AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons022_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238113 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0582 300 glucose inhibited division protein (gidA) #1 HI0600 300 recA protein (recA) #2 HI0739 300 DNA polymerase III, alpha subunit (dnaE) #3 HI0807 109 conserved hypothetical protein #4 HI0808 151 ribosome releasing factor (rrf) #5 HI0809 172 phosphoenolpyruvate carboxykinase (pckA) #6 HI0810 144 conserved hypothetical protein #7 HI0811 134 argininosuccinate lyase (argH) #8 HI0812 21 glucosephosphate uridylyltransferase (galU) #9 HI0813 77 carbon storage regulator (csrA) #10 HI0814 187 alanyl-tRNA synthetase (alaS) #11 HI0815 101 universal stress protein A (uspA) #12 HI0817 170 conserved hypothetical protein #13 HI0819 37 galactokinase (galK) #14 HI0820 207 galactose-1-phosphate uridylyltransferase (galT) #15 HI0908 79 H. influenzae predicted coding region HI0908 #16 HI0909 124 preprotein translocase SecA subunit (secA) #17 HI0910 64 mutator mutT protein (mutT) #18 HI0911 108 glutathione-regulated potassium efflux system protein (kefC) #19 HI0912 100 H. influenzae predicted coding region HI0912 #20 HI0913 144 ribosomal protein S2 (rpS2) #21 HI0914 132 elongation factor Ts (tsf) #22 HI0920 248 conserved hypothetical protein #23 HI1065 56 uridylate kinase (pyrH) Motif 1 AAAGAAAATGATCGCATTTTCACAAGATTT 0 54 1 GCAAAATTTAACCGCACTTTAAGGATTTTC 2 279 1 AGAATCTTTACCGCACTTTTGTTGATTAC 3 90 0 AAAAATATTAACCGCACTTTGGGTAACTGA 4 21 1 ATAAAAAATGACCGCACTTCAGTTACCCAA 4 39 0 GGTGGTTTTTTCCGCACTTTTTGTCTTGAT 6 95 0 GGAAAAAACCACCGCACTTTTTATCTCAAT 6 112 1 TTAAATTTTAACCGCACTTCTCAAATAGCG 10 47 1 CCAAAATAAAACCGCACTTCACGACGCTAT 10 71 0 GTGAAAAATCACCGCACTTTGATTGTTCA 17 9 0 GTGATTTTTCACCGCACCTTTTTCATACCT 17 27 1 CTGGTTTTTAACCGCACTTTATGGTATAAA 20 20 1 GTTTATTTTGACCGCACTTTTAGATAAAAA 21 86 0 GTCAAAATAAACCGCATTTTCGACAGAGGA 21 104 1 TTAAATTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTT 22 19 1 CTAAAAAACCACCGCACTTTTTATTTCTCT 22 102 0 ********** MAP Score: 72.471 Motif 2 ATTTTACTGGATTTTTTTAAATTTTTGAATACATT 4 86 0 TCTCCCTATTAATTTTTGCCATTTTACGGTATTCT 22 70 0 TTTTTACAATAAATTTTCAATTTTTGCAGAACAGA 22 136 1 AAATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTCATACT 14 92 0 TCTAACGACGATTTTTTATTTATTTCAACGAATAA 2 82 0 ACAAAATGAAAGATTTTGTCCATTTTTGTTTTATT 7 34 1 CTATTTTTGCATATTTTTGAAATTTATAAAAAGGC 10 115 0 AGTGCGGTTAATATTTTTAGTATTTTTAA 4 4 0 AGTAGATCTCATTTTTAAACATTTTTTTAAGAACT 5 73 0 TTAATATACTATATTTAAAACTTTTATTTTAAGCC 1 151 1 CGAGAAGTTAAAATTTAATATTTTTATAGATAAAA 19 17 0 AGTGCGGTTAAAATTTAAGTTATTTCAGATTATTC 10 30 0 CTTAAAATAAAAATTTACGTGATTTAAATCACTCA 19 68 0 AGGGCGACTTAGTTTTTATTTTTATTATGGGTAAC 10 148 1 TGAATGTTCAAATTTTTGTGATTATATCTGTATTG 1 260 0 AGCCACAGTTAAATTTTAATCTTATATATTAGAGG 5 141 1 AAGTGCGGTTTTATTTTGGAGTTTTGGCAAAAAGC 10 82 1 AAAATTTTGCTTATTTTCTTATTTTGTGACAAAGA 14 111 1 CATGCACAATAATTTTTTAAAATATCGCTATTTCA 16 41 0 ACAAAATCTTTCATTTTGTCCATTTTATTTGTATT 7 18 0 ACTCGCCAAAATATTTGTATTTTTTGCATTATTGG 18 76 1 AGTGCGGTGGTTTTTTAGTTGTTTTTTACAATAAA 22 114 1 AGTGCGGTCATTTTTTATCTGTTTTCAAGCTGATA 4 51 1 GCCAGATCGTAAATTTAAAATTTATTTTTATCTAA 1 100 1 CTTGATCGTTTTATTTAAGTGTTTTTGCTTATAAA 6 66 0 TCAAAATATAAGATTTATAGATTATAACAAGGAAA 14 15 0 TTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTTTGACAATAGA 22 24 1 TTAAGTATTTACTTTTGAGTGATTTAAATCACGTA 19 53 1 AATTTCTCTTTTTAAATATATAAGTTAAATA 16 103 0 ATACCCCATATTTTTTTATTAATATAAATATTTTT 1 211 1 GAACTTTACCTCTTTTTAGTGATATTGTGATATAG 5 43 0 CAATGTCGGGATTTTTGCTCTATATCACAATATCA 5 24 1 AGATTTAGTATGATTTATCACATATAACTTTTTAA 18 38 1 * ***** **** MAP Score: 38.1695 Motif 3 TTTTAGTTGTTTTTTACAATAAATTTTCAATTTTTGC 22 126 1 AATTTTTCCTTTTTGTTTTAATTAATTAT 7 115 0 ATCACCTTAAATTTTAACCGCACTTTTGCAGCATTTT 22 13 1 ATCCATTCTTTTTTTGTCAGGTGTTTTAAATTTCTGT 0 231 1 TTTTTCTGTTTTTTGTGAAGAATATTGCTATTGAAA 16 9 1 AAATGATCGCATTTTCACAAGATTTTTGGATCCTATA 0 59 1 AATGCGGTTTATTTTGACCGCACTTTTAGATAAAAAT 21 85 0 GTAGATCTCATTTTTAAACATTTTTTTAAGAACTTTA 5 70 0 GATTTTGTCCATTTTTGTTTTATTATTAATATAGAAT 7 45 1 GTGCGGTTAAATTTTGCCGTAAATATTAAAGCGGTAT 2 259 0 GAACGCCGTGATTTTACTGGATTTTTTTAAATTTTTG 4 94 0 AAAATCTTTCATTTTGTCCATTTTATTTGTATTAGTG 7 14 0 AAATACAAATATTTTGGCGAGTATATTAAAAAGTTAT 18 61 0 TAAGTCGCCCTATTTTTGCATATTTTTGAAATTTATA 10 122 0 GAAATAGCGATATTTTAAAAAATTATTGTGCATGAAA 16 42 1 TATCCGAGCCAATTTGGGAACACTATTTGTAGCATAA 2 197 1 TAATATACTATATTTAAAACTTTTATTTTAAGCCTTC 1 152 1 CCAGATCGTAAATTTAAAATTTATTTTTATCTAAACG 1 101 1 AGCATTTAACTATTTAACTTATATATTTAAAAAGAGA 16 93 1 TGAAGTGCGGTTTTATTTTGGAGTTTTGGCAAAAAGC 10 80 1 TAGGGGCTAAAATTTAGCCCCTATATTTTTATCTAAA 21 61 1 GTCTTGATCGTTTTATTTAAGTGTTTTTGCTTATAAA 6 66 0 ACCGCTTTCAATTTATCGTAAATTATTTATGATCAAA 14 45 0 CACAGTTAAATTTTAATCTTATATATTAGAGGTGACT 5 144 1 GATTACATTAATTTATACTAAATTATTGTAAATAAAC 14 151 0 ATTAAAGCGGTATTATAGCGAATTTTTCAAACAAATG 2 235 0 TTATTATTGTTATTATTAAGATCTTTTTTGGTTGTGA 0 129 0 AGTGCGGTGGTTTTTTCCGCACTTTTTGTCTTGATCG 6 93 0 ***** * **** MAP Score: 29.0716 Motif 4 TTCGTTGAAATAAATAAAAAATCGTCGTTA 2 85 1 TAAACCTTTGTAAATAAAAAAGCCATCGCT 12 118 0 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1 ATTATTTTAAAAGAGTCAGTAG 1 2 1 GAAATAGCGATATTTTAAAAAATTATTGTG 16 42 1 TAAAAATTTCATGATATAAATGAAATCAGA 1 39 0 TATTCTACAGAAATTTAAAACACCTGACAA 0 244 0 ********** MAP Score: 26.823 Motif 5 TTCTGATCAAAAAATTGGCGTTATTCTACAGAAATTT 0 258 0 AGGTGTAGTAAAAATTTCATGATATAAATGAAATCAG 1 40 0 TCGTAAATTTAAAATTTATTTTTATCTAAACGATTGG 1 106 1 ATTAATAAAAAAATATGGGGTATATATTTCAGTAAAG 1 197 0 ACAGGTCAAGAAAAATATTTATATTAATAAAAAAATA 1 219 0 ATATAATCACAAAAATTTGAACATTCAAACAGGATTT 1 268 1 TTAAAAATACTAAAAATATTAACCGCACT 4 2 1 GATATAGAGCAAAAATCCCGACATTGTGTCGGGATTG 5 13 0 AGTTCTTAAAAAAATGTTTAAAAATGAGATCTACTTA 5 73 1 ATAATAAAACAAAAATGGACAAAATCTTTCATTTTGT 7 34 0 AGTGCGGTTAAAATTTAAGTTATTTCAGATTATTCAA 10 28 0 GAGTTTTGGCAAAAAGCCTTTTTATAAATTTCAAAAA 10 100 1 TAAAAATGTTTAAATTGTGATCTAGTAC 11 1 1 AAAATAAGCAAAATTTTTTATGATTTAGTTCATACTT 14 91 0 GTTTATTATGAAAATTGCGTGTATTGTAACGGAAATC 15 42 0 CAATAATGCAAAAAATACAAATATTTTGGCGAGTATA 18 73 0 CGAGAAGTTAAAATTTAATATTTTTATAGATAAAAAA 19 15 0 CTTAAAATAAAAATTTACGTGATTTAAATCACTCAAA 19 66 0 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TATCATGAAATTTTTACTACACCTAAATATAAATGT 1 53 1 ATATACCCCATATTTTTTTATTAATATAAATATTTT 1 209 1 TAATTATCAATTTTTTGATCTACTTAACATTTTTTA 2 147 1 TTTTTTTAAATTTTTGAATACATTTATCAGCTTGAA 4 74 0 AATGTCGGGATTTTTGCTCTATATCACAATATCACT 5 25 1 TATTTAAGTGTTTTTGCTTATAAATAGGTGGCACTT 6 54 0 TTTTGTCCATTTTTGTTTTATTATTAATATAGAATA 7 47 1 TAATATAGAATATTGCTTTATGAATAAATATGCACA 7 71 1 AATTTTTCCTTTTTGTTTTAATTAATTATTCTATT 7 109 0 AAGAAATTGTTTTTTGAATAATCTGAAATAACTTAA 10 15 1 AGTACACAGTTTTTTATTGCTCAAAATGTTAGCATT 11 33 1 GCCATTATTTATAATAAAAATGTCATTACA 12 4 1 AAGCGATGGCTTTTTTATTTACAAAGGTTTACACTA 12 117 1 AACTTTTTCCTTGTTATAATCTATAAATC 14 3 1 TTATCGTAAATTATTTATGATCAAAATATAAGATTT 14 34 0 CTTATTTTCTTATTTTGTGACAAAGATCACGGTTTA 14 120 1 TCGTCTCGTTGTTTATTATGAAAATTGCGTGTAT 15 55 0 TTTTTCTGTTTTTTGTGAAGAATATTGCTATTGA 16 8 1 AATTTCTCTTTTTAAATATATAAGTTAAATAGTT 16 100 0 AATTATTTTTTATCTATAAAAATATTAAATT 19 5 1 ACGTAAATTTTTATTTTAAGGCAATAA 19 83 1 CGCCCCGCTGTTTTTGCCTTTCAAAAGCAGTTTTTT 20 51 1 CAAAAGCAGTTTTTTAATTACTAACAACACACACAT 20 72 1 GGTTTTTTAGTTGTTTTTTACAATAAATTTTCAATT 22 122 1 TCTTGAGCGGTTATTTTATAGAATAAGCCAATTTTT 23 10 1 ***** ** ** * MAP Score: 0.0585219