AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238001
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0372	39	ferredoxin (fdx-1)
#1	HI0374	50	H. influenzae predicted coding region HI0374
#2	HI0376	56	conserved hypothetical protein
#3	HI0377	59	iscU protein (iscU)
#4	HI0378	60	nifS protein (nifS)
#5	HI0379	52	conserved hypothetical protein
#6	HI0380	300	conserved hypothetical protein
#7	HI1296	114	nuclease, putative
#8	HI1723	135	conserved hypothetical protein

Motif 1
GTCAAAATTGACCGCACTTTTTCACATGA   	2	7	0
GTCAATTTTGACCGCATTTTTAGCGGTGTTGG	2	27	1
GCTAAATATAACCGCACTTTTTTATTAAAAAA	4	27	0
ATACTTACATATCTGACTAATTTAG       	5	3	0
TGAGCTAACGACCCCACTGTATTAAATGG   	6	7	0
TCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGGT	6	40	1
TTGGTAGAGTAGCGGACTCTTAATCCGTCAGT	6	139	1
AGTCTCTCACAACCCACCATTTTTATTATTCA	6	181	1
    AATGATACCCGACTAAAATTTAAGGGTA	6	282	0
      TTTTATCTCACTTTTTTGAAAAAACT	8	4	1
TAAAATTTCAATCCCGCCATTATCTAATAACC	8	95	0
          * ****** ***
MAP Score: 14.2469

Motif 2
ATATTAAATAATTTTGAGGAAAGTATT   	0	22	1
AGTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTTTAGC	2	21	1
TTTTGACCGCATTTTTAGCGGTGTTGGGGG	2	32	1
AAGTGCGGTTATATTTAGCATAATTTAGGA	4	40	1
TGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTTT   	5	35	1
AGAAATTTAAAATATTAGGGATGAATAATA	6	204	0
ATTCTTGACTATTTTTAGCGGTTATTGTGG	6	247	1
ACCCGACTAAAATTTAAGGGTATTCTACCA	6	274	0
AACTTGAGCCATTTTTTCGGTAAAATAACC	7	69	1
TTATAGCACGATTTCTAGGAAAAAACTGGA	8	44	1
GCGGGATTGAAATTTTAGGAAAGTAGGAAA	8	110	1
          **********
MAP Score: 13.538

Motif 3
CATCTCGTAGGGGCAAATTACATTTGCCCCCACAT	1	10	0
ATGTGAAAAAGTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTT	2	12	1
   AAAAGATAAGCAGTATATTTTTTAATAAAAAA	4	7	1
TGTAAGTATTGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTT	5	26	1
TCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGG	6	36	1
TCAGTTGGTAGAGTAGCGGACTCTTAATCCGTCAG	6	135	1
GCAAAAAAAAGCGTAAAATAATTTTGAAATATTAT	7	33	0
CTCCATTCAAGTGCAATCCAGTTTTTTCCTAGAAA	8	55	0
TTAGATAATGGCGGGATTGAAATTTTAGGAAAGTA	8	100	1
          * ****   * ****
MAP Score: 8.85217

Motif 4
ATATTAAATAATTTTGAGGAAAGTATT        	0	22	1
TAAGCAGTATATTTTTTAATAAAAAAGTGCGGTTA	4	16	1
CAGATATGTAAGTATTGCGCAATTAATTTTTAGGG	5	20	1
AGAAATTTAAAATATTAGGGATGAATAATAAAAAT	6	199	0
ATTTTTAGCGGTTATTGTGGTAGAATACCCTTAAA	6	257	1
ATAATTTTGAAATATTATGAAAATAGTTGAAAAGG	7	16	0
AACTTGAGCCATTTTTTCGGTAAAATAACCAGACT	7	69	1
 TTTTATCTCACTTTTTTGAAAAAACTTTACGAGA	8	9	1
ATTATAGCACGATTTCTAGGAAAAAACTGGATTGC	8	43	1
GCGGGATTGAAATTTTAGGAAAGTAGGAAATAGTT	8	110	1
          * ****  * ** **
MAP Score: 5.19308

Motif 5
     AACTGCAGTCAGATATTAAATAATTTTGAGGAAAGT	0	5	1
TGAAAAAGTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTTTAGCGGTGT	2	15	1
AATATAACCGCACTTTTTTATTAAAAAATATACTGCTTATC	4	14	0
TAAAAAAGTGCGGTTATATTTAGCATAATTTAGGA      	4	35	1
AAGTATTGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTTT        	5	29	1
TCTCTCACAACCCACCATTTTTATTATTCATCCCTAATATT	6	183	1
ATTATTCATCCCTAATATTTTAAATTTCTTTAATTAGCTTA	6	205	1
CTTTAATTAGCTTAAATTCTTGACTATTTTTAGCGGTTATT	6	232	1
GGTAGAATACCCTTAAATTTTAGTCGGGTATCATT      	6	275	1
TACAACCTTTTCAACTATTTTCATAATATTTCAAAATTATT	7	11	1
CATAATATTTCAAAATTATTTTACGCTTTTTTTTGCTAACT	7	32	1
    TTTTATCTCACTTTTTTGAAAAAACTTTACGAGATTA	8	6	1
          *  *   **** *     ***
MAP Score: 4.86042

Motif 6
TCATGTGAAAAAGTGCGGTCAATTTTGACCGCATTTT	2	10	1
TATGTAAGTATTGCGCAATTAATTTTTAGGGATTCTT	5	24	1
TTTAATACAGTGGGGTCGTTAGCTCAGTCGGTAGAGC	6	13	1
GCTCAGTCGGTAGAGCAGCGGACTTTTAATCCGTTGG	6	34	1
AGTTGTCCAGTTGGGTTGTTAGCTCAGTTGGTAGAGT	6	112	1
GCTCAGTTGGTAGAGTAGCGGACTCTTAATCCGTCAG	6	133	1
TTTTGCTAACTTGAGCCATTTTTTCGGTAAAATAACC	7	62	1
TTCCTAGAAATCGTGCTATAATCTCGTAAAGTTTTTT	8	28	0
          * * ** **   *** *
MAP Score: 3.55445

Motif 7
   AATACTTTCCTCAAAATTATTTAATATCTGACT	0	16	0
CGGTCAAAATTGACCGCACTTTTTCACATGA     	2	5	0
ATGCTAAATATAACCGCACTTTTTTATTAAAAAATA	4	25	0
TAGTCTCTCACAACCCACCATTTTTATTATTCATCC	6	180	1
TTTTATTATTCATCCCTAATATTTTAAATTTCTTTA	6	201	1
TGTGGTAGAATACCCTTAAATTTTAGTCGGGTATCA	6	272	1
  ATACAACCTTTTCAACTATTTTCATAATATTTCA	7	8	1
TTTCATAATATTTCAAAATTATTTTACGCTTTTTTT	7	29	1
          TTTGCAAAGTTTTTGATCTAAGTCTG	7	98	0
        TTTTATCTCACTTTTTTGAAAAAACTTT	8	2	1
TATTTCCTACTTTCCTAAAATTTCAATCCCGCCATT	8	106	0
          *  **  * ***** *
MAP Score: 3.47211