AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons023_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238136 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0084 119 thioredoxin (trxM) #1 HI0393 48 conserved hypothetical GTP-binding protein #2 HI0394 166 peptidyl-tRNA hydrolase (pth) #3 HI0460 131 mazG protein (mazG) #4 HI0609 300 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase (folD) #5 HI0877 27 GTP-binding protein (yhbZ) #6 HI0878 80 conserved hypothetical protein #7 HI0880 212 ribosomal protein L21 (rpL21) #8 HI0979 148 nitrogen fixation protein (nifR3) #9 HI1603 207 conserved hypothetical protein #10 HI1604 24 phosphate permease, putative #11 HI1605 65 conserved hypothetical protein #12 HI1607 62 hemM protein (hemM) #13 HI1705 107 aminopeptidase A/I (pepA) Motif 1 ATTCCATTCACAAAATAAGGAAAACAAA 0 101 1 AAACGGTTGTAAAACTAACCGCACTT 1 3 0 CCGTTTTACTCAAAATAAGGGAAAAATT 1 30 1 ATTTATCATTAAAAGTCACCGCACTTTTCCGTT 2 44 0 AATACTATTGATAAAGCTGGGAAAA 3 2 0 AATACGCCTAAAAAGCGACGGCATTTGCACCAT 3 57 1 ACGAACAAGAAAAATGGTGCAAATGCCGTCGCT 3 70 0 AAAAATTTCAAGAAAATACGAAAGAAGTGGTCG 4 25 1 AAACAAACTTATAATTGACCGCACTTATCGGCG 4 124 0 AAACTTCTCCAAAATAAACCGCACT 5 2 0 ATGTGAAATTAAAAAAGACAAAACGCCCCANAA 6 44 0 TTAATTTCACATAAGCGAGCAAACA 6 65 1 AAATTCGGGTAAAATGCACCGCACTTTTAACTG 7 24 0 AATCAATCCGCAAATGAAGGGAATTTTTTTATT 7 70 1 AATAGGTCGCAAATTCTACGGAAAAATCCTACC 7 128 0 GTGGACTGCTAAAAAGCAGGAAAACACAATTAA 7 178 1 TTTTCGCTTTAAAAGCGAGAAAATTTGAAAGGT 9 16 0 AAGGGGTTAAAAATTCGTGCGCATATTACCCGA 9 165 0 TCAACAAAACATAGGAAATAAACT 10 5 1 AAGTGCGGTTAAAATTAACCGCACTTTTTATTG 11 17 0 TAGATTTAGAAAAACAAACGAAATAAG 13 4 0 TTCTAAATCTAAAACGGAGGAAAACTGGATAAA 13 26 1 AATTAAACAGAAATTTAAGGACAACAA 13 90 1 **** ****** MAP Score: 32.9594 Motif 2 GGTGTTATTCTGCACCGCACTTGTAAGTTTAAAA 0 50 1 TGCGGTTAGTTTTACAACCGTTTTACTCAAAATA 1 13 1 ATCATTAAAAGTCACCGCACTTTTCCGTTATAAT 2 39 0 TTTTCCCAGCTTTATCAATAGTATT 3 1 1 AGCGACGGCATTTGCACCATTTTTCTTGTTCGTT 3 70 1 AAACTTATAATTGACCGCACTTATCGGCGAGTAG 4 119 0 ACTTTAAGAAATATCCCCCTTTTTCATTGTAAAA 4 212 1 TTTTCATCATTTATCAGTTAAAAG 7 0 1 TCGGGTAAAATGCACCGCACTTTTAACTGATAAA 7 19 0 TGCGGTGCATTTTACCCGAATTTTCAGACTTTCT 7 34 1 CTTAATTGTGTTTTCCTGCTTTTTAGCAGTCCAC 7 178 0 TGCCGTATTAATAGCCAGCCTTGTCGGTTGTCGA 8 76 1 TCGTGCGCATATTACCCGATTTTTGTTGATAGTT 9 150 0 TCGGGTAATATGCGCACGAATTTTTAACCCCTTA 9 165 1 GCGGTTAAAATTAACCGCACTTTTTATTGAGATC 11 12 0 GCGGTTAATTTTAACCGCACTTTTGTTGTGATGT 11 28 1 TTTTATCCAGTTTTCCTCCGTTTTAGATTTAGAA 13 26 0 ** ** ** **** MAP Score: 32.878 Motif 3 AACTAATCGTTTTAATTGCCGAAAA 0 0 0 TATCCCCCTTTTTCATTGTAAAAAAATCATTGTTC 4 223 1 ATACACTTTTTTTGATTGACAAAAAGAAA 8 4 0 ATCAATAGTATTTCAATGCACAAAGTATAAAGAAA 3 23 1 AAGGATTTAGTTTAATTGAGTAAAGTTACTTTTAT 12 13 0 AGCGAGAAAATTTGAAAGGTAAAAAA 9 1 0 CACTTTTCCGTTATAATGGCTAAAATTTTTTAACA 2 21 0 GATTTTTCAACTTAATTGTTCAAAATTATTCCACT 4 180 1 AAATCAAAAATTTCATTGACTGAAATAAAAACAAA 4 150 0 ATTTTCTCGCTTTTAAAGCGAAAAGTGTATTGAGT 9 25 1 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAAAACGGTTGTAAA 1 23 0 TTTTACTTCTTTGTTAAAAAATTTTAGCCA 2 5 1 TTTTCATCATTTATCAGTTAAAAGTGCGGTGCAT 7 9 1 TTCAAAAAAATTTGTAAGAAAAAAGGTTTATCTTC 9 108 0 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTCAAGAAA 4 5 1 TTTAAACAAATTTCACTTTGCAAAGCAAGGCAAAA 8 41 1 CTGCACCGCACTTGTAAGTTTAAAAAAAGCCCTTA 0 59 1 AACGATTAGTTTACATTTTTTAAAACGGTGTTATT 0 24 1 TTCCTCCGTTTTAGATTTAGAAAAACAAACGAAAT 13 13 0 TATCCTTGATATTATGTGATGAAAAAGAAAGCGTT 4 270 0 TTCTTGTTCGTTATACTATCCAAAACATTCCATCA 3 92 1 TGGCAAGATTTTATTTATAATAAAATAAAAAAATT 7 91 0 AGTGCGGTTTATTTTGGAGAAGTTTTA 5 7 1 GTGTGGACTGCTAAAAAGCAGGAAAACACAATTAA 7 176 1 TTATGTGAAATTAAAAAAGACAAAACGCCCCANAA 6 44 0 TCATTTGCGGATTGATTTCAGAAAGTCTGAAAATT 7 52 0 *** * ** **** MAP Score: 30.6304 Motif 4 TGTGAATGGAATCCCTATATAAGGGCTTTTTTTAAACTTACAA 0 70 0 TTAGCCATTATAACGGAAAAGTGCGGTGACTTTTAATGATAAA 2 33 1 GGAAACAAAGAGGTAATTTATTGCGCGTGATTTATCATTAAAA 2 63 0 TAAGGCTTTTTCGCTACAATACGCCACTATTTTTTACATCATC 2 125 1 ATAAAGAAAATACGCCTAAAAAGCGACGGCATTTGCACCATTT 3 49 1 GCTGCGCTACTCGCCGATAAGTGCGGTCAATTATAAGTTTGTT 4 113 1 ATGATTTTTTTACAATGAAAAAGGGGGATATTTCTTAAAGTGG 4 210 0 AAAATCATTGTTCGTTAAAATAGCAAACGCTTTCTTTTTCATC 4 245 1 TTAAAATCTATTCCATTGAAACGCCCTACAATTTTNTGGGGCG 6 11 1 TCATCATTTATCAGTTAAAAGTGCGGTGCATTTTACCCGAATT 7 13 1 AATAAAAAAATTCCCTTCATTTGCGGATTGATTTCAGAAAGTC 7 60 0 GTAGGATTTTTCCGTAGAATTTGCGACCTATTTATATGAATTT 7 129 1 AAAAGCAGGAAAACACAATTAAGCGGAGTATTT 7 189 1 CAATACACTTTTCGCTTTAAAAGCGAGAAAATTTGAAAGGTAA 9 14 0 ATCTTCGACTAAGTAAGCAACTGGGTAATATTTCCTAGTGTGG 9 71 0 ATCAACAAAAATCGGGTAATATGCGCACGAATTTTTAACCCCT 9 154 1 TTGATCTCAATAAAAAGTGCGGTTAATTTTAACCGCACT 11 6 1 TTAAACTAAATCCTTAAAATATGCGAGCTTATTAACTTG 12 33 1 CAGCGAAAATAAGTTATCATATGCGACCGATTTTATCCAGTTT 13 47 0 * * ** *** *** MAP Score: 26.7491 Motif 5 ATCCCCCTTTTTCATTGTAAAAAAATCATTGTTCG 4 224 1 TTTTACTTCTTTGTTAAAAAATTTTAGCCAT 2 6 1 ATCCTTGATATTATGTGATGAAAAAGAAAGCGTTT 4 269 0 AAAAATTTCATTGACTGAAATAAAAACAAACTTAT 4 145 0 ATACACTTTTTTTGATTGACAAAAAGAAA 8 4 0 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTCAAGAAA 4 5 1 TTCCTCCGTTTTAGATTTAGAAAAACAAACGAAAT 13 13 0 TTTTATTTGATGATGTAAAAAATAGTGGCG 2 146 0 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAAAACGGTTGTAAA 1 23 0 AACGATTAGTTTACATTTTTTAAAACGGTGTTATT 0 24 1 TTGATCTCAATAAAAAGTGCGGTTA 11 0 1 GTTTGCTCGCTTATGTGAAATTAAAAAAGACAAAA 6 54 0 AGTTGCTTACTTAGTCGAAGATAAACCTTTTTTCT 9 92 1 TTACTCCAAATTAAGGGGTTAAAAATTCGTGCGCA 9 175 0 GCGAGAAAATTTGAAAGGTAAAAAA 9 0 0 TGCACCGCACTTGTAAGTTTAAAAAAAGCCCTTAT 0 60 1 GGGAATTTTTTTATTTTATTATAAATAAAATCTTG 7 88 1 CCTTTCAAATTTTCTCGCTTTTAAAGCGAAAAGTG 9 17 1 GATAACTTATTTTCGCTGAATTAAACAGAAATTTA 13 72 1 TTTTCGGCAATTAAAACGATTAGTT 0 0 1 CAAAGTGAAATTTGTTTAAAAAATACACTTTTTTT 8 26 0 AAAAAAATCATTGTTCGTTAAAATAGCAAACGCTT 4 242 1 ** ** * ***** MAP Score: 24.7713 Motif 6 TGTTAAAAAATTTTAGCCATTATAACGGAAAAGTGCGGTG 2 21 1 TATGGCAAGATTTTATTTATAATAAAATAAAAAAATTCCC 7 88 0 GTCAATGAAATTTTTGATTTTTCAACTTAATTGTTCAAAA 4 165 1 TTTACAACCGTTTTACTCAAAATAAGGGAAAAATT 1 23 1 ATGGCTAAAATTTTTTAACAAAGAAGTAAAA 2 1 0 AATACACTTTTTTTGATTGACAAAAAGAAA 8 0 0 ATAAGTTTGTTTTTATTTCAGTCAATGAAATTTTTGATTT 4 145 1 ATATCCCCCTTTTTCATTGTAAAAAAATCATTGTTCGTTA 4 222 1 CCTTTCAAATTTTCTCGCTTTTAAAGCGAAAAGTGTATTG 9 17 1 TTNTGGGGCGTTTTGTCTTTTTTAATTTCACATAAGCGAG 6 44 1 AAACGCTTTCTTTTTCATCACATAATATCAAGGATAGCTC 4 269 1 GATAACTTATTTTCGCTGAATTAAACAGAAATTTAAGGAC 13 72 1 TACGCCACTATTTTTTACATCATCAAATAAAA 2 144 1 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTCAAGAAAATACG 4 5 1 TTTCCTCCGTTTTAGATTTAGAAAAACAAACGAAATAAG 13 9 0 TTTTCATCATTTATCAGTTAAAAGTGCGGTG 7 1 1 TTTTTCCCCTTAAACATCACAACAAAAGTGC 11 44 0 ATAAAAGTAACTTTACTCAATTAAACTAAATCCTTAAAAT 12 13 1 AATAACACCGTTTTAAAAAATGTAAACTAATCGTTTTAAT 0 19 0 GCGTATTTTCTTTATACTTTGTGCATTGAAATACTATTGA 3 24 0 TTGTTTCCGCCTTATAGATTGAGAATTTAAGGCTTTTTCG 2 98 1 TAAAACTTCTCCAAAATAAACCGCACT 5 2 0 **** * * ** ** MAP Score: 24.1475 Motif 7 GTTATTCTGCACCGCACTTGTAAGTTTAAA 0 53 1 TCCCTATATAAGGGCTTTTTTTAAACTTAC 0 72 0 ATTAAAAGTCACCGCACTTTTCCGTTATAA 2 40 0 TTGAGAATTTAAGGCTTTTTCGCTACAATA 2 116 1 CTAAAAAGCGACGGCATTTGCACCATTTTT 3 64 1 CTTATAATTGACCGCACTTATCGGCGAGTA 4 120 0 GGTAAAATGCACCGCACTTTTAACTGATAA 7 20 0 GTGCATTTTACCCGAATTTTCAGACTTTCT 7 38 1 CCGCAAATGAAGGGAATTTTTTTATTTTAT 7 77 1 ATTGTGTTTTCCTGCTTTTTAGCAGTCCAC 7 178 0 GGCTATTAATACGGCATTTTGCCTTGCTTT 8 62 0 GCGCATATTACCCGATTTTTGTTGATAGTT 9 150 0 GTAATATGCGCACGAATTTTTAACCCCTTA 9 169 1 GTTAAAATTAACCGCACTTTTTATTGAGAT 11 13 0 GTTAATTTTAACCGCACTTTTGTTGTGATG 11 31 1 ATCATATGCGACCGATTTTATCCAGTTTTC 13 45 0 ********** MAP Score: 23.2535 Motif 8 GCGGTGCAGAATAACACCGTTTTAAAAAATGTA 0 35 0 TTTGTTTTCCTTATTTTGTGAATGGAA 0 102 0 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAAAACG 1 31 0 TTTTACTTCTTTGTTAAAAAATTT 2 1 1 CGCGCAATAAATTACCTCTTTGTTTCCGCCTTA 2 79 1 TTTTCCCAGCTTTATCAATAGTA 3 0 1 CCGTCGCTTTTTAGGCGTATTTTCTTTATACTT 3 45 0 AAGCGACGGCATTTGCACCATTTTTCTTGTTCG 3 69 1 AATTTGGTTTCCTTTGATGGAATGT 3 116 0 GCGGTCAATTATAAGTTTGTTTTTATTTCAGTC 4 135 1 ACTTTAAGAAATATCCCCCTTTTTCATTGTAAA 4 212 1 TTNTGGGGCGTTTTGTCTTTTTTAATTTCACAT 6 44 1 TGCGGTGCATTTTACCCGAATTTTCAGACTTTC 7 34 1 AAATAAAAAAATTCCCTTCATTTGCGGATTGAT 7 71 0 TTAATTGTGTTTTCCTGCTTTTTAGCAGTCCAC 7 178 0 AATACGGCATTTTGCCTTGCTTTGCAAAGTGAA 8 52 0 ACCTTTCAAATTTTCTCGCTTTTAAAGCGAAAA 9 16 1 TCGTGCGCATATTACCCGATTTTTGTTGATAGT 9 151 0 AGTTTATTTCCTATGTTTTGTTGA 10 5 0 GCGGTTAAAATTAACCGCACTTTTTATTGAGAT 11 13 0 GCGGTTAATTTTAACCGCACTTTTGTTGTGATG 11 28 1 ATTGAGTAAAGTTACTTTTATTTG 12 1 0 CTTATTTCGTTTGTTTTTCTAAATCTA 13 4 1 TTTATCCAGTTTTCCTCCGTTTTAGATTTAGAA 13 26 0 *** ** * **** MAP Score: 20.5803 Motif 9 AATTTAAGGCTTTTTCGCTACAATACGCCACTAT 2 121 1 ATAGGTAGGATTTTTCCGTAGAATTTGCGACCTA 7 125 1 ATAGTTAAAATTTTTCAAAAAAATTTGTAAGAAA 9 122 0 AAAAAAATCATTGTTCGTTAAAATAGCAAACGCT 4 242 1 AAATTTTTGATTTTTCAACTTAATTGTTCAAAAT 4 172 1 TTTTTCCCCTTAAACATCACAACA 11 51 0 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTCAAGAAA 4 6 1 TTTTACTTCTTTGTTAAAAAATTTTAGCCA 2 6 1 CTTATTTCGTTTGTTTTTCTAAATCTAAAACGGA 13 10 1 TTTCTTTTTGTCAATCAAAAAAAGT 8 1 1 GTCACCGCACTTTTCCGTTATAATGGCTAAAATT 2 29 0 TAAAACTTCTCCAAAATAAACCGCACT 5 7 0 NTGGGGCGTTTTGTCTTTTTTAATTTCACATAAG 6 46 1 AAACGCTTTCTTTTTCATCACATAATATCAAGGA 4 269 1 TTGATCTCAATAAAAAGTGCGGTT 11 0 1 TTTTCATCATTTATCAGTTAAAAGTGCGGTGCA 7 9 1 ATCCCCCTTTTTCATTGTAAAAAAATCATTGTTC 4 224 1 AAAGTGAAATTTGTTTAAAAAATACACTTTTTTT 8 26 0 TGAAGGGAATTTTTTTATTTTATTATAAATAAAA 7 84 1 TTTGTTTTCCTTATTTTGTGAATGG 0 104 0 AATCAAAAATTTCATTGACTGAAATAAAAACAAA 4 150 0 TTGTTGTCCTTAAATTTCTGTTTA 13 93 0 TAAAAGTAACTTTACTCAATTAAACTAAATCCTT 12 14 1 CTCAATACACTTTTCGCTTTAAAAGCGAGAAAAT 9 25 0 TTTTATTTGATGATGTAAAAAATAGTGGCG 2 146 0 ****** * *** MAP Score: 14.9034 Motif 10 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAAAACGGTTGTAAAA 1 22 0 TTTTACTTCTTTGTTAAAAAATTTTAGCCATT 2 5 1 AAAGAGGTAATTTATTGCGCGTGATTTATCATTAAAA 2 63 0 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTCAAGAAAAT 4 5 1 GATTTTTCAACTTAATTGTTCAAAATTATTCCACTTT 4 180 1 TATCCCCCTTTTTCATTGTAAAAAAATCATTGTTCGT 4 223 1 TAGCAAACGCTTTCTTTTTCATCACATAATATCAAGG 4 265 1 AGTGCGGTTTATTTTGGAGAAGTTTTA 5 7 1 GGCGTTTTGTCTTTTTTAATTTCACATAAGCGAGCAA 6 50 1 AGGGAATTTTTTTATTTTATTATAAATAAAATCTTGC 7 87 1 GAATTTGCGACCTATTTATATGAATTTTTAAGTGTGG 7 145 1 TACCCAGTTGCTTACTTAGTCGAAGATAAACCTTTTT 9 87 1 GAAGATAAACCTTTTTTCTTACAAATTTTTTTGAAAA 9 108 1 TTTTTAACCCCTTAATTTGGAGTAAATCACTT 9 185 1 AGTTTATTTCCTATGTTTTGTTGA 10 5 0 AAGGATTTAGTTTAATTGAGTAAAGTTACTTTTATTT 12 11 0 CTTATTTCGTTTGTTTTTCTAAATCTA 13 0 1 CATATGATAACTTATTTTCGCTGAATTAAACAGAAAT 13 67 1 ******* * ** MAP Score: 12.6699