AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237765 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0221 129 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (guaB) #1 HI0221.1 109 H. influenzae predicted coding region HI0221.1 #2 HI0222 109 GMP synthase (guaA) #3 HI0285 135 menaquinone-specific isochorismate synthase (menF) #4 HI0590 104 putrescine-ornithine antiporter (potE) #5 HI0591 250 ornithine decarboxylase (speF) #6 HI0592 300 H. influenzae predicted coding region HI0592 #7 HI1170_HI1171 41 HI1170: H. influenzae predicted coding region HI1170, HI1171: anthranilate synthase component II (trpG) #8 HI1386 300 H. influenzae predicted coding region HI1386 #9 HI1387 105 anthranilate synthase component I (trpE) #10 HI1388.1 48 H. influenzae predicted coding region HI1388.1 #11 HI1389 52 anthanilate phosphoribosyltransferase (trpD) #12 HI1389.1 36 indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) #13 HI1430 179 short chain dehydrogenase/reductase Motif 1 TTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGC 1 36 1 TTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTTTTTGC 2 36 1 TTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAATTTACGC 3 36 1 TAAAGTGAGGTTGTGAGGATC 4 1 1 CACAAACAAAAAAGTGCGGTTAAAAATATC 4 50 1 TATACTCCTACAAGTGCGGTCAAAAAATCA 4 80 0 GTAATGGTAGCAAGTTTGGTTTAAGATTTA 6 79 1 AGAATATACCCAAGAGAGGTTACTTTAGAT 6 261 1 AACAGTTCGGTATTCGTTATA 7 1 1 GACATCAAAAAGTGCGGTAATTTTTAAC 10 8 1 TTTCTCCTTTAAAGTGCGGTTAAAAATTAC 10 26 0 ********** MAP Score: 36.888 Motif 2 CGATCTAGTTTTTTATTATAAAAACTAAAGTAAGAA 5 136 0 CAAGCCTGATTTTTATTTTTTATACTTTTTGATTAA 9 22 0 TTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTT 1 25 1 TTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGGTT 2 25 1 TAGCTTTATTTCTAATTCTAAAAATTTAATAACTTT 6 116 1 TAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAAT 2 45 1 AATAAATCTATTGCGTTATTAAAATTAATAATGCTG 5 187 1 TAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAAT 1 45 1 GCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAATG 13 89 0 AATCCTAAAATTTCGTTTTCAAAATAAAGTGAAATC 0 48 1 TTTGCACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAAAG 9 68 1 TTATAATGCTCTTATTATTGATAGTGTAAGCGGTT 1 84 0 TTATAATGCTCTTATTATTGATAGTGTAAGCGGTT 2 84 0 GAAAAATCCCTCTTTCTATCTAAAGTAACCTCTCTT 6 272 0 TACAAAATCTTTTCAATATTGAAAATTCAGCGTAAA 3 59 0 CATACGGTTTTCTGCTTGTTCAAATGCAATGTTCAT 6 28 0 TCTCCATAGATTAATTTCTGGATATTTTTGTATTGC 5 37 1 GATCGTGTTATTTTATTCTAAATAAATCTATTGCGT 5 167 1 GTGAAATCCTTTTGTTTCTAATAAATTTTTCGAGAA 3 11 1 CCAAAAATATTTTCTATTGCATAATTACATCTCGT 8 9 1 TTGGTTTTGTATTTTTTATGTAAAATTTAAAATTGT 6 166 1 GTATAGATCCTTTTCATTTTTATAATACCTTGATTA 8 103 0 TCTATTCCTGTTTTTCTTTGTATATGGATTTGTTAA 11 24 0 TAACTTGATCTTATTTAATTTAAAATAAATATATTC 5 103 1 TTTGTACTACTTTAATAGTACAAATAAGCTCAAGAT 13 141 1 AAAACATATTTTGCCTTATATTAAGTATATTTTGAG 8 66 1 TTGACTAAGATCACATTTTTTAAAAAATATTATTGA 6 204 1 TTTTTCTCCTTTAAAGTGCGGTTAAAA 10 31 0 *** ** * *** * MAP Score: 28.1777 Motif 3 AAAACTTTGCAAAAACCAACCGCACTTTAAACAGC 1 39 0 AAAACTTTGCAAAAACCAACCGCACTTTAAACAGC 2 39 0 ATACTGATGAACCAACCAACCAACCAACCAACCAA 8 135 1 CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAA 8 147 1 CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAA 8 159 1 CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAA 8 171 1 CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAAAATAATAA 8 183 1 * ******** * MAP Score: 27.0497 Motif 4 TAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGAAC 1 45 1 AAAAGTGCGGTTAATTTACGCTGAATTTTCAATATTGAAAAG 3 45 1 TAAAGTGCGGTTGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGAAC 2 45 1 TCTCCATAGATTAATTTCTGGATATTTTTGTATTGCCTAGAA 5 37 1 GTTAAATTAATTCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGA 13 77 1 GCTTGACTTATTCCTTTTGCACTAGTTTAATAGTACAAAATT 9 53 1 TTTTTTTGTTTTGGTTTTGTATTTTTTATGTAAAATTTAAAA 6 156 1 TGACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTTCAATATTGAAAAT 3 69 0 GTGAAATCCTTTTGTTTCTAATAAATTTTTCGAGAAAAGTGC 3 11 1 TTATATAAAATAGCTTTATTTCTAATTCTAAAAATTTAATAA 6 106 1 AAAGTAAGAATATATTTATTTTAAATTAAATAAGATCAAGTT 5 104 0 ATGGATAAGTTTGATTTTGTACGCTTTTAATAGCCAAAGATA 8 259 0 AAAAATCAGATATTTTTAACCGCACTTTTTTGTTTGTGTTGA 4 46 0 GCCTGATTTTTATTTTTTATACTTTTTGATTAAAAATTGTAT 9 13 0 AAATATATTCTTACTTTAGTTTTTATAATAAAAAACTAGATC 5 129 1 CTAAGATCACATTTTTTAAAAAATATTATTGACATGATCCTT 6 208 1 CACTTTTTTGTTTGTGTTGAGAGAGTTATGAAGAAGATCCTC 4 24 0 AAAATATCTGATTTTTTGACCGCACTTGTAGGAGTATAAATT 4 72 1 GCAATCAAAATTTATTTGTACTACTTTAATAGTACAAATAAG 13 127 1 TTATCAAAACATATTTTGCCTTATATTAAGTATATTTTGAGT 8 61 1 GGTAGCAAGTTTGGTTTAAGATTTATATAAAATAGCTTTATT 6 84 1 AATAACGCAATAGATTTATTTAGAATAAAATAACACGATCTA 5 165 0 AAAGTGCGGTAATTTTTAACCGCACTTTAAAGGAGAAAAA 10 18 1 AATTTCATAAAACATTTCTTACCTGTTCTAGGCAATACAAAA 5 62 0 ** *** * ** * * MAP Score: 24.5176 Motif 5 AAAATACAATTTTTAATCAAAAAGTATAAAA 9 7 1 AAAGTGCGGTAATTTTTAACCGCACTTTAAAGGA 10 18 1 TTTGGTTTTGTATTTTTTATGTAAAATTTAAAAT 6 165 1 ATGTCAATAATATTTTTTAAAAAATGTGATCTTA 6 209 0 CTCCTTTATTTATTTTTGACGTAAAGTTACCCAG 5 220 0 AAAAATCAGATATTTTTAACCGCACTTTTTTGTT 4 54 0 ATGACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTTCAAT 3 78 0 TAGTACAAATAAATTTTGATTGCAAGCAATTTCA 13 116 0 TCGTCGCAATATTTTTTAACTTCAACTTATTAGC 0 93 1 AAAATATCTGATTTTTTGACCGCACTTGTAGGAG 4 72 1 ACAGGTAAGAAATGTTTTATGAAATTAACTTGAT 5 78 1 TATATTAAGTATATTTTGAGTTAATCAAGGTATT 8 82 1 TAAAAGCTAATTTTATACGCCACAATAAGAAG 12 8 1 CTGGACGACCAATTGTTGAAGTCACTACCGCAAC 8 222 0 TAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGG 13 16 0 CCAAAAATATTTTCTATTGCATAATTACATC 8 7 1 TTTCTAATAAATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAA 3 25 1 TGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGAACCGC 2 56 1 TGGTTTTTGCAAAGTTTTAAATAATATGAACCGC 1 56 1 AGAATATATTTATTTTAAATTAAATAAGATCAAG 5 106 0 ACGTTTGCGATATTGTTAAATTAATTCATTTAAT 13 63 1 ATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTG 13 90 1 ATAAATCCTAAAATTTCGTTTTCAAAATAAAGTG 0 45 1 ******* * ** MAP Score: 20.7089 Motif 6 TTTCACTTTATTTTGAAAACGAAATTTTAGGATTTATG 0 44 0 CGCAATAGATTTATTTAGAATAAAATAACACGATCTAG 5 164 0 TTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTGCTTGC 13 91 1 TGGTTTTGTATTTTTTATGTAAAATTTAAAATTGTTTT 6 167 1 CGAGATGTAATTATGCAATAGAAAATATTTTTGG 8 6 0 TAACTTGATCTTATTTAATTTAAAATAAATATATTCTT 5 103 1 TTTTTTATACTTTTTGATTAAAAATTGTATTTT 9 5 0 TTTGCACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAAAGGA 9 68 1 ACAAAATCTTTTCAATATTGAAAATTCAGCGTAAATTA 3 56 0 CCGCAGATTGTTAATGACAAAAAATTTTTTTACAAAAT 3 87 0 TTATAATACCTTGATTAACTCAAAATATACTTAATATA 8 82 0 GTCGCAATATTTTTTAACTTCAACTTATTAGCGAGAAT 0 95 1 TTTCTTCTTATTGTGGCGTATAAAATTAGCTTTTA 12 7 0 TGAAATCCTTTTGTTTCTAATAAATTTTTCGAGAAAAG 3 12 1 AAAATATACTTAATATAAGGCAAAATATGTTTTGATAA 8 61 0 CACGATCTAGTTTTTTATTATAAAAACTAAAGTAAGAA 5 136 0 TAAGAAATGTTTTATGAAATTAACTTGATCTTATTTAA 5 83 1 AATCAAAAAGTATAAAAAATAAAAATCAGGCTTGACTT 9 24 1 TAAAATATAGAAAATTAACAAATCCATA 11 0 1 AATCAAGGTATTATAAAAATGAAAAGGATCTATACTGA 8 104 1 CCAAAGATAATTCTGGACGACCAATTGTTGAAGTCACT 8 230 0 TTATTAAATTTTTAGAATTAGAAATAAAGCTATTTTAT 6 110 0 ** * * ***** * MAP Score: 20.0382 Motif 7 ATATATTTATTTTAAATTAAATAAGATCAAGTTA 5 103 0 TACTTTAGTTTTTATAATAAAAAACTAGATCGTG 5 140 1 TAACTTTACGTCAAAAATAAATAAAGGAGTTTAT 5 225 1 AAATACAAAACCAAAACAAAAAAATAATAAAGTT 6 146 0 GTATTTTTTATGTAAAATTTAAAATTGTTTTTGA 6 174 1 ATCAAGGTATTATAAAAATGAAAAGGATCTATAC 8 105 1 AACCAACCAACCAAAATAATAAAACCGTTGCGGT 8 196 1 AATTTTTAATCAAAAAGTATAAAAAATAAAAATC 9 17 1 TTGCACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAAA 9 69 1 ACAAAATTTTCCAAAAGGATAAATAAAT 9 87 1 TTAACCGCACTTTAAAGGAGAAAAA 10 33 1 TTATACGCCACAATAAGAAGAAAA 12 22 1 AGCAATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAA 13 92 0 * **** * **** MAP Score: 4.56925 Motif 8 CGTCGCAATATTTTTTAACTTCAACTTATTAGCG 0 94 1 TTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGG 1 25 1 TTAGCCTGCCTTTTGCTGTTTAAAGTGCGGTTGG 2 25 1 TTTCTAATAAATTTTTCGAGAAAAGTGCGGTTAA 3 25 1 ATGACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTTCAAT 3 78 0 GTAAGAAATGTTTTATGAAATTAACTTGATCTTA 5 82 1 AGAATATATTTATTTTAAATTAAATAAGATCAAG 5 106 0 CGATCTAGTTTTTTATTATAAAAACTAAAGTAAG 5 138 0 TAGATCGTGTTATTTTATTCTAAATAAATCTATT 5 165 1 TCCTTTATTTATTTTTGACGTAAAGTTACCCAGC 5 219 0 TTGGTTTAAGATTTATATAAAATAGCTTTATTTC 6 94 1 AAATAGCTTTATTTCTAATTCTAAAAATTTAATA 6 113 1 TTGGTTTTGTATTTTTTATGTAAAATTTAAAATT 6 166 1 ATGTCAATAATATTTTTTAAAAAATGTGATCTTA 6 209 0 TATCAAAACATATTTTGCCTTATATTAAGTATAT 8 62 1 GTATAGATCCTTTTCATTTTTATAATACCTTGAT 8 105 0 TATTTTTTATACTTTTTGATTAAAAATTGTATTT 9 11 0 GTCAAGCCTGATTTTTATTTTTTATACTTTTTGA 9 26 0 TTTTGGAAAATTTTGTACTATTAAACTAGTGCAA 9 69 0 TTTTTCTCCTTTAAAGTGCGGTTAA 10 33 0 GATTTGTTAATTTTCTATATTTTA 11 0 0 TCTATTCCTGTTTTTCTTTGTATATGGATTTGTT 11 26 0 TTTTCTTCTTATTGTGGCGTATAAAATTAGCTT 12 13 0 TAATCTGCCCAATTTTTATTTCAATTGATCGAGG 13 16 0 ACGTTTGCGATATTGTTAAATTAATTCATTTAAT 13 63 1 ATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTG 13 90 1 TCTTGAGCTTATTTGTACTATTAAAGTAGTACAA 13 142 0 **** * * **** MAP Score: 3.83566 Motif 9 TCCTAAAATTTCGTTTTCAAAATAAAGTGAAATCTGTATAA 0 50 1 AAGCGGTTCATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGC 1 51 0 AAGCGGTTCATATTATTTAAAACTTTGCAAAAACCAACCGC 2 51 0 GACAAAAAATTTTTTTACAAAATCTTTTCAATATTGAAAAT 3 69 0 GTTGTGAGGATCTTCTTCATAACTCTCTCAACACAAACAAA 4 19 1 TAATCTATGGAGACTCTCTAAACAGAGAGAACAACTCTGT 5 9 0 GCTGGGTAACTTTACGTCAAAAATAAATAAAGGAGTTTATT 5 219 1 AAAAAATAATAAAGTTATTAAATTTTTAGAATTAGAAATAA 6 121 0 AAAATACAAAACCAAAACAAAAAAATAATAAAGTTATTAAA 6 140 0 CAATTTTAAATTTTACATAAAAAATACAAAACCAAAACAAA 6 160 0 TAATACCTTGATTAACTCAAAATATACTTAATATAAGGCAA 8 76 0 TGAGTTAATCAAGGTATTATAAAAATGAAAAGGATCTATAC 8 98 1 ACCAACCAACCAACCAACCAAAATAATAAAACCGTTGCGGT 8 189 1 GAATTATCTTTGGCTATTAAAAGCGTACAAAATCAAACTTA 8 255 1 AAAATACAATTTTTAATCAAAAAGTATAAAAAATAAAAATC 9 10 1 GCACTAGTTTAATAGTACAAAATTTTCCAAAAGGATAAATA 9 71 1 TCATTTAATGACATTTTTAAAATTAAAATGAAATTGCTTGC 13 88 1 * ****** * ** MAP Score: 3.08549 Motif 10 AATAAAGTGAAATCTGTATAATCTCGTCGCAATATTTTTT 0 70 1 TATTCTCGCTAATAAGTTGAAGTTAAAAAATATTGCGACG 0 94 0 ACCGCACTTTAAACAGCAAAAGGCAGGCTAAAGCCCACCT 1 16 0 CAAAGTTTTAAATAATATGAACCGCTTACACTATCAATAA 1 65 1 ACCGCACTTTAAACAGCAAAAGGCAGGCTAAAGCCCACCT 2 16 0 CAAAGTTTTAAATAATATGAACCGCTTACACTATCAATAA 2 65 1 CTTTTCTCGAAAAATTTATTAGAAACAAAAGGATTTCACT 3 10 0 AAATCTTTTCAATATTGAAAATTCAGCGTAAATTAACCGC 3 51 0 GCAATACAAAAATATCCAGAAATTAATCTATGGAGACTCT 5 33 0 TTTTAAATTAAATAAGATCAAGTTAATTTCATAAAACATT 5 88 0 TTTTTTATTATAAAAACTAAAGTAAGAATATATTTATTTT 5 124 0 CAGCATTATTAATTTTAATAACGCAATAGATTTATTTAGA 5 183 0 CTTTACGTCAAAAATAAATAAAGGAGTTTATT 5 228 1 CCAAAACAAAAAAATAATAAAGTTATTAAATTTTTAGAAT 6 130 0 TTTTACATAAAAAATACAAAACCAAAACAAAAAAATAATA 6 151 0 ATTAACTCAAAATATACTTAATATAAGGCAAAATATGTTT 8 67 0 AAGGTATTATAAAAATGAAAAGGATCTATACTGATGAACC 8 108 1 ATTTTTAATCAAAAAGTATAAAAAATAAAAATCAGGCTTG 9 18 1 TAAAATATAGAAAATTAACAAATCCATATACAA 11 3 1 TTAAATGAATTAATTTAACAATATCGCAAACGTTTGCTTG 13 56 0 ATTTCATTTTAATTTTAAAAATGTCATTAAATGAATTAAT 13 82 0 ***** * ** * * MAP Score: 0.740486