AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237969
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0212	44	GTP cyclohydrolase II (ribA)
#1	HI0291	74	H. influenzae predicted coding region HI0291
#2	HI0292	76	mercuric ion scavenger protein (merP)
#3	HI0764	218	3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase (ribB)
#4	HI0900	100	glutamate 5-kinase (gamma-glutamyl kinase) (proB)
#5	HI0901	80	conserved hypothetical protein
#6	HI0938	200	H. influenzae predicted coding region HI0938
#7	HI0942	45	exodeoxyribonuclease V, gamma chain (recC)
#8	HI0943	54	conserved hypothetical protein
#9	HI1301	75	carbonic anhydrase, putative
#10	HI1302_HI1303	147	HI1302: asparaginyl-tRNA synthetase (asnS), HI1303: riboflavin synthase, beta chain (ribH)
#11	HI1613	43	riboflavin synthase, alpha chain (ribE)

Motif 1
TGCCAAAAATTGACCGCACTTTTAAACGCTC  	3	8	0
TGCGGTCAATTTTTGGCAAATTTTTCCTGCGAA	3	23	1
TCAGGTATAGTAACGGCAAATTTTAGGGGGATT	4	11	0
GTGATAACGTTAATGCCAATTTTAAGAACTTGG	4	69	1
GAGCTATTTTTATAGGAAAAATTTAAGGTAAAA	5	52	1
CAACTAGTTATTTTGGCAAATCTCGCTATAATG	6	48	0
TTGGCGTAAGTACGGTCAATATTAAAGTTAAAT	9	14	0
TACGCCAAAGTGCGGTCAATTTTTTCAGAATTT	9	39	1
TAATATTGAATATACGCGATTTT          	10	0	0
GGACTCATTTTTAAGGCGATTTTATTGTTCATA	10	58	1
TTTACCTTAATGAAGGAAATTTTCCATAAAAAT	10	108	0
TAAGGTAAACTATCGGCAATTTTAT        	10	132	1
          *   *********
MAP Score: 16.8819

Motif 2
 GAGCGTTTAAAAGTGCGGTCAATTTTTGGCAA	3	9	1
TTTAAAAGTGAAAATCAGGACAATTTCGCAGGA	3	47	0
AGCCGACAGTAAAGTCTGGATGAAAGAGAATAA	3	105	1
AAAATCACTTAATATCAGGTATAGTAACGGCAA	4	25	0
CAAGTTCTTAAAATTGGCATTAACGTTATCACT	4	68	0
TTATAGGAAAAATTTAAGGTAAAACGATA    	5	61	1
TCTGTTCTTTAAAAGCTGGTGGAAAT       	6	3	0
ACAGATCGCNAAAATCAGATCAAGTGATTTTTC	6	130	1
ATTTATGGTTAAAGTGCGGTGGAAAATTGGAGC	6	172	1
CACTTTGGCGTAAGTACGGTCAATATTAAAGTT	9	18	0
TACTTACGCCAAAGTGCGGTCAATTTTTTCAGA	9	35	1
ACTTTCCTTAAAATTCTGAAAAAATTGACCGCA	9	49	0
          AAAATCGCGTATATTCAATATTA	10	0	1
AGTCCTAAATAAAATAGGGTAAAGCCTTATTAA	10	30	0
TATGAACAATAAAATCGCCTTAAAAATGAGTCC	10	58	0
          *** ** *** **
MAP Score: 16.6704

Motif 3
    TTTTACTCCTTGTTAGTTGTTTTATTGATGAAT	1	51	0
    TTTTACTCCTTGTTAGTTGTTTTATTGATGGTT	2	53	0
AAAAGTGCGGTCAATTTTTGGCAAATTTTTCCTGCGA	3	18	1
TCCCAAATCGTTTATTTTATTTGCATTTCTCAGCCCT	3	150	1
TAGTAACGGCAAATTTTAGGGGGATTT          	4	0	0
TGATATTAAGTGATTTTTCATTGATTTAGTGATAACG	4	41	1
        TATCGTTTTACCTTAAATTTTTCCTATAA	5	61	0
CATAAAACAGTGGTTTTTATAGGTTTTCAGAAAAACT	6	86	1
TCAGATCAAGTGATTTTTCTACCCATTCATTTATGGT	6	144	1
   AATGGCGTTGTTTTTTCTAGGTTAAATCATCAAA	7	7	1
TCAAATAACCTATTTTTTAGTAGAATAACACCCTTTT	8	13	1
TAGAATAACACCCTTTTATGGAGAATTATCT      	8	33	1
CAAAGTGCGGTCAATTTTTTCAGAATTTTAAGGAAAG	9	44	1
TATTTAGGACTCATTTTTAAGGCGATTTTATTGTTCA	10	52	1
ACCAACACTATATTTTTATGGAAAATTTCCTTCATTA	10	97	1
CCTTTTCTAAAAATTTTTAGCAGTATATCAAATTT  	11	8	0
          *  *****    * ***
MAP Score: 13.7043

Motif 4
AAAAGTGCGGTCAATTTTTGGCAAATTTTTCCTGCGAAA	3	18	1
CAAAGTGCGGTCAATTTTTTCAGAATTTTAAGGAAAGTA	9	44	1
    AATTTTTTCCTTTTCTAAAAATTTTTAGCAGTATA	11	18	0
        TATCGTTTTACCTTAAATTTTTCCTATAAAA	5	59	0
         TTCAATTTAACTTTAATATTGACCGTACTT	9	1	1
ACCAACACTATATTTTTATGGAAAATTTCCTTCATTAAG	10	97	1
GTGGTTTTTATAGGTTTTCAGAAAAACTTTGCGATACAG	6	95	1
TTTACCCTATTTTATTTAGGACTCATTTTTAAGGCGATT	10	40	1
TCCCAAATCGTTTATTTTATTTGCATTTCTCAGCCCTGA	3	150	1
TGATTTTTCATTGATTTAGTGATAACGTTAATGCCAATT	4	51	1
ATAAAAGCACTGATTTATGAAACAATCTTGAGCTATTTT	5	23	1
TCAAATAACCTATTTTTTAGTAGAATAACACCCTTTTAT	8	13	1
CCCTGATTCTGGTATTTAATTGAAATCTCAAATTAGGAA	3	183	1
TTTCTACCCATTCATTTATGGTTAAAGTGCGGTGGAAAA	6	159	1
          *   ****     *** **
MAP Score: 13.017

Motif 5
AGTGCGGTCAATTTTTGGCAAATTTTTCCTGC	3	21	1
AAAAGCACTGATTTATGAAACAATCTTGAGCT	5	25	1
CTTGAGCTATTTTTATAGGAAAAATTTAAGGT	5	49	1
TATAGGAAAAATTTAAGGTAAAACGATA    	5	62	1
TTCCACCAGCTTTTAAAGAACAGAAAAATTCC	6	12	1
CTACCCATTCATTTATGGTTAAAGTGCGGTGG	6	162	1
AATAACCTATTTTTTAGTAGAATAACACCCTT	8	16	1
AATAACACCCTTTTATGGAGAATTATCT    	8	36	1
TTTTTCAGAATTTTAAGGAAAGTAAA      	9	59	1
TAGGACTCATTTTTAAGGCGATTTTATTGTTC	10	56	1
AACACTATATTTTTATGGAAAATTTCCTTCAT	10	100	1
ACTGCTAAAAATTTTTAGAAAAGGAAAAAATT	11	21	1
          ********  **
MAP Score: 9.43476

Motif 6
AATTTGCCAAAAATTGACCGCACTTTTAAACG	3	13	0
TTCGCAGGAAAAATTTGCCAAAAATTGACCGC	3	24	0
TTTTCCTGCGAAATTGTCCTGATTTTCACTTT	3	44	1
AATCCCCCTAAAATTTGCCGTTACTATACCTG	4	11	1
CAAGTTCTTAAAATTGGCATTAACGTTATCAC	4	69	0
GTTTTACCTTAAATTTTTCCTATAAAAATAGC	5	54	0
 AAAACGCTCCAATTTTCCACCGCACTTTAAC	6	179	0
       AGATAATTCTCCATAAAAGGGTGTT	8	39	0
AATTCTGAAAAAATTGACCGCACTTTGGCGTA	9	39	0
TTAATGAAGGAAATTTTCCATAAAAATATAGT	10	103	0
CCTTTTCTAAAAATTTTTAGCAGTATATCAAA	11	13	0
          *********  *
MAP Score: 8.3579

Motif 7
AATAAAACAACTAACAAGGAGTAAAA         	1	58	1
CTTCTTGACCTTAACCTTATGTAAAGGTTTATAGT	2	16	1
GGTTTATAGTTTAACCATCAATAAAACAACTAACA	2	41	1
AATAAAACAACTAACAAGGAGTAAAA         	2	60	1
AATGCCAATTTTAAGAACTTGGAAAGGATT     	4	80	1
CCACCAGCTTTTAAAGAACAGAAAAATTCCGTGCC	6	14	1
ATTTGCCAAAATAACTAGTTGAAAATCATAAAACA	6	60	1
CCACCGCACTTTAACCATAAATGAATGGGTAGAAA	6	159	0
TTTTGATGATTTAACCTAGAAAAAACAACGCCATT	7	10	0
TAAAAGGGTGTTATTCTACTAAAAAATAGGTTATT	8	16	0
TTTACTTTCCTTAAAATTCTGAAAAAATTGACCGC	9	50	0
TTGGTGCGGGTTATGAACAATAAAATCGCCTTAAA	10	67	0
CACCAACACTATATTTTTATGGAAAATTTCCTTCA	10	96	1
TGCTAAAAATTTTTAGAAAAGGAAAAAATT     	11	23	1
          ****  *  ** ***
MAP Score: 7.22203

Motif 8
TTGTTAGTTGTTTTATTGATGAATGCGATTGG	1	43	0
TTGTTAGTTGTTTTATTGATGGTTAAACTATA	2	45	0
TTTGGCAAATTTTTCCTGCGAAATTGTCCTGA	3	34	1
TCCTGCGAAATTGTCCTGATTTTCACTTTTAA	3	47	1
AATCGTTTATTTTATTTGCATTTCTCAGCCCT	3	155	1
GATTCTGGTATTTAATTGAAATCTCAAATTAG	3	187	1
CTTGAGCTATTTTTATAGGAAAAATTTAAGGT	5	49	1
TGGCACGGAATTTTTCTGTTCTTTAAAAGCTG	6	18	0
AAACAGTGGTTTTTATAGGTTTTCAGAAAAAC	6	90	1
TATCGCAAAGTTTTTCTGAAAACCTATAAAAA	6	99	0
TGGCGTTGTTTTTTCTAGGTTAAATCATCAAA	7	12	1
AAATAACCTATTTTTTAGTAGAATAACACCCT	8	15	1
TGCGGTCAATTTTTTCAGAATTTTAAGGAAAG	9	49	1
TTACCCTATTTTATTTAGGACTCATTTTTAAG	10	41	1
TTTAAGGCGATTTTATTGTTCATAACCCGCAC	10	67	1
AACACTATATTTTTATGGAAAATTTCCTTCAT	10	100	1
          ******** * *
MAP Score: 3.08641

Motif 9
          AAAAATTTCAATTCAGATTG	1	0	1
CAATTTTTGGCAAATTTTTCCTGCGAAATT	3	29	1
CGAAATTGTCCTGATTTTCACTTTTAAAGT	3	52	1
AGCAGATTTGGTGAAATTCCAAAGCCGACA	3	83	1
AATCAGGGCTGAGAAATGCAAATAAAATAA	3	161	0
TATAGTAACGGCAAATTTTAGGGGGATTT 	4	9	0
CTGATATTAAGTGATTTTTCATTGATTTAG	4	40	1
ATTTTTATAGGAAAAATTTAAGGTAAAACG	5	57	1
TTAAAGAACAGAAAAATTCCGTGCCATTAT	6	24	1
CCATTATAGCGAGATTTGCCAAAATAACTA	6	47	1
CCACTGTTTTATGATTTTCAACTAGTTATT	6	69	0
ATCAGATCAAGTGATTTTTCTACCCATTCA	6	143	1
  AAAACGCTCCAATTTTCCACCGCACTTT	6	182	0
CTTAATGAAGGAAATTTTCCATAAAAATAT	10	106	0
         ATAAAATTGCCGATAGTTTAC	10	136	0
TATACTGCTAAAAATTTTTAGAAAAGGAAA	11	18	1
          **********
MAP Score: 1.43147

Motif 10
TCGCCCCTTGATAACAAAAATAACGCGCGCATTC	0	12	1
GCCAATCGCATTCATCAATAAAACAACTAACAAG	1	42	1
TAGTTTAACCATCAATAAAACAACTAACAAGGAG	2	47	1
ATCTGCTGACTTTAAAAGTGAAAATCAGGACAAT	3	56	0
AAATAAACGATTTGGGAACCCAACTCGTTTTATT	3	133	0
ACGTTATCACTAAATCAATGAAAAATCACTTAAT	4	45	0
AAAGCACTGATTTATGAAACAATCTTGAGCTATT	5	26	1
CCACCAGCTTTTAAAGAACAGAAAAATTCCGTGC	6	14	1
TATAGCGAGATTTGCCAAAATAACTAGTTGAAAA	6	51	1
ATGATTTAACCTAGAAAAAACAACGCCATT    	7	6	0
TAACCTATTTTTTAGTAGAATAACACCCTTTTAT	8	18	1
TTTCAGAATTTTAAGGAAAGTAAA          	9	61	1
GAAAATTTCCTTCATTAAGGTAAACTATCGGCAA	10	117	1
TCTAAAAATTTTTAGCAGTATATCAAATTT    	11	6	0
GCTAAAAATTTTTAGAAAAGGAAAAAATT     	11	24	1
          ****  ** * ***
MAP Score: 0.982322