AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i HI/HI_operons026_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238364
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	HI0163	93	transcriptional regulator, putative (bolA)
#1	HI0164	290	NADH:ubiquinone oxidoreducatase subunit A, Na translocating
#2	HI1682	197	protease, putative (sohB)
#3	HI1683	281	conserved hypothetical protein
#4	HI1684	87	iron-sulfur cluster binding protein

Motif 1
CAATTAGAATTGTGCTATTCTTACAAACTTCC	0	25	1
TAGCGTTTCATTTTAGTTTTTGTGGAGAACTT	0	68	1
ATATCAAAAATGTTACATTTTTATAACAAAA 	1	9	0
GAGGGTTTTTTGTTAGAACTTTTTGCGATATA	1	38	0
AATTATTAACTGTGAAATCAATCCATTTGAGT	1	145	1
AATCAATCCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGAC	1	160	1
TTTTTTATTTTGTGACATTAATGTTTTTTTAG	1	176	1
TCTAGGGTATTTTTACTATATTAGCAATTGTA	1	238	1
AATTCTTACTTTTTATTTTCATTTTGGCTAAT	2	56	0
TAACAAAAAATTTTAAATTAATTCTTACTTTT	2	75	0
TGTGATTGTTTGTGCTATTTATAACAAAAAAT	2	96	0
AATCACAATGTTTTATTATGTTGGCGATCTAC	2	121	1
AAAAAGAAGTTTTTATTTCTATGTTTACAAGA	3	23	1
TCTTTAGGGGTTTTATTATATTTAATTCATAA	3	84	1
TAGCTGCGTTTTTTATTTTAATAACAAAATCG	3	169	1
CTTAGCAAAATTTTCTATTGTTCTTGCTTCCA	3	217	1
ATAATAACTCTGTTAATTTTATTTATTGGGTT	4	32	1
          ***** *** **
MAP Score: 17.1326

Motif 2
CGATCTTTAGGGGTTTTATTATATTTAATTC	3	81	1
ATCCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGACATTA	1	165	1
GATTAGCTGCGTTTTTTATTTTAATAACAAA	3	166	1
AACAATCACAATGTTTTATTATGTTGGCGAT	2	118	1
TAAACAGAGGGTTTTTTGTTAGAACTTTTTG	1	45	0
ACAAAAAAGAAGTTTTTATTTCTATGTTTAC	3	20	1
ATTAATTCTTACTTTTTATTTTCATTTTGGC	2	60	0
TTAATGTATAGCGTTTCATTTTAGTTTTTGT	0	60	1
TTAATTTAAAATTTTTTGTTATAAATAGCAC	2	86	1
AAATCAAGTTGAGTATTGTTAATCCAAATAT	3	114	1
TGTGACATTAATGTTTTTTTAGCGGTTTGTC	1	186	1
CTAGAATGAGGCGTTTAATTTAGTCCAAATT	1	100	1
ATTGCTTCTAGGGTATTTTTACTATATTAGC	1	232	1
TAACTCTGTTAATTTTATTTATTGGGTTCTC	4	36	1
          * *********
MAP Score: 15.7398

Motif 3
          TTTTGTTATAAAAATGTAACATTT	1	0	1
ATTTAAAATTTTTTGTTATAAATAGCACAAACAA	2	89	1
AAACAGAGATTTTCGCTAGAATGAGGCGTTTAAT	1	85	1
       ACATTTACCCACAAAAAAGAAGTTTTT	3	3	1
TTTCTTTCTTTTTCCTGAAAAATACTGAGAGAAC	4	61	0
AGTTAATAATTTTACCGAGAAATCGAATTTGGAC	1	122	0
        AATTTCCCCATAAATCAATTAGAATT	0	2	1
GAGTTTTTTATTTTGTGACATTAATGTTTTTTTA	1	173	1
TGTTAGAACTTTTTGCGATATATCAAAAATGTTA	1	26	0
TAAGTTGCGATTTTGTTATTAAAATAAAAAACGC	3	174	0
TGATTTACCTTTTAATGATAATAACTCTGTTAAT	4	15	1
AATCTCTGTTTTTCGCTACTTAAACAGAGGGTTT	1	62	0
GCTATGCCAAATTAGCCAAAATGAAAATAAAAAG	2	46	1
 AATTGCTCCTTTGGTATAAATGAAATACTCGCT	2	9	1
TCTTTAGGGGTTTTATTATATTTAATTCATAAAT	3	84	1
AGGCGTTTAATTTAGTCCAAATTCGATTTCTCGG	1	108	1
CAATTGCTAATATAGTAAAAATACCCTAGAAGCA	1	234	0
          *** ** * *** *
MAP Score: 14.0786

Motif 4
GATATATCAAAAATGTTACATTTTTATAACAAAA	1	10	0
TTTTGTTAGAACTTTTTGCGATATATCAAAAATG	1	29	0
CATTCTAGCGAAAATCTCTGTTTTTCGCTACTTA	1	74	0
CAATCCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGACATTAA	1	163	1
ATTTTAAATTAATTCTTACTTTTTATTTTCATTT	2	64	0
AATTAATTTAAAATTTTTTGTTATAAATAGCACA	2	84	1
AACAATCACAATGTTTTATTATGTTGGCGATCTA	2	118	1
TAGAAATAAAAACTTCTTTTTTGTGGGTAAATGT	3	10	0
CTTAATGACAAAGATTTGTCTTGTAAACATAGAA	3	39	0
CGATCTTTAGGGGTTTTATTATATTTAATTCATA	3	81	1
ATGATTAGCTGCGTTTTTTATTTTAATAACAAAA	3	164	1
TAACAAAATCGCAACTTACCATTTCCCCTTAGCA	3	190	1
CCCCTTAGCAAAATTTTCTATTGTTCTTGCTTCC	3	214	1
         TATTTTTTGCCTTTTGAATAGGGGC	3	266	0
      TAAAATGATTTACCTTTTAATGATAATA	4	4	1
         TATTTCTTTCTTTTTCCTGAAAAAT	4	72	0
          *  **** * ****
MAP Score: 11.5678

Motif 5
GCAATTGTATTTTTAACCTTGAAAAGTAGTGCAAATAG	1	261	1
        ACATTTACCCACAAAAAAGAAGTTTTTATT	3	2	1
AATGACAAAGATTTGTCTTGTAAACATAGAAATAAAAA	3	32	0
CAGTTAATAATTTTACCGAGAAATCGAATTTGGACTAA	1	119	0
   TAAAATGATTTACCTTTTAATGATAATAACTCTGT	4	7	1
GTTTTATTATATTTAATTCATAAATCAAGTTGAGTATT	3	93	1
AACATTTTTGATATATCGCAAAAAGTTCTAACAAAAAA	1	27	1
GTCGTGAAAATTTAATCCATTAAATATCAACGGGAGTA	2	166	1
          TTTTGTTATAAAAATGTAACATTTTTGA	1	0	1
TAAGTTGCGATTTTGTTATTAAAATAAAAAACGCAGCT	3	170	0
TTCTCTCAGTATTTTTCAGGAAAAAGAAAGAAATA   	4	62	1
TTTGTGCTATTTATAACAAAAAATTTTAAATTAATTCT	2	82	0
AAACCCTCTGTTTAAGTAGCGAAAAACAGAGATTTTCG	1	62	1
ATTAAATATAATAAAACCCCTAAAGATCGGCGAGTATC	3	72	0
TCGGTAAAATTATTAACTGTGAAATCAATCCATTTGAG	1	138	1
          ***** *    ***   *
MAP Score: 9.03266

Motif 6
AATCAATTAGAATTGTGCTATTCTTACAAACTTCC	0	22	1
AGGGTTTTTTGTTAGAACTTTTTGCGATATATCAA	1	34	0
TCGCTACTTAAACAGAGGGTTTTTTGTTAGAACTT	1	49	0
AGTAGCGAAAAACAGAGATTTTCGCTAGAATGAGG	1	76	1
TGATTTCACAGTTAATAATTTTACCGAGAAATCGA	1	130	0
AAATCAATCCATTTGAGTTTTTTATTTTGTGACAT	1	159	1
CTATATTAGCAATTGTATTTTTAACCTTGAAAAGT	1	253	1
AACCTTGAAAAGTAGTGCAAATAGT          	1	275	1
CATTGTGATTGTTTGTGCTATTTATAACAAAAAAT	2	96	0
CTCGCCGATCTTTAGGGGTTTTATTATATTTAATT	3	76	1
TTAAATGATTAGCTGCGTTTTTTATTTTAATAACA	3	160	1
GGAAATGGTAAGTTGCGATTTTGTTATTAAAATAA	3	181	0
TGCTTCCATAAATAGGGATAATAACGCCCCTATTC	3	241	1
AAATAAAATTAACAGAGTTATTATCATTAAAAGGT	4	21	0
          * *** * ****  *
MAP Score: 4.79776