47 1 TTGTACTATTAAACTAGTGCAAAAGGAATAAGTC 5 57 0 GTGCGGTTAAAAATTACCGCACTTTTTGATGTC 6 9 0 TAAAATATAGAAAATTAACAAATCC 7 1 1 AATTGAAATAAAAATTGGGCAGATTATATCATCA 9 24 1 ATCATCAAGCAAACGTTTGCGATATTGTTAAATT 9 51 1 **** * *** ** MAP Score: 1.59369