AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237989
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0372	39	ferredoxin (fdx-1)
#1	HI0374	50	H. influenzae predicted coding region HI0374
#2	HI0376	56	conserved hypothetical protein
#3	HI0377	59	iscU protein (iscU)
#4	HI0378	60	nifS protein (nifS)
#5	HI0379	52	conserved hypothetical protein
#6	HI0380	300	conserved hypothetical protein
#7	HI1296	114	nuclease, putative
#8	HI1723	135	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATATTAAATAATTTTGAGGAAAGTATT   	0	22	1
AGTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTTTAGC	2	21	1
TTTTGACCGCATTTTTAGCGGTGTTGGGGG	2	32	1
AAGTGCGGTTATATTTAGCATAATTTAGGA	4	40	1
TGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTTT   	5	35	1
AGAAATTTAAAATATTAGGGATGAATAATA	6	204	0
ATTCTTGACTATTTTTAGCGGTTATTGTGG	6	247	1
ACCCGACTAAAATTTAAGGGTATTCTACCA	6	274	0
AACTTGAGCCATTTTTTCGGTAAAATAACC	7	69	1
TTATAGCACGATTTCTAGGAAAAAACTGGA	8	44	1
GCGGGATTGAAATTTTAGGAAAGTAGGAAA	8	110	1
          **********
MAP Score: 13.538

Motif 2
GATATTAAATAATTTTGAGGAAAGTATT  	0	21	1
  TCATGTGAAAAAGTGCGGTCAATTTTGA	2	8	1
CAACACCGCTAAAAATGCGGTCAAAATTGA	2	28	0
TTTTTAATAAAAAAGTGCGGTTATATTTAG	4	28	1
TATATTTAGCATAATTTAGGA         	4	49	1
TTGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTTT  	5	34	1
ATGAATAATAAAAATGGTGGGTTGTGAGAG	6	184	0
AAGAAATTTAAAATATTAGGGATGAATAAT	6	205	0
TACCCGACTAAAATTTAAGGGTATTCTACC	6	275	0
AACTTGAGCCATTTTTTCGGTAAAATAACC	7	69	1
GTTTTTTCAAAAAAGTGAGATAAAA     	8	5	0
GGGTTATTAGATAATGGCGGGATTGAAATT	8	94	1
GGCGGGATTGAAATTTTAGGAAAGTAGGAA	8	109	1
          **********
MAP Score: 11.9564

Motif 3
    AACTGCAGTCAGATATTAAATAATTTTGA	0	6	1
CATGTGAAAAAGTGCGGTCAATTTTGACCGCAT	2	11	1
TTAATAAAAAAGTGCGGTTATATTTAGCATAAT	4	31	1
   CTAAATTAGTCAGATATGTAAGTATTGCGC	5	7	1
CATTTAATACAGTGGGGTCGTTAGCTCAGTCGG	6	11	1
TTAGTTGTCCAGTTGGGTTGTTAGCTCAGTTGG	6	110	1
TTTAGCGGTTATTGTGGTAGAATACCCTTAAAT	6	260	1
CTTAAATTTTAGTCGGGTATCATT         	6	286	1
TTTTGATCTAAGTCTGGTTATTTTACCGAAAAA	7	81	0
          **** *** * **
MAP Score: 6.47521

Motif 4
GCGGTCAAAATTGACCGCACTTTTTCACATGA     	2	5	0
GTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTTTAGCGGTGTTGG	2	22	1
    AAAAGATAAGCAGTATATTTTTTAATAAAAAAG	4	6	1
TATGCTAAATATAACCGCACTTTTTTATTAAAAAATA	4	25	0
ATGTAAGTATTGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTTT	5	25	1
GACTGAGCTAACGACCCCACTGTATTAAATGG     	6	5	0
CTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGT	6	35	1
CTAGTCTCTCACAACCCACCATTTTTATTATTCATCC	6	179	1
TTTTTATTATTCATCCCTAATATTTTAAATTTCTTTA	6	200	1
ATTAGCTTAAATTCTTGACTATTTTTAGCGGTTATTG	6	237	1
ATTGTGGTAGAATACCCTTAAATTTTAGTCGGGTATC	6	270	1
TTTTCATAATATTTCAAAATTATTTTACGCTTTTTTT	7	28	1
ATCGTGCTATAATCTCGTAAAGTTTTTTCAAAAAAGT	8	19	0
ACTCCATTCAAGTGCAATCCAGTTTTTTCCTAGAAAT	8	54	0
ACTATTTCCTACTTTCCTAAAATTTCAATCCCGCCAT	8	107	0
          *   ***   * *****
MAP Score: 5.77567

Motif 5
CTCAAAATTATTTAATATCTGACTGCAGTT 	0	9	0
AGTCCGCTGCTCTACCGACTGAGCTAACGAC	6	27	0
GCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATC	6	34	1
ATTCGAACCTTCGACCAACGGATTAAAAGTC	6	54	0
AGTCCGCTACTCTACCAACTGAGCTAACAAC	6	126	0
GCTCAGTTGGTAGAGTAGCGGACTCTTAATC	6	133	1
ACTAGAACTCTCGACTGACGGATTAAGAGTC	6	153	0
          * *********
MAP Score: 2.21396

Motif 6
ATACTTTCCTCAAAATTATTTAATATCTGA	0	18	0
ATTTTGACCGCATTTTTAGCGGTGTTGGGG	2	31	1
TATAACCGCACTTTTTTATTAAAAAATATA	4	23	0
AAAGTGCGGTTATATTTAGCATAATTTAGG	4	39	1
          CTAAATTAGTCAGATATGTA	5	0	1
CCACCACTCTCTGATTTAGTTGTCCAGTTG	6	95	1
CACAACCCACCATTTTTATTATTCATCCCT	6	188	1
TTTAAATTTCTTTAATTAGCTTAAATTCTT	6	223	1
AATTCTTGACTATTTTTAGCGGTTATTGTG	6	246	1
GAATACCCTTAAATTTTAGTCGGGTATCAT	6	279	1
CATAATATTTCAAAATTATTTTACGCTTTT	7	32	1
          **********
MAP Score: 0.652582