AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237800 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0182 300 sugar kinase, putative #1 HI0183 176 amino acid carrier protein, putative #2 HI0415 300 hydroxyethylthiazole kinase #3 HI0419 168 protease, putative #4 HI0726 205 nitrate/nitrite response regulator protein (narP) #5 HI0727 260 diaminopimelate decarboxylase (lysA) #6 HI0837 53 response regulator (cpxR) #7 HI0839 116 conserved hypothetical protein #8 HI0883 300 amino acid carrier protein, putative #9 HI0884_HI0885 191 HI0884: aerobic respiration control protein ARCA (arcA), HI0885: thiol:disulfide interchange protein (dsbD) #10 HI0886 111 H. influenzae predicted coding region HI0886 #11 HI0887 187 phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase (purH) #12 HI0888 95 phosphoribosylamine--glycine ligase (purD) #13 HI0889 123 serine hydroxymethyltransferase (serine methylase) (glyA) #14 HI0890 58 conserved hypothetical protein #15 HI0891 40 conserved hypothetical protein #16 HI0892 108 ATP-dependent RNA helicase (rhlB) #17 HI0893 241 transcriptional repressor (Bm3R1) #18 HI0894 79 lipoprotein, putative #19 HI1379 300 phosphate regulon transcriptional regulatory protein (phoB) #20 HI1708 62 transcriptional regulatory protein (ygiX) #21 HI1709 114 conserved hypothetical protein #22 HI1710 254 H. influenzae predicted coding region HI1710 #23 HI1711 59 PTS system, glucose-specific IIA component (crr) #24 HI1712 79 phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase (ptsI) #25 HI1713 158 phosphocarrier protein HPr (ptsH) #26 HI1714 70 conserved hypothetical protein Motif 1 AATAATGATTTAAGTGCGGTTAAAATTTGG 0 270 1 CATTATTTGCAAAATGAGGGAAAAATTTGA 2 29 1 CTTGTAAAGGAAAGTGCGGTTAAATTCTTA 3 66 0 TTATCTTAAAAAAGAGCGGTAAAAAATTAT 4 16 1 AAAAATAGAAAAAGTGCGGTAGAAAAATAG 4 46 0 TAAATCTGATAAAATGCGGCAAATTATAAA 5 24 1 TCTTGCTGAAAAAGTGCGGTTATAATTTGC 7 80 1 CCGAAGCGCAAAAGAGCGGTTAATTTTTCA 8 127 1 AATGGAAAAGAAAGTGCGGTAAAAAAATAA 8 225 0 TAACAATAAAAAAGTGCGGTGATTTTTTAC 9 104 0 ATAATTTCTTAAAGTGCGGTAAAAATACGA 11 83 0 CCTCTTTTGTAAAGAGGGGGATAGTTAGAT 12 13 0 CCTCTTTACAAAAGAGGGGGAATTGCAGGT 12 26 1 TTAATTTTTATAAGTGCGGTGCTTTTTTTG 16 37 1 TTAATGATGAAAAGTGCGGTTAATTTTGAC 17 34 1 ATAGGAATATAAAATGCAGTCAAAATTAAC 17 52 0 TATTCGCGGTAAAATGGGGTAGTTATTTTG 19 194 1 TTATGGCATAAAAGTGAAGTGAGAAATAAT 19 262 0 TCATTTCTGAAAATGCGAGCATTAGCTCG 20 9 1 TTTTGTTTATAAAGTGCGGTCAATTTTTT 20 43 1 TTAAAAGCACAAAGTGCGAGTATTTTATTA 22 231 1 AAAAGTGCGGTCGTTTTTTCC 26 59 0 ********** MAP Score: 63.5508 Motif 2 TGAGAAAGAAAAAATGAAAAAATTACTATTAAT 5 93 1 ACTTTTTACCAAAAGTAAAAAATAA 10 2 0 AACAATAATTAAAATTGAAAAATACTTTTTACC 10 25 0 TAACTTGCCAAAAAACAAAAAATAAATAAAATG 17 165 1 TGTTTTTGGTAAAATGAAAAAAATTTTTGCATA 26 24 0 AATGTTAAAAATAAAAAAAATTTGGCTTA 7 6 1 TTGGCAAGTTAAAAAACAAAAAACGTAACAATA 17 143 0 TTAAAAATATAAAACCAGAAAATTGCCCTAGTA 25 111 0 AGCCTGAATTAAATCATAAAAATAAGCTAAATA 25 38 0 ATTGATGGATAAAAATAGAAAAAGTGCGGTAGA 4 53 0 TTTTTCTTCAAAAAGATCAAAATAATGCTATTA 0 220 0 GCCAATCTAGAATAGAAAAAAATTTGATTTATC 4 114 0 ATTTTAACGTAAAATCAAATAATTTTGT 23 5 0 TTGAATATAAAATAAACAAAAATGCCCGCTATT 2 269 0 AGTGCGGTAAAAAAATAAATAATTTCCACACTT 8 210 0 CCTTTCATTAAATAGTTAAAAATAAGCGATGAG 11 156 0 TCGACTAATCAATAATTAAAAATATAAAACCAG 25 126 0 AGGTAACTATAATAAATAAAAAATCCGCACAAA 22 36 0 CAAACAAGAAAAAATCTAATAAATTCACAATAT 1 70 0 AAAATGTAGAAAATTGGGAAAATAAACAGGATA 2 210 0 TTCTCTTATTAAAAAGTAAAAGTTTGGTGAGAA 19 226 1 AGTGCGGTAGAAAAATAGATAATTTTTTACCGC 4 31 0 AAGTGCGGTAAAAATACGATAAATTTCAGGCAT 11 69 0 TTTTTAGGAAAAATCCTCAAAAAAAGCACCGCA 16 51 0 TCTTTAGAGAAATTATTAAAAAATCTCGCCTTT 1 111 1 TAAAACAAATAAATCTTAATAAAAGATTAAGAG 21 36 0 CTCGTCGTTTAAATCAAAATAAACACGACAAGA 8 269 0 TGAGATTGTGAATAATAAATAAACTATTTAGCT 25 14 1 CACCCCGACTAAAAGTCGAAAGAAGTTTACGCT 2 82 0 CACATCATTTAAAAGCACAAAGTGCGAGTATTT 22 223 1 ATGTGGGCAAAAATAAGGATAAAATTATGAAAC 11 20 0 CGTTTGCTTAAATATAGAAAAGATTAAATATAA 11 109 0 TAATGCTATTAATTACTCAAAATAGCAAGTCTA 0 198 0 AAGGAGCAATAATTGCTCAAAAATGAATGAGCG 17 200 0 **** ****** MAP Score: 35.5596 Motif 3 TTACGCGAATAAAACAAGTTTCAAATTAAGTACTTTA 0 62 0 AAAATTAACCAAATTTTAACCGCACTTAAATCATTAT 0 271 0 ACAAGCGGTCAAATTTTTCCCTCATTTTGCAAATAAT 2 30 0 TTTTTTCTTGAAAAGAAGCGTAAACTTCTTTCGACTT 2 66 1 TTAAGCGGTTAAATTTTATATAAAATTCCACTAAGAA 3 35 1 AAAGAGCGGTAAAAAATTATCTATTTTTCTACCGCAC 4 26 1 AAAAAATGAAAAAATTACTATTAATTTTAGTACTTAG 5 101 1 AATTTGCCGCAAATTATAACCGCACTTTTTCAGCAAG 7 81 0 AACGATTGAAAAATTAACCGCTCTTTTGCGCTTCGGC 8 126 0 GTAAAAAAATAAATAATTTCCACACTTACAATAGATT 8 200 0 AAAATCAGGTAAAAAATCACCGCACTTTTTTATTGTT 9 96 1 ACTTTTGGTAAAAAGTATTTTTCAATTTTAATTATTG 10 19 1 AATGTGGGCAAAAATAAGGATAAAATTATGAAACTAC 11 17 0 AAAGTGCGGTAAAAATACGATAAATTTCAGGCATAAA 11 66 0 GCACTTTAAGAAATTATATTTAATCTTTTCTATATTT 11 96 1 CTAATTTAAAAAAAGTACGGCTATTTTTTACCTGCAA 12 48 0 TTTAGGAATGAAATTTTAATTAAATTTTTATCCATAA 13 53 1 AAAAAATAAGCGGCGATATTAATCGCCGCT 14 38 0 AAAATCCTCAAAAAAAGCACCGCACTTATAAAAATTA 16 38 0 AATGCAGTCAAAATTAACCGCACTTTTCATCATTAAA 17 33 0 AGAGAACTCAAAATAACTACCCCATTTTACCGCGAAT 19 195 0 AAAAAATTGACCGCACTTTATAAACAAA 20 44 0 GTCTTTTCAAAAAAGTATAGTCCTCTTAATCTTTTAT 21 14 1 TGTTTACGGTAAAAAAAGTCCGCCTTTGTGCGGATTT 22 12 1 TACTAATAAAATACTCGCACTTTGTGCTTTTA 22 232 0 ATTTTACGTTAAAATAGCAACCATCTTGAATGGATAG 23 23 1 TATCCTATGCAAAAATTTTTTTCATTTTACCAAAAAC 26 19 1 AAAACAAGGGAAAAAACGACCGCACTTTT 26 51 1 **** * * ** ** MAP Score: 32.2093 Motif 4 ATGATTTAAGTGCGGTTAAAATTTGGTTAA 0 274 1 TTCATTGAAAAGCCATACAATCAAATTATT 1 143 1 CCCTCAAGCGATAAATAATTTGATTG 1 160 0 TAAGCGGTCAAATTCTTCTCAT 2 2 1 AGAAAAAACAAGCGGTCAAATTTTTCCCTC 2 44 0 CTTAAAAAAGAGCGGTAAAAAATTATCTAT 4 20 1 TCTGATAAAATGCGGCAAATTATAAAGCCT 5 28 1 TTGAAAAATTTGCCGCAAATTATAACCGCA 7 94 0 GTAGCTGGAGAGCGGGAAATTGACCCCACA 8 14 1 AGCGCAAAAGAGCGGTTAATTTTTCAATCG 8 131 1 GAAAAGAAAGTGCGGTAAAAAAATAAATAA 8 221 0 TTGTTTAACTACCCGTTAAAGATTAATATG 10 53 1 TTTCTTAAAGTGCGGTAAAAATACGATAAA 11 79 0 TTAAACTATCTGCCATAAATTACATAACAG 13 94 1 TATGGTTAGCGGCGATTAATATCGCCGCTT 14 31 1 TTGTCCGATTTGCCAAAAATCG 15 28 1 AGGGTTTCCTATCGGTTAATCT 16 2 0 TGATGAAAAGTGCGGTTAATTTTGACTGCA 17 38 1 TTTTTTAACTTGCCAAAAAACAAAAAATAA 17 160 1 AGATTATATTCGCGGTAAAATGGGGTAGTT 19 188 1 TTCACTTTTATGCCATAAATCAAATGAAGG 19 274 1 GTTTATAAAGTGCGGTCAATTTTTT 20 47 1 TTTGTTTACGGTAAAAAAAGTCCGCC 22 6 1 TTCTTACTTAGCCATAAAATTGTGAAATT 24 9 1 AATAAACAATAGCCATAAAATTTCACAATT 24 27 0 ********** MAP Score: 16.0676 Motif 5 CCTAAATAATTTCTTTTTTCTTGCTGAAAAAGTGCGGTTA 7 62 1 TTATTTTTTACTTTTGGTAAAAAGTATTTTTCA 10 3 1 TCATCGCTTATTTTTAACTATTTAATGAAAGGAAAATACA 11 157 1 ACAAAATTATTTGATTTTACGTTAAAATAGCAACCA 23 6 1 ATGCAAAAATTTTTTTCATTTTACCAAAAACAAGGGAAAA 26 25 1 TTCTTGTTTGTGTTTCTTTCTTTAGAGAAATTATTAAAAA 1 93 1 TATATTTAATCTTTTCTATATTTAAGCAAACGTTTGCGTT 11 110 1 AATAGCATTATTTTGATCTTTTTGAAGAAAAAGGCGATCT 0 221 1 TGACGCCGTTTTAATTCATCTTTAAACAAAAGGAAAGCAA 10 81 1 AAAATTTGACCGCTTGTTTTTTCTTGAAAAGAAGCGTAAA 2 50 1 ACCTATTAAGCGGTTAAATTTTATATAAAATTCCACTAAG 3 30 1 ATAATTTGATTGTATGGCTTTTCAATGAAAAGGCGAGATT 1 132 0 AGCGGTCAAATTTTTCCCTCATTTTGCAAATAATGAGAAG 2 24 0 GAGCGGTTAATTTTTCAATCGTTTTTCAAACGCTCAGGCA 8 140 1 GCATTTTTGTTTATTTTATATTCAACACAAGGA 2 277 1 GGTGCTTTTTTTGAGGATTTTTCCTAAAAATGCTATGCTA 16 54 1 GGTAGTTATTTTGAGTTCTCTTATTAAAAAGTAAAAGTTT 19 211 1 ATCACCGCACTTTTTTATTGTTACAATAATGTTGCACAGA 9 111 1 GCGTAAAAGGTTCTTTATATTTTCCTGAAAAAGATCAAGC 5 167 1 TCAGTCCACGCGTTTATTTAATGATGAAAAGTGCGGTTAA 17 17 1 TGAAAAAGTGCGGTTATAATTTGCGGCAAATTTTTCAAAG 7 86 1 TAACTGTTTATGGATAAAAATTTAATTAAAATTTCATTCC 13 57 0 GTAGTCCTTGCGTATGCCTAATTTAAAAAAAGTACGGCTA 12 62 0 ** ** * ** *** MAP Score: 13.9493 Motif 6 ATTAATTACTCAAAATAGCAAGTCTATACAC 0 193 0 TTAAAATTAACCAAATTTTAACC 0 287 0 AAATATTTTCCAAAATAAAGGGCGTATTATT 1 36 0 AGAGCGGTAAAAAATTATCTATTTTTCTACC 4 28 1 ATTGATGGATAAAAATAGAAAAAGTGCGGTA 4 55 0 GTGAGAAAGAAAAAATGAAAAAATTACTATT 5 92 1 TTTTTCAGGAAAATATAAAGAACCTTTTACG 5 168 0 ATATCATTCCCAAAATAACTAAAACAGGCAC 5 234 1 GTAGTGTGGTGAAAATAAAAAGA 6 2 0 AATGTTAAAAATAAAAAAAATTTGGCT 7 6 1 AAACGATTGAAAAATTAACCGCTCTTTTGCG 8 133 0 AGTGCGGTAAAAAAATAAATAATTTCCACAC 8 212 0 TCGTTTAAATCAAAATAAACACGACAAGAAG 8 267 0 AATTGAGTATAAAAATATAGATGCTCGAAAT 9 12 1 AAATCAGGTAAAAAATCACCGCACTTTTTTA 9 97 1 TAGCATACGCCAAAATAAGTATAAGGATGGA 9 168 1 ACTTTTTACCAAAAGTAAAAAATAA 10 4 0 AAATGTGGGCAAAAATAAGGATAAAATTATG 11 24 0 TTAAATAGTTAAAAATAAGCGATGAGAATTA 11 151 0 ATTGCAGGTAAAAAATAGCCGTACTTTTTTT 12 47 1 AAAAAATAAGCGGCGATATTAA 14 46 0 CGCACTTATAAAAATTAACCGATAGGGTTTC 16 24 0 AAATGCAGTCAAAATTAACCGCACTTTTCAT 17 40 0 GTAGGATATAAAAAATAGGAATATAAAATGC 17 65 0 TGGCAAGTTAAAAAACAAAAAACGTAACAAT 17 144 0 CCAAAAAACAAAAAATAAATAAAATGAACGC 17 172 1 GCTCCGTTATAAAAATAACAACAA 18 3 0 TAAGAGAACTCAAAATAACTACCCCATTTTA 19 203 0 TCTCTTATTAAAAAGTAAAAGTTTGGTGAGA 19 227 1 TTTTATGCCATAAATCAAATGAAGGAGTATT 19 279 1 CTTTATAAACAAAAACAGCGAGCTAATGCTC 20 26 0 ATGTGTGTATTAAAACAAATAAATCTTAATA 21 48 0 ATTTTAACGTAAAATCAAATAATTTTGT 23 7 0 TAACAAAGTAATAAATAAACAATAGCCATAA 24 39 0 TGAGATTGTGAATAATAAATAAACTATTTAG 25 14 1 ATTAAATCATAAAAATAAGCTAAATAGTTTA 25 33 0 CAAAATAATCAAGAATAAACACTAAAAAGCC 25 67 0 ATCAATAATTAAAAATATAAAACCAGAAAAT 25 121 0 TCATTTTACCAAAAACAAGGGAAAAAACGAC 26 40 1 ********* * MAP Score: 13.4835 Motif 7 AATTCCCATATTAATATTCGCTCAATTTCAT 0 17 1 AATTAACCAAATTTTAACCGCACTTAAATCA 0 275 0 TTTTATATAAAATTTAACCGCTTAATAGGTT 3 29 0 TTCCACTAAGAATTTAACCGCACTTTCCTTT 3 60 1 TAGTTCAGCTTGTATATTCGCTACAGGATGT 5 135 1 TTTGCCGCAAATTATAACCGCACTTTTTCAG 7 85 0 AACGATTGAAAAATTAACCGCTCTTTTGCGC 8 132 0 AAAAAAATAAATAATTTCCACACTTACAATA 8 204 0 CGTTTAAATCAAAATAAACACGACAAGAAGA 8 266 0 TCATTCCTAAATTTTCATCACTTAAATGAAA 13 33 0 ATAAGCGGCGATATTAATCGCCGCTAACCAT 14 32 0 AGATTAACCGATAGGAAACCC 16 0 1 TTTTCATCATTAAATAAACGCGTGGACTGAA 17 16 0 AATGCAGTCAAAATTAACCGCACTTTTCATC 17 39 0 AAAAATAAATAAAATGAACGCTCATTCATTT 17 182 1 ATTATGAGTTACTATAACCACAGTATAATCN 19 44 0 CGTACAGAAGATTATATTCGCGGTAAAATGG 19 180 1 TATAATAAATAAAAAATCCGCACAAAGGCGG 22 31 0 * ********* MAP Score: 2.13261