AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i HI/HI_operons023_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238169 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 HI0084 119 thioredoxin (trxM) #1 HI0086 300 cystathionine gamma-synthase (metB) #2 HI0393 48 conserved hypothetical GTP-binding protein #3 HI0394 166 peptidyl-tRNA hydrolase (pth) #4 HI0460 131 mazG protein (mazG) #5 HI0609 300 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase (folD) #6 HI0877 27 GTP-binding protein (yhbZ) #7 HI0878 80 conserved hypothetical protein #8 HI0880 212 ribosomal protein L21 (rpL21) #9 HI0974.1 300 conserved hypothetical protein #10 HI0976 119 conserved hypothetical protein #11 HI0978 40 ribosomal protein L11 methyltransferase (prmA) #12 HI0979 148 nitrogen fixation protein (nifR3) #13 HI1603 207 conserved hypothetical protein #14 HI1604 24 phosphate permease, putative #15 HI1605 65 conserved hypothetical protein #16 HI1607 62 hemM protein (hemM) #17 HI1705 107 aminopeptidase A/I (pepA) Motif 1 TCACCGCACTTTTCCGTTATAATGGCTAAAATTTTTTAACAAAGA 3 17 0 AGGTAGGATTTTTCCGTAGAATTTGCGACCTATTTATATGAATTT 8 127 1 AAAAAATCATTGTTCGTTAAAATAGCAAACGCTTTCTTTTTCATC 5 243 1 TGATAACTTATTTTCGCTGAATTAAACAGAAATTTAAGGACAACA 17 71 1 TAAGTTATCATATGCGACCGATTTTATCCAGTTTTCCTCCGTTTT 17 36 0 ATTTAAGGCTTTTTCGCTACAATACGCCACTATTTTTTACATCAT 3 122 1 AGTGCGGTTTATTTTGGAGAAGTTTTA 6 0 1 ATCAGTTAAAAGTGCGGTGCATTTTACCCGAATTTTCAGACTTTC 8 22 1 AAAAATCGAATTTACGTAGAAATCAGCAAAACCTTTTGAATTATT 9 160 1 AATCGGGTAATATGCGCACGAATTTTTAACCCCTTAATTTGGAGT 13 163 1 TAAACTTACAAGTGCGGTGCAGAATAACACCGTTTTAAAAAATGT 0 36 0 AGTGCGGTAAAAATACGCAAAATTTTGAAAGGAAA 11 0 1 CTCAATAAAAAGTGCGGTTAATTTTAACCGCACTTTTGTTGTGAT 15 15 1 CCATTTTTCTTGTTCGTTATACTATCCAAAACATTCCATCAAAGG 4 86 1 CTCGCCGATAAGTGCGGTCAATTATAAGTTTGTTTTTATTTCAGT 5 122 1 TACCTCTTTGTTTCCGCCTTATAGATTGAGAATTTAAGGCTTTTT 3 91 1 CACTTTTTCCTTTGTGCCAAAATGCTAAACGTTTTTTAACACGTA 1 263 1 CTCAATACACTTTTCGCTTTAAAAGCGAGAAAATTTGAAAGGTAA 13 14 0 GTATAAAGAAAATACGCCTAAAAAGCGACGGCATTTGCACCATTT 4 47 1 AAGTGCGGTTAGTTTTACAACCGTTTTACTCAAAAT 2 1 1 TTCTGTGATTTATTTGAACAAAATGAACTTTTTTTAAACGGTTAG 1 169 0 TGCAAAGTGAAATTTGTTTAAAAAATACACTTTTTTTGATTGACA 12 18 0 TTCTGAAATCAATCCGCAAATGAAGGGAATTTTTTTATTTTATTA 8 64 1 ATCTTACCACACTAGGAAATATTACCCAGTTGCTTACTTAGTCGA 13 65 1 ACGTCCCTTGTGTTTGCTAATCTTACAACTTTTTTGAATAATTCA 9 196 0 ATCTTATCGGTATTCGTCAAAAAAATAAGGAATATGCATCAGTCC 9 14 1 * * ** * * * *** MAP Score: 36.4191 Motif 2 TTTTCGGCAATTAAAACGATTAGTT 0 0 1 GAACAATGATTTTTTTACAATGAAAAAGGGGGATA 5 223 0 TTTCTTTTTGTCAATCAAAAAAAGTGTAT 12 4 1 AAAAAGTTCATTTTGTTCAAATAAATCACAGAAAA 1 181 1 TTTCTTTATACTTTGTGCATTGAAATACTATTGAT 4 23 0 ATAAAAGTAACTTTACTCAATTAAACTAAATCCTT 16 13 1 TTTTTTACCTTTCAAATTTTCTCGCT 13 1 1 TGTTAAAAAATTTTAGCCATTATAACGGAAAAGTG 3 21 1 TCCTTAAAATTTTTTATAAGTGAAAGTATATTTTT 9 269 0 AGTGGAATAATTTTGAACAATTAAGTTGAAAAATC 5 180 0 TTTACAACCGTTTTACTCAAAATAAGGGAAAAATT 2 23 1 TTTCTTGAAATTTTTATAAAAGAAATCCTT 5 5 0 TGGCTAAAATTTTTTAACAAAGAAGTAAAA 3 5 0 ACTCAATACACTTTTCGCTTTAAAAGCGAGAAAAT 13 25 0 TTTGTTTTTATTTCAGTCAATGAAATTTTTGATTT 5 150 1 TGCTAAACGTTTTTTAACACGTAAA 1 285 1 TTTTGCCTTGCTTTGCAAAGTGAAATTTGTTTAAA 12 41 0 ATGCACCGCACTTTTAACTGATAAATGATGAAAA 8 9 0 GAAGATAAACCTTTTTTCTTACAAATTTTTTTGAA 13 108 1 ATTTCGTTTGTTTTTCTAAATCTAAAACGGAGGAA 17 13 1 AATAACACCGTTTTAAAAAATGTAAACTAATCGTT 0 24 0 ATCTTATCGGTATTCGTCAAAAAAATAAGGAATAT 9 14 1 TAAGGGCTTTTTTTAAACTTACAAGTGCGGTGCAG 0 59 0 AACGCTTTCTTTTTCATCACATAATATCAAGGATA 5 270 1 TTAGACAATTTTTTTAAATCTGTAATTGACAGTTA 1 138 0 AATTTTTTTATTTTATTATAAATAAAATCTTGCCA 8 91 1 **** ** * *** MAP Score: 31.9421 Motif 3 TAAACTTACAAGTGCGGTGCAGAATAACACCGTT 0 47 0 AAGTGCGGTTAGTTTTACAACCGTT 2 1 1 ATAACGGAAAAGTGCGGTGACTTTTAATGATAAA 3 42 1 TGTAAAAAATAGTGGCGTATTGTAGCGAAAAAGC 3 129 0 AAATGGTGCAAATGCCGTCGCTTTTTAGGCGTAT 4 58 0 CTCGCCGATAAGTGCGGTCAATTATAAGTTTGTT 5 122 1 AGTGCGGTTTATTTTGGAGAAGTT 6 0 1 ATCAGTTAAAAGTGCGGTGCATTTTACCCGAATT 8 22 1 TGAATTTTTAAGTGTGGACTGCTAAAAAGCAGGA 8 165 1 AGTGCGGTAAAAATACGCAAAATT 11 0 1 AGCAAGGCAAAATGCCGTATTAATAGCCAGCCTT 12 64 1 AATATTTCCTAGTGTGGTAAGATAAGTAACTCAA 13 54 0 CTCAATAAAAAGTGCGGTTAATTTTAACCGCACT 15 15 1 ******** ** MAP Score: 28.4981 Motif 4 TTTTACTTCTTTGTTAAAAAATTT 3 0 1 CTTAATTGTGTTTTCCTGCTTTTTAGCAGTCCAC 8 178 0 TGTTTGCTAATCTTACAACTTTTTTGAATAATTC 9 197 0 ATTCAAAAGGTTTTGCTGATTTCTACGTAAATTC 9 167 0 CCTTTCAAAATTTTGCGTATTTTTACCGCACT 11 8 0 TTTACCCGAATTTTCAGACTTTCTGAAATCAATC 8 44 1 TAATTTCTACTTTTATCACTTTTTCCTTTGTGCC 1 247 1 AAAATTTCATTTTTCCATCATTTTCTGTGATTTA 1 202 0 AAATTTTTGATTTTTCAACTTAATTGTTCAAAAT 5 172 1 TTTTATCCAGTTTTCCTCCGTTTTAGATTTAGAA 17 26 0 TTTTCCCAGCTTTATCAATAGTATT 4 1 1 ATTTTATGTAATTTTCTAATTTCTACTTTTATCA 1 231 1 TAGATTGAGAATTTAAGGCTTTTTCGCTACAATA 3 112 1 AAACCTTTTTTCTTACAAATTTTTTTGAAAAATT 13 114 1 AGGCGTATTTTCTTTATACTTTGTGCATTGAAAT 4 32 0 AAGCGACGGCATTTGCACCATTTTTCTTGTTCGT 4 69 1 ACCTTTCAAATTTTCTCGCTTTTAAAGCGAAAAG 13 16 1 TGATATTTAATTTTCTCACTTTCAGCAATTTCTA 10 54 1 TTTTTTACCTTTCAAATTTTCTCG 13 0 1 TTTTCATCATTTATCAGTTAAAAG 8 0 1 ACGCGCAATAAATTACCTCTTTGTTTCCGCCTTA 3 78 1 ACTTTAAGAAATATCCCCCTTTTTCATTGTAAAA 5 212 1 TTGTTCAAAATTATTCCACTTTAAGAAATATCCC 5 195 1 TTTTTCCCCTTAAACATCACAACA 15 51 0 GACTGATGCATATTCCTTATTTTTTTGACGAATA 9 24 0 TTGTTAAAAAATTTTAGCCATTATAACGGAAAAG 3 20 1 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAAAA 2 33 0 ATAAGGGCTTTTTTTAAACTTACAAGTGCGGTGC 0 61 0 **** * **** * MAP Score: 28.1396 Motif 5 AATTTCCGTAAAATGCGCACCAATAACAGCGAATGC 1 98 0 CTTTGTGCCAAAATGCTAAACGTTTTTTAACACGTA 1 272 1 AAGTGCGGTTAGTTTTACAACCGTTT 2 0 1 TATAACGGAAAAGTGCGGTGACTTTTAATGATAAAT 3 41 1 AGAGGTAATTTATTGCGCGTGATTTATCATTAAAAG 3 62 0 AATACGCCTAAAAAGCGACGGCATTTGCACCATTTT 4 57 1 ACTCGCCGATAAGTGCGGTCAATTATAAGTTTGTTT 5 121 1 TATCAGTTAAAAGTGCGGTGCATTTTACCCGAATTT 8 21 1 AATTCCCTTCATTTGCGGATTGATTTCAGAAAGTCT 8 59 0 TTTCCGTAGAATTTGCGACCTATTTATATGAATTTT 8 137 1 AGTGCGGTAAAAATACGCAAAATTTTGAAAGGAAAA 11 10 1 TTTTCGCTTTAAAAGCGAGAAAATTTGAAAGGTAAA 13 13 0 AAATCGGGTAATATGCGCACGAATTTTTAACCCCTT 13 162 1 TCTCAATAAAAAGTGCGGTTAATTTTAACCGCACTT 15 14 1 AATCCTTAAAATATGCGAGCTTATTAACTTG 16 41 1 ATAAGTTATCATATGCGACCGATTTTATCCAGTTTT 17 46 0 ** **** **** MAP Score: 27.6084 Motif 6 CACTTGTAAGTTTAAAAAAAGCCCTTATAT 0 67 1 CAATTACAGATTTAAAAAAATTGTCTAACC 1 145 1 TGTCTAACCGTTTAAAAAAAGTTCATTTTG 1 166 1 CCTTTTTCATTGTAAAAAAATCATTGTTCG 5 229 1 GTTAAAATTTTTCAAAAAAATTTGTAAGAA 13 123 0 GTGAAATTTGTTTAAAAAATACACTTTTTT 12 27 0 ATAACACCGTTTTAAAAAATGTAAACTAAT 0 28 0 TATTTGATGATGTAAAAAATAGTGGCGTAT 3 143 0 CCTTATACCATTCAAAAAATATACTTTCAC 9 255 1 TTTACGTGTTAAAAAACGTTTAGCAT 1 284 0 TTTACTTCTTTGTTAAAAAATTTTAGCCAT 3 11 1 TTTTGAATTATTCAAAAAAGTTGTAAGATT 9 193 1 CAAAAAAATTTGTAAGAAAAAAGGTTTATC 13 111 0 ATCGGTATTCGTCAAAAAAATAAGGAATAT 9 19 1 TTATAAAAATTTCAAGAAAATACGAAAGAA 5 21 1 CCGTTTTAGATTTAGAAAAACAAACGAAAT 17 13 0 ATTATTCCACTTTAAGAAATATCCCCCTTT 5 204 1 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTCAAGAAA 5 10 1 CTTTTTGTCAATCAAAAAAAGTGTATTTTT 12 13 1 TACTTTCACTTATAAAAAATTTTAAGGAAG 9 276 1 TTTTATCATATTCATAAAAAGGATGATTAC 9 134 0 GTTCATTTTGTTCAAATAAATCACAGAAAA 1 186 1 ********** MAP Score: 23.903 Motif 7 CCACTTCTTTCGTATTTTCTTGAAATTTTTATA 5 22 0 ATGCATATTCCTTATTTTTTTGACGAATACCGA 9 20 0 TTTTTTCTTACAAATTTTTTTGAAAAATTTTAA 13 119 1 GCATATTACCCGATTTTTGTTGATAGTTAAAAT 13 145 0 AAATTAACCGCACTTTTTATTGAGATCAA 15 6 0 GCTTTTTAGGCGTATTTTCTTTATACTTTGTGC 4 40 0 TGAAAAATCAAAAATTTCATTGACTGAAATAAA 5 156 0 GAAATATCCCCCTTTTTCATTGTAAAAAAATCA 5 219 1 AAGGATTTCTTTTATAAAAATTTC 5 1 1 GGCATTTGCACCATTTTTCTTGTTCGTTATACT 4 76 1 TACCTATGGCAAGATTTTATTTATAATAAAATA 8 99 0 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAA 2 35 0 ATTTTTTAAACAAATTTCACTTTGCAAAGCAAG 12 37 1 TAACTCAATACACTTTTCGCTTTAAAAGCGAGA 13 29 0 AAAATTACATAAAATTTCATTTTTCCATCATTT 1 213 0 TCGAAGATAAACCTTTTTTCTTACAAATTTTTT 13 106 1 TTTAAAAAATACACTTTTTTTGATTGACAAAAA 12 14 0 CTACTTTTATCACTTTTTCCTTTGTGCCAAAAT 1 253 1 AAAGTCACCGCACTTTTCCGTTATAATGGCTAA 3 33 0 AATGAAGGGAATTTTTTTATTTTATTATAAATA 8 82 1 TTCAAAAAATATACTTTCACTTATAAAAAATTT 9 265 1 AAAATAGCAAACGCTTTCTTTTTCATCACATAA 5 261 1 TACGACCAAGATAATTTCGGTGTAATTCCCCAA 9 87 0 * ***** **** MAP Score: 16.5744 Motif 8 TTTGTTTTCCTTATTTTGTGAATGGAAT 0 101 0 GCATTCGCTGTTATTGGTGCGCATTTTACGGAAATT 1 98 1 ATAAAATTTCATTTTTCCATCATTTTCTGTGATTTA 1 202 0 AGTGCGGTTAGTTTTACAACCGTTTTACTCAAAATA 2 11 1 AATTTTTCCCTTATTTTGAGTAAAACG 2 31 0 CACGCGCAATAAATTACCTCTTTGTTTCCGCCTTAT 3 77 1 AAAAGCGACGGCATTTGCACCATTTTTCTTGTTCGT 4 67 1 GTGCGGTCAATTATAAGTTTGTTTTTATTTCAGTCA 5 133 1 CCACTTTAAGAAATATCCCCCTTTTTCATTGTAAAA 5 210 1 AGTGCGGTGCATTTTACCCGAATTTTCAGACTTTCT 8 32 1 CGCTTAATTGTGTTTTCCTGCTTTTTAGCAGTCCAC 8 178 0 GGACTGATGCATATTCCTTATTTTTTTGACGAATAC 9 23 0 TTCCTTTCAAAATTTTGCGTATTTTTACCGCACT 11 8 0 ATTCGTGCGCATATTACCCGATTTTTGTTGATAGTT 13 150 0 AGTTTATTTCCTATGTTTTGTTGA 14 5 0 GTGCGGTTAATTTTAACCGCACTTTTGTTGTGATGT 15 26 1 CTTATTTCGTTTGTTTTTCTAAATCTAA 17 2 1 GATTTTATCCAGTTTTCCTCCGTTTTAGATTTAGAA 17 26 0 * *** ** **** MAP Score: 11.9752 Motif 9 GAATCCCTATATAAGGGCTTTTTTTAAACTTAC 0 72 0 CCCGCTCCAATTCGTGGCGTGTT 1 0 0 ATTCGCTGTTATTGGTGCGCATTTTACGGAAAT 1 100 1 AAGTGCGGTTAGTTTTACAACCGT 2 1 1 ATAACGGAAAAGTGCGGTGACTTTTAATGATAA 3 42 1 AGGCGGAAACAAAGAGGTAATTTATTGCGCGTG 3 77 0 AGATTGAGAATTTAAGGCTTTTTCGCTACAATA 3 113 1 GATGTAAAAAATAGTGGCGTATTGTAGCGAAAA 3 132 0 TGCCGTCGCTTTTTAGGCGTATTTTCTTTATAC 4 47 0 AGTGCGGTTTATTTTGGAGAAGT 6 0 1 CCTACAATTTTNTGGGGCGTTTTGTCTTTTTTA 7 35 1 ATCAGTTAAAAGTGCGGTGCATTTTACCCGAAT 8 22 1 GATAGTAAGGACTGATGCATATTCCTTATTTTT 9 34 0 GCTGGCTATTAATACGGCATTTTGCCTTGCTTT 12 62 0 CTCAATAAAAAGTGCGGTTAATTTTAACCGCAC 15 15 1 * ** ***** ** MAP Score: 3.06094 Motif 10 ATGGAAAAATGAAATTTTATGTAATTTTCT 1 218 1 ATAATGGCTAAAATTTTTTAACAAAGAAGT 3 14 0 AAAAAGCCTTAAATTCTCAATCTATAAGGC 3 106 0 GTATTTTCTTGAAATTTTTATAAAAGAAAT 5 14 0 TTCAGTCAATGAAATTTTTGATTTTTCAAC 5 161 1 CATTTTACCCGAATTTTCAGACTTTCTGAA 8 41 1 CAAATGAAGGGAATTTTTTTATTTTATTAT 8 80 1 CTATTTATATGAATTTTTAAGTGTGGACTG 8 156 1 TTCTTCCTTAAAATTTTTTATAAGTGAAAG 9 278 0 CAAAAAAAGTGTATTTTTTAAACAAATTTC 12 25 1 TTTTTCTTACAAATTTTTTTGAAAAATTTT 13 120 1 ATATGCGCACGAATTTTTAACCCCTTAATT 13 172 1 ********** MAP Score: 1.84926