AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons026_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238351
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0164	290	NADH:ubiquinone oxidoreducatase subunit A, Na translocating
#1	HI1683	281	conserved hypothetical protein
#2	HI1684	87	iron-sulfur cluster binding protein

Motif 1
TTTTGTTATAAAAATGTAACATTTTTGATATATC	0	10	1
TAAGTAGCGAAAAACAGAGATTTTCGCTAGAATG	0	74	1
TTAATGTCACAAAATAAAAAACTCAAATGGATTG	0	163	0
ACAAACCGCTAAAAAAACATTAATGTCACAAAAT	0	182	0
TTCAAGGTTAAAAATACAATTGCTAATATAGTAA	0	250	0
ATTTACCCACAAAAAAGAAGTTTTTATTTCTATG	1	12	1
TTCTATGTTTACAAGACAAATCTTTGTCATTAAG	1	39	1
ATTAAAATAAAAAACGCAGCTAATCATTTAAACG	1	157	0
GGAAGCAAGAACAATAGAAAATTTTGCTAAGGGG	1	214	0
GCCCCTATTCAAAAGGCAAAAAATA         	1	266	1
TATTATCATTAAAAGGTAAATCATTTTA      	2	4	0
ATTTTTCAGGAAAAAGAAAGAAATA         	2	72	1
          **** * ** * **
MAP Score: 11.493

Motif 2
CTATATTAGCAATTGTATTTTTAACCTTGAAAAGTAGTGCAA	0	253	1
         TATTTCTTTCTTTTTCCTGAAAAATACTGAGAG	2	64	0
AGAAGTTTTTATTTCTATGTTTACAAGACAAATCTTTGTCAT	1	27	1
GGAAATGGTAAGTTGCGATTTTGTTATTAAAATAAAAAACGC	1	174	0
TTGATTTCACAGTTAATAATTTTACCGAGAAATCGAATTTGG	0	124	0
TCATAAATCAAGTTGAGTATTGTTAATCCAAATATTGCGCAG	1	110	1
   TAAAATGATTTACCTTTTAATGATAATAACTCTGTTAAT	2	7	1
TCTAGCGAAAATCTCTGTTTTTCGCTACTTAAACAGAGGGTT	0	63	0
TATATCAAAAATGTTACATTTTTATAACAAAA          	0	0	0
AAATCAATCCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGACATTAATGTT	0	159	1
ACTCAACTTGATTTATGAATTAAATATAATAAAACCCCTAAA	1	86	0
TAGAAATAAAAACTTCTTTTTTGTGGGTAAATGT        	1	2	0
          * **   * ***       ***
MAP Score: 10.0665

Motif 3
TAACATTTTTGATATATCGCAAAAAGTTCTAACAAAAAACCC	0	26	1
GAAAAACAGAGATTTTCGCTAGAATGAGGCGTTTAATTTAGT	0	82	1
GTCCAAATTCGATTTCTCGGTAAAATTATTAACTGTGAAATC	0	122	1
GCTAAAAAAACATTAATGTCACAAAATAAAAAACTCAAATGG	0	167	0
         ACATTTACCCACAAAAAAGAAGTTTTTATTTCT	1	1	1
TAATGACAAAGATTTGTCTTGTAAACATAGAAATAAAAACTT	1	29	0
TACTCAACTTGATTTATGAATTAAATATAATAAAACCCCTAA	1	87	0
TCATTTAAACGATTAGCTGCGCAATATTTGGATTAACAATAC	1	126	0
GGTAAGTTGCGATTTTGTTATTAAAATAAAAAACGCAGCTAA	1	168	0
    TAAAATGATTTACCTTTTAATGATAATAACTCTGTTAA	2	6	1
GTTCTCTCAGTATTTTTCAGGAAAAAGAAAGAAATA      	2	61	1
          *****  *    ***      *
MAP Score: 9.0432

Motif 4
     TTTTGTTATAAAAATGTAACATTTTTGATATATC	0	5	1
TCGCAAAAAGTTCTAACAAAAAACCCTCTGTTTAAGTAG	0	42	1
ACAGAGATTTTCGCTAGAATGAGGCGTTTAATTTAGTCC	0	87	1
     ACATTTACCCACAAAAAAGAAGTTTTTATTTCTA	1	5	1
GCGAGTATCTTAATGACAAAGATTTGTCTTGTAAACATA	1	42	0
ATTTATGAATTAAATATAATAAAACCCCTAAAGATCGGC	1	79	0
TTTTTTATTTTAATAACAAAATCGCAACTTACCATTTCC	1	177	1
CTTCCATAAATAGGGATAATAACGCCCCTATTCAAAAGG	1	243	1
ATTTACCTTTTAATGATAATAACTCTGTTAATTTTATTT	2	17	1
          *    * *****  *  **
MAP Score: 6.28728

Motif 5
TAATGTCACAAAATAAAAAACTCAAATGGA	0	166	0
TTTGTTATTAAAATAAAAAACGCAGCTAAT	1	167	0
TTTTTTATTTTAATAACAAAATCGCAACTT	1	177	1
GAAGCAAGAACAATAGAAAATTTTGCTAAG	1	217	0
GCGAGTATCTTAATGACAAAGATTTGTCTT	1	51	0
TGTTACATTTTTATAACAAAA         	0	1	0
TATGAATTAAATATAATAAAACCCCTAAAG	1	85	0
GTAAACATAGAAATAAAAACTTCTTTTTTG	1	21	0
ACAATTGCTAATATAGTAAAAATACCCTAG	0	239	0
CAAAAAGTTCTAACAAAAAACCCTCTGTTT	0	45	1
TTTTTGCGATATATCAAAAATGTTACATTT	0	21	0
GCCCCTATTCAAAAGGCAAAAAATA     	1	266	1
TGAGAGAACCCAATAAATAAAATTAACAGA	2	40	0
          **********
MAP Score: 5.51088

Motif 6
GATTTCACAGTTAATAATTTTACCGAGAAATCGAATTTGGA	0	123	0
CCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGACATTAATGTTTTTTTAG	0	167	1
TAGGGTATTTTTACTATATTAGCAATTGTATTTTTAACCTT	0	240	1
GAAGTTTTTATTTCTATGTTTACAAGACAAATCTTTGTCAT	1	28	1
TTTAGGGGTTTTATTATATTTAATTCATAAATCAAGTTGAG	1	86	1
TTAGCTGCGTTTTTTATTTTAATAACAAAATCGCAACTTAC	1	168	1
ATTAACAGAGTTATTATCATTAAAAGGTAAATCATTTTA  	2	8	0
        TATTTCTTTCTTTTTCCTGAAAAATACTGAGAG	2	64	0
          **  *** **        ***
MAP Score: 5.16124

Motif 7
TACCGAGAAATCGAATTTGGACTAAATTAAACGCCTCATTCTAG	0	100	0
CTCAAATGGATTGATTTCACAGTTAATAATTTTACCGAGAAATC	0	132	0
TCAATCCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGACATTAATGTTTTTTT	0	162	1
GACATTAATGTTTTTTTAGCGGTTTGTCACACTCAAACGTGAGA	0	189	1
GCTTCTAGGGTATTTTTACTATATTAGCAATTGTATTTTTAACC	0	235	1
CTATTTGCACTACTTTTCAAGGTTAAAAATACAATTGCTAATAT	0	255	0
AAAAGAAGTTTTTATTTCTATGTTTACAAGACAAATCTTTGTCA	1	24	1
TTACAAGACAAATCTTTGTCATTAAGATACTCGCCGATCTTTAG	1	47	1
AATACTCAACTTGATTTATGAATTAAATATAATAAAACCCCTAA	1	87	0
AATGATTAGCTGCGTTTTTTATTTTAATAACAAAATCGCAACTT	1	163	1
AATCGCAACTTACCATTTCCCCTTAGCAAAATTTTCTATTGTTC	1	196	1
      TAAAATGATTTACCTTTTAATGATAATAACTCTGTTAA	2	4	1
GTTCTCTCAGTATTTTTCAGGAAAAAGAAAGAAATA        	2	61	1
          *   ***     ****  *    *
MAP Score: 4.57311