AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons022_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238086 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0582 300 glucose inhibited division protein (gidA) #1 HI0600 300 recA protein (recA) #2 HI0739 300 DNA polymerase III, alpha subunit (dnaE) #3 HI0807 109 conserved hypothetical protein #4 HI0808 151 ribosome releasing factor (rrf) #5 HI0913 144 ribosomal protein S2 (rpS2) #6 HI0914 132 elongation factor Ts (tsf) #7 HI0920 248 conserved hypothetical protein #8 HI1065 56 uridylate kinase (pyrH) Motif 1 ATTTTCTTTAAAAATCTTGTGTGTAAAATG 0 33 0 AAATCTTGTGAAAATGCGATCATTTTCTTT 0 54 0 ATAGGATCCAAAAATCTTGTGAAAATGCGA 0 65 0 AATTAAAATCCTGTTTGAATGTTC 1 286 0 GCAACCTCCAAAAGTGTTGTCATAGCGTTA 2 49 1 GAAAATCCTTAAAGTGCGGTTAAATTTTGC 2 279 0 GTAATCAACAAAAGTGCGGTAAAGATTCT 3 90 1 TCAGTTACCCAAAGTGCGGTTAATATTTTT 4 21 0 TTGGGTAACTGAAGTGCGGTCATTTTTTAT 4 39 1 AAAATTTAAAAAAATCCAGTAAAATCACGG 4 96 1 TTTATACCATAAAGTGCGGTTAAAAACCAG 5 20 0 TTTTTATCTAAAAGTGCGGTCAAAATAAAC 6 86 1 TCCTCTGTCGAAAATGCGGTTTATTTTGAC 6 104 0 AAATGCTGCAAAAGTGCGGTTAAAATTTAA 7 19 0 TTCTATTGTCAAAATGCTGCAAAAGTGCGG 7 30 0 TTGACAATAGAAAATGTGGCATAGAATACC 7 48 1 AGAGAAATAAAAAGTGCGGTGGTTTTTTAG 7 102 1 ********** MAP Score: 49.1758 Motif 2 TGCGGTTTATTTTGACCGCACTTTTAGATAAAAATATA 6 82 0 CACCTTAAATTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTTTGAC 7 15 1 ATGATCGCATTTTCACAAGATTTTTGGATCCTATAACA 0 61 1 GGGCTAAAATTTAGCCCCTATATTTTTATCTAAAAGTG 6 64 1 ACTTTCCATTTTACACACAAGATTTTTAAAGAAAATGA 0 27 1 TTTAGTTGTTTTTTACAATAAATTTTCAATTTTTGCAG 7 127 1 TATGATATAGTTTACCACCAAATTTATAGAGGTCTCTC 7 207 1 TAAAGCGGTATTATAGCGAATTTTTCAAACAAATGCTT 2 232 0 TACCGCACTTTTGTTGATTACATTTTCATTGGTACGTC 3 73 0 ACTGAAATATATACCCCATATTTTTTTATTAATATAAA 1 201 1 AGGATAACGCTATGACAACACTTTTGGAGGTTGCACAA 2 45 0 AACGCCGTGATTTTACTGGATTTTTTTAAATTTTTGAA 4 92 0 TGATTTCATTTATATCATGAAATTTTTACTACACCTAA 1 41 1 AAACCGCATTTTCGACAGAGGATTTTAAAA 6 112 1 CCATTCTTTTTTTGTCAGGTGTTTTAAATTTCTGTAGA 0 233 1 TGCGGTTAAATTTTGCCGTAAATATTAAAGCGGTATTA 2 257 0 GTTTTTGCCTTTCAAAAGCAGTTTTTTAATTACTAACA 5 60 1 TTTCTGTAGAATAACGCCAATTTTTTGATCAGAATAAA 0 261 1 AATCGTTTAGATAAAAATAAATTTTAAATTTACGATCT 1 103 0 AATACAGATATAATCACAAAAATTTGAACATTCAAACA 1 261 1 TATTTTATAGAATAAGCCAATTTTTTAAGCCAGAAGGA 8 21 1 TATACTATATTTAAAACTTTTATTTTAAGCCTTCCCCA 1 155 1 ** ** * **** * MAP Score: 23.8298 Motif 3 TTTCACAAGATTTTTGGATCCTATAACACC 0 71 1 TATTAAGATCTTTTTTGGTTGTGAGTAACC 0 123 0 AAGATCTTATTATTGTTATTATTAAGATCT 0 142 0 AGATCCATTCTTTTTTTGTCAGGTGTTTTA 0 229 1 ATAACGCCAATTTTTTGATCAGAATAAATA 0 271 1 ATTTAAAATTTATTTTTATCTAAACGATTG 1 112 1 TTAAAACTTTTATTTTAAGCCTTCCCCATC 1 165 1 ATACCCCATATTTTTTTATTAATATAAATA 1 211 1 ATGTTCAAATTTTTGTGATTATATCTGTAT 1 262 0 TCTAACGACGATTTTTTATTTATTTCAACG 2 87 0 TAATTATCAATTTTTTGATCTACTTAACAT 2 147 1 TCTACTTAACATTTTTTATTCACGCAATCG 2 165 1 TTGGGAACACTATTTGTAGCATAAGCATTT 2 210 1 TTGTCTGCCTTTATTTTATTAGGTATGCAA 3 38 1 GTGCGGTTAATATTTTTAGTATTTTTAA 4 8 0 AAGTGCGGTCATTTTTTATCTGTTTTCAAG 4 50 1 TCAAAAGCAGTTTTTTAATTACTAACAACA 5 71 1 TTAGCCCCTATATTTTTATCTAAAAGTGCG 6 74 1 AGTGCGGTGGTTTTTTAGTTGTTTTTTACA 7 114 1 TATTTTTATTATTGAGAGAC 7 238 0 AATAAGCCAATTTTTTAAGCCAGAAGGAAA 8 31 1 ********** MAP Score: 19.1644 Motif 4 TTGGCGTTATTCTACAGAAATTTAAAACACCTGACA 0 245 0 ATTTCATTTATATCATGAAATTTTTACTACACCTAA 1 43 1 AAATTTTTACTACACCTAAATATAAATGTCAGATTT 1 60 1 ATCGTTTAGATAAAAATAAATTTTAAATTTACGATC 1 104 0 GGGGAAGGCTTAAAATAAAAGTTTTAAATATAGTAT 1 156 0 CCCCATCCTCTTTACTGAAATATATACCCCATATTT 1 188 1 GATGTACAGGTCAAGAAAAATATTTATATTAATAAA 1 225 0 ATACAGATATAATCACAAAAATTTGAACATTCAAAC 1 262 1 AAATGTTAAGTAGATCAAAAAATTGATAATTAGCCG 2 143 0 AAAGCGGTATTATAGCGAATTTTTCAAACAAATGCT 2 233 0 CGGTTAAATTTTGCCGTAAATATTAAAGCGGTATTA 2 257 0 TTAAAAATACTAAAAATATTAACCGCACTTTG 4 6 1 AGCTGATAAATGTATTCAAAAATTTAAAAAAATCCA 4 78 1 TGACCGCACTTTTAGATAAAAATATAGGGGCTAAAT 6 72 0 AAAATCACCTTAAATTTTAACCGCACTTTT 7 4 1 TAGTTGTTTTTTACAATAAATTTTCAATTTTTGCAG 7 129 1 TGATATAGTTTACCACCAAATTTATAGAGGTCTCTC 7 209 1 * * ******* * MAP Score: 18.0408 Motif 5 AAGTGCGGTCAAAATAAACCGCATTTTCGACAGAGGA 6 97 1 GTTATTTTATAGAATAAGCCAATTTTTTAAGCCAGAA 8 19 1 CTTTACTGAAATATATACCCCATATTTTTTTATTAAT 1 197 1 ATTTACGGCAAAATTTAACCGCACTTTAAGGATTTTC 2 272 1 AAATACTAAAAATATTAACCGCACTTTGGGTAACTGA 4 14 1 AATCACCTTAAATTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTT 7 12 1 AAAAATTTGAACATTCAAACAGGATTTTAATT 1 278 1 TGGTTTATATATTAATATACTATATTTAAAACTTTTA 1 140 1 GTTGTTAGTAATTAAAAAACTGCTTTTGAAAGGCAAA 5 63 0 TTCAAAGGATCAATAGATCCATTCTTTTTTTGTCAGG 0 215 1 ACAAAATAAACTGGTTTTTAACCGCACT 5 1 1 GTATATTAATATATAAACCAATCGTTTAGATAAAAAT 1 123 0 AAAACAACTAAAAAACCACCGCACTTTTTATTTCTCT 7 102 0 CTTAATAATAACAATAATAAGATCTTTATATATAAAA 0 146 1 GCCAGATCGTAAATTTAAAATTTATTTTTATCTAAAC 1 100 1 ATATTTTTTTATTAATATAAATATTTTTCTTGACCTG 1 218 1 ATGAAAACGGCTAATTATCAATTTTTTGATCTACTTA 2 136 1 AGGGGCTAAAATTTAGCCCCTATATTTTTATCTAAAA 6 62 1 AAATGATCGCATTTTCACAAGATTTTTGGATCCTATA 0 59 1 CTTATGATATAGTTTACCACCAAATTTATAGAGGTCT 7 205 1 ATGGGGAAGGCTTAAAATAAAAGTTTTAAATATAGTA 1 157 0 CACTATTTGTAGCATAAGCATTTGTTTGAAAAATTCG 2 217 1 * *** * ** *** MAP Score: 17.999 Motif 6 TTGTGAAAATGCGATCATTTTCTTTAAAAA 0 49 0 CGGTATTATAGCGAATTTTTCAAACAAATG 2 235 0 AAATATTAAAGCGGTATTATAGCGAATTTT 2 246 0 TCCTTAAAGTGCGGTTAAATTTTGCCGTAA 2 274 0 TACCCAAAGTGCGGTTAATATTTTTAGTAT 4 16 0 TAACTGAAGTGCGGTCATTTTTTATCTGTT 4 44 1 ACCATAAAGTGCGGTTAAAAACCAGTTTAT 5 15 0 AAACAGCGGGGCGATTTATACCATAAAGTG 5 34 0 CCTTTCAAAAGCAGTTTTTTAATTACTAAC 5 67 1 TAATAATCAAGCGATTAATTGGCATAGGGG 6 37 1 ATCTAAAAGTGCGGTCAAAATAAACCGCAT 6 91 1 CTGCAAAAGTGCGGTTAAAATTTAAGGTGA 7 14 0 AAAAAGTGCGGTGGTTTTTTAGTTGTTTTT 7 110 1 TGGTTTTTTAGTTGTTTTTTACAATAAATT 7 121 1 TCTTGAGCGGTTATTTTATAGAATAA 8 6 1 ********** MAP Score: 12.5853 Motif 7 ACTTTCCATTTTACACACAAGATTTTTAAAGAAAATGA 0 27 1 ATTTTTAAAGAAAATGATCGCATTTTCACAAGATTTTT 0 48 1 AAATTGGCGTTATTCTACAGAAATTTAAAACACCTGAC 0 246 0 TTTCTGTAGAATAACGCCAATTTTTTGATCAGAATAAA 0 261 1 CACCTAAATATAAATGTCAGATTTGTGAGCCAGATCGT 1 72 1 GTTTATATATTAATATACTATATTTAAAACTTTTATTT 1 142 1 CAATACAGATATAATCACAAAAATTTGAACATTCAAAC 1 260 1 AAATTTGAACATTCAAACAGGATTTTAATT 1 280 1 TGAAAACGGCTAATTATCAATTTTTTGATCTACTTAAC 2 137 1 TTAAAGCGGTATTATAGCGAATTTTTCAAACAAATGCT 2 233 0 TTTACGGCAAAATTTAACCGCACTTTAAGGATTTTCA 2 273 1 AAGCTGATAAATGTATTCAAAAATTTAAAAAAATCCAG 4 77 1 ACAAAATAAACTGGTTTTTAACCGCACTTTA 5 3 1 TTTTTGCCTTTCAAAAGCAGTTTTTTAATTACTAACAA 5 61 1 GGGCTAAAATTTAGCCCCTATATTTTTATCTAAAAGTG 6 64 1 AATGCGGTTTATTTTGACCGCACTTTTAGATAAAAATA 6 84 0 AGTGCGGTCAAAATAAACCGCATTTTCGACAGAGGATT 6 98 1 AAAATCACCTTAAATTTTAACCGCACTTTT 7 2 1 TTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTTTGACAATAGAAAA 7 24 1 TCTTGAGCGGTTATTTTATAGAATAAGC 8 0 1 TTATTTTATAGAATAAGCCAATTTTTTAAGCCAGAAGG 8 20 1 * * * * ***** * MAP Score: 9.78453 Motif 8 AATGGAAAGTTATTAACAACTTTATTT 0 1 0 CTTTCCATTTTACACACAAGATTTTTAAAGAAAATG 0 28 1 AATGATCGCATTTTCACAAGATTTTTGGATCCTATA 0 60 1 TTATTGTTATTATTAAGATCTTTTTTGGTTGTGAGT 0 127 0 TTTTTATATATAAAGATCTTATTATTGTTATTATTA 0 148 0 TATTTACTAATACAAACCTGATCTTTCAAAGGATCA 0 191 1 TCAAAGGATCAATAGATCCATTCTTTTTTTGTCAGG 0 216 1 ATTTCTGTAGAATAACGCCAATTTTTTGATCAGAAT 0 260 1 ATCTATCTCTATTTATTCTGATCAAAA 0 283 0 AGCCAGATCGTAAATTTAAAATTTATTTTTATCTAA 1 99 1 ATTAATATACTATATTTAAAACTTTTATTTTAAGCC 1 150 1 TTTACTGAAATATATACCCCATATTTTTTTATTAAT 1 198 1 ATTTTTTTATTAATATAAATATTTTTCTTGACCTGT 1 220 1 AATCCTGTTTGAATGTTCAAATTTTTGTGATTATAT 1 268 0 TTTCCGCTAGTCTAACGACGATTTTTTATTTATTTC 2 91 0 TGAAAACGGCTAATTATCAATTTTTTGATCTACTTA 2 137 1 AATTTTTTGATCTACTTAACATTTTTTATTCACGCA 2 155 1 GTGCGGTTAATATTTTTAGTATTTTTAA 4 2 0 AAAGTGCGGTTAAAAACCAGTTTATTTTGT 5 4 0 TTTTTGCCTTTCAAAAGCAGTTTTTTAATTACTAAC 5 61 1 GGCTAAAATTTAGCCCCTATATTTTTATCTAAAAGT 6 65 1 TTTTTTACAATAAATTTTCAATTTTTGCAGAACAGA 7 135 1 TTATTTTATAGAATAAGCCAATTTTTTAAGCCAGAA 8 20 1 ** * * ****** MAP Score: 3.71451 Motif 9 ATAACTTTCCATTTTACACACAAGATTTTTAAAGAA 0 24 1 TCTTTACTGAAATATATACCCCATATTTTTTTATTA 1 196 1 CTAATTATCAATTTTTTGATCTACTTAACATTTTTT 2 146 1 TACTTAACATTTTTTATTCACGCAATCGGTTATCCG 2 167 1 TATTATAGCGAATTTTTCAAACAAATGCTTATGCTA 2 226 0 TTTACGGCAAAATTTAACCGCACTTTAAGGATTTTC 2 273 1 AATACTAAAAATATTAACCGCACTTTGGGTAACTGA 4 15 1 AATAAACTGGTTTTTAACCGCACTTTATGGTATAAA 5 14 1 GCTAATCGACCGTTTGGCACCCCGATTAAGCCTTGT 5 112 0 TAGGGGCTAAAATTTAGCCCCTATATTTTTATCTAA 6 61 1 AATGCGGTTTATTTTGACCGCACTTTTAGATAAAAA 6 86 0 ATCACCTTAAATTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTT 7 13 1 CTTATGATATAGTTTACCACCAAATTTATAGAGGTC 7 205 1 * *** ** * * ** MAP Score: 3.59879